天麻扩增酶切片段长度多态性反应体系的建立

目的:以天麻为试验材料,建立扩增酶切片段长度多态性(AFLP)分析体系。方法:对天麻DNA提取、酶切-连接、预扩增和选择性扩增等试验过程进行研究。结果:得到了清晰的天麻AFLP指纹图谱。结论:该体系具有良好的稳定性和重复性。

福建近海蓝圆鲹种群遗传多样性的AFLP分析

以往研究表明,福建近海的蓝圆鲹分属2个地理种群,即东海西部种群和闽南—粤东近海地方种群。为研究这两个群系的遗传结构,对蓝圆鲹闽东(30尾)和闽南(32尾)种群进行了AFLP分析,8对选择性引物在2个种群62个个体中,共扩增出563个位点,其中多态位点364个。闽东和闽南种群的多态位点比例、Nei遗传多样性指数和Shannon遗传多样性指数分别为62.70%、58.97%,0.1875、0.1809和0.2878、0.2763。与其他鱼类对比显示,福建近海蓝圆鲹种群的遗传多样性水平高,说明种群遗传结构尚未遭到明显破坏;基因分化系数GST、Shannon遗传多样性指数和AMOVA分析均显示蓝圆鲹的遗传变异主要来源于种群内,而种群间无明显的遗传分化。Nm显示2个种群间基因交流频繁。种群的显性基因型频率分布和位点差异数分布显示2个种群有基本相同的群体遗传结构。结果表明,蓝圆鲹闽东和闽南种群间无明显的遗传差异,因此可将福建海域的蓝圆鲹划归同一个管理保护单元。较强的扩散能力及海洋环流可能是造成福建近海蓝圆鲹种群间遗传同质性较高的原因。

AFLP的研究

AFLP(扩增酶切片段多态性)是由Zabeau等近年发明的一项新的研究生物遗传多样性的方法,具有技术可靠性和技术高效性.一次可获得50～100条谱带.本文详细介绍了AFLP的银染检测程序及其可能出现的问题,AFLP技术为不同来源和不同复杂度基因组的分析提供了一个有力的工具.

长臀AFLP分析体系的建立

以珠江长臀(Cranoglanis bouderius)为试验材料,建立了长臀扩增酶切片段长度多态性(AFLP)分析体系,对其分析过程中的DNA提取、双酶切、单酶切、连接、预扩增、选择性扩增、银染等步骤进行了检测,并对反应条件进行了优化。用PstI/TaqI、EcoRI/MseI等2组双酶切组合构建长臀的AFLP指纹图谱,条带清晰可辨,扩增信号强,得到清晰的长臀AFLP指纹图谱。

三叶木通AFLP指纹图谱分析

目的构建三叶木通AFLP指纹图谱,为种质资源鉴定、品种选育奠定基础。方法采用扩增酶切片段多态性(AFLP)技术,对10份三叶木通种质进行基因组DNA多态性分析。结果从64对引物中筛选到8对高效扩增引物,获得861个多态性位点,多态性比率达到90.65%。依据多态性位点可将10个三叶木通种质聚类为三类。结论 AFLP技术适于三叶木通种质多态性分析。

致病疫霉超级生理小种遗传多样性分析

通过交配型和甲霜灵抗性以及线粒体DNA单倍型、SSR和AFLP基因型分析对40个超级生理小种菌株进行了遗传多样性分析。在被测菌株中发现了A1、A2和自育3种不同类型的交配型。其中,A1和自育型菌株数量多,分别为21株和14株,而A2交配型仅5株。甲霜灵抗性测定检测出高抗菌株26株,敏感菌株14株。线粒体DNA单倍型测定出Ia型和IIa型两种,比例接近1:1。基于5个基因座被测40个超级生理小种菌株共鉴定出了7种SSR基因型。利用6对荧光引物共检测到258条AFLP谱带,其中多态性谱带204条,多态性为79.1%。将供试的40个菌株划分为38个基因型,几乎每个菌株都为1个特有基因型。而且,我国南方和北方超级生理小种群体存在着明显的遗传差异。结果表明我国致病疫霉超级生理小种具有丰富的遗传多样性,可以推断致病疫霉中的任何小种都可在多个抗病基因的强大选择压力下,在短时间内通过与之对应的无毒基因快速突变而成为超级生理小种。当前对致病疫霉生理小种的鉴定及监测对生产上利用抗病品种防控晚疫病的指导意义不大。

天麻不同种质的AFLP和SSR分析

目的:研究天麻不同种质DNA指纹图谱,探讨扩增酶切片段长度多态性(AFLP)、简单序列重复(SSR)分子遗传标记技术在天麻遗传变异分析上的应用。方法:采用AFLP、SSR及其聚类树对24份不同天麻种质材料的遗传多样性等进行分析,并对这2种分子标记进行比较。结果:检测到AFLP多态性44%-89%、SSR多态性15%-69%;AFLP聚类相似性系数0.56-0.98,SSR聚类相似性系数0.13-1.00。2种分子标记将天麻变型种质聚类划分的结果相近,但SSR能将野生天麻聚在一类。结论:天麻不同种质AFLP多态性高于天麻SSR,SSR对野生天麻有较强的区分能力。

大庆油田油藏采出水的细菌群落结构

采用ARDRA(扩增性rDNA限制性酶切片段多态性分析)技术对大庆油田聚驱、水驱和过渡带3种油藏采出水中的细菌群落的基因组总DNA的16SrDNA克隆文库进行分析,研究了细菌群落结构.结果表明:随机挑取的596个阳性克隆可分为85个操作分类单元(OTUs),其中聚驱、水驱和过渡带文库分别含有28、41和33个.通过对优势OTUs测序,并与GenBank进行序列比对,发现油藏采出水中的优势菌群为不动杆菌属、弓形杆菌属、厚壁菌门、假单胞菌属和硫磺单胞菌属.聚驱样品中细菌群落组成最简单,优势菌群为不动杆菌属,占库容的85%,假单胞菌属占7%;水驱样品中的优势菌群也是不动杆菌属,占库容的62%,假单胞菌属和硫磺单胞菌属各占20%和6%;过渡带文库的细菌群落的优势菌群为弓形杆菌属,占库容的50%,不动杆菌属和厚壁菌门各占19%和18%.