目的·探索弥漫性大B细胞淋巴瘤(diffuse large B cell lymphoma,DLBCL)中差异表达的性别决定区Y框转录因子9(SRY-box transcription factor 9,SOX9)基因所起到的作用,尤其是在生发中心B细胞(germinal center B-cell,GCB)来源亚型...目的·探索弥漫性大B细胞淋巴瘤(diffuse large B cell lymphoma,DLBCL)中差异表达的性别决定区Y框转录因子9(SRY-box transcription factor 9,SOX9)基因所起到的作用,尤其是在生发中心B细胞(germinal center B-cell,GCB)来源亚型中对代谢重编程的调控作用。方法·选取NCICCR-DLBCL数据库中的481例DLBCL患者的临床信息和基因表达谱数据,使用R语言4.1.3版本进行数据分析与可视化,并基于RNA-seq测序表达量的细胞组织来源亚型(cell of origin subtype,COO)分类算法进行分类;使用ABC/GCB特征注释基因集,通过基因集富集分析(gene set enrichment analysis,GSEA)对分类进行验证。以SOX9的表达量高低将ABC和GCB亚组分别二分类。使用DEseq2包进行差异分析。使用KEGG(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes)与Hallmark注释集分析SOX9与DLBCL的代谢的关系。采用KaplanMeier方法绘制生存曲线。采用GEPIA2进行泛癌分析。采用ESTIMATE包进行微环境评分分析。结果·481例DLBCL患者样本中,481例均有RNA-seq的表达量数据,421例有临床分期,335例有国际预后指数(international prognostic index,IPI)评分,234例有生存数据。分类得出ABC亚型232例(48.2%)、GCB亚型173例(36.0%)、未分类76例(15.8%),与数据库声明的比例相符,经富集分析验证符合ABC/GCB表达谱特征。SOX9低表达量组与SOX9高表达量组相比,总生存期更短,预后分数更差。泛癌分析示该现象亦可见于其他类型肿瘤。差异分析显示,在GCB亚型中,与SOX9高表达量组相比,SOX9低表达量组中有上调基因156个、下调基因1826个。对于细胞代谢水平的变化,下调基因富集于糖酵解。结论·在ABC-DLBCL中,SOX9基因通过调控代谢重编程影响ABC-DLBCL的生物学特征。低表达SOX9的DLBCL,预示着肿瘤中糖酵解减少;其肿瘤基质细胞浸润程度更低,并且有着更差的预后。展开更多
【目的】观察性别决定区因子(SRY-related high-mobility group box 2,Sox2)在人肾癌组织中的表达,探讨Sox2的表达与临床病理因素和预后的相关性。【方法】运用免疫组化Envision法检测156例人肾细胞癌及其配对癌旁正常肾组织病理标本中S...【目的】观察性别决定区因子(SRY-related high-mobility group box 2,Sox2)在人肾癌组织中的表达,探讨Sox2的表达与临床病理因素和预后的相关性。【方法】运用免疫组化Envision法检测156例人肾细胞癌及其配对癌旁正常肾组织病理标本中Sox2的表达水平,采用SPSS13.0统计软件分析肿瘤组织Sox2与临床病理因素及患者总生存时间的关系。【结果】Sox2在人肾癌组织中的表达明显高于癌旁正常组织(P<0.05);随TNM分期的递增(P=0.027)、淋巴结转移的出现(P=0.010)以及Ki-67表达(P=0.037)的增加,Sox2表达水平逐渐升高,各组间有显著相关性;Sox2表达阳性的肾癌患者,术后五年生存率较低(P=0.017);Sox2的表达与患者性别、年龄、肿瘤直径及组织类型无显著相关性。【结论】Sox2的表达与临床病理因素及预后有一定关系,其高表达可能在肾癌发生、发展中起重要作用,并很可能成为潜在的治疗靶点及预测肾癌预后的有价值的分子标记物。展开更多
文摘目的·探索弥漫性大B细胞淋巴瘤(diffuse large B cell lymphoma,DLBCL)中差异表达的性别决定区Y框转录因子9(SRY-box transcription factor 9,SOX9)基因所起到的作用,尤其是在生发中心B细胞(germinal center B-cell,GCB)来源亚型中对代谢重编程的调控作用。方法·选取NCICCR-DLBCL数据库中的481例DLBCL患者的临床信息和基因表达谱数据,使用R语言4.1.3版本进行数据分析与可视化,并基于RNA-seq测序表达量的细胞组织来源亚型(cell of origin subtype,COO)分类算法进行分类;使用ABC/GCB特征注释基因集,通过基因集富集分析(gene set enrichment analysis,GSEA)对分类进行验证。以SOX9的表达量高低将ABC和GCB亚组分别二分类。使用DEseq2包进行差异分析。使用KEGG(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes)与Hallmark注释集分析SOX9与DLBCL的代谢的关系。采用KaplanMeier方法绘制生存曲线。采用GEPIA2进行泛癌分析。采用ESTIMATE包进行微环境评分分析。结果·481例DLBCL患者样本中,481例均有RNA-seq的表达量数据,421例有临床分期,335例有国际预后指数(international prognostic index,IPI)评分,234例有生存数据。分类得出ABC亚型232例(48.2%)、GCB亚型173例(36.0%)、未分类76例(15.8%),与数据库声明的比例相符,经富集分析验证符合ABC/GCB表达谱特征。SOX9低表达量组与SOX9高表达量组相比,总生存期更短,预后分数更差。泛癌分析示该现象亦可见于其他类型肿瘤。差异分析显示,在GCB亚型中,与SOX9高表达量组相比,SOX9低表达量组中有上调基因156个、下调基因1826个。对于细胞代谢水平的变化,下调基因富集于糖酵解。结论·在ABC-DLBCL中,SOX9基因通过调控代谢重编程影响ABC-DLBCL的生物学特征。低表达SOX9的DLBCL,预示着肿瘤中糖酵解减少;其肿瘤基质细胞浸润程度更低,并且有着更差的预后。
文摘【目的】观察性别决定区因子(SRY-related high-mobility group box 2,Sox2)在人肾癌组织中的表达,探讨Sox2的表达与临床病理因素和预后的相关性。【方法】运用免疫组化Envision法检测156例人肾细胞癌及其配对癌旁正常肾组织病理标本中Sox2的表达水平,采用SPSS13.0统计软件分析肿瘤组织Sox2与临床病理因素及患者总生存时间的关系。【结果】Sox2在人肾癌组织中的表达明显高于癌旁正常组织(P<0.05);随TNM分期的递增(P=0.027)、淋巴结转移的出现(P=0.010)以及Ki-67表达(P=0.037)的增加,Sox2表达水平逐渐升高,各组间有显著相关性;Sox2表达阳性的肾癌患者,术后五年生存率较低(P=0.017);Sox2的表达与患者性别、年龄、肿瘤直径及组织类型无显著相关性。【结论】Sox2的表达与临床病理因素及预后有一定关系,其高表达可能在肾癌发生、发展中起重要作用,并很可能成为潜在的治疗靶点及预测肾癌预后的有价值的分子标记物。