靶向高通量测序技术(tNGS)在下呼吸道感染病原体检测中的诊断价值

目的探讨靶向高通量测序(Targeted Next-generation Sequencing,tNGS)对下呼吸道感染病原体检测的优势及指导治疗作用。方法选取2022年1月—2023年12月广西梧州人民医院收治的295例疑似下呼吸道感染患者为研究对象,所有患者均行痰或肺泡灌洗液tNGS与传统病原学检测(Traditional Pathogen Testing,CMTs),以CMTs为金标准,分析tNGS的灵敏度、准确度、特异度、阳性预测值及一致性。结果295例疑似下呼吸道感染患者的检出结果显示,tNGS检测的阳性检出结果为290例,CMTs的阳性检出结果为289例。tNGS的灵敏度为99.31%,准确度为98.98%,特异度为80.00%,阳性预测值为99.65%。kappa值为0.722,提示两种检测方法具有较高的一致性。结论tNGS技术在疑似下呼吸道感染患者中具有较高的诊断价值。

宏基因组二代测序在肺部感染患者病原体检测中的价值

目的探讨宏基因组二代测序(Metagenomics Next-generation Sequencing,mNGS)用于临床检测肺部感染患者病原体的诊断价值。方法选取2022年1—12月溧阳市中医医院呼吸科收治的70例疑似肺部感染患者作为研究对象,全部患者均行mNGS检测及痰培养,以细菌培养结果为金标准,比较mNGS检测及痰培养的病原体检出率。结果经细菌培养结果显示,70例疑似肺部感染患者中,50例确诊肺部感染疾病,20例未感染,mNGS灵敏度(100.00%)、特异度(95.00%)及准确度(98.57%)明显高于痰培养,差异有统计学意义(χ^(2)=40.000、8.167、52.071,P均<0.05)。经细菌培养结果显示,总计检出铜绿假单胞菌18例、肺炎链球菌12例、曲霉菌8例、结核分歧杆菌6例、非结核分歧杆菌6例,经mNGS检出病原体概率为高于痰培养检出率,但组间比较,差异无统计学意义(P>0.05)。结论mNGS技术可有效规避传统痰培养的假阴性问题,以此诊断肺部感染患者的病原体种类准确率高。

高通量测序技术在呼吸道病原检测中的应用

呼吸道感染是一种常见的感染性疾病,快速、准确的诊断是疫情防控以及疾病预后判断的重要依据。呼吸道感染病原体常规检测方法有分离培养鉴定、免疫学方法如ELISA、分子生物学方法如荧光定量PCR等。近年来,高通量测序技术(next-generation sequencing,NGS)快速发展,已经广泛应用于微生物检测领域,本文将对高通量测序技术在呼吸道病原检测中的研究现状和应用进展进行综述。

病原体宏基因检测在器官捐献患者中的应用

目的探讨病原体宏基因组二代测序(metagenomic next-generation sequencing,mNGS)应用于器官捐献者病原微生物的检测,为器官移植后的抗感染药物靶向治疗提供依据。方法回顾性分析了武汉大学中南医院于2021年8月至2023年6月142例器官捐献者的临床病例,收集捐献者的血液样本的mNGS检测和病原微生物培养检测结果,对其进行分析比较。结果142例捐献者中98例在mNGS中检测到病原微生物,阳性检出率为69.01%。其中,59例(60.20%)为单纯病毒感染,12例(12.24%)为单纯细菌感染,4例(4.08%)为单纯真菌感染,混合感染23例(23.47%)。共检测出病原微生物173株。其中,病毒125株(72.25%),细菌40株(23.12%),真菌8株(4.62%)。对捐献者血液样本送检mNGS同时送检微生物培养检测,142例捐献者中20例(14.08%)血培养检测到病原微生物,共检测出21株病原微生物,其中20例(95.24%)为细菌,1例(4.76%)为真菌。器官保存液中培养出病原微生物2例(1.40%)。结论mNGS对病原微生物的检出率高于微生物血培养检测。mNGS检测和血培养病原微生物检测在细菌的诊断上差异不明显,而在检测真菌及病毒阳性时有统计学意义,且mNGS检测比血培养病原微生物检测能大幅度缩短检验时长。

