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白桦雌花序抑制性消减文库构建及EST分析 被引量:2
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作者 王超 杨传平 +1 位作者 魏继承 姜静 《植物研究》 CAS CSCD 北大核心 2008年第3期293-298,共6页
为研究白桦雌花序发育过程中特异基因的表达,以白桦雌花序样品为tester,雄花序样品为driver,利用SMART策略构建了白桦雌花序抑制性消减(SSH)文库。构建SSH文库的重组率为72%,插入片段的平均长度为400 bp左右。随机挑选文库克隆测序,获得... 为研究白桦雌花序发育过程中特异基因的表达,以白桦雌花序样品为tester,雄花序样品为driver,利用SMART策略构建了白桦雌花序抑制性消减(SSH)文库。构建SSH文库的重组率为72%,插入片段的平均长度为400 bp左右。随机挑选文库克隆测序,获得150条EST序列,这些序列被GenBank的dbEST数据库收录,收录号为EE284580-EE284681,EE595316-EE595363。通过BlastX对EST进行功能注释,并对其中同源性较高的111条EST按功能进行分类,EST功能涉及了代谢、细胞防御、转录调节、能量代谢及信号传导等途径。发现了多个已知的控制花发育相关的EST,它们占已知功能EST的21%其功能涉及到调控花序形成和花分化、调控花粉与柱头亲和性以及调控花粉管发育等,包括MADS-box、S-locus F-box等基因。这些EST的获得为了解白桦花期基因表达,白桦花发育相关基因克隆和功能解析奠定了基础。 展开更多
关键词 白桦 发育 表达序列标签 雌花 抑制性消减文库
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梨小食心虫滞育与非滞育幼虫抑制性消减文库的构建与分析 被引量:3
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作者 陈浩 杨杰 +1 位作者 成卫宁 仵均祥 《西北农林科技大学学报(自然科学版)》 CSCD 北大核心 2012年第9期90-95,102,共7页
【目的】分离和鉴定梨小食心虫(Grapholita molesta(Busck))滞育相关基因。【方法】分别以梨小食心虫滞育和非滞育幼虫为材料,通过抑制性消减杂交技术(SSH),构建梨小食心虫滞育与非滞育正、反向差减cDNA文库,从中筛选梨小食心虫滞育相... 【目的】分离和鉴定梨小食心虫(Grapholita molesta(Busck))滞育相关基因。【方法】分别以梨小食心虫滞育和非滞育幼虫为材料,通过抑制性消减杂交技术(SSH),构建梨小食心虫滞育与非滞育正、反向差减cDNA文库,从中筛选梨小食心虫滞育相关基因,并对其进行测序和分析。【结果】在获得的128个滞育特异和132个非滞育特异的EST中,有滞育差异表达EST 42条(17条功能未知)、非滞育差异表达EST 46条(22条功能未知)。对差异表达EST同源检索后推测,其功能大部分与滞育或非滞育特性相关。在滞育个体中,代谢酶和滞育关联蛋白基因表达量较高;在非滞育个体中,贮存蛋白和信号传递基因表达量较高。【结论】这些EST基本反映了梨小食心虫在滞育与非滞育期间的基因表达谱,为今后深入研究梨小食心虫滞育的分子机理奠定了基础。 展开更多
关键词 梨小食心虫 滞育 抑制性消减文库
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三唑磷作用下翡翠贻贝抑制性消减杂交文库构建与分析 被引量:2
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作者 孙伟 张林宝 +2 位作者 胡莹 蔡文贵 贾晓平 《中国环境科学》 EI CAS CSCD 北大核心 2016年第12期3807-3815,共9页
