扩增区域对鲊广椒细菌MiSeq测序的影响

在使用引物27F/338R、338F/806R和515F/907R分别对细菌16S rRNA基因的V_1～V_2区、V_3～V_4区和V_4～V_5区进行扩增的基础上,采用MiSeq高通量测序评价扩增区域对鲊广椒细菌多样性分析结果的影响。结果发现,扩增16S rRNA基因V_4～V_5区的非特异性序列所占比例显著偏低(P<0.05),而扩增V_1～V_2区样品细菌的Chao 1指数显著偏高(P<0.05)。虽然扩增16S rRNA基因的V_3～V_4区会导致Cyanobacteria(蓝细菌门)和Pediococcus(小球菌)相对含量显著偏高(P<0.05),但不同扩增区域扩增出的同一样品其微生物群落结构无显著差异(P>0.05)。在对鲊广椒细菌多样性进行解析时,建议选择引物515F/907R扩增16S rRNA基因的V_4～V_5区。

川木通的随机扩增多态性DNA与序列特征性扩增区域标记研究

目的采用随机扩增多态性DNA(random amplified polymorphic DNA,RAPD)法建立川木通的分子鉴定方法,为川木通的快速鉴定奠定基础。方法从100对随机引物中筛选出5对多态性丰富的RAPD引物进行川木通10个种的扩增分析,最终得到C13为阳性序列特征性扩增区域(sequence characterized amplified regions,SCAR)标记。结果阳性SCAR标记均可以进行川木通原植物与药材的分子鉴定引物,C13可以鉴定上述2种药典品种和商品主流品种(粗齿铁线莲、钝萼铁线莲)。结论 RAPD法简便易行,为亲缘关系较近的多基原药材的鉴定提供了一种新方法。

基于序列特异扩增区域标记的栗疫菌巢式PCR检测技术

为建立栗疫菌(Cryphonectria parasitica)快速、准确的检测技术,利用随机扩增多态性DNA技术(random amplified polymorphic DNA,RAPD)对不同来源地的栗疫菌和其他真菌分离物进行PCR扩增,筛选出栗疫菌的RAPD特异片段SCQ494。将特异RAPD片段SCQ494进行分离、回收,与载体pMD19-T载体连接,转化至大肠埃希菌进行培养,对目标片段克隆测序。根据测序结果,用Primer 5.0软件设计了序列特异扩增区域(sequence characterized amplified region,SCAR)引物CQ1/CQ2和巢式PCR引物CR1/CR2。利用引物CQ1/CQ2通过常规PCR对不同来源地供试栗疫菌可扩增出1条约1 420bp的条带,对其他供试菌株DNA的PCR产物均无此条带,检测灵敏度为3pg/μL的基因组DNA;而以引物CQ1/CQ2为外圈引物和引物CR1/CR2为内圈引物进行的巢式PCR可从栗疫菌基因组DNA中扩增出1条大小约875bp的条带,灵敏度达到30fg/μL,是常规PCR的1000倍。验证实验表明巢式PCR可以从发病程度不同的栗树枝干和在自然感染的栗树枝条中检测出栗疫菌。

一株酿酒酵母的特征区域序列扩增标记

以23株不同来源的酿酒酵母为研究对象,分别提取基因组DNA,试用50条随机引物对其进行随机扩增多态性DNA分析,筛选到两条具有菌株鉴别能力的随机引物。P09可以从2.412,ST—01,SK—26,ZD—01四株酿酒酵母基因组DNA中扩增出长度为433bp的Sc—433片断Sc—433;P46可以从2.1882,ST—01,NJ—02三株酿酒酵母基因组DNA中扩增出长度为665bp的Sc—665片断,其中仅有目的菌株ST—01能稳定的扩增出这2个标记。把这2个片断分别克隆到pUCmT质粒载体中,经过酶切鉴定后测序,根据序列设计特异性引物,把RAPD标记转化为特征区域序列扩增标记,为酿酒酵母菌株的分子鉴别提供了新的借鉴。

