基于悬浮点阵技术的新型EGFR基因突变检测方法的建立和应用

目的构建基于悬浮点阵技术的新型表皮生长因子受体(EGFR)基因突变的检测方法,检测并分析非小细胞肺癌(NSCLC)组织中EGFR酪氨酸激酶抑制剂(TKI)相关的EGFR基因突变状况。方法选取61例经影像学和病理学检查确诊的NSCLC患者作为研究对象,手术后留取新鲜肺癌组织,提取基因组DNA,采用多重聚合酶链式反应(PCR)对组织样本的EGFR基因18、19、20和21号外显子中包含8种高频突变位点的特异片段进行扩增,并经多重连接酶检测反应(LDR)以特异性探针对扩增片段中的突变进行连接,再基于悬浮点阵技术平台对连接产物进行检测,最后通过DNA测序对检测结果进行验证。结果在61例NSCLC组织样本中,运用PCR-LDR联合悬浮点阵技术共检出EGFR基因突变19例,突变率为31.1%,其中外显子19缺失突变E746-A750 del(1)、E746-A750 del(2)各1例,外显子20点突变T790M 1例,外显子21点突变L858R 14例、L861Q2例,经DNA测序验证完全正确。结论运用PCR-LDR联合悬浮点阵技术初步建立了一种新型的EGFR基因突变检测方法,能同时准确检测EGFR基因中的8种高频突变,具有高通量和高特异性的特点,有望用于NSCLC患者进入EGFR-TKI药物靶向治疗前的EGFR基因突变检测。

多功能悬浮点阵技术快速检测肠道致病菌的初步应用研究

目的建立以多功能悬浮点阵技术为基础的临床常见肠道致病菌的快速检测方法。方法以细菌16S rDNA基因保守区序列设计1对通用引物,采用不对称PCR扩增7种临床常见肠道致病菌标准菌株,多功能悬浮点阵技术对不同菌株的PCR产物进行检测以验证相应菌种探针的特异性,最后对48份粪便标本进行肠道致病菌高通量快速检测。结果 7种临床常见肠道致病标准菌株的不对称PCR得到了大量单链产物,其产物用多功能悬浮点阵技术的检测特异性为100%,48份粪便标本不对称PCR产物可与相应探针发生特异性结合,且在多功能悬浮点阵技术的相应检测信号大于阴性对照3倍以上,5种细菌的多功能悬浮点阵技术检测结果与培养鉴定结果符合率100%,48份标本PCR产物均与志贺菌属探针发生杂交反应(阳性率100%)。结论 16S rDNA可以作为细菌快速鉴定的靶序列,不对称PCR产物可以显著提高与悬浮芯片杂交检测的灵敏度,多功能悬浮点阵技术在鉴定细菌方面具有简单快速、高通量、高检出率等特点,可以作为细菌快速鉴定的一种新方法,但无法鉴别志贺菌属和大肠埃希菌属。

应用悬浮点阵和变性高效液相色谱技术检测β地中海贫血基因的比较

目的比较悬浮点阵技术(suspension array,SA)及变性高效液相色谱技术(DHPLC)在β-地中海贫血及基因分型诊断中的应用。方法通过分析100例正常人标本和69例经PCR反向斑点杂交技术(PCR-RDB)确认的β-地中海贫血患者外周血DNA标本,经PCR扩增并分别运用SA及DHPLC两种方法对其进行基因分型诊断。结果100例正常人标本结果为阴性,69例β-地中海贫血标本经两种方法检测其缺失和突变的基因型别完全一致,其中单位点基因突变65例,多位点基因突变4例。结论两种检测技术在β-地中海贫血基因分型诊断中准确性完全一致,具有快速、高效、检测平台的通用性的共同点;但悬浮点阵技术在临床标本检测具有更高的优势,变性高效液相色谱技术则可检测未知突变,在基础研究方面具有优势。