利用四引物扩增受阻突变体系PCR技术检测水稻低直链淀粉含量基因Wx-mq

根据Wx-mq基因存在的单核苷酸变异,利用四引物扩增受阻突变体系PCR(Tetra-primer ARMS-PCR)的方法设计特异引物,对12个水稻品种(或品系)以及武育粳3号(不含Wx-mq基因)/关东194(含Wx-mq基因)的F2分离群体进行扩增,依据其PCR产物的带型,可以准确区分出Wx-mq基因纯合、非Wx-mq基因纯合以及杂合基因型三种类型,其电泳结果与成熟后对胚乳外观特性鉴定完全一致。因此,作为一种简单、低成本的实用技术,四引物ARMS-PCR可以广泛用于Wxmq基因水稻的资源鉴定和分子标记辅助育种。

四引物扩增受阻突变体系PCR快速测定绵羊BMPR-IB基因型方法的建立

四引物ARMSPCR是检测SNP有效、快速、简便的方法。绵羊BMPRIB基因是控制Booroola绵羊多胎性状的主效基因,此研究目的在于建立一种对BMPRIB基因四引物ARMSPCR检测方法。根据四引物ARMSPCR技术原理,在绵羊BMPRIB基因突变位点(A746G)设计一对特异性引物,并在突变点两侧设计一对参照引物,用来扩增含有突变点的DNA片段,可在一步PCR反应中根据电泳图谱准确判断绵羊个体的BMPRIB基因型,对比PCRRFLP检测结果表明,所建立的方法简单,操作简便,大大提高了检测效率。

四引物扩增受阻突变体系PCR技术在中国明对虾SNP基因分型中的研究

采用四引物扩增受阻突变体系PCR（Tetra-primer ARMS-PCR）技术,对中国明对虾（Fenneropenaeus chinensis）的80个单核苷酸多态性位点（Single Nucleotide Polymorphisms,SNPs）进行验证。结果表明,通过优化PCR反应条件、调整内外引物浓度和采取Touchdown PCR程序可优化扩增效果,80组引物中有20组引物得到良好的分型效果。群体多态性分析表明有效等位基因数（Ne）、观测杂合度（Ho）、期望杂合度（He）及多态性信息含量（PIC）的范围分别为1.127~1.993、0.136~0.607、0.119~0.492和0.145~0.373。结果显示四引物扩增受阻突变体系技术聚合酶链式反应是一种简单快速而有效SNP基因分型的方法。

利用四引物扩增受阻突变体系PCR技术检测水稻光温敏核不育基因p/tms12-1

根据p/tms12-1基因存在的单核苷酸变异,利用四引物扩增受阻突变体系PCR(Tetra-primer ARMS-PCR)的方法设计特异引物,对11个两系不育系水稻品种(或品系)以及2个常规稻品系进行扩增。根据其PCR产物带型,可以准确鉴定光温敏核不育基因p/tms12-1的基因型,其检测结果与通过CAPS标记检测的结果完全一致。该方法成本低、简单、可靠,可用于p/tms12-1基因的鉴定和分子标记辅助育种。

多重嵌合引物对四引物扩增受阻突变体系PCR的改进及在卵巢癌相关位点中的应用

目的:建立一种简单快速的方法,可同时检测两个卵巢癌相关单核苷酸多态性位点rs608995和rs749292。方法:采用多重嵌合引物策略改进四引物扩增受阻突变体系聚合酶链式反应(PCR),通过设计rs608995和rs749292的特异性嵌合引物,经单管一次PCR,琼脂糖电泳分析产物长度。结果:对46份全血样本,电泳结果均与测序一致,可准确分型。结论:经多重嵌合引物策略改进的四引物扩增受阻突变体系PCR可简便、快速、准确的获得2个位点的分型结果。

