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MinerVa——一种用于实体瘤微小残留病灶检测的高性能检测算法
1
作者
杨飘
张亚晰
+5 位作者
夏粱
梅建东
范锐
黄宇
刘伦旭
陈维之
《生物医学工程学杂志》
EI
CAS
北大核心
2023年第2期313-319,共7页
如何提高循环肿瘤DNA(ctDNA)信号的获取能力以及判定低频信号的真实性是肿瘤微小残留病灶(MRD)检测的难点问题。本研究开发了多变异联合置信概率分析的MRD生物信息学算法(MinerVa),并在ctDNA标准品和早期非小细胞肺癌患者血浆DNA样本中...
如何提高循环肿瘤DNA(ctDNA)信号的获取能力以及判定低频信号的真实性是肿瘤微小残留病灶(MRD)检测的难点问题。本研究开发了多变异联合置信概率分析的MRD生物信息学算法(MinerVa),并在ctDNA标准品和早期非小细胞肺癌患者血浆DNA样本中对算法效能进行评估。结果显示,MinerVa算法对多变异共追踪的特异性稳定在99.62%~99.70%,当追踪30个变异时,可检测低至6.3×10^(-5)变异丰度的变异信号;进一步对27例非小细胞肺癌患者的数据进行分析,ctDNA-MRD动态监测复发的特异性为100%,灵敏度为78.6%。数据表明MinerVa算法可高效地捕获血液ctDNA信号,在MRD检测中具有较好的准确性。
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关键词
循环肿瘤DNA
微小残留病灶
多变异联合置信概率分析
技术噪音基线
单碱基分辨率
原文传递
题名
MinerVa——一种用于实体瘤微小残留病灶检测的高性能检测算法
1
作者
杨飘
张亚晰
夏粱
梅建东
范锐
黄宇
刘伦旭
陈维之
机构
无锡臻和生物科技有限公司
四川大学华西医院胸外科
出处
《生物医学工程学杂志》
EI
CAS
北大核心
2023年第2期313-319,共7页
基金
国家重点研发计划重点专项(2022YFC2406800)。
文摘
如何提高循环肿瘤DNA(ctDNA)信号的获取能力以及判定低频信号的真实性是肿瘤微小残留病灶(MRD)检测的难点问题。本研究开发了多变异联合置信概率分析的MRD生物信息学算法(MinerVa),并在ctDNA标准品和早期非小细胞肺癌患者血浆DNA样本中对算法效能进行评估。结果显示,MinerVa算法对多变异共追踪的特异性稳定在99.62%~99.70%,当追踪30个变异时,可检测低至6.3×10^(-5)变异丰度的变异信号;进一步对27例非小细胞肺癌患者的数据进行分析,ctDNA-MRD动态监测复发的特异性为100%,灵敏度为78.6%。数据表明MinerVa算法可高效地捕获血液ctDNA信号,在MRD检测中具有较好的准确性。
关键词
循环肿瘤DNA
微小残留病灶
多变异联合置信概率分析
技术噪音基线
单碱基分辨率
Keywords
Circulating tumor DNA
Minimal residual disease
Multi-variant joint confidence analysis
Technical noisebaseline
Single-base resolution
分类号
R734.2 [医药卫生—肿瘤]
TP391.41 [自动化与计算机技术—计算机应用技术]
原文传递
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
MinerVa——一种用于实体瘤微小残留病灶检测的高性能检测算法
杨飘
张亚晰
夏粱
梅建东
范锐
黄宇
刘伦旭
陈维之
《生物医学工程学杂志》
EI
CAS
北大核心
2023
0
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已选择
0
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参考文献
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