通过改良RAPD技术获得黑毛石斛、蜂腰石斛和石仙桃的3条SCAR新标记

目的寻找快速区分黑毛石斛、蜂腰石斛和石仙桃的序列特征扩增区域(sequence characterized amplified regions,SCAR)新标记。方法在改良的随机扩增多态性DNA(random amplified polymorphic DNA,RAPD)的基础上对10个物种进行基因组DNA随机扩增、分子克隆和测序,分别设计了可鉴别3个物种的SCAR标记。结果成功筛选出3个SCAR标记,其相应的特异性标记分别为N2-12、A2-17和A6-33;其中SCAR标记N2-12在黑毛种属中扩增出约750 bp的特异性条带,SCAR标记A2-17在蜂腰石斛中扩增出约750 bp的特异性条带,SCAR标记A6-33在石仙桃种属中扩增出约600 bp的特异性条带。结论N2-12、A2-17和A6-33这3对特异性SCAR新标记能快速、准确的区分出黑毛石斛、蜂腰石斛和石仙桃这3个物种,为今后进行该中药道地药材样品的鉴定提供了实验依据。

与瓠瓜品系‘J083’白粉病抗性基因连锁的SCAR分子标记

以瓠瓜抗白粉病品系‘J083’和感病品系‘J73’及它们的F1代和F2代分离群体为试验材料,经接种鉴定和抗性遗传规律分析表明:瓠瓜品系‘J083’对白粉病的抗性受单隐性基因控制;从100对扩增片段长度多态性(AFLP)引物组合中获得稳定的多态性引物组合1对,即E-ATG/M-CTC;经回收、测序,特异片段全长为105 bp,并成功将其转化为序列特征性扩增区域(SCAR)标记;经连锁分析,该SCAR标记与白粉病抗性基因的连锁距离为9.6 cM,将其命名为GPDSATG/CTC75.此标记可用于瓠瓜抗白粉病品种的辅助选育.

DNA分子标记技术

综述了不同类型的DNA分子标记技术 ,对各技术的优、缺点及其应用进行了详细的介绍 。

金针菇子实体颜色基因的分子标记

用群体分离分析法从200个随机引物中筛选出S375,其扩增片段与金针菇子实体白色基因连锁.对S375扩增片段两端测序,以该序列为依据合成一对特征序列扩增区域(SCAR)引物,它能对带有白色基因的菌株扩增出单一片段,多聚酶链反应(PCR)产物不需电泳、加EB后可在紫外灯下直接检测.

航天诱变番茄无限生长突变体RAPD及SCAR分子标记研究

目的通过对航天诱变所获得的番茄无限生长习性突变体进行分子水平的鉴定,为番茄生长习性分子标记选育提供依据。方法用50个10-mer随机护增多态性DNA(randomly amplified polymorphic DNA,RAPD)RAPD引物检测M1和10-3-2基因组序列多态性,对多态性片断回收克隆后转化成序列特征性扩增区域(sequence characterized amplified region,SCAR)标记。结果50个RAPD引物中有44个引物扩增出产物,其中2个引物(S165和S168)扩增出稳定的重复性好的多态性条带,均表现为M1缺失条带。其特异扩增产物分子量分别为300bp和1500bp,暂命名为TRS165300和TRS1681500,其中TRS1681500标记已经转换成了稳定的SCAR标记,并可作为该突变体的特异遗传标记。结论航天诱变可以从DNA水平对搭载材料进行诱变,通过航天诱变获得的番茄无限生长习性突变体,为研究番茄生长习性调控提供了宝贵的材料。

不结球白菜Pol胞质雄性不育系和其保持系的RAPD分析及分子标记的筛选

对不结球白菜Pol胞质雄性不育系(CMS)及其保持系基因组DNA进行RAPD分析,共使用了386条随机引物,其中有346条引物在两系之间都得到了扩增产物,64条引物扩增结果在两系之间表现出了遗传多态性。在其不育系中获得了1条稳定扩增的片段OPAY1000,序列测定结果表明,OPAY序列全长为1 053 bp,在GenBank中的登录号为DQ320101。根据序列测定结果设计了1对特异引物,将OPAY1000转化为更稳定的SCAR标记。

巨穗小麦种质中外源遗传物质的细胞遗传学和分子生物学鉴定(英文)