四引物扩增受阻突变体系快速检测Wilson病基因Arg778Leu突变

目的建立一种不需要限制性片段长度多态性或直接测序的新方法检测肝豆状核变性(WD)病人突变热点ATP7B基因的Arg778Leu突变基因型。方法用四引物扩增受阻突变体系聚合酶链反应(tetra-primer amplification refractory mutation system-PCR,tetra-primer ARMS-PCR)检测47例WD患者和30例正常对照的ATP7B基因Arg778Leu突变,并用测序进行验证。结果47例WD患者中检出Arg778Leu纯合突变4例,杂合突变14例,总检出率38.3%(18/47);30例正常对照未发现突变;DNA测序结果与四引物ARMS-PCR结果完全一致。结论ATP7B基因Arg778Leu突变是中国人WD突变热点;四引物ARMS-PCR法检测Arg778Leu突变有快速、简便、准确的优点,可以区分等位基因是否纯合,适于大样本的人群筛查。此法也可用于检测其他点突变。

四引物扩增受阻突变体系PCR在绵羊线粒体基因组SNP检测中的应用

为建立绵羊线粒体基因组SNP的四引物扩增受阻突变体系(tetra-primer amplification refractory mutation system,Tetra-primer ARMS)PCR检测方法,选择小尾寒羊线粒体T1112C和C11606T2个SNP,在等位基因特异PCR基础上,根据错配原理设计4条引物,优化PCR反应体系,采用琼脂糖凝胶电泳检测PCR产物。结果表明:T1112C位点检测中,所有个体均能扩增出569 bp最长片段的外引物产物(阳性对照),扩增出349 bp片段的个体为野生型,扩增出263 bp片段的个体为突变型。C11606T位点检测中,所有个体均能扩增出572 bp最长片段的外引物产物(阳性对照),扩增出408 bp片段的个体为野生型,扩增出213 bp片段的个体为突变型。在每个线粒体多态位点均检测到野生型和突变型2种基因型,没有发现异质性。应用Tetra-primer ARMS PCR方法,经一次PCR即可判定线粒体SNP位点的基因型,该方法快速、简便,可应用于绵羊线粒体SNP分型。

一种SNP检测新方法:四引物扩增受阻突变体系PCR技术

详细介绍四引物扩增受阻突变体系PCR技术的原理和分析方法 ,并简单介绍其在检测单核苷酸多态性中的应用 ,为该技术在医学和分子生物学等领域中的推广应用提供理论基础。

四引物扩增受阻突变体系分析少精、无精症患者白细胞MLH3基因C2531T突变

目的分析错配修复蛋白MLH3基因C2531T突变与少精、无精症的关系。方法以MLH3C2531T为例建立四引物扩增受阻突变体系(4P-ARMS-PCR)方法;分别用4P-ARMS-PCR和PCR-RFLP检测81例少精、无精症患者和80例正常对照者MLH3C2531T;随机抽取20%标本测序进行验证。结果MLH3C2531T的CT+TT基因型在患者中有明显的流行,且MLH3C2531T的T等位基因与疾病存在相关性(P<0.01);PCR-RFLP检测结果与4P-ARMS-PCR检测结果完全一致,测序结果相同。结论4P-ARMS-PCR可快速、简便、准确检测基因单核苷酸突变(SNP);错配修复蛋白MLH3C2531T多态性与少精、无精症存在相关性。

四引物扩增受阻突变体系PCR技术及其在动植物遗传育种研究中的应用

四引物扩增受阻突变体系PCR(Tetra-primer amplification refractory mutation system PCR,Tetra-primer ARMS PCR)技术是一种在普通PCR基础上发展起来的单核苷酸多态性(SNP)分型技术。该项技术综合了扩增受阻突变体系(Amplification refractory mutation system,ARMS)和四引物PCR(tetra-primer PCR)技术的优点,是对等位基因特异性PCR法的改良。它具有操作简便、分型快速、费用低廉等特点,在国内外生命科学领域尤其是遗传育种领域的应用越来越广泛。本文介绍了四引物扩增受阻突变体系PCR的技术原理及优势、结果检测手段和反应体系改进方法,并在此基础上对该技术在遗传育种研究中的应用进行综述。