采用抑制性差减杂交技术,构建了三唑磷农药急性胁迫下翡翠贻贝雌贝性腺正反向消减杂交c DNA文库.正反向文库共有117个表达序列标签(expressed sequence tags,ESTs)与NCBI数据库中已知功能蛋白具较高同源性,假定蛋白12种,另有195个ESTs... 采用抑制性差减杂交技术,构建了三唑磷农药急性胁迫下翡翠贻贝雌贝性腺正反向消减杂交c DNA文库.正反向文库共有117个表达序列标签(expressed sequence tags,ESTs)与NCBI数据库中已知功能蛋白具较高同源性,假定蛋白12种,另有195个ESTs未检索到同源序列.正向文库中含有细胞周期蛋白、性激素合成蛋白、DNA修复蛋白、能量代谢相关蛋白等一系列与生殖、应激适应和代谢相关的转录本信息,而反向文库中的差异ESTs主要涉及DNA复制、转录和翻译调控基因以及骨架蛋白.结果表明三唑磷对翡翠贻贝的毒性涉及到生殖调控、能量代谢、应激适应、转录翻译调控等生理代谢的多个方面,正向文库中发现的几种生殖调控基因(细胞周期蛋白、周期蛋白依赖性蛋白激酶、合子DNA复制许可因子、精子特异性蛋白、雌激素硫酸转移酶和卵黄膜卵透明带域蛋白)可能是三唑磷生殖干扰毒性作用过程中的关键基因,这为有机磷农药的生殖毒性探索提供了基础数据. 展开更多
关键词 翡翠贻贝 性腺 三唑磷 抑制性杂交文库 表达序列标签
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大白菜霜霉菌诱导抑制性消减杂交cDNA文库的构建和分析 被引量:4
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作者 唐永洽 于拴仓 +4 位作者 朱月林 张凤兰 余阳俊 赵岫云 张德双 《植物生理学通讯》 CSCD 北大核心 2010年第5期453-458,共6页
以抗霜霉病大白菜双单倍体系(DH)‘T12-19’为材料,构建了霜霉病诱导表达的正向抑制性消减文库,并利用反向Northern斑点杂交技术对768个阳性克隆进行了筛选,共获得57个病原菌诱导上调表达的克隆。测序后得到55条通读表达序列标签(ESTs)... 以抗霜霉病大白菜双单倍体系(DH)‘T12-19’为材料,构建了霜霉病诱导表达的正向抑制性消减文库,并利用反向Northern斑点杂交技术对768个阳性克隆进行了筛选,共获得57个病原菌诱导上调表达的克隆。测序后得到55条通读表达序列标签(ESTs),对这些ESTs序列进行聚类和拼接分析,共获得50个unigenes。Blast分析表明,37个unigenes与已知基因高度同源,占全部非重复序列的67.3%。对已知功能基因按MIPS的分类方法进行功能分类,发现这些基因的功能主要涉及物质与能量代谢、转录调控、蛋白质合成与代谢、膜及转运、信号转导、抗病防御等。为了验证文库筛选结果的可靠性,采用实时荧光定量PCR技术分析了其中2个克隆BFCH10和BFIA7的表达谱。结果表明,这2个克隆在接种病菌6h后明显上调表达,与反向Northern斑点杂交结果基本一致。 展开更多
关键词 大白菜 霜霉病 抑制性消减文库 实时荧光定量PCR
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肾癌抑制性消减杂交文库的构建及意义 被引量:4
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作者 艾军魁 陈琳 +7 位作者 黄啸 张勇 张强 果宏峰 梁丽莉 那彦群 张志文 郭应禄 《中华泌尿外科杂志》 CAS CSCD 北大核心 2002年第9期517-520,共4页
目的 应用抑制性消减杂交技术构建人肾癌组织与正常肾组织间差异表达的cDNA组成的消减文库。 方法 分别从肾癌组织和正常肾组织提取polyA+ RNA ,合成双链cDNA ,经RsaI酶切后将肾癌cDNA分为两组并加上不同的DNA接头 ,再与过量正常肾组... 目的 应用抑制性消减杂交技术构建人肾癌组织与正常肾组织间差异表达的cDNA组成的消减文库。 方法 分别从肾癌组织和正常肾组织提取polyA+ RNA ,合成双链cDNA ,经RsaI酶切后将肾癌cDNA分为两组并加上不同的DNA接头 ,再与过量正常肾组织cDNA进行两次消减杂交及两次抑制性PCR ,PCR产物与T/A载体连接并转化大肠杆菌构建成cDNA消减文库 ,文库扩增后随机挑取克隆进行酶切、测序及同源性分析。 结果 文库共包含 4 14个阳性克隆 ,随机挑取 2 6 5个阳性克隆提取质粒并酶切分析 ,其中 2 4 6个克隆有插入片段。将其中 4 0个克隆进行测序 ,表明 1个克隆为新基因片段 ,其余 39个源于 35个已知基因。 结论 该消减杂交文库质量可靠 ,它的成功构建为进一步筛选。 展开更多
关键词 肾癌 抑制性杂交文库 差异表达基因 基因筛选 克隆
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热胁迫下茄子叶片cDNA-SSH文库的构建及其相关基因分析 被引量:1
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作者 杨洋 田时炳 +5 位作者 王永清 罗章勇 王之劲 谢树章 何叶 冯雨实 《中国农学通报》 CSCD 2014年第28期105-110,共6页
