几个提高抑制消减杂交(SSH)文库质量的技术改进

抑制消减杂交(SSH)高灵敏、易操作、高效富集低表达丰度基因和均一化目的基因片断,广泛用于差异表达基因的分离和cDNA文库构建。在实验操作中常出现低表达mRNA和cDNA丢失、大片断连接效率低等问题,构建的文库质量差,文章通过改进萃取操作提高目的产物(mRNA和cDNA)回收率,回收率增加30%以上;通过采用PVPP、高浓度KAc专一性结合和LiCl沉淀等措施除去RNA中的多酚和多糖、进而增加可分离mRNA种类和含量,对应的Uni-EST种类增加近3倍,通过采用胶回收并分段连接保护大片断cDNA等措施使文库中转录本丰富度增加,大片段(500 bp以上)比例增大,cDNA平均长度增大,文库质量明显提高。

抑制消减杂交技术(SSH)及其在兽医领域的应用

基因的差异表达是生命活动的核心机制,在不同发育时期和不同生理阶段中不同细胞或同类细胞在表达上不同,这为研究生命活动过程提供重要的信息。抑制消减杂交技术(SSH)是近年来新兴的用于分离差异表达基因的手段之一,此技术结合了消减杂交和抑制性PCR的优点,广泛应用于兽医领域。文章对SSH原理、方法和特点进行了阐述,对其在微生物、动物疾病、动物生育和寄生虫学中的应用做了相应的概括介绍。

抑制性消减杂交方法克隆棉属突变材料腺体发育相关的cDNAs

该文采用抑制性消减杂交方法 (SSH)构建了棉属突变材料“湘棉 18”种子萌发过程中腺体发育形成前后的两个不同时期的SSH差减文库 .通过差示筛选及反式Northern检测 ,获得了色素腺体形成时期特异表达或优势表达的cDNA片段 .结果表明 ,这些cDNA所涉及的基因 ,多数是棉属中新发现的 ,它们与发育调控、细胞凋亡、蛋白质合成等密切相关 .

大豆再生抑制消减杂交文库的构建

大豆再生受基因型限制，高效稳定再生体系建立难、遗传转化效率低，影响生物技术的应用。为获得与大豆再生相关基因，解析大豆再生基因分子机制，从而建立高效、稳定再生体系，为生物技术在大豆分子育种中的应用奠定基础。文章利用抑制性消减杂交技术（Suppression subtractive hybridization，SSH），以东农50子叶节为材料构建消减杂交cDNA文库，从文库中随机挑取917个阳性克隆，PCR鉴定插入片段大部分集中在100~750 bp，利用BLAST在GenBank数据库进行序列相似性比对，经过同源性比对归并后得到411个高质量ESTs片段，功能分析表明，这些基因与信号转导、葡萄糖、蛋白质大分子生物合成代谢，光、叶形态发生相关；调控细胞凋亡、细胞自身防御、细胞壁分化；参与各种激素及细胞分裂素介导的信号通路。

抑制消减杂交技术及其在植物基因表达研究中的应用

抑制消减杂交技术以其低假阳性率、高灵敏度等优点,越来越多地应用于植物不同发育阶段、植物突变体、不同外界因素即非生物因素和生物因素造成植物基因差异表达的研究。文章就此领域的研究进展作介绍。

长角血蜱雄蜱抑制消减杂交cDNA文库的构建与分析

为构建长角血蜱雄蜱抑制消减杂交cDNA文库,获得长角血蜱雄性成蜱在半饱血状态下的特异表达基因,用抑制消减杂交方法构建以pGEM-T Easy为载体的长角血蜱半饱血雄蜱全蜱cDNA文库,测序并进行生物信息学分析。以新合成的长角血蜱饥饿和半饱血雄蜱cDNA第一链为模板,用RT-PCR方法对从文库中挑选的5个表达序列标签(EST)进行鉴定。初步获得18个EST,BlastX分析显示,所得cDNA编码的功能性蛋白主要包括信号传导、组织形态形成、转录调节和糖类代谢等相关蛋白。RT-PCR鉴定结果显示,随机挑选的5个新EST中有3个在半饱血状态下差异表达。结果表明,成功地构建了长角血蜱雄性全蜱抑制消减杂交文库,获得了有潜在生物学功能的EST。

植物基因分离的抑制消减杂交PCR

在植物的不同生长阶段,不同生理状态和不同类型的细胞中,表达的基因各不相同。因此,比较两种不同类型细胞中基因表达的差异是非常必要的。近几年发展起来了一些克隆表达基因的方法(SH,DD,RDA,SSH等)。SSH报道于1996年,该法是以抑制PCR为基础将检测子cDNA标准化与消减杂交相结合所形成的。本文详细阐明了SSH的原理以及操作规则,相对于以上其他方法SSH有一些优点,例如假阳性低,重复性强,灵敏度低和操作繁琐,并对其在植物中的应用进行了展望。