四引物扩增受阻突变体系PCR在苦瓜抗白粉病分子标记开发中的应用

以苦瓜高抗、高感白粉病的父母本及其F2代为试材,根据双本测序比对获得的SNP突变位点来设计四引物ARMS PCR分子标记引物。采用正交设计L16(44)方法对模板DNA、dNTPs、Mg2+、Taq DNA聚合酶4个因素和内外引物的浓度比进行体系优化,并利用优化后的体系对引物进行筛选。研究了适用于苦瓜的四引物ARMS PCR分子标记开发及引物筛选体系,以期为苦瓜抗白粉病分子标记辅助选择提供参考依据。结果表明:对优化后的四引物ARMS PCR体系验证,能正确地在父母本及其F2代中分型,优化后的体系适用于苦瓜抗白粉病的四引物ARMS PCR分子标记的筛选。

四引物扩增受阻突变体系PCR及其在水稻遗传育种研究中的应用

介绍了四引物扩增受阻突变体系PCR技术,阐述了该SNP基因分型技术的引物设计和反应体系优化方法,综述了该技术在水稻遗传育种研究中的应用,旨在推广这一简单、高效SNP基因分型技术。

基于四引物扩增受阻突变体系PCR的多重乳腺癌相关SNP位点检测方法的建立

为提高单核苷酸多态性检测的通量,引入多重嵌合引物PCR和毛细管电泳对四引物扩增受阻突变体系PCR进行改进.针对乳腺癌位点rs4784227(C>T),rs1219648(G>A)和rs3803662(T>C)设计特异性嵌合引物,经一次PCR扩增后,通过毛细管电泳分析产物长度,同时确定3个位点的基因型.70份全血和口腔拭子样本,电泳结果均与测序一致,实现成功分型.本方法仅需一次PCR和一次毛细管电泳即可获得3个位点的分型结果,操作简单、快速准确.

双荧光扩增受阻突变系统检测慢性骨髓增殖性疾病JAK2基因V617F突变的研究

慢性骨髓增殖性疾病（CMPD）是一类以一系或多系髓细胞增殖为特征的克隆性造仇干细胞疾病。2005年以来许多报道认为JAK2基因点突变——JAK2 V617F在bcr—ab1融合基因阴性的CMPD患者发病中起重要作用。我们采用双荧光扩增受阻突变系统（double fluorescent amplification refractory mutation system，dFARMS）对36例bcr—ab1融合基因阴性CMPD患者进行了JAK2 V617F突变检测和相对定量，初步探讨该方法检测的可行性。

用扩增受阻突变系统(ARMS)方法对PAM突变基因的快速检测

应用ARMS方法对一PKU家系成员进行了PAH突变基因的快速检测,结果鉴定:患儿为intron4切拼授端与R413P点突变的复合杂合子,其父母公别为上述突变基因的携带者。由于ARMS分析能用绒毛活检材料进行,所以,此法可用于遗传病的早期产前诊断。

四引物扩增受阻突变体系PCR检测水稻香味基因badh2方法的优化

badh2是控制水稻香味的主效基因,其与等位非香基因Badh2功能差异主要在于第七外显子上的8 bp缺失及3个SNP,开发其易于分辨且稳定的功能标记将有助于香稻分子育种。本研究基于四引物扩增受阻突变体系PCR(Tetra Primer Amplification Refractory Mutation System PCR,Tetra-primer ARMS PCR)原理,在功能差异位点外侧两引物一致的情况下,分别设计与badh2和Badh2完全匹配的5'端添加错配碱基的靶引物。结果表明,经1%的琼脂糖凝胶电泳后,由完全匹配引物组成的PCR体系基本能分辨badh2/Badh2基因型,但目标条带较模糊;而引物中5'端引入错配碱基的PCR体系能产生更明晰、易于分辨的目标条带。本研究将有助于香稻分子育种及为其他类似分子标记的优化提供借鉴。

