微管蛋白α-1B在泛癌中的表达及临床意义

目的利用生物信息学分析系统阐述微管蛋白α-1B(TUBA1B)与泛癌特征的关系。方法利用TCGA数据库中的肿瘤患者临床资料,从表达水平、疾病分期、预后、基因突变特征、免疫浸润水平和基因富集分析6个方面探讨TUBA1B与各种肿瘤类型的相关性。结果TUBA1B的表达水平在多数肿瘤中高于癌旁(P<0.05),在包括侵袭性乳腺癌等14种肿瘤中具有早期诊断价值(P<0.05),在肾上腺皮质癌等3种肾脏肿瘤中具有晚期进展监测价值(P<0.05),且高表达TUBA1B在多种肿瘤预示较差预后(P<0.05)。免疫浸润分析提示TUBA1B与泛癌中多数免疫浸润细胞及多种免疫相关基因表达呈正相关(P<0.05)。基因富集分析表明TUBA1B可能通过调控细胞周期、DNA损伤修复、有丝分裂等生物学过程参与肿瘤发生发展。结论TUBA1B参与了多种肿瘤的发生发展和免疫浸润,可作为泛癌的肿瘤标志物和潜在的药物靶点。

抗α-1C微管蛋白抗体在系统性硬化症中的表达及临床意义

目的:检测抗α-1C微管蛋白(tubulin-α-1C)抗体在系统性硬化症(systemic sclerosis,SSc)患者血清中的表达,并探讨其潜在的临床意义。方法:入组SSc患者62例、系统性红斑狼疮(systemic lupus erythematosus,SLE)患者38例、原发性干燥综合征(primary Sjögren’s syndrome,pSS)患者24例和健康对照组(health control,HC)30例,收集血清,采用酶联免疫吸附试验(enzyme linked immunosorbent assay,ELISA)分别检测各组血清中抗tubulin-α-1C抗体水平。同时,用标准实验室技术测定红细胞沉降率(erythrocyte sedimentation rate,ESR)、C反应蛋白(C-reactive protein,CRP)、免疫球蛋白A(Immunoglobulin A,IgA)、免疫球蛋白M(Immunoglobulin M,IgM)、免疫球蛋白G(Immunoglobulin G,IgG)、补体C3、补体C4、类风湿因子(rheumatoid factor,RF)、抗核抗体(antinuclear antibody,ANA)、抗着丝点抗体(anti-centromere antibodies,ACA)、抗心磷脂抗体(anticardiolipin,aCL)、抗双链DNA抗体(抗dsDNA抗体)、抗Sm抗体、抗RNP抗体、抗Scl-70抗体、抗Ro-52抗体、抗SSA抗体、抗SSB抗体、着丝点蛋白A(centromere protein A,CENP-A)、着丝点蛋白B(centromere protein B,CENP-B)等指标。记录雷诺现象和改良的Rodnan评分(modified Rodnan skin score,MRSS)等临床表现来评估SSc的疾病状态,分析抗tubulin-α-1C抗体与其他实验室指标和临床表现的关系。组间计量资料比较采用两独立样本t检验或Mann-Whitney U检验;组间计数资料比较采用卡方检验;采用绘制实验组工作曲线确定抗tubulin-α-1C抗体对诊断SSc最佳截断值并分析其诊断效能,相关性分析采用Spearman相关分析。结果:SSc患者、SLE患者、pSS患者和正常对照组血清中抗tubulin-α-1C抗体水平分别为81.24±34.38、87.84±38.52、59.79±25.24、39.37±18.7,SSc患者血清抗tubulin-α-1C抗体水平显著高于pSS患者和正常对照组,P均小于0.001。SSc患者血清抗tubulin-α-1C抗体水平与SLE组差异没有统计学意义。Spearman相关性分析示抗tubulin-α-1C抗体与SSc炎症和疾病活性标志物ESR正相关(r=0.313,P=0.019),与MRSS正相关(r=0.636,P<0.01)。根据正常对照组表达抗tubulin-α-1C抗体+2s定义阳性阈值为76.77,将SSc患者分为抗tubulin-α-1C抗体阳性组和阴性组,抗tubulin-α-1C抗体阳性组出现雷诺现象的比例明显高于阴性组(71.4%vs.37.5%,P=0.039);抗tubulin-α-1C抗体阳性组中抗Scl-70抗体、ACA抗体和aCL抗体的阳性率也显著高于阴性组(分别为37.9%vs.15.2%,P=0.041;34.5%vs.12.1%,P=0.035;13.8 vs.0,P=0.027)。结论:抗tubulin-α-1C抗体在SSc患者血清中异常升高,可能成为一种新的生物标志物用于SSc的临床诊断和风险预测。