利用C分带、基因组原位杂交并结合分子生物学手段,对12份巨穗小麦种质材料中的外源遗传物质进行了检测。结果表明,12份材料染色体数均为42,其中5份材料均具有一对小麦-黑麦(Triticum aestivum-Secalecereal)1BL/1RS易位染色体和一对中间偃麦草(Agropyron intermedium Garten)染色体、3份材料只具有一对中间偃麦草染色体、3份材料只具一对1BL/1RS染色体、1份材料无1BL/1RS和中间偃麦草染色体。进一步细胞学分析表明,此中间偃麦草染色体代换了普通小麦(Triticum aestivum L.)中的2D染色体,因其良好的同源补偿性,表示为2Ai。同时对2Ai在巨穗小麦种质中存在的遗传学意义及小麦遗传改良中的应用进行了讨论。

双孢蘑菇颜色基因分子标记的初步筛选

以4个白色和4个棕色双孢蘑菇（Agaricus bisporus ）菌株,对其500个随机扩增多态性 DNA （random amplified polymorphic DNA,RAPD）随机引物进行筛选,筛选出的 S33、S438、S4853个引物在棕色菌株组能扩增出4个特异条带（大小300~2000 bp）,将特异片段回收,克隆测序,将合成的4对特征序列扩增区域（sequence characterized amplified regions,SCAR）标记引物对48 个 菌株进 行 验 证,结果表明：仅SCAR41200在24个棕色菌株的22个中能扩增出特异条带,而所有白色菌株中都没有此条带,表明该标记与棕色菌株的棕色基因相关。

卡瓦胡椒SCAR分子标记的研究

目的:采用6份卡瓦胡椒材料、21份栽培胡椒和野生胡椒材料1、份不同属的草胡椒材料共计28份试验材料,开发1对特异SCAR引物。方法:在对它们进行了RAPD研究的基础上,通过克隆、测序和引物设计进行了SCAR分子标记研究。结果:研究开发了1对卡瓦胡椒特异SCAR引物P4.1和P4.2,用这对特异引物对试验的28份材料进行PCR扩增,结果只有6份卡瓦胡椒材料扩增出了预期大小562bp的特异带,其它材料均无任何扩增。结论:这说明引物P4.1和P4.2为卡瓦胡椒特异SCAR引物,可用于卡瓦胡椒的分子鉴定,这对卡瓦胡椒种质资源的真伪鉴定有一定帮助。

与美洲黑杨抗黑斑病基因连锁的SCAR标记的开发

通过测序和引物设计,将与美洲黑杨抗黑斑病基因相连锁的RAPD标记OPAI17-1550和OPAI13-900成功地转化成显性SCAR标记(SAI17-1570)和共显性SCAR标记(SAI13-292),并对感、抗病池和F1代91个无性系进行了SCAR标记检测。SAI17-1570在抗病池和OPAI17-1550阳性的F1代植株中扩增出1条与RAPD扩增结果相符的特异性条带,而在感病池和OPAI17-1550阴性的F1代植株中没有相应的带,SAI13-292在抗病池和OPAI13-900阳性的F1代植株中扩增出2条带,而在感病池和OPAI13-900阴性的F1代植株中只有其中1条带。

烟草SCAR标记技术的建立

目的:通过烟草随机扩增多态性DNA(RAPD)标记技术建立烟草特征序列扩增区域(SCAR)标记技术,用于烟草品种鉴定。方法:对12个烟草品种的复烤叶片DNA进行RAPD分析,得到2个RAPD特异片段S1和S2,通过切胶回收,连接pUCm-T载体克隆转化,片段测序,设计特异性引物S1-1/S1-2和S2-1/S2-2,对SCAR-PCR扩增退火温度进行优化。结果:2个RAPD标记成功地转化为稳定快捷的SCAR标记,可将红花大金元和NC102等2个品种从12个烟草品种中快捷准确地鉴别出来。结论:SCAR标记可作为准确稳定的DNA水平的烟草品种鉴定方法,可对种植、复烤和配方品种的烟叶或叶片进行鉴别。

