基于水稻内含子长度多态性开发禾本科扩增共有序列遗传标记

通过在多态位点两侧的保守编码序列上设计引物,可以开发出在不同物种间通用的基于PCR的分子标记,称为扩增共有序列遗传标记(ACGM)。【目的】探讨利用已公布的水稻籼、粳两亚种的基因组序列开发禾本科ACGM的可行性。【方法】根据水稻两亚种间的内含子长度多态性,开发了38对ACGM引物。用这些引物对玉米、粟、大麦、小麦、竹子、旱稗草和大米草6个属共12个不同材料进行PCR实验。【结果】几乎所有引物都可在至少1种材料中扩增出特异条带,而1/3以上的引物可以在全部供试材料中获得特异扩增产物。在每一种供试材料中,平均大约有2/3的引物可以成功扩增出目的条带。这些引物在各属内不同种、亚种或品种(系)之间的多态性比例在24.1%～90.3%之间,平均为44.6%。【结论】利用水稻基因组序列信息开发禾本科通用型ACGM是可行的。

相关序列扩增多态性(SRAP)一种新的分子标记技术

SRAP是一种新的DNA分子标记,具有简便、稳定、中等产率和容易得到选择条带序列的特点。SRAP是一种基于PCR技术的新的分子标记技术,其利用独特的引物设计对ORFs进行扩增,上游引物长17bp,对外显子进行特异扩增,下游引物长18bp,对内含子区域、启动子区域进行特异扩增,因个体不同以及物种的内含子、启动子与间隔长度不等而产生多态性。扩增产物用变性的聚丙烯酰胺凝胶分离,然后用放射自显影检测。本文在阐述SRAP的原理和流程后,详细论述了SRAP标记目前在植物遗传图谱构建、遗传多样性、基因定位、比较基因组学、杂种优势预测等方面的研究进展及应用前景。

用扩增片段的长度多态性分子标记探讨盾叶薯蓣的遗传多样性

用扩增片段的长度多态性(amplified fragment length polymorphism,AFLP)标记分析研究了中国5个盾叶薯蓣居群30个个体的遗传多样性。筛选出9对AFLP引物,从中检测到14698条清晰可见的条带,其中多态性带12628条,多态性比率85.92%。Shannon信息指数(I)为0.3656±0.1721,物种水平的Nei基因多样性(H)为0.2322±0.2200。遗传变异分析表明,物种水平的遗传分化系数Gst为0.4827,说明其群体间存在一定的遗传分化,居群间的基因流Nm为0.5358,居群间遗传交换较小。聚类分析结果显示5个居群盾叶薯蓣有较为丰富的遗传变异,且与地理分布有相关性。

一株酿酒酵母的特征区域序列扩增标记

以23株不同来源的酿酒酵母为研究对象,分别提取基因组DNA,试用50条随机引物对其进行随机扩增多态性DNA分析,筛选到两条具有菌株鉴别能力的随机引物。P09可以从2.412,ST—01,SK—26,ZD—01四株酿酒酵母基因组DNA中扩增出长度为433bp的Sc—433片断Sc—433;P46可以从2.1882,ST—01,NJ—02三株酿酒酵母基因组DNA中扩增出长度为665bp的Sc—665片断,其中仅有目的菌株ST—01能稳定的扩增出这2个标记。把这2个片断分别克隆到pUCmT质粒载体中,经过酶切鉴定后测序,根据序列设计特异性引物,把RAPD标记转化为特征区域序列扩增标记,为酿酒酵母菌株的分子鉴别提供了新的借鉴。

基于随机扩增多态DNA的序列特异性扩增标记法对乌苏里貉食毛症的分析

貉（Nyctereutes）在动物分类上属食肉目（Carnivora）,犬科（Canidae）,貉属（Nyctereutes genus）,别名貉子,是珍贵的毛皮动物。其皮是制做皮大衣、皮领、皮帽的高级原料。食毛症是笼养貉的常见病,该病导致貉被毛粗乱,轻者造成针毛、底绒参差不齐,尾根裸露;严重者皮肤外露,甚至出血、

ABI310遗传分析仪自动检测多重聚合酶链反应扩增短串联重复序列产物及数据分析的应用特征

背景:以往聚合酶链反应产物检测多采用EB染色、银染色等技术,由于肉眼观察容易产生误差,尤其对片段长度差距较小、谱带位置相距较近的电泳图谱分析更加困难。目的:通过ABI310遗传分析仪检测多重聚合酶链反应扩增短串联重复序列产物,评价其数据分析的准确性。设计、时间及地点:2003-09/2004-01在四川农业大学分子遗传实验室完成。材料:凉山半细毛羊20只,取耳组织。方法:采用多重重聚合酶链反应扩增凉山半细毛羊基因组上的Y染色体上SRY,MCM158,MAF45和X染色体上MILVET09,AE25序列后,进行ABI310遗传分析仪检测。主要观察指标:5个基因座的基因型和片断大小。结果:通过ABI310遗传分析仪检测准确获得5个基因座的全自动分型结果和片断大小。结论:ABI310遗传分析仪检测多重聚合酶链反应扩增短串联重复序列产物,得到的数据准确可靠。