通过获得热胁迫下茄子热应激表达功能基因,可为创制茄子耐热性品种提供研究基础。笔者采用抑制性消减杂交的方法构建了茄子耐热品系896的热胁迫基因上调表达文库,并对文库的部分序列进行了实时荧光定量PCR表达验证分析。构建文库信息分... 通过获得热胁迫下茄子热应激表达功能基因,可为创制茄子耐热性品种提供研究基础。笔者采用抑制性消减杂交的方法构建了茄子耐热品系896的热胁迫基因上调表达文库,并对文库的部分序列进行了实时荧光定量PCR表达验证分析。构建文库信息分析表明,茄子受热胁迫后大量因子参与到代谢过程的调控中,主要参与糖类、脂类、能量及氨基酸代谢途径,体内的激素调控表现为生长抑制调控。获得文库中编码小分子热激蛋白的YP16,编码碳酸酐酶的YP61以及编码钙依赖蛋白激酶的YP248在茄子叶片受热胁迫后均上调表达。 展开更多
关键词 茄子 热胁迫 抑制性杂交cDNA文库 上调表达 基因
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凡纳滨对虾ANT2基因的克隆及低温表达谱分析 被引量:8
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作者 殷勤 崔亮 +6 位作者 彭金霞 韦嫔媛 谢达祥 陈秀荔 王志伟 李奎 陈晓汉 《水生生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2012年第1期24-28,共5页
为研究凡纳滨对虾适应低温的分子机理,实验对从低温处理凡纳滨对虾抑制性消减文库中筛选出的一个360 bp EST序列进行了研究。首先,同源比对显示该EST片段与其他物种的ANT2基因高度同源,命名为凡纳滨对虾ANT2基因(LVANT2);其次,通过构建... 为研究凡纳滨对虾适应低温的分子机理,实验对从低温处理凡纳滨对虾抑制性消减文库中筛选出的一个360 bp EST序列进行了研究。首先,同源比对显示该EST片段与其他物种的ANT2基因高度同源,命名为凡纳滨对虾ANT2基因(LVANT2);其次,通过构建凡纳滨对虾肝胰腺全长cDNA文库,PCR扩增获得LVANT2基因的全长cDNA1540 bp,其中包括1011 bp的完整开放阅读框,编码336个氨基酸残基。然后,对基因进行了不同组织和低温处理的表达谱分析:(1)组织表达谱的结果显示,该基因在凡纳滨对虾肌肉组织中表达量最高;(2)在不同低温处理下的表达结果显示,该基因在15℃处理下基因表达量发生显著变化,13℃开始呈下调表达,11℃时表达量又升高;13℃低温处理不同时间发现该基因在12h内表达量发生显著变化,48h后表达量最高。LVANT2基因的低温诱导表达模式说明其可能在凡纳滨对虾低温适应中发挥作用。 展开更多
关键词 LVANT2 表达量 抑制性消减文库 cDNA全长文库
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溃疡病菌诱导下毛白杨防御相关基因的应答反应
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作者 张秀英 宋瑞清 +3 位作者 理永霞 吕全 刘振宇 张星耀 《安徽农业科学》 CAS 2014年第12期3555-3558,3575,共5页
[目的]研究溃疡病菌诱导下毛白杨防御相关基因的应答反应。[方法]以毛白杨为试验材料,用溃疡病菌对7月龄幼苗进行接种,提取诱导前后的毛白杨树皮mRNA,通过反转录生成cDNA,构建72 h差异表达的SSH-cDNA文库。随机挑选199个阳性克隆进行测... [目的]研究溃疡病菌诱导下毛白杨防御相关基因的应答反应。[方法]以毛白杨为试验材料,用溃疡病菌对7月龄幼苗进行接种,提取诱导前后的毛白杨树皮mRNA,通过反转录生成cDNA,构建72 h差异表达的SSH-cDNA文库。随机挑选199个阳性克隆进行测序,将测序结果与NCBI基因库中序列进行比较,并对这些EST在dbEST数据库进行同源检索分析,利用RT-qPCR对文库中7个基因进行进一步分析。[结果]172个EST找到了同源序列,其中有32个序列与防御相关。在毛白杨受到溃疡病菌诱导时,这些防御基因的表达量明显上升。[结论]该研究为开展毛白杨抗溃疡病重要功能基因的克隆和鉴定奠定了基础。 展开更多
关键词 毛白杨 葡萄座腔菌 防御相关基因 抑制性cDNA文库 实时荧光定量PCR
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热带假丝酵母木糖乙醇发酵相关基因的筛选与分析 被引量:2
