最近研究表明hERG(human ether-a—go-go related gene)基因编码的钾离子通道(hERG通道)作为一种广谱的药物靶标,被某些药物作用时会引起长QT间期综合征(LQTS),甚至导致具有生命危险的室性心律失常——尖端扭转性室性心动过速(TdP),引...最近研究表明hERG(human ether-a—go-go related gene)基因编码的钾离子通道(hERG通道)作为一种广谱的药物靶标,被某些药物作用时会引起长QT间期综合征(LQTS),甚至导致具有生命危险的室性心律失常——尖端扭转性室性心动过速(TdP),引起制药公司和安全部门的广泛关注,现就hERG通道的结构和功能特征、不同亚基及细胞环境对其调节、目前临床前体内体外的研究方法及关于hERG通道的药物安全性评价进行简要介绍。展开更多
目的开发基于机器学习的人类快速延迟整流性钾通道基因(the human Etherh-à-go-go-Reloted Gene,hERG)特异性打分函数(RF-hERG-Score),用于预测化合物对hERG的抑制活性(pIC_(50))。方法采用随机森林算法,以AutoDock Vina(传统打分...目的开发基于机器学习的人类快速延迟整流性钾通道基因(the human Etherh-à-go-go-Reloted Gene,hERG)特异性打分函数(RF-hERG-Score),用于预测化合物对hERG的抑制活性(pIC_(50))。方法采用随机森林算法,以AutoDock Vina(传统打分函数)分子对接生成的1847个化合物-hERG复合体结构和实验测定的半抑制浓度(pIC_(50))数据作为训练集进行训练。结果在十倍交叉验证中,RF-hERG-Score比RF-Score(通用打分函数)和AutoDock Vina更准确,其预测的pIC_(50)与实验值的皮尔逊相关系数(Rp)为0.603、斯皮尔曼等级相关系数(Rs)为0.623、均方根误差(RMSE)为0.849。在两组外部测试集中,RF-hERG-Score的Rp、Rs和RMSE也高于其他2种方法,并且优于相应文献报道模型的预测性能。结论RF-hERG-Score提高了hERG抑制剂结合亲和力的预测准确度,为利用计算模拟方法实现药物心脏毒性的较准确预测提供一种新的方案。展开更多
文摘最近研究表明hERG(human ether-a—go-go related gene)基因编码的钾离子通道(hERG通道)作为一种广谱的药物靶标,被某些药物作用时会引起长QT间期综合征(LQTS),甚至导致具有生命危险的室性心律失常——尖端扭转性室性心动过速(TdP),引起制药公司和安全部门的广泛关注,现就hERG通道的结构和功能特征、不同亚基及细胞环境对其调节、目前临床前体内体外的研究方法及关于hERG通道的药物安全性评价进行简要介绍。