荧光标记引物复合扩增短串联重复序列技术用于异基因造血干细胞移植植活测定

目的 探讨荧光标记引物复合扩增短串联重复序列技术(fm PCR -STR)在分析异基因造血干细胞移植(allo- SCT)后植活状态中的作用。方法 用fm -PCR- STR技术对 15例allo SCT患者的 15个STR位点和 1个性别位点 (牙釉蛋白基因 )进行分析。结果 12例(5例接受HLA全相合allo- SCT和 7例接受HLA半相合allo SCT)的受者移植后均持续表达完全供者型。1例HLA全相合allo -SCT和 1例HLA半相合allo -SCT在fm PCR -STR动态观察中早期均表现为完全供者型,分别于+82d和 +381d转为嵌合型。1例HLA半相合首次移植+31d表达完全受者型(反映移植失败),再次移植+29d表达完全供者型。结论 fm -PCR- STR可敏感且精确地分析allo SCT后移植物植活状态,亦可作为白血病复发的监控手段。

扩增片段长度多态性（AFLP）分子标记技术在鱼类遗传学研究中的应用

随着扩增片段长度多态性分子标记技术的不断改进和深入研究，在鱼类遗传学研究中将会得到更广泛的应用，主要表现在以下几个方面：

海带栽培品系和长海带ITS区的PCR扩增及序列分析

对遗传背景清晰且具有显著表型差异的海带6个栽培品系(CUL002,CUL860,CUL1170,CUL017,CUL018,CUL901)和长海带(L.longissia)的ITS区进行了PCR扩增和序列测定,并分析了8个种17个品系(其中7种共10株从GenBank中获得)海带之间的系统进化关系.结果表明:表型各异的6个海带栽培品系ITS区差别很小,其中ITS1+5.8 S rDNA序列完全相同,部分品系间ITS2序列有个别碱基差异;进化树显示与日本海带(L.japonica,AF319018)聚在一起,相似性大于98%,其中CUL901、CUL860和CUL1170的ITS序列完全相同.长海带(L. longissia)的ITS+5.8 S rDNA和日本海带(L.japonica,AF319018)的完全相同.以Undaria peterseniana为外类群,根据ITS+5.8 S rDNA序列构建进化树,6栽培品系及长海带与日本海带聚在一起;17株海带基本构成两个大的进化枝.研究结果揭示了我国海域栽培的长海带可能与日本海带(L.japonica,AF319018)为同一个种.

甘蔗单花粉全基因组扩增(WGA)与SCoT分子标记研究

从一个完整的甘蔗花粉囊中分离出单个花粉粒．利用特制取样器进行收集，采用碱裂解法释放单花粉DNA．裂解液可以直接作为WGA模板进行全基因组扩增．制备出单个花粉粒大量DNA。通过5SrRNA—ITS鉴定WGA产物真实性．并以目标起始密码子多态性标记对真实的WGA产物进行分析，显示出丰富的多态性。利用NTSYSpc软件分析花粉粒间遗传距离，并进行聚类分析，显示单花粉间遗传距离变幅为0．0888-0．3654，在相似系数0．187处．受试花粉粒中的36个明显分为2组．占总数的69％。说明减数分裂染色体重组过程中，有一定比例的基因位点为多数花粉粒所共有。根据SCoT标记聚类图可将所有供试花粉分为4大类．不同类花粉粒的分布具有一定的规律性．

银染端粒重复序列扩增法检测肺癌端粒酶活性

目的 评价端粒酶能否作为肺癌诊断的一个肿瘤标志物。方法 采用改良的银染端粒重复序列扩增法 (TRAP)检测 34例人肺癌手术标本 (包括癌组织、相应癌旁组织与正常组织标本各 34份 ,2 8个相应淋巴结 )的端粒酶活性。另有肺囊肿、肺炎性假瘤各 3例作为对照。结果 88.3% (30 / 34 )的肺癌癌组织端粒酶阳性 ,正常组织全部阴性。结论 端粒酶可以作为肺癌诊断的一个肿瘤标志物 ,改良的银染TRAP法成本低、污染少 。

