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六味地黄汤中药成分-靶标-疾病网络分析及效应机制预测 被引量:21
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作者 李晓燕 董姝 +4 位作者 魏滨 陈启龙 蔡菲菲 王文海 苏式兵 《中国实验方剂学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2017年第5期189-195,共7页
目的:运用网络药理学技术预测六味地黄汤的化学成分、药物靶标以及可能治疗的疾病,探讨其配伍及对多种疾病"异病同治"的分子机制。方法:采用TCMSP数据库的口服生物利用度(OB)和类药性指数(DL),筛选六味地黄汤的活性成分和相... 目的:运用网络药理学技术预测六味地黄汤的化学成分、药物靶标以及可能治疗的疾病,探讨其配伍及对多种疾病"异病同治"的分子机制。方法:采用TCMSP数据库的口服生物利用度(OB)和类药性指数(DL),筛选六味地黄汤的活性成分和相关疾病,从Drugbank数据库获得药物靶标,用Cytoscape软件构建中药成分-靶标-疾病网络,并进行网络拓扑分析及靶标功能和信号通路分析。结果:在六味地黄汤507种化合物中符合OB≥30%,DL≥0.18有42种,其相关靶标有221个,并富集出九大类56种疾病,以肿瘤、心血管系统疾病以及呼吸系统疾病的网络相关度最大。六味地黄汤、三补和三泻的配伍都能调节细胞凋亡、代谢、增殖、以及血管平滑肌收缩;六味地黄汤还有调控蛋白的合成修饰和分泌作用;三补能够调控离子跨膜转运、血压以及前列腺素、视黄酸的代谢等;三泻则侧重于对细胞的信号传导以及细胞的生物合成作用的影响。结论:本研究筛选出六味地黄汤活性成分42种,预测靶标221个及疾病56个,其三补三泻的配伍使药物作用产生了1+1>2的效应机制。六味地黄汤对多种疾病"异病同治"具有多靶标、多功能以及多通路的调节机制。 展开更多
关键词 六味地黄汤 网络药理学 中药成分-靶标-疾病网络 分子机制 配伍
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基于全局图注意力元路径异构网络的药物-疾病关联预测
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作者 郁湧 杨雨洁 +2 位作者 李虓晗 高悦 于倩 《电子科技大学学报》 EI CAS CSCD 北大核心 2024年第4期576-583,共8页
提出了一个基于全局图注意力元路径异构网络模型(MHNGA)来进行药物-疾病关联预测。首先,收集整理药物和疾病数据,将已知的药物-疾病关联、药物相似性、疾病相似性构建为一个异构网络;其次,引入多个基于元路径的子图,使用图注意力神经网... 提出了一个基于全局图注意力元路径异构网络模型(MHNGA)来进行药物-疾病关联预测。首先,收集整理药物和疾病数据,将已知的药物-疾病关联、药物相似性、疾病相似性构建为一个异构网络;其次,引入多个基于元路径的子图,使用图注意力神经网络提取这些子图的邻居节点的特征,并且通过通道注意力和空间注意力机制来增强特征;最后,通过十折交叉验证的评估,MHNGA取得了93.5%的精确召回曲线下的面积和99.4%的准确率。 展开更多
关键词 异构图 药物-疾病关联 预测 图注意力神经网络 元路径
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基于UPLC-Q-TOF-MS/MS和分子网络技术快速分析玉叶解毒颗粒醇提物的化学成分
3
作者 冯小龙 蔡媛 +4 位作者 李鹏辉 陈俊 陈开义 龙红萍 彭艳梅 《中药新药与临床药理》 CAS CSCD 北大核心 2024年第10期1581-1592,共12页
目的采用超高效液相色谱-四极杆-飞行时间串联质谱(UPLC-Q-TOF-MS/MS)整合分子网络(Molecular Networking)策略对玉叶解毒颗粒的化学成分进行快速分析与鉴定。方法根据正负离子模式下质谱扫描获取化合物二级质谱数据文件,计算MS/MS碎片... 目的采用超高效液相色谱-四极杆-飞行时间串联质谱(UPLC-Q-TOF-MS/MS)整合分子网络(Molecular Networking)策略对玉叶解毒颗粒的化学成分进行快速分析与鉴定。方法根据正负离子模式下质谱扫描获取化合物二级质谱数据文件,计算MS/MS碎片模式的相似性并创建全球天然产物社会分子网络(GNPS),根据分子网络中相似结构的分子簇对玉叶解毒颗粒中的各大类成分进行快速鉴定。对于在分子网络中未体现的化合物则采用Agilent Masshunter Qualitative Analysis工作站中的分子特征提取(MFE)功能和中药成分数据库(TCM-DATA),根据一级、二级质谱数据和相关参考文献进行人工解析鉴定。结果通过液质分析从玉叶解毒颗粒中共鉴定出89个化学成分,其中酚酸类化学成分22个,黄酮及其苷类化学成分21个,环烯醚萜苷类化学成分6个,三萜皂苷类化学成分28个,其他类化学成分12个。结论采用UPLC-Q-TOF-MS/MS整合分子网络技术可对玉叶解毒颗粒进行快速和系统的化学成分识别,为其质量控制和临床应用提供了理论依据,所建立的分子网络能为中药复方成分的快速定性分析提供借鉴。 展开更多