病原高通量测序在中枢神经系统感染患者中的应用效果

目的探究病原高通量测序与传统检验方法在中枢神经系统(CNS)感染患者中的应用效果。方法选取2020年10月至2022年9月医院收治的80例CNS感染患者资料进行回顾性分析,根据病原微生物检测方法分为对照组和试验组,各40例。对照组采用形态学检查、生化检查、培养分离、免疫学等常规病原微生物检查,试验组采用病原高通量测序。观察并记录两组病原微生物检出率、症状改善天数(意识障碍、头痛、呕吐、发热等)、住院总天数及治愈率。结果利用高通量测序检测出阳性结果28例,阳性检出率为70.00%,传统方法检测出阳性结果7例,阳性检出率为17.50%,试验组高于对照组,差异有统计学意义(P<0.05);试验组症状改善天数和住院总天数明显短于对照组,差异有统计学意义(P<0.05);试验组治愈率高于对照组,差异有统计学意义(P<0.05)。结论病原高通量测序在CNS感染患者检测中的阳性检出率较高,有利于临床医师及时干预治疗,提高治愈率,缩短症状改善时间及住院时间。

高通量测序技术在病原体检测中的临床应用进展

病原体检测对临床诊断与治疗有着重要指导意义。当前临床病原学诊断方法主要有培养法、镜检法、PCR法、免疫学方法(包括荧光法、ELISA法、层析法)和测序技术等,其中以培养法结果阳性为“金标准”。但依赖传统方法仍有许多感染性疾病被漏诊。几乎所有的感染性疾病病原体都含有DNA或RNA基因组,因此基因组测序成为了病原体检测的一种极佳方法。

宏基因检测在中枢神经系统感染性疾病诊断中的作用

目的探究宏基因检测(mNGS)在中枢神经系统感染性疾病诊断中的作用。方法回顾性分析新兴县人民医院于2022年7月至2023年9月收治的20例疑似中枢神经系统感染患者的病历资料,收集脑脊液mNGS检测报告结果、脑脊液微生物培养及病原学等检查结果进行分析。结果20例患者中13例确诊为中枢神经系统感染,7例排除中枢神经系统感染。脑脊液mNGS结果中,6例脑脊液mNGS报告结果呈阴性,14例检出可疑的致病病原体或特异序列,其中8例检出细菌(结核分枝杆菌4例、金黄色葡萄球菌2例,肺炎克雷伯菌1例,链球菌属1例),5例检出病毒(水痘-带状疱疹病毒2例,EB病毒2例,巨细胞病毒1例),1例检出真菌(白色念珠菌)。mNGS与脑脊液微生物培养的特异度、阳性及阴性预测值均相当,差异无统计学意义(P>0.05)。mNGS诊断中枢神经系统感染性疾病的敏感度和准确度分别为76.92%、75.00%,明显高于脑脊液微生物培养的30.77%、35.00%,差异均有统计学意义(P<0.05)。结论相对于脑脊液微生物培养,mNGS在中枢神经系统感染性疾病中诊断的准确率较高,但其检出结果与最终诊断结果仍存在较大偏差。因此,对于中枢神经系统感染性疾病的临床诊断应结合mNGS、脑脊液微生物培养等多种检验方法进行综合判断,以达到早期诊断,精准治疗的目的。

宏基因检测在难治性肺部感染性疾病中的应用及价值分析

目的:探讨宏基因检测(mNGS)在难治性肺部感染性疾病中的应用及价值。方法:将我院2020年10月—2022年12月收治的60例难治性肺部感染性疾病患者作为研究对象,所有患者均进行传统痰培养检测及宏基因检测,比较两种检测方式检出阳性率、一致性及病原体分布。结果:传统痰培养检测结果显示,阳性20例(33.33%),阴性40例(66.67%);mNGS结果显示阳性55例(91.67%),阴性5例(8.33%);mNGS阳性检出率高于传统培养(P<0.05);两种检测方式一致性一般(kappa=0.583,P<0.05);55例mNGS方法检测出阳性患者中细菌感染27例(49.09%),真菌感染11例(20.00%),病毒感染15例(27.27%),病原体感染2例(3.64%);传统检测方法检测出阳性患者中细菌感染20例(100.00%)。结论:对难治性肺部感染性疾病患者采用宏基因检测可有效提高病原体阳性检测率,可作为一种有效的病原体检测方式,指导临床用药,值得临床推广。