“锦绣”、“丰黄”黄桃变异株的SRAP分析

应用SRAP技术对"锦绣"黄桃、"丰黄"黄桃及其相应变异株系等7个材料进行了分析。从40对引物组合中筛选出2对引物在"丰黄"及变异株"锦黄"之间有明显扩增带差异,表明遗传变异已发生。分别纯化、克隆、测序这些特异条带,分析序列预测所示基因,并设计引物将其转化为稳定SCAR标记。应用特异的SCAR标记可快速检测鉴定相应变异株,进一步验证了变异的存在。试验未筛选到合适引物可区分"锦绣"及其变异株系。

一种新型的分子标记—SCARs验证王浆高产蜜蜂的RAPD分子标记—W316bp的研究

为了验证王浆高产蜜蜂的RAPD分子标记—W 316bp正确性 ,采用了新型分子标记—SCARs ,研究结果获得的SCARs分子标记与原来RAPD分子标记有一致的显性行为 。

基于SCAR标记的坛紫菜“闽丰1号”多重PCR鉴定技术的建立

为建立坛紫菜"闽丰1号"(Z-26)品系的种质分子鉴定方法,采用300条RAPD引物对6个坛紫菜纯系进行标记扫描,从中筛选出"Z-26"品系的特异性随机扩增多态DNA(RAPD)标记9个,经克隆和测序,其中两个特异性标记成功转化为特异SCAR标记(Z26-600和Z26-360),标记片段大小分别为530 bp和242 bp。并进一步通过4个不同实验验证,确定Z26-600和Z26-360两个标记是坛紫菜"Z-26"品系的特异和稳定性标记。最后为进一步简化种质鉴定程序,建立更为便捷和准确的种质鉴定方法,经过条件优化,以此两个标记为基础建立了坛紫菜"Z-26"品系的多重PCR鉴定方法,该方法可以在一次PCR反应中同时鉴定两个特异性标记。

利用小麦SSR标记追踪大赖草染色体Lr.2、Lr.7、Lr.14及其片段

定位于小麦 7个部分同源群上的 337对SSR引物中有 113对SSR引物可检测到大赖草与普通小麦基因组间多态性 ,对小麦大赖草Lr 2、Lr 7和Lr 14的异附加系和易位系的进一步分析表明 ,小麦 7BL上的SSR引物 gwm112在大赖草染色体Lr 2上具有特异扩增位点 ,可用来追踪Lr 2 ;5AS上的SSR引物 gwm2 0 5、 5AL的 gwm15 6和 5DL上的gwm2 12在Lr 7和Lr 14中均有特异扩增产物 ,可用于追踪Lr 7和Lr 14 ;而 7AL上的SSR引物 gwm6 3仅在大赖草染色体Lr 7上具有扩增位点。这不仅揭示了Lr 7可能存在第 5和第 7部分同源群染色体重排 ,而且也表明将引物gwm2 0 5、gwm15 6、gwm2 12与 gwm6 3相结合可分别追踪大赖草Lr 7和Lr 14染色体及其片段。利用这些SSR引物可追踪同一植株中不同的大赖草染色体 ;与簇毛麦染色体 6V上的SCAR标记相结合 。

SRAP和SCAR分子标记应用于中药材研究进展

分子标记技术是基于生物体基因组的遗传分析方法,在动植物的品种鉴定、亲缘关系分析、遗传多样性分析、遗传图谱构建和分子辅助育种等研究中有着广泛的应用。其中相关序列扩增的态性(Sequence-Related Amplified Polymorphism,SRAP)是开发较晚、应用较广的分子标记技术,以其简单、高效、重复性良好的优点,在药用植物的遗传学研究中表现出很大的优势。利用分子标记技术构建药材系统发生树,明晰遗传背景和药材品质的关系,辅助中药材品种选育,研究药材道地性成因是近几年的研究热点。本文介绍了SRAP和序列特征性扩增区域(Sequence Characterined Amplified Regions,SCAR)的技术基础,并总结了SRAP常用引物,比较分析了一些中药材的优化反应体系;综述SRAP在中药材的遗传多样性研究、道地性分析、遗传图谱构建等方面的应用情况;SCAR技术的应用特点和在中药材鉴定中的作用;阐述二者结合在中药材研究中的现状及其应用前景。