关键词 玉叶解毒颗粒 化学成分 超高效液相色谱-四极杆-飞行时间串联质谱 分子网络 玉叶金花
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UPLC-Q-TOF/MS技术结合网络药理学系统分析君迁子的抗炎活性成分
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作者 昝立峰 杨香瑜 +3 位作者 张蕾 辛军彩 郭海燕 李海荣 《食品工业科技》 CAS 北大核心 2024年第21期264-274,共11页
目的:初步阐明君迁子果实中抗炎的活性成分及其作用机制。方法:采用超高效液相色谱-串联四级杆-飞行时间质谱(UPLC-Q-TOF/MS)技术测定分析君迁子果实的化学成分,结合网络药理学探究潜在的抗炎活性成分及其作用机制,用分子对接验证网络... 目的:初步阐明君迁子果实中抗炎的活性成分及其作用机制。方法:采用超高效液相色谱-串联四级杆-飞行时间质谱(UPLC-Q-TOF/MS)技术测定分析君迁子果实的化学成分,结合网络药理学探究潜在的抗炎活性成分及其作用机制,用分子对接验证网络预测结果。结果:在负离子模式下,依据分子离子峰及二级质谱裂解特征从君迁子果实中共鉴定出26个黄酮化合物,包括杨梅素衍生物10个、槲皮素衍生物7个、山奈酚衍生物4个、芹菜素衍生物2个、其他黄酮化合物3个,其中12种化合物为首次在君迁子果实中报道。网络药理学分析显示化合物杨梅素-3-桑布双糖苷、杨梅素-3-(2G-鼠李糖基)-芸香糖甙、桑色素、杨梅素-3-鼠李糖基-(1->2)-鼠李糖苷、异鼠李素-3-O-葡萄糖苷、杨梅素、槲皮素、柚皮素、芹菜素、山柰酚具有潜在的抗炎活性,且发挥抗炎作用主要与PI3K-Akt、EGFR络氨酸激酶抑制性耐药和癌症信号通路有关。分子对接显示活性成分与核心靶点对接稳定,且结果与网络药理学预测一致。结论:君迁子提取物中黄酮类化合物具有潜在的抗炎作用,对炎症疾病具有一定的辅助预防作用。 展开更多
关键词 君迁子 抗炎成分 超高效液相色谱-串联四级杆-飞行时间质谱 网络药理
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“医院-家庭-疾病同伴者”模式下疾病管理网络在产妇围生期抑郁干预中的应用效果
5
作者 宋卓玲 朱君 张杰 《河南医学研究》 CAS 2024年第4期761-765,共5页
目的观察“医院-家庭-疾病同伴者”模式下疾病管理网络在产妇围生期抑郁干预中的应用效果。方法纳入2020年12月至2022年12月于濮阳市中医医院分娩的160例产妇,随机分为常规干预组与网络干预组,各80例,常规干预组接受常规干预,网络管理... 目的观察“医院-家庭-疾病同伴者”模式下疾病管理网络在产妇围生期抑郁干预中的应用效果。方法纳入2020年12月至2022年12月于濮阳市中医医院分娩的160例产妇,随机分为常规干预组与网络干预组,各80例,常规干预组接受常规干预,网络管理组接受“医院-家庭-疾病同伴者”模式下疾病管理网络干预,两组患者均从产前干预至产后3个月。比较产后1周、产后3个月时两组产妇抑郁情况[爱丁堡产后抑郁量表(EPDS)]、家庭功能[中文版家庭功能评定量表(FAD)]、母亲角色适应情况(初产妇角色转变量表)、母婴互动情况[婴儿喂哺评估量表(NCAFS)]。结果产后3个月时,两组产妇EPDS、FAD评分较产后1周时降低,且网络干预组低于常规干预组(P<0.05);两组产妇初产妇角色转变量表、NCAFS评分较产后1周时升高,且网络干预组高于常规干预组(P<0.05)。结论“医院-家庭-疾病同伴者”模式下疾病管理网络用于产妇围生期抑郁干预中,可有效缓解其抑郁症状,并提高产妇家庭功能,促进产妇适应母亲角色。 展开更多
关键词 医院-家庭-疾病同伴者 疾病管理网络 产妇 抑郁 母亲角色适应
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紫外可见吸收光谱结合主成分-反向传播人工神经网络鉴别真假蜂蜜 被引量:18
6
作者 欧文娟 孟耀勇 +1 位作者 张小燕 孔猛 《分析化学》 SCIE EI CAS CSCD 北大核心 2011年第7期1104-1108,共5页
研究紫外-可见吸收光谱技术结合化学计量学方法鉴别真假蜂蜜。根据蜂蜜中果糖和葡萄糖的典型质量比1.2:1.0,配制与真蜂蜜相近的掺假溶液,并以5%~20%的比例掺入真蜂蜜中。获取纯正蜂蜜和掺假蜂蜜的紫外-可见吸收光谱,选择最佳敏感波段25... 研究紫外-可见吸收光谱技术结合化学计量学方法鉴别真假蜂蜜。根据蜂蜜中果糖和葡萄糖的典型质量比1.2:1.0,配制与真蜂蜜相近的掺假溶液,并以5%~20%的比例掺入真蜂蜜中。获取纯正蜂蜜和掺假蜂蜜的紫外-可见吸收光谱,选择最佳敏感波段250~400 nm的吸光度值进行主成分分析(PCA),优选主成分作为反向传播人工神经网络(BPANN)的输入向量。输出结果显示,校准集和预测集的准确鉴别率均为100%;对应的均方根误差分别为8.523×10-3和8.961×10-3。研究结果表明,基于PCA-BPANN的紫外-可见吸收光谱技术能够方便、快速、准确地鉴别真假蜂蜜,为食品质量的快速检测提供可靠参考。 展开更多