感染病原高通量基因检测在肾移植术后肺部感染中的临床应用价值

肾移植术后由于大剂量免疫抑制剂的使用,致使患者免疫功能下降,从而增加感染风险,特别是肺部感染。肾移植术后6个月内肺部感染常较危重,进展快,发展成急性呼吸窘迫综合征后治疗难度更大[1],及早有效控制疾病进展是临床治疗的关键。近年来我们对患者肺泡灌洗液标本进行高通量基因检测(NGS),有利于病原快速和精准的检测,以指导临床治疗,现报告如下。

高通量检测基因芯片测序技术对COPD合并社区获得性肺炎病原体检测可行性研究

目的探讨高通量检测基因芯片测序技术对慢性阻塞性肺疾病(chronic obstructive pulmonary disease,COPD)合并社区获得性肺炎病原体检测可行性。方法选择2017年1月至2018年5月在我院接受治疗的128例疑似COPD并发社区获得性肺炎患者进行研究。所有患者均在使用抗生素前采集合格痰标本、肺泡灌洗液标本,均同时进行病原学临床检测和高通量测序,并对高通量测序的结果采用PCR方法进行确认,然后对基于高通量测序的慢阻肺合并肺炎病原体检测方法进行评估。参照《中国成人社区获得性肺炎诊断和治疗指南(2016年版)》中致病原的主要检测方法及其相应的诊断标准为金标准,对临床检验及高通量检测基因芯片测序技术的诊断效能进行分析。结果临床检测对COPD合并社区获得性肺炎病原体检测诊断效能:灵敏度=81.52%,特异度=63.89%,准确度=76.56%,阳性预测值=85.23%,阴性预测值=57.50%。高通量检测基因芯片测序对COPD并发社区获得性肺炎病原体检测诊断效能:灵敏度=91.43%,特异度=82.61%,准确度=89.84%,阳性预测值=96.00%,阴性预测值=82.61%。高通量检测灵敏度、特异度、准确度、阳性预测值、阴性预测值等诊断效能指标均明显高于临床检测(P<0.05)。高通量病原体检出阳性率明显高于临床检验(P<0.05),在肺炎链球菌及流感嗜血杆菌方面差异无统计学意义(P>0.05),在人腺病毒方面高通量病原体检出阳性率明显高于临床检验(P<0.05)。结论高通量检测基因芯片测序技术对COPD合并社区获得性肺炎病原体检测灵敏度、特异度、准确度、阳性预测值、阴性预测值等诊断效能指标均明显高于临床检测,该方法操作方便、诊断价值较高。

宏基因组二代测序技术在肺部感染病原学检测的应用进展分析

肺部感染发生率较高,常发生于机体抵抗力下降,例如熬夜、受凉时致使病原体大量繁殖,进而引起肺部感染症状。常规的诊断主要是基于患者的临床表现、影像学表现和实验室检查。传统的病原体鉴定的实验室检测仅限于血清学检测、特异性聚合酶链反应(PCR)和培养。早期确定感染病原体是提升临床治愈率、减少死亡的发生的重要举措。血清学检测敏感性低,特异性聚合酶链反应(PCR)需要特定引物,培养耗时长,对于早期诊断效果不大。因此,迫切需要一种能够高精度快速识别病原体的新技术。宏基因组测序有特异性高、快速等优点,用在混合感染、免疫抑制感染等诊断中均具有较好应用价值,但此种技术还有治疗关系不确定、耐药基因检测难度高等缺点。本文主要针对宏基因组二代测序技术在肺部感染病原学检测的应用进展进行概述,现将详细内容报告如下。 。