N-乙酰基-丝氨酰-天门冬酰-赖氨酰-脯氨酸调节α-微管蛋白乙酰转移酶1抑制矽肺纤维化

目的探讨N-乙酰基-丝氨酰-天门冬酰-赖氨酰-脯氨酸(Ac-SDKP)能否通过对α-微管蛋白乙酰转移酶1(α-TAT1)调节而发挥抗矽肺纤维化作用。方法Wistar大鼠随机分为3组:对照组、矽肺模型组、Ac-SDKP处理组,每组6只。原代培养大鼠的肺成纤维细胞分为5组:对照组、转化生长因子(TGF-β1)诱导组、Ac-SDKP预处理组(TGF-β1+Ac-SDKP)、α-TAT1沉默组(α-TAT1-siRNA+TGF-β1+Ac-SDKP)、α-TAT1过表达组(α-TAT1-cpDNA+TGF-β1+Ac-SDKP)。免疫组化检测大鼠肺组织中α-TAT1的表达与分布,Western blot检测大鼠肺组织及大鼠肺成纤维细胞中I型胶原(Col I)、α-平滑肌肌动蛋白(α-SMA)、乙酰化微管蛋白-α(Ac-Tubα)、α-TAT1蛋白的表达水平。结果矽肺模型组大鼠的肺组织中出现矽结节,α-TAT1在矽结节中表达缺失,Western blot结果显示,矽肺模型组和TGF-β1诱导的肺成纤维细胞中Col I和α-SMA蛋白表达上调,Ac-Tubα和α-TAT1蛋白表达下调。Ac-SDKP治疗可抑制该变化。Ac-SDKP对Col I、α-SMA表达抑制效应可被α-TAT1-siRNA阻断,而α-TAT1过表达可加强Ac-SDKP对Col I、α-SMA表达的抑制作用。结论Ac-SDKP通过调节α-TAT1的表达抑制肌成纤维细胞分化,发挥抑制矽肺大鼠肺纤维化的作用。

基于TCGA数据库分析TUBA1C在肺腺癌中的表达及临床意义

目的研究α-微管蛋白特异性1c链(TUBA1C)在肺腺癌组织中的表达及临床意义。方法从癌症基因组图谱(TCGA)数据库下载535例肺腺癌组织与59例癌旁组织RNA-seq数据及对应患者的临床资料;比较其表达与肺腺癌患者临床特征的相关性及对预后的影响;Cox风险比例模型评估肺腺癌患者预后的危险因素。结果与癌旁组织相比,肺腺癌组织中TUBA1C的表达显著升高(P<0.001),且随着TNM分期的增加,TUBA1C表达呈明显上调趋势(P<0.001);高表达TUBA1C的肺腺癌患者总生存率显著低于低表达者(P=0.013);TUBA1C高表达、TNM分期、T分期、N分期是肺腺癌患者预后的危险因素(均P<0.05)。结论TUBA1C在肺腺癌组织中呈高表达,且与患者预后呈正相关,提示TUBA1C可能为肺腺癌预后评估指标及靶向治疗的新靶点。

探索结直肠癌血清外泌体有效分子标志物

目的基于血清外泌体数据结合加权基因共表达算法(WGCNA)和蛋白-蛋白互作分析(PPI)筛选结直肠癌(CRC)患者有效血清标志物,为预测CRC的发生提供帮助。方法从外泌体数据库(http://www.exorbase.org/)中下载健康人群和CRC患者血清外泌体基因表达数据,采用WGCNA和PPI对由118例健康人群和35例CRC患者组成的数据集进行分析,并利用外部的癌症基因组图谱(TCGA)数据库、GEO(https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/)数据库中GSE192667和GSE24549数据集、R2预后平台(https://hgserver1.amc.nl/cgi-bin/r2/main.cgi)、CancerSEA(http://biocc.hrbmu.edu.cn/CancerSEA/)单细胞数据集和TIMER(https://cistrome.shinyapps.io/timer/)网站分析和验证核心分子。结果外泌体数据库中CRC患者较健康人群上调基因有5078个,下调基因有13004个。基于WGCNA和PPI算法获得了甘油醛3-磷酸脱氢酶基因(GAPDH)和微管蛋白α-1B基因(TUBA1B)作为核心分子。并通过内部数据集验证GAPDH和TUBA1B表达与CRC发生相关,可以作为有效的血清外泌体分子标志物。同时,外部TCGA数据集中上述两个基因在肿瘤组织中均高表达,在R2生存平台中高表达GAPDH和TUBA1B患者预后更差。同时在GSE192667和GSE24549数据集也获得了相似的结果。基于GSE192667数据集构建并验证了生存风险模型[生存风险模型得分=GAPDH表达量×0.0015+TUBA1B表达量×(-0.0002)]。利用CancerSEA网站和TIMER网站并结合基因集富集分析(GSEA)发现核心分子涉及了多个肿瘤相关通路和功能。结论利用血清外泌体数据库结合WGCNA和PPI算法,筛选获得的GAPDH和TUBA1B可以作为CRC患者有效的血清外泌体分子标志物。