关键词 蜂蜜 掺假 紫外-可见吸收光谱 反向传播人工神经网络 成分-反向传播人工神经网络
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“医院-社区网络化”健康教育方式在脑血管疾病患者康复中的影响 被引量:8
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作者 王清华 储照虎 +3 位作者 许业松 王新 赵守财 孙爱萍 《中国老年学杂志》 CAS 北大核心 2019年第15期3809-3813,共5页
目的对比分析“医院-社区网络化”健康教育方式在脑血管疾病患者康复中的影响,探讨适合脑血管疾病患者康复的健康教育方式。方法300例脑血管疾病患者为研究对象,随机分为观察组和对照组。其中,对照组患者采用传统家人监督方式进行健康教... 目的对比分析“医院-社区网络化”健康教育方式在脑血管疾病患者康复中的影响,探讨适合脑血管疾病患者康复的健康教育方式。方法300例脑血管疾病患者为研究对象,随机分为观察组和对照组。其中,对照组患者采用传统家人监督方式进行健康教育;观察组患者医院-社区医护人员通过网络化监督方式进行健康教育。采用以下量表对两组患者分别进行评定:功能综合评定量表(FCA)、美国国立卫生研究院脑卒中量表(NIHSS)、改良Barthel指数(MBI)量表、生存质量测定量表简表(QOL-BREF)、焦虑自我评价表(SAS)及抑郁自我评价表(SDS)。评定时间为:入组1d、入组后10d、出院时、出院后3个月、出院后6个月。对比分析两种健康教育方式对脑血管疾病患者神经功能缺损、功能综合能力、日常生活自理能力、生活质量满意度的改善情况及焦虑、抑郁状况。结果入组后10d、出院时、出院后3个月、出院后6个月观察组NIHSS评分有显著性差异,差异具有统计学意义(P<0.05);然而,两组焦虑、抑郁状态评分差异均无统计学意义(P>0.05)。观察组出院时、出院后3个月、出院后6个月改良MBI评分对比差异有统计学意义(P<0.05);出院后3个月、出院后6个月FCA评分对比差异有统计学意义(P<0.05);出院后6个月QOL-BREF评分对比差异有统计学意义(P<0.05)。两组初中及以下文化程度患者出院6个月后MBI及FCA评分比较差异有统计学意义(P<0.05);而高中专及以上文化程度患者对比差异无统计学意义。结论“医院-社区网络化”健康教育方式不仅可有效地促进患者神经功能缺损恢复,还可有效地改善患者的功能综合能力、日常生活活动能力,更好地提高患者的生活质量满意度;但“医院-社区网络化”健康教育方式不能够很好的改善高中及以上文化程度患者的功能状态,不能改善脑血管疾病患者的焦虑和抑郁状态,因此,脑血管疾病患者综合康复治疗时,还需注意加强患者的心理康复,对文化程度高的患者则需加强全面康复,以达患者早日身心健康。 展开更多
关键词 医院-社区网络 健康教育方式 脑血管疾病 康复
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肾素-血管紧张素系统对心血管系统疾病的网络调节 被引量:19
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作者 杨慧 王红霞 李汇华 《生理科学进展》 CAS CSCD 北大核心 2013年第3期183-187,共5页
肾素-血管紧张素系统(RAS)是维持血压、水和电解质平衡及心血管稳态的重要调控系统,对心血管系统疾病的发生发展至关重要。近些年,RAS研究取得了令人瞩目的成就,血管紧张素转换酶抑制剂和血管紧张素受体抑制剂已成为临床治疗高血压等心... 肾素-血管紧张素系统(RAS)是维持血压、水和电解质平衡及心血管稳态的重要调控系统,对心血管系统疾病的发生发展至关重要。近些年,RAS研究取得了令人瞩目的成就,血管紧张素转换酶抑制剂和血管紧张素受体抑制剂已成为临床治疗高血压等心血管疾病的一线药物。众多有功能的代谢片段、酶及受体的发现,使得RAS成为一个复杂的网络调节体系。为了更好全面地认识RAS的作用机制,本文拟从酶水平、代谢物水平、受体水平及信号通路介绍RAS的主要成员及其在心血管疾病中网络调节作用。 展开更多
关键词 肾素-血管紧张素系统 心血管疾病 网络调节
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橄榄油挥发性香气成分的神经网络定量结构-保留相关性(QSRR)研究 被引量:4
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作者 堵锡华 宋明 +3 位作者 田林 徐艳 陈艳 李靖 《中国粮油学报》 EI CAS CSCD 北大核心 2020年第12期148-155,共8页