高通量基因序列在免疫抑制合并肺炎患者肺泡灌洗液感染病原中的应用

目的探讨高通量基因序列(NGS)联合质谱分析在免疫抑制合并重症肺炎患者肺泡灌洗液感染病原中的应用效果及ROC曲线分析。方法选择2017年1月至2019年12月在我院治疗的免疫抑制合并重症肺炎患者50例为研究对象,随机分为对照组(25例)和观察组(25例),对照组予经验性广谱抗菌药物治疗,观察组在对照组的基础上予肺泡灌洗液感染病原NGS联合质谱分析方法检测患者病原学并指导抗生素的使用。比较两组生化指标及不良反应发生情况,绘制ROC曲线,分析肺泡灌洗液感染病原NGS联合质谱分析方法在免疫抑制合并重症肺炎患者中的治疗指导效能。结果两组治疗后酸碱度(pH)水平比较,差异无统计学意义(P>0.05)。观察组治疗后白细胞计数(WBC)、中性粒细胞水平低于对照组,动脉血氧分压(PaO2)、血氧饱和度(SaO2)水平高于对照组,差异有统计学意义(P<0.05)。观察组患者不良反应总发生率低于对照组,差异有统计学意义(P<0.05)。ROC曲线分析结果显示,NGS联合质谱分析在免疫抑制合并重症肺炎患者中的治疗指导效能均高于单一NGS和质谱分析,差异有统计学意义(P<0.05)。结论基于肺泡灌洗液感染病原NGS联合质谱分析用于免疫抑制合并重症肺炎患者的治疗,能获得良好的治疗效果,降低并发症发生率,可指导临床治疗,值得推广应用。

高通量测序在脓毒症患者病原体检测中的应用

目的探讨高通量测序在脓毒症患者病原体检测中的应用价值。方法回顾性分析2017年1月至2018年12月深圳市第二人民医院重症医学科收治的69例脓毒症患者的临床资料,比较血样本中高通量测序与培养两种病原检测方法的病原体检出率及检出时间。结果血样本中高通量病原体检出率为36.23%,明显高于培养的17.39%,检出时间为(59.16±9.25)h,明显短于培养的(85.17±17.60)h,差异均有统计学意义(P<0.05)。结论高通量测序技术的应用能提高脓毒症患者血样本中的病原体检出率和缩短检出时间。

宏基因组二代测序在实体器官移植感染防控中的应用

器官移植已成为多种终末期疾病的有效治疗手段,但器官移植受者术后需长期服用免疫抑制药,导致免疫功能低下,使得细菌、病毒和真菌感染的发生率相对较高。以病原学培养、免疫学检测和聚合酶链反应为代表的传统微生物检测方法被广泛用于感染检测,但存在耗时长、需预先假定病原体等问题。宏基因组二代测序由于具有病原体检出率高、对病原谱检测全面的优点,近年来被广泛应用于器官移植领域的感染防控。本文就宏基因组二代测序技术在实体器官移植感染防控上的应用现状进行综述,以期对移植相关感染的诊断和治疗提供参考。

弓形虫病原基因检测用于孕妇感染及感染后对胎儿危险性的研究

目的 研究弓形虫病原基因检测方法及孕妇感染弓形虫后对胎儿的危害作用。 方法 根据弓形虫基因序列 ,设计合成 PCR扩增引物 ,研究 PCR/DNA生物素探针检测试剂 ,并应用该试剂检测异常妊娠孕妇的血液和流产物 ,同时设立对照检查。 结果研制的弓形虫检测试剂具有良好的敏感性和特异性 ;在异常妊娠收集的病态流产物的检测中 ,阳性率为 2 9.3% ,分类比较中以死产死胎的阳性检出率最高 ,为 36 .3%。血样的检测阳性率为 2 7.0 % ,而正常对照流产物和血样的检测阳性率分别为 3.2 %和 0。 结论 研制的试剂及检测方法可用于孕妇虫血症的病原检测 ;孕妇弓形虫感染对孕期胎儿具有直接的危害作用。