基于四引物扩增受阻突变体系PCR快速鉴定水稻S5基因的籼粳属性

四引物扩增受阻突变体系PCR是一种快速简便检测SNP的方法。基于该技术原理,结合籼型S5^i与粳型S5^j基因存在的单核苷酸差异设计特异性引物,并用8个籼稻1、8个粳稻及4个籼粳杂交后代F_1,进行PCR扩增检测验证。依据产物的电泳谱带类型能准确区分出S5^i纯合基因型、S5^j纯合基因型及杂合基因型3种类型,其扩增带型与基因型完全吻合。这表明所设计引物能很好地对S5基因的籼粳属性进行区分,可广泛应用于水稻种质资源相应目的基因的鉴定,为籼粳杂种优势利用的亲本有效选择和籼粳分化研究提供重要参考。

四引物扩增受阻突变体系PCR法检测慢性丙型病毒性肝炎患者白细胞介素-28B基因rs8099917位点单核苷酸多态性

目的建立四引物扩增受阻突变体系-PCR(amplification refractory mutation system-PCR,ARMS-PCR)技术,检测河南地区慢性丙型病毒性肝炎(chronic hepatitis C,CHC)患者白细胞介素(interleukin,IL)-28B基因rs8099917位点单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP)分布情况。方法应用生物信息学软件设计IL-28B基因SNP rs8099917位点全长序列特异性四引物序列,建立ARMS-PCR技术;采集河南地区138例CHC患者外周血并提取DNA,行ARMS-PCR,PCR反应产物行体积分数1%琼脂糖凝胶电泳判定rs8099917位点基因型,并随机对20例患者标本中阳性条带的扩增产物进行直接测序确定基因型,评价ARMS-PCR的准确性。结果 ARMS-PCR成功建立;IL-28B基因rs8099917位点SNP基因型为T/T型(252bp和182bp)、G/G型(252bp和131bp)和T/G型(252bp、182bp和131bp),电泳显示条带清晰,大小符合预期分子量,无非特异性条带扩增;138例CHC患者IL28B基因rs8099917位点SNP中T/T型105例(76.1%),G/G型4例(2.9%),T/G型29例(21.0%);以基因测序结果为标准,ARMS-PCR技术检测准确率为100%。结论河南地区慢性丙型病毒性肝炎患者IL-28B基因rs8099917位点SNP基因型以T/T型为主,ARMS-PCR检测准确、简便经济、高效,适用于临床检测。

稻瘟病广谱抗性基因Pigm特异性分子标记的开发和应用

【目的】来自籼稻品种谷梅4号的Pigm是一个对稻瘟病菌具有广谱和持久抗性的重要基因。为有效提高Pigm基因的选择效率,有必要开发具有特异性的共显性分子标记进行辅助育种。【方法】本研究根据谷梅4号Pigm位点存在的特异性核苷酸变异,利用Tetra-primerARMS-PCR和KASP两种不同的基因分型技术开发出分子标记T-Pigm和K-Pigm,对不同品种(品系)以及淮稻9号/谷梅4号的F2分离群体进行基因型检测,并结合穗颈瘟人工接种鉴定,对标记的准确性进行评价。【结果】序列比对分析表明,谷梅4号Pigm位点中Pigm-Nbs2基因起始密码子上游515 bp处存在一个特殊的单核苷酸变异。利用已开发的两种类型的分子标记能够有效区分3种不同的基因型,且基因型与穗颈瘟人工接种鉴定结果完全一致。【结论】利用分子标记T-Pigm和K-Pigm可以实现对Pigm基因型快速、准确的检测,加快抗稻瘟病水稻新品种的选育进程。