橄榄油富含不饱和脂肪酸及多种抗氧化营养物质,有良好的预防疾病和保健作用,故具有极高的保健和经济价值。为建构橄榄油挥发性香气成分保留指数神经网络的结构-保留关系模型,计算了橄榄油挥发性成分的连接性指数(m X)、分子形状指数(K m... 橄榄油富含不饱和脂肪酸及多种抗氧化营养物质,有良好的预防疾病和保健作用,故具有极高的保健和经济价值。为建构橄榄油挥发性香气成分保留指数神经网络的结构-保留关系模型,计算了橄榄油挥发性成分的连接性指数(m X)、分子形状指数(K m)、电性拓扑状态指数(E m)及电性距离矢量(M i),选取连接性指数的0 X、2 X、5 X,分子形状指数的K 2、K 3,电性拓扑状态指数的E 1、E 2和电性距离矢量的M 2共8种分子结构参数,作为BP神经网络方法的输入层变量,保留指数作为输出层变量,采用8-6-1的网络结构,构建模型总的相关系数R为0.9967,根据该模型计算得到的橄榄油挥发性成分保留指数预测值与实验值的平均相对误差仅为1.56%;结果表明,橄榄油挥发性成分保留指数与8种分子结构参数之间具有良好的非线性关系,—C、—C—、—C等基团片段是影响橄榄油挥发性香气成分保留指数大小的主要因素。 展开更多
关键词 橄榄油 挥发性香气成分 色谱保留指数 分子结构参数 神经网络 定量结构-保留相关
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基于图神经网络的药物-靶标相互作用预测研究 被引量:2
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作者 王红梅 郭真俊 张丽杰 《长春工业大学学报》 CAS 2021年第4期318-325,共8页
阐述基于图神经网络的药物-靶标相互作用预测问题的主要变体,并对各种变体的方法进行深入梳理与分析,对常用数据集进行整理与分析,最后对药物-靶标相互作用预测进行总结与展望。
关键词 图神经网络 药物-靶标相互作用预测 数据集
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基于网络药理学和UPLC-MS/MS探讨消石利胆丸治疗胆石症的作用机制
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作者 袁明洋 付锦洲 +3 位作者 黄中强 严红梅 张义生 李娟 《药物流行病学杂志》 CAS 2024年第9期1006-1016,共11页
目的利用超高效液相色谱-串联质谱(UPLC-MS/MS)分析消石利胆丸的化学成分,结合网络药理学和分子对接技术探讨消石利胆丸治疗胆石症的作用机制。方法通过UPLC-MS/MS分析和对照品比对,分析消石利胆丸的药效成分;通过检索中药系统药理数据... 目的利用超高效液相色谱-串联质谱(UPLC-MS/MS)分析消石利胆丸的化学成分,结合网络药理学和分子对接技术探讨消石利胆丸治疗胆石症的作用机制。方法通过UPLC-MS/MS分析和对照品比对,分析消石利胆丸的药效成分;通过检索中药系统药理数据库与分析平台(TCMSP)、中医百科全书(ETCM)数据库获得成分的潜在作用靶点,应用DisGeNET数据库挖掘胆石症相关疾病靶点,两者交集得到潜在作用靶点并导入String数据库,建立靶点的蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络,应用Cytoscape3.9.1构建“药物-成分-靶点”网络;对核心靶标进行GO和KEGG富集分析,最后选取活性强度前5位的化合物作为配体与筛选后的疾病靶点基因进行分子对接,并通过RAW264.7细胞验证抗炎活性,RT-PCR法检测肿瘤坏死因子α(TNF-α)等炎症因子mRNA表达情况。结果UPLC-MS/MS筛选出消石利胆丸中30个化合物,其中汉黄芩素、槲皮素、黄芩素、木犀草素-7-O-葡萄糖醛酸苷、大黄素为消石利胆丸的关键成分。网络药理学筛选得到与胆石症相关靶点107个,其中血清白蛋白、细胞肿瘤抗原p53、雌激素受体、TNF、胰岛素为其核心靶点。GO分析表明作用于炎症反应、类固醇结合等,KEGG主要涉及脂质和动脉粥样硬化、TNF信号通路等。分子对接分析和体外抗炎活性筛选显示消石利胆丸通过黄芩素、槲皮素、大黄素等成分调控TNF等相关炎症因子抑制一氧化氮的生成,具有一定的抗炎活性。结论消石利胆丸通过黄芩素等成分调控TNF等相关通路抑制炎症反应,从而起到治疗胆石症的效果。 展开更多
关键词 消石利胆丸 胆石症 化学成分 超高效液相色谱-串联质谱 网络药理学
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基于基因-疾病网络的重叠社区发现算法研究
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作者 戴彩艳 何菊 +1 位作者 胡孔法 丁有伟 《医学信息学杂志》 CAS 2018年第10期63-68,共6页