宏基因组检测技术在新生儿感染病原检测方面的应用

宏基因组检测技术(metagenomic next-generation sequencing,mNGS)又被称为二代测序或下一代测序技术,是基于高通量测序以及生物信息学分析进行的检测,能直接从环境/临床样品中提取全部微生物的DNA或RNA,并进一步与各个物种的基因组序列比对,准确高效地分析全部病原微生物的遗传物质信息,不仅可以对细菌进行鉴别和分类,还可以检测病毒、真菌和寄生虫等其他病原体。一旦发现病原体的基因组序列,还可实现有关溯源、耐药性、毒力等多种分析[1]。近年来mNGS技术不断发展,在病原检测、病原生物学特征及分子流行病学分析中展现了独特的技术优势和广阔的应用前景,对新生儿感染性疾病的诊断和治疗具有重要参考值[2-3]。

动物病原高通量检测技术

当前规模化养殖业迫切需要动物病原检测技术高通量化。高通量检测技术具有高通量、自动化、微量化等特点。病原高通量检测技术可分为高通量免疫学检测(检测抗原)和高通量分子生物学检测(检测核酸)两大类。论文对近年来报道的用于动物病原高通量检测的基因芯片技术、抗体芯片技术、液相芯片技术、流式细胞术多色荧光分析技术、变性高效液相色谱技术等新技术从原理、特点及应用等进行了综述。

宏基因组测序辅助鉴定输液致血流感染死亡1例

1案例1.1简要案情及病史摘要江某,女,60岁,因“手麻”于某年11月3日至5日前往某无证经营的个体诊所接受治疗,其中3日外敷中草药,4日静脉滴注黄芪注射液,5日静脉滴注复方氨基酸注射液。11月5日15:00左右,江某在静脉滴注复方氨基酸注射液时突发寒战,诊所医生立即停止输液并予肌内注射维生素B_(12)注射液,未予其他处置。

BALF病原微生物mNGS检测在难治性肺炎中的应用研究

目的探讨支气管肺泡灌洗液(BALF)病原微生物宏基因组二代测序技术(mNGS)在难治性肺炎(RTP)患者中的应用效果。方法回顾分析2023年1月至2024年1月收治的60例行支气管镜BALF宏基因检测(mNGS组)和60例行传统培养(传统组)的RTP患者资料。对比mNGS组与传统组检出阳性率、病原菌、感染类型和治疗情况。结果mNGS组病原菌检出阳性率为95.00%(57/60)高于传统组的71.67%(43/60)(P<0.05)。mNGS组与传统组分别检出84株、57株病原菌。mNGS组革兰阴性菌、革兰阳性菌阳性检出率低于传统组,真菌、病毒、特殊病原体阳性检出率均高于传统组(P<0.05,P<001)。传统组单一感染检出率高于mNGS组(P<001),且以细菌感染为主。mNGS组混合感染检出率高于传统组(P<001),且以病毒-细菌感染、病毒-细菌-真菌感染为主。mNGS组抗菌药物使用时间、抗菌药物调整频次、住院时间、住院费用短于或低于传统组,总有效率高于传统组(P<0.05,P<001)。结论BALF病原微生物mNGS检测在RTP患者病原学诊断中有良好的应用效果,可以帮助临床医生早期识别病原体进而实施精准治疗,提高治疗总有效率,减少并发症。

病原微生物宏基因测序在感染性疾病中的应用进展

感染性疾病发病率较高,是临床常见的死亡原因,可感染机体各个部位,以呼吸系统、中枢神经系统及血流感染常见。不同部位的感染所出现的临床表现有所差异,感染性疾病的病情严重程度相差甚大,轻者可自愈,重者使用多种高级别抗生素仍未见好转,但早期明确病原菌种类并使用敏感抗生素可明显改善愈后。传统病原检查方法耗时长且准确性较低,大多需提前做出假设,甚至完全依靠临床经验,但病原体种类之多大大增加了诊断难度。病原微生物宏基因测序(mNGS)在临床上的使用越来越广泛,从常见病原体感染到罕见病原体感染的检测都有运用。与传统方法比较,mNGS可同时测序标本中所有病原体且耗时短,填补了传统方法的不足,为了能将mNGS更好地运用于临床,需要对其进行不断优化和合理使用。