冰川表层雪样中微生物总DNA几种提取方法的比较研究

通过对4种具有不同裂解方式的微生物总DNA提取方法的比较,筛选出较佳的方法进行滤膜处理、DNA抽提及沉淀的优化,再将优化出的传统DNA提取方法与商业化试剂盒提取方法比较.结果表明:商业化试剂盒提取总DNA的方法适用于冰川表层雪微生物总DNA的提取;其次,将滤膜剪碎,用溶菌酶(5mg.mL-1)+蛋白酶K(1mg.mL-1)+CTAB(1%)+SDS(1%)的裂解方式,氯仿:异戊醇(24∶1)抽提一次,乙醇沉淀DNA的提取方法是一种效果较佳且廉价的冰川表层雪微生物总DNA提取方法.

玻璃珠法提取堆肥微生物总DNA及其DGGE分析

采用玻璃珠法从高温堆肥样品中进行了微生物总DNA的提取,以细菌16S rRNA基因V3区通用引物进行了PCR扩增,随后用变性梯度凝胶电泳(DGGE)技术对其微生物多样性进行评估.结果表明,玻璃珠法能够快速、有效地获得高质量的堆肥微生物总DNA,所得的DNA分子片段在15kb以上,使用细菌16S rRNA基因通用引物(27F和1492R)对总DNA进行PCR扩增,获得了近全长的16S rDNA序列(约1.5kb);DGGE分析结果表明,用该方法提取到的DNA种类较为丰富,多样性较好,能够进一步应用于群落结构分析.因此,玻璃珠法提取的DNA可以用于堆肥微生物的分子生态学研究及微生物群落结构分析.

不同无土栽培基质微生物DNA提取方法研究

用4种DNA提取方法对3种栽培基质中微生物的DNA浓度、腐殖酸去除率、16S rDNA的PCR扩增、扩增片段限制性内切酶和变性梯度凝胶电泳结果进行比较。结果表明:采用含CaCO3的缓冲液预洗,用CTAB缓冲液和蛋白质酶K共同作用以裂解细胞,同时添加2%CaCl2可有效去除腐殖酸;用PEG 8000沉淀DNA和Sephadex G-200纯化,可提高DNA质量;所得DNA适用于PCR扩增及ARDRA技术的限制酶切分析;在DGGE分析中此方法更能显示微生物种群的多样性。

盐土中微生物总DNA的提取方法的探究

文章初步探讨了用不同DNA提取方法,对盐土中微生物总DNA的提取效果.实验结果表明,由于盐土中微生物数量较少,溶菌酶-SDS-冻融裂解法、溶菌酶-SDS-蛋白酶K-冻融裂解法均无法提取到盐土中微生物的总DNA;变性剂-SDS-高盐法和试剂盒提取法能获得DNA,但效果不佳;只有用变性剂-SDS-高盐修改法能快速、有效地提取盐土中微生物的基因组DNA.

油页岩微生物总DNA的提取方法

为建立油页岩微生物总DNA提取方法，以两矿区的6个样品为材料，采用SDS高盐、SDS液氮研磨、SDS反复冻融、SDS异硫氰酸胍和试剂盒提取法分别对总DNA进行提取．结果表明，各方法提取效果差异很大，改进的SDS高盐提取法效果最好，各样品均得到约23kb较完整片段，且产率显著高于其他方法，达91．44～386．85ng·g^-1干样；以未纯化的DNA为模板，对16SrDNA进行PCR—DGGE，得到了相应的扩增产物及DGGE指纹图谱，说明该法适合油页岩样品．SDS液氮研磨和SDS反复冻融提取法仅能得到部分样品总DNA，且产率和纯度较低，而SDS异硫氰酸胍和试剂盒提取法无DNA提出，不适合此类样品．

口腔微生物宏基因组学总DNA制备的方法学初探

目的:比较不同时间段人类口腔唾液微生物总DNA制备方法。方法:采用酚氯仿抽提法、QIAamp DNA Micro Kit法制备健康人群不同时间段口腔唾液微生物总DNA。使用紫外分光光度计,PCR等鉴定提取的总DNA。结果:两种方法均成功制备了口腔微生物总DNA。不同方法提取的总DNA在片段大小,纯度,得率等方面存在差异。短期内不同时间段口腔唾液微生物总DNA无显著差异。结论:两种总DNA提取方法均可用于宏基因组学研究,可根据不同的实验目的,选择更适合的方法。同一供体短期内不同时间段的唾液可混合用于宏基因组学研究。

一种高纯度提取草地土壤微生物DNA方法的建立

本文研究建立一套高效、简便的草地土壤微生物DNA的提取和纯化方法。提取的微生物总DNA片段大小在23 kb左右,纯化后的DNA产量为(7.76±1.53)μg·g-1,OD260/OD280为1.78±0.04,OD260/OD230为1.76±0.02。

PCR-DGGE法研究新型氧肥对水淹胁迫下土壤细菌多样性的影响

以短埂大参土壤为研究对象,以水淹为胁迫因子,将短埂大参土壤进行A:单一水淹处理,B:水淹施加新型氧肥处理,C:正常浇水不施加新型氧肥处理,处理时间为36 d。对各处理第6、12、18、24、30、36天土壤中细菌16S rDNA基因的PCR扩增产物进行DGGE分析。结果表明,同时期的A处理与B处理样品的DGGE条带相似度随处理时间延长,相似度降低,B处理的第12、18、24天样品的DGGE条带数比A多且较亮;B处理的香农-威纳指数(Shannon指数)比A处理的Shannon指数高,差值呈"低-高-低"的趋势;同时期的B处理与C处理样品DGGE条带相似度较低;各处理在各检测时间内多样性表现不同,A样品土壤细菌多样性在各检测时间的相似度普遍较低,B样品土壤细菌多样性在各检测时间的相似度较高且较稳定,C样品土壤细菌多样性在各检测时间的相似度较低。说明新型氧肥对水淹胁迫下土壤细菌多样性影响较显著。

胡晗华、饶志明等获本刊优秀论文奖

根据我部决定(见本刊1999年第2期第159页)和有关专家推选评定，胡晗华、石岩峻、丛威、蔡昭铃的论文《不同氮磷水平下中肋骨条藻对营养盐的吸收及光合特性》[2004，10(6)：735～739]和饯志明、赵有玺、李辉、王正祥、沈微、方惠英、诸葛健的论文《太湖流域土壤微生物基因组总DNA分离纯化及其质粒文库的初步构建》[2004，10(6)：774～777]获本刊2004年第5期优秀论文奖。