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作者 徐勇 沈翀 +3 位作者 邱兴天 蔡鹏 黄敏仁 余世袁 《中国生物工程杂志》 CAS CSCD 北大核心 2012年第11期61-69,共9页
以木糖代谢模式菌株热带假丝酵母为材料,采用抑制性消减杂交技术构建高质量的木糖、葡萄糖发酵产乙醇的正向、反向SSH-cDNA文库。采用ABI3730系统测定2个文库中的1 013和525条EST序列,共拼接注释得到正向、反向文库中525个和288个差异... 以木糖代谢模式菌株热带假丝酵母为材料,采用抑制性消减杂交技术构建高质量的木糖、葡萄糖发酵产乙醇的正向、反向SSH-cDNA文库。采用ABI3730系统测定2个文库中的1 013和525条EST序列,共拼接注释得到正向、反向文库中525个和288个差异性表达的已知基因,另有67个和12个可能的新基因,并对已知基因进行了GO分类。通过文库间BLAST比对去除相似序列,再结合经典代谢理论的指导筛选出候选基因,以实时定量PCR对它们进行了验证和转录本的定量比较分析,最终筛选出与部分木糖代谢和乙醇发酵相关的主效基因,包括STP、HAGT、XR2、XDH1、XDH2和ADH。实验为热带假丝酵母及其他木糖发酵菌株的糖代谢和乙醇发酵的转录谱、基因重组、代谢工程及发酵调控等相关研究提供理论指导。 展开更多
关键词 热带假丝酵母木糖乙醇发酵相关基因 抑制性消减文库 实时定量PCR
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糙皮侧耳原基期差异表达基因分析 被引量:2
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作者 戚元成 张倩 +2 位作者 薛元 邱立友 申进文 《菌物学报》 CAS CSCD 北大核心 2016年第11期1357-1364,共8页
为解析糙皮侧耳原基期与菌丝期差异表达的基因,本研究以原基期c DNA为检测子(tester)、双核菌丝期c DNA为驱赶子(driver),采用抑制性消减杂交法(suppression subtractive hybridization,SSH)构建了糙皮侧耳SSH c DNA文库。菌液PCR验证SS... 为解析糙皮侧耳原基期与菌丝期差异表达的基因,本研究以原基期c DNA为检测子(tester)、双核菌丝期c DNA为驱赶子(driver),采用抑制性消减杂交法(suppression subtractive hybridization,SSH)构建了糙皮侧耳SSH c DNA文库。菌液PCR验证SSH c DNA文库插入c DNA片段后,挑取了2 055个差异转化子,差异转化子经3次反向Northern杂交筛选,得423个信号差异显著的克隆;阳性克隆测序后,经NCBI数据库Blastn和Blastx比对,共得206条差异表达序列(expressed sequence tag,EST),重复序列去除后,有46个基因参与了细胞急救和防御、能量代谢、转录和蛋白调控、膜蛋白和信号转导,18个基因编码未知功能的推定蛋白,5个无任何同源性的新基因。挑取10个差异表达基因进行半定量RT-PCR,发现这些序列在原基期的表达水平显著高于菌丝期。结果表明,本研究成功构建了糙皮侧耳原基期与菌丝期SSH c DNA文库,为进一步分离糙皮侧耳生长发育相关基因并研究糙皮侧耳的发育机制奠定了基础。 展开更多
关键词 糙皮侧耳 抑制性杂交cDNA文库 异表达基因 反向Northern BLOT 半定量RT-PCR
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Suppression subtractive hybridization for identifying differentially expressed genes in renal cell carcinoma
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作者 张强 辛殿旗 +2 位作者 那彦群 郭应禄 张志文 《Chinese Medical Journal》 SCIE CAS CSCD 2001年第8期24-29,103,共7页