介绍基因-疾病网络以及社区挖掘方法的基本概念,阐述基于基因-疾病网络的重叠社区发现交叉迭代方法过程及框架并进行实验验证,揭示基因-疾病之间存在的关系,为生物学和临床医学的诊断以及药物开发等方面提供理论指导。
关键词 基因-疾病网络 社团结构 交叉迭代算法 重叠社区
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基于UPLC-Q-TOF-MS/MS技术和网络药理学探究竹叶青酒缓解急性肝损伤作用机理
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作者 涂慕鑫 孟亦浩 +4 位作者 王庆亮 张鑫 杨晨 江涛 田俊生 《中国酿造》 CAS 北大核心 2024年第10期56-64,共9页
该研究首先采用中药系统药理学数据库(TCMSP)结合超高效液相色谱-四极杆-飞行时间-串联质谱(UPLC-Q-TOF-MS/MS)技术对竹叶青酒中潜在的功效成分进行筛选与检测,然后采用网络药理学预测成分及疾病靶点,并通过DAVID数据库对共有靶点进行... 该研究首先采用中药系统药理学数据库(TCMSP)结合超高效液相色谱-四极杆-飞行时间-串联质谱(UPLC-Q-TOF-MS/MS)技术对竹叶青酒中潜在的功效成分进行筛选与检测,然后采用网络药理学预测成分及疾病靶点,并通过DAVID数据库对共有靶点进行基因本体(GO)功能注释及京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析,进而构建“功效成分-潜在靶点-作用通路”网络以筛选关键功效成分与作用通路。最后,通过分子对接技术,对核心潜在靶点和关键功效成分进行分子对接以验证网络分析预测结果。结果表明,从竹叶青酒中共获得113个潜在活性成分。竹叶青酒可能以柚皮素、京尼平、金合欢素、山奈酚、川陈皮素、苜蓿素为关键功效成分,作用于磷脂酰肌醇3-激酶/蛋白激酶B(PI3K-AKT)、Toll样受体(TLRs)等信号通路上的RAC-α丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶1(AKT1)、JUN原癌基因(JUN)、信号转导和转录激活因子3(STAT3)等靶点,发挥缓解急性肝损伤的作用。 展开更多
关键词 竹叶青酒 网络药理学 超高效液相色谱-四极杆-飞行时间-串联质谱 急性肝损伤 功效成分 分子对接
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基于UHPLC-QE-MS技术和网络药理学研究四妙散治疗膝骨关节的药效物质基础及作用机制
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作者 伍搏宇 熊辉 +2 位作者 杨雷 卢国樑 王海彬 《中医药导报》 2024年第11期15-21,共7页
目的:分析并鉴定四妙散的化学成分和入血成分,预测其治疗膝骨关节炎(KOA)的药效物质基础和作用机制。方法:采用超高效液相色谱-四级杆-静电场轨道阱质谱联用(UHPLC-QE-MS)技术鉴定四妙散的化学成分及入血成分。根据入血成分进行网络药... 目的:分析并鉴定四妙散的化学成分和入血成分,预测其治疗膝骨关节炎(KOA)的药效物质基础和作用机制。方法:采用超高效液相色谱-四级杆-静电场轨道阱质谱联用(UHPLC-QE-MS)技术鉴定四妙散的化学成分及入血成分。根据入血成分进行网络药理学分析,并对核心成分和关键靶点进行分子对接验证。结果:从四妙散水煎剂中共鉴定出354个化学成分。通过比较四妙散水煎剂、空白血清及含药血清样本数据,鉴定出21个入血成分,主要包括黄酮类、萜类、苯丙素类、生物碱类等成分。网络药理学结果表明,四妙散入血成分可能通过调节AKT1、ALB、TNF、EGFR、JUN、SRC、MAPK3等关键靶点,调控PI3K/AKT、Ras、TNF等信号通路发挥治疗KOA效应。分子对接结果显示,四妙散核心入血成分与关键靶点之间具有较好的结合活性。结论:四妙散中黄酮类等入血成分可能通过作用于AKT1等关键靶点,调控PI3K/AKT等关键通路进而发挥治疗KOA效应。 展开更多
关键词 膝骨关节炎 四妙散 入血成分 药效物质基础 作用机制 超高效液相色谱-四级杆-静电场轨道阱质谱联用技术 网络药理学 分子对接
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基于网络药理学方法分析“龟板-鹿角”药对活性成分治疗骨质疏松症的分子机制 被引量:12
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作者 李绍烁 顾一丹 +3 位作者 尹恒 郭杨 马勇 王建伟 《中国组织工程研究》 CAS 北大核心 2020年第35期5668-5674,共7页