24个Y-STR基因座荧光标记复合扩增体系的建立

目的 构建包含24个Y-STR基因座的荧光标记复合扩增体系.方法 选择DYS531、DYS630、DYS622、DYS552、DYS510、DYS449、DYS459a/b、DYS446、DYS443、DYS635、DYS587、DYS527a/b、DYS460、Y-GATA-A10、DYS520、DYS557、DYS522、DYS481、DYS570、DYS385a/b、DYS44424个Y-STR基因座,构建荧光复合扩增体系.检测该体系的特异性、同一性、灵敏度、扩增均衡性、抗干扰性和准确性,调查其在广东地区人群的基因多样性.结果 建立的复合扩增体系在检测的非人类及女性样本中未发现谱带,同一个体不同组织检测结果一致,0.1 ng以上标准品9948可检测获得完整分型结果.常见抑制物中体系内加入120~200μmol/L血红素、1.5~2.0 mmol/L钙离子时出现等位基因丢失,对靛蓝、腐殖酸、EDTA具有较强抗干扰性.通过146例无关个体与Yfiler系统平行检测比对,24 Y-STR检测体系分型准确.广东地区人群单倍型多样性（HD）为0.99972,优于Yfiler系统（HD=0.99858）.结论 本研究建立的24个Y-STR基因座荧光标记复合扩增体系法医学应用前景广阔,可用于案件检验、亲权鉴定与Y-STR数据库建设.

荧光标记复合扩增毛细管电泳法在SNP分型中的应用

目的采用荧光标记复合扩增毛细管电泳法,对辽南地区汉族人群13个SNP进行等位基因频率调查,并评价其法医学应用价值。方法选择13个双等位基因SNP,应用荧光标记片段长度差异等位基因特异性复合扩增SNP分型方法,对辽南地区汉族人群进行群体调查。结果每个SNP纯合子为单一产物峰,杂合子则为长度不同的两个产物峰。不同位点扩增产物长度不同,根据产物长度和产物峰数量进行SNP分型,其结果与直接测序完全一致。同时获得辽南地区汉族人群13个SNP等位基因频率。结论采用荧光标记复合扩增毛细管电泳法进行SNP分型,方法简单实用,在法医学个人识别领域具有较高的应用。

扩增片段长度多态性技术在动物遗传多样性研究中的应用

扩增片段长度多态性(AFLP)是一种有效的分子遗传标记方法,具有快速、经济、简便、模板需要量少、重复性高、结果可靠等优点。目前AFLP在动物方面的应用还不是很多,处于初级阶段,主要用于鉴定分类关系、种群遗传多样性分析、遗传连锁图谱构建等方面。

扩增片段长度多态性(AFLP)在动物遗传育种中的应用进展

AFLP是一种新的分子遗传标记技术,它结合了RFLP和PCR技术的优点,具有RFLP的稳定性和PCR的高效性,被称为"最有威力的分子遗传标记"或"下一代分子标记"。相对于国外而言,我国在这方面的研究还比较少。本文综述了扩增片段长度多态性(AFLP)这种遗传标记的原理、技术特点、技术发展及其在动物遗传多样性、种质鉴定、遗传图谱构建、基因定位和标记辅助育种等研究中的应用。

荧光复合扩增调查北方汉族6个STR基因座遗传多态性

目的荧光复合扩增调查D9S925,D11S2368,D14S608,D15S659,D17S1290,D20S470等6个非CODIS系统STR基因座在北方汉族群体的遗传多态性。方法根据GeneBank资料合成D9S925、D11S2368,D14S608,D17S1290,D20S470基因座引物,自行设计D15S659引物,对北方汉族350个无关个体DNA进行荧光复合PCR扩增,3130型基因分析仪电泳分析,GeneMapper3.2分析等因位基因片段大小,测序后对等位基因命名。结果6个STR基因座在北方汉族基因型频率分布符合Hardy-Weinberg平衡(P>0.05),多态性信息含量在0.750～0.860之间,杂合度在0.763～0.878之间,个体识别力在0.915～0.969之间,非父排除率分别在0.533～0.750之间,累积非父排除率分别为0.9979,累积个体识别能力为0.99999998。结论这6个STR基因座在北方汉族群体中等位基因频率分布均匀,多态性好,对群体遗传学研究和进行法医学应用具有重要意义,可以作为现有商品化试剂的有益STR补充。

生物素标记的甲基化间区位点扩增技术分辨不同组织DNA甲基化水平方法初探

DNA甲基化是重要的表观遗传修饰之一。在哺乳动物细胞中,DNA甲基化参与基因表达和染色质结构的调控,与多种癌症的发生发展相关。DNA甲基化在胚胎发育早期、个体生长发育及多种疾病的发生发展过程中起着重要的作用,是当前表观遗传研究领域的热点之一。