Objective To construct a renal cell carcinoma (RCC) cDNA subtractive library using suppression subtractive hybridization.Methods Polyadenylated RNA [Poly (A)+ RNA] was isolated from tissues of RCC and normal kidne... Objective To construct a renal cell carcinoma (RCC) cDNA subtractive library using suppression subtractive hybridization.Methods Polyadenylated RNA [Poly (A)+ RNA] was isolated from tissues of RCC and normal kidney, and single-strand cDNAs and double-strand cDNAs were synthesized in turn. RCC cDNAs were divided into two groups and ligated to the specific adaptors l and 2, and then hybridized with normal kidney cDNA twice with two rounds of suppression PCR. Second round PCR products were cloned to T/A plasmid vectors to set up the subtractive library. One hundred clones were randomly picked to perform enzyme digest analysis, and some underwent sequence analysis and Northern blot to identify RCC specifically expressed genes. SMART RACE procedure was operated to clone full length novel RCC specifically expressed genes.Results A human RCC subtractive library with high subtractive efficiency was successfully set up. The amplified library contains 350 positive clones. Random analysis of 100 clones with enzyme restriction showed that 85 plasmids in the clones contained 50-400?bp inserts. Sequence analysis was performed for 10 clones. All the 10 sequences were unknown before and derived from 6 unique, novel genes among which the cDNA insert RCC18 had five copies. Northern blot analysis showed that RCC18 cDNA was highly expressed in RCC, but no signal could be detected in normal kidney. Using SMART RACE technique, we obtained the full length of the novel gene RCC18.Conclusions The constructed cDNA subtractive library of human RCC is a highly efficient one and lays a solid foundation for large scale screening and cloning new and specific oncogenes or tumor suppressor genes of RCC. The novel specifically expressed genes provided an important clue for studying the mechanisms of occurrence and development of RCC. 展开更多
关键词 kidney neoplasms · carcinoma · suppression subtractive hybridization · library · gene · clone
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