背景:“龟板-鹿角”药对是治疗骨质疏松症的经典中药配伍方式,临床被广泛应用,但其药理学分子作用机制目前尚不明确。目的:基于网络药理学方法,探讨经典补肾中药药对“龟板-鹿角”治疗骨质疏松症的分子作用机制。方法:从BATMAN-TCM、TCM... 背景:“龟板-鹿角”药对是治疗骨质疏松症的经典中药配伍方式,临床被广泛应用,但其药理学分子作用机制目前尚不明确。目的:基于网络药理学方法,探讨经典补肾中药药对“龟板-鹿角”治疗骨质疏松症的分子作用机制。方法:从BATMAN-TCM、TCM-MESH、化学专业数据库及手工检索文献获取“龟板-鹿角”药对的活性成分及治疗作用靶点。从毒理组学比较数据库、人类基因数据库获取药物治疗骨质疏松症作用靶点,与“龟板-鹿角”作用靶点取交集确定治疗作用靶标基因。通过STRING网站构建靶标基因间蛋白互作网络关系;采用Cytoscape软件构建药对-活性成分-靶标基因网络、核心靶标基因互作网络;借助DAVID、KOBAS等在线工具对靶标基因进行基因本体论及通路富集分析,筛选具有统计学差异的过程或通路(P<0.05);通过SwissDock进行核心基因与活性成分分子对接验证。结果与结论:①检索筛选得到“龟板-鹿角”药对含天冬氨酸、苯丙氨酸等21个有效活性成分,对应183个骨质疏松症治疗靶标基因,药对、活性成分、靶标基因形成紧密联系的互作网络关系;②筛选出INS、ALB、TNF等10个核心基因,靶标基因主要富集于衰老、药物反应等66个基因本体论过程,缺氧诱导因子1、卵巢类固醇生成等27个信号通路;③靶标基因INS与丙氨酸、雄激素,ALB与丙氨酸等获得了较高的分子对接评分,亲和力较好;④结果表明,“龟板-鹿角”药对的活性成分及其治疗骨质疏松症作用靶标基因存在复杂网络关系,靶标基因富集于多个联系密切且复杂的信号通路,涉及细胞增殖分化凋亡、炎症反应、性激素调控等多层次以调节骨修复重建的动态平衡,值得继续深入研究发展。 展开更多
关键词 网络药理学 “龟板-鹿角”药对 骨质疏松症 靶标基因 分子机制
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基于网络药理学研究麻黄-桂枝药对治疗支气管炎的关键成分及协同作用机制 被引量:14
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作者 倪清华 李春晖 +4 位作者 杨具洁 李强 孙继佳 都广礼 董志颖 《中成药》 CAS CSCD 北大核心 2021年第1期246-254,共9页
目的基于网络药理学研究麻黄-桂枝药对治疗支气管炎的关键成分及协同作用机制。方法利用TCMSP、PubChem数据库收集整理麻黄、桂枝的主要化学成分,通过ACD/Labs软件对其进行ADMET筛选,将筛选所得活性成分导入SEA和HitPick在线系统进行靶... 目的基于网络药理学研究麻黄-桂枝药对治疗支气管炎的关键成分及协同作用机制。方法利用TCMSP、PubChem数据库收集整理麻黄、桂枝的主要化学成分,通过ACD/Labs软件对其进行ADMET筛选,将筛选所得活性成分导入SEA和HitPick在线系统进行靶点预测。从DisGeNET、GeneCards和OMIM搜索与支气管炎相关的疾病基因,并对潜在靶点进行识别。利用STRING及Cytoscape软件构建靶点蛋白的PPI网络,对靶点基因进行GO功能与KEGG通路的富集分析。利用SCP算法进行药对成分优化,通过网络扰动分析挖掘药对中协同治疗的有效成分组合,应用AutoDock Vina软件进行分子对接验证。结果通过ADMET筛选出麻黄、桂枝治疗支气管炎的110种主要成分,识别到对应的85个作用靶点。通过PPI网络构建及模块分析,发现了麻黄、桂枝所调控的2个核心子模块。GO功能富集显示,麻黄、桂枝涉及33个主要生物功能,KEGG富集到18个相关的通路。从110种主要成分中优化得到覆盖85个靶点的22个核心成分集,发现麻黄中的7种成分与桂枝中6种成分之间存在着一定的协同组合效应。结论麻黄与桂枝配伍用药在支气管炎相关疾病的治疗方面体现了中药多成分、多靶点、多途径的特点,本研究深入有效地从中药复方中挖掘关键核心成分,并揭示成分之间的协同机制,为阐释麻黄与桂枝协同治疗支气管炎疾病的作用机制与临床应用提供科学依据。 展开更多
关键词 麻黄-桂枝药对 支气管炎 关键成分 协同作用机制 网络药理学
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基于网络药理学和分子对接技术探讨黄芪-紫苏子配伍治疗慢性阻塞性肺疾病的作用机制 被引量:19
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作者 韩晓晓 赵迪 +2 位作者 刘学芳 董浩然 冯素香 《世界科学技术-中医药现代化》 CSCD 北大核心 2021年第9期3147-3159,共13页
目的采用网络药理学和分子对接技术研究黄芪-紫苏子配伍治疗慢性阻塞性肺疾病(COPD)的主要化学成分、可能的作用靶点以及相关信号通路,探讨其多成分-多靶点-多通路的潜在作用机制。方法通过TCMSP数据库检索黄芪-紫苏子的化学成分;运用Pu... 目的采用网络药理学和分子对接技术研究黄芪-紫苏子配伍治疗慢性阻塞性肺疾病(COPD)的主要化学成分、可能的作用靶点以及相关信号通路,探讨其多成分-多靶点-多通路的潜在作用机制。方法通过TCMSP数据库检索黄芪-紫苏子的化学成分;运用PubChem数据库和Swiss Target Prediction数据库筛选其潜在靶点;借助GeneCards数据库检索COPD相关靶点,与黄芪-紫苏子化合物靶点进行交集筛选出共同靶点作为研究靶点;使用Cytoscape3.2.1软件构建"中药-化学成分-靶点-疾病"网络;将上述共同靶点导入String数据库获取数据后在Cytoscape3.2.1软件中构建蛋白质-蛋白质相互作用网络(protein-protein interaction,PPI),然后进行核心靶点筛选;利用Metascape数据库进行GO和KEGG通路富集分析;使用RCSB PDB数据库、Pymol和Autodock Vina软件进行分子对接;采用A549细胞进行体外活性实验评价槲皮素和异鼠李素的抗炎作用,验证网络药理学及分子对接结果的科学准确性。结果黄芪-紫苏子的"中药-化学成分-靶点-疾病"网络包含34个化学成分和74个治疗COPD的潜在靶点,其核心化学成分主要为黄酮类化合物;另PPI网络中核心靶点主要涉及ALB、TP53、AKT1等;GO功能富集得到GOBP条目1841条,GOCC条目109条,GOMF条目105条;KEGG通路富集筛选得到130条信号通路,其中靶点在AGE-RAGE信号通路、PI3K-AKT信号通路和HIF-1信号通路等富集较为集中。分子对接结果显示,黄芪和紫苏子的核心化合物中的黄芪异黄烷苷、木犀草素、槲皮素以及异鼠李素等黄酮类成分对ALB具有较高亲和力。体外活性验证中槲皮素和异鼠李素具有显著的抗炎活性。结论黄芪-紫苏子配伍可通过多成分、多靶点和多通路调控炎症因子释放,达到治疗COPD的效果,为其分子机制研究奠定一定的基础。 展开更多
关键词 黄芪-紫苏子 慢性阻塞性肺疾病 网络药理学 分子对接 抗炎活性验证 作用机制
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基于UPLC-Q-TOF-MS技术及网络药理学方法探讨六味地黄丸入脑成分改善D-gal模型大鼠学习记忆能力的作用机制 被引量:6
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作者 邱琦 徐艳明 +5 位作者 薛傲 王业秋 孙琪 薛慧 徐红丹 张宁 《中国医院用药评价与分析》 2022年第11期1294-1301,1305,共9页
目的:应用超高效液相色谱-四极杆-飞行时间质谱(UPLC-Q-TOF-MS)技术分析六味地黄丸的入脑成分,结合网络药理学及体外验证实验探讨该成分改善D-半乳糖(D-gal)模型大鼠学习记忆能力的核心靶点、关键通路等潜在作用机制。方法:皮下注射D-... 目的:应用超高效液相色谱-四极杆-飞行时间质谱(UPLC-Q-TOF-MS)技术分析六味地黄丸的入脑成分,结合网络药理学及体外验证实验探讨该成分改善D-半乳糖(D-gal)模型大鼠学习记忆能力的核心靶点、关键通路等潜在作用机制。方法:皮下注射D-半乳糖250 mg/(kg·d)构建模型。实验分为空白组、模型组和给药组[六味地黄丸,1.62 g/(kg·d)]。应用新物体识别、Morris水迷宫2种行为学实验评估各组大鼠学习记忆能力;采用苏木精-伊红(HE)染色观察各组大鼠海马神经元形态;通过UPLC-Q-TOF-MS技术对空白大鼠脑脊液样品及六味地黄丸给药后的大鼠脑脊液样品进行化学成分快速识别及鉴定,确定六味地黄丸原型入脑成分;通过中药系统药理学数据库与分析平台、Swiss Target Prediction等数据库预测六味地黄丸入脑成分作用的潜在靶点,通过治疗靶点数据库、GeneCards等数据库筛选阿尔茨海默病(AD)相关疾病靶点,取药物成分靶点与疾病靶点交集绘制韦恩图,通过STRING构建蛋白质-蛋白质相互作用网络模型,使用Cytoscape 3.7.2软件构建六味地黄丸“入脑成分-靶点-AD”网络关系图,通过Metascape数据库对交集靶点进行基因本体(GO)功能富集分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析,分析关键通路。通过体外细胞实验,检测六味地黄丸脑脊液对D-gal损伤PC12细胞增殖率及β淀粉样蛋白(Aβ)、活性氧(ROS)、白细胞介素6(IL-6)、5-羟色胺(5-HT)和多巴胺(DA)水平的影响。结果:六味地黄丸可显著上调模型组大鼠新物体识别指数、穿越平台次数和靶象限停留时间,显著缩短定位潜伏期,差异均有极显著统计学意义(P<0.01),并恢复海马神经元形态。通过数据分析,六味地黄丸给药后在大鼠脑脊液中发现7个原型入脑成分,分别为莫诺苷、(-)-奎宁酸、阿魏酸、芍药苷、泛酸、5-羟甲基糠醛和尿苷。通过网络药理学筛选六味地黄丸入脑成分潜在作用靶点102个,与AD共同靶点47个,获得44条GO信号通路和14条KEGG信号通路,与Aβ沉积、Tau蛋白磷酸化、氧化应激、炎症反应、能量代谢及神经递质水平密切相关。体外细胞实验结果显示,六味地黄丸脑脊液可显著升高D-gal损伤PC12细胞增殖率,5-HT、DA水平,显著降低Aβ、ROS和IL-6水平,差异均有极显著统计学意义(P<0.01)。结论:六味地黄丸对D-gal模型大鼠的学习记忆能力具有改善作用,可能是六味地黄丸入脑成分通过抑制Aβ沉积、Tau蛋白磷酸化和氧化应激,抗炎、改善能量代谢障碍及调节神经递质水平来实现的。 展开更多
关键词 六味地黄丸 阿尔茨海默病 超高效液相色谱-四极杆-飞行时间质谱 入脑成分 网络药理学
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基于网络药理学和分子对接探讨黄芪-白术治疗慢性阻塞性肺疾病的作用机制 被引量:15
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作者 朱泓锦 王佩阳 +3 位作者 田燕歌 万焱 刘学芳 冯素香 《世界科学技术-中医药现代化》 CSCD 北大核心 2021年第7期2206-2215,共10页
目的运用网络药理学和分子对接技术探究黄芪-白术配伍治疗慢性阻塞性肺疾病的作用机制和药效物质。方法运用中药系统药理学分析平台(TCMSP)和GeneCards数据库,进行黄芪-白术药物成分和疾病所作用靶点收集,处理构建出化学成分-疾病靶标,... 目的运用网络药理学和分子对接技术探究黄芪-白术配伍治疗慢性阻塞性肺疾病的作用机制和药效物质。方法运用中药系统药理学分析平台(TCMSP)和GeneCards数据库,进行黄芪-白术药物成分和疾病所作用靶点收集,处理构建出化学成分-疾病靶标,筛选核心靶标。借助Metascape数据库进行GO注释和KEGG通路富集分析,将靶标映射至对应生物学信号通路,构建黄芪白术-化学成分、化学成分-核心靶点-COPD疾病等多层次网络关联图,筛选出药物活性成分和核心靶点。利用分子对接技术分析活性成分和核心靶点的相互作用关系,并采取体外抗炎活性实验进行验证。结果搜集到黄芪-白术中关键活性物质6个,潜在治疗COPD靶标131个,筛选出核心靶标16个。通过KEGG分析主要通过癌症信号通路(Pathways in cancer)、MAPK信号通路(MAPK signaling pathway),IL-17信号通路(IL-17 signaling pathway)通路发挥药效作用。分子对接结果显示,槲皮素、山奈酚、异鼠李素、8β-乙氧基苍术内酯Ⅲ、7-O-甲基异丁香酚等活性物质与COPD关键靶点之间具有较高的结合活性。体外抗炎活性验证槲皮素与山奈酚具有较好抗炎效果。结论本研究运用网络药理学和分子对接技术预测黄芪-白术治疗COPD作用机制,初步揭示了黄芪-白术配伍通过抑制炎症反应、调节上皮细胞生长增强保护屏障、抑制肿瘤血管生成等作用而发挥防治COPD的作用。研究结果预测了黄芪-白术配伍治疗COPD多基因和多途径的调节作用,可为临床合理用药及作用机制的研究提供参考。 展开更多
关键词 黄芪-白术 慢性阻塞性肺疾病 网络药理学 分子对接 作用机制
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基于UHPLC-LTQ-Orbitrap MS n和分子网络技术快速鉴定灯盏细辛注射液的化学成分 被引量:10
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作者 张雨婷 王春国 +8 位作者 邓欣祺 闫兴丽 刘窈玉 兰宇 王宇航 王家平 金重先 石晋丽 张硕峰 《质谱学报》 EI CAS CSCD 北大核心 2022年第3期287-299,共13页
本研究建立了一种基于超高效液相色谱-线性离子阱/静电场轨道阱组合式高分辨质谱(UHPLC-LTQ-Orbitrap MS)技术及分子网络技术联合应用的快速分析方法鉴定灯盏细辛注射液的化学成分。采用UPLC BEH C18色谱柱(2.1 mm×50 mm×1.7... 本研究建立了一种基于超高效液相色谱-线性离子阱/静电场轨道阱组合式高分辨质谱(UHPLC-LTQ-Orbitrap MS)技术及分子网络技术联合应用的快速分析方法鉴定灯盏细辛注射液的化学成分。采用UPLC BEH C18色谱柱(2.1 mm×50 mm×1.7μm),以乙腈-0.1%甲酸水溶液为流动相进行梯度洗脱。在正、负离子模式下,采集LTQ-Orbitrap MS数据,根据MS/MS碎裂模式的相似性创建GNPS分子网络,运用Cytoscape 3.6.1软件筛选结构相似的分子簇。根据碎片结构的相似性,化合物被聚为咖啡酰酯衍生物和黄酮类2大类别。最后,根据保留时间、高分辨质谱精确分子质量和MS ^(n)碎片等信息鉴定灯盏细辛注射液的化学成分。通过对主要类别化合物进行鉴定,在灯盏细辛注射液中共快速筛查到84种化学成分,其中49种成分为首次鉴定。该方法可为灯盏细辛注射液的质量控制、药效学研究提供参考。 展开更多
关键词 灯盏细辛注射液 超高效液相色谱-线性离子阱/静电场轨道阱组合式高分辨质谱(UPLC-LTQ-Orbitrap MS) 分子网络 特征成分 多级碎片
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