抑制性消减杂交技术在植物基因克隆中的应用

抑制性消减杂交(SSH)技术是近十年来才发展起来的一种克隆差异新基因的快速、高效的技术。本文通过与其他几种目前主要的差异基因分离技术的比较,介绍了SSH技术基本原理、基本过程及优缺点,并对SSH技术在植物基因研究应用上的最新进展进行评述。

抑制消减杂交在热带作物研究中的应用

介绍了抑制消减杂交(SSH)技术的原理和步骤以及在热带作物发育、逆境胁迫或人为诱导条件下不同组织中差异基因表达和突变等研究方面的应用。

抑制性消减杂交技术在细菌活的非可培养状态研究中的应用

在基因分离与克隆中,构建各种cDNA文库是近些年发现新基因及研究基因功能常用的基础工具之一。其中,抑制性消减杂交技术(SSH)是一种高效分离差异表达基因的方法,在分离筛选细菌活的非可培养状态(VBNC)与正常菌株差异基因中,应用这种研究方法是研究细菌VBNC状态菌株毒力、致病性和耐药性及菌株遗传分化关系的重要途径。文章旨在介绍SSH构建消减cDNA文库在原核生物中的应用及对其在细菌VBNC状态新基因筛选中的应用前景,并提出了展望。

打顶烟草根尖组织抑制性消减cDNA文库的构建及其序列分析

【目的】构建烟草打顶后根尖组织的消减文库,寻找调控烟碱生物合成的相关候选基因。【方法】以打顶株为测验子(tester)、以非打顶株为驱赶子(driver),利用抑制性消减杂交(suppression subtractive hybridization,SSH)和反向Northern杂交技术构建和筛选烟草打顶前后根尖组织消减文库,并对差异表达克隆进行生物信息学分析。【结果】构建了具有高消减效率的cDNA文库。PCR验证消减文库阳性克隆的插入片段为200—1 000 bp。经反向Northern杂交,从850个克隆中筛选到560个杂交信号差异明显的克隆,测序后得到273条有效序列。对273个已知功能基因的ESTs进行分类,生物碱合成类占4%、植物激素代谢类占3%、信号转导和转录因子类占18%、胁迫和防御类占32%、蛋白质代谢占9%、碳代谢占6%、其它代谢占15%、功能未知类占13%。RT-PCR结果显示,NTAT84和NTAT71序列在烟株打顶后转录活性均升高。【结论】应用SSH技术构建了烟草打顶前后根尖组织消减cDNA文库。

泥鳅抑制性消减DNA文库的构建及质量分析

为筛选、克隆泥鳅性别特异基因奠定基础,以黄河中下游雌性和雄性成体泥鳅为材料,采用抑制性消减杂交技术(SSH)构建基因组DNA文库,并结合蓝白斑筛选和PCR方法鉴定文库质量。结果表明:雌雄泥鳅基因组DNA的正反向抑制消减文库构建成功,其中,正向文库包含240个克隆,反向文库包含216个克隆,阳性克隆率为95.61%,插入片段范围为0.2～1.0kb。

大豆花叶病毒胁迫诱导的消减文库构建及初步分析

大豆花叶病毒病是危害大豆产量和品质的主要病害之一 ,通过分子手段研究大豆花叶病毒病基因的抗病相关基因表达可以辅助抗病育种工作。利用SSH技术 ,对抗大豆花叶病毒病的大豆品种 814 3进行分析 ,构建大豆花叶病毒胁迫诱导表达的cDNA文库 ,并对文库进行初步分析。

溶藻弧菌诱导凡纳滨对虾消减文库的构建及其表达序列标签分析

利用抑制消减杂交技术构建了溶藻弧菌(Vibrio alginolyticus)诱导的凡纳滨对虾(Litopenaeus vannamei)血淋巴细胞cDNA文库。用DNAMAN5.2.2软件对560条高质量的ESTs进行聚类,共获得239个Unigenes。与GenBank进行BLASTx和BLASTn同源比较,其中66.9%为已知功能基因,33.1%为未知功能基因,GO分类将其分为7类,包括能量和基础代谢类相关的基因为第一大类占36%,免疫相关基因占15%,其他基因占8%,信号转导类占3%,抗氧化酶和凋亡相关蛋白均为2%,核蛋白类占1%。实验结果表明凡纳滨对虾在溶藻弧菌诱导下可产生一系列特异基因的表达,通过对文库的分析显示,基于PCR方法建立的SSH文库为取得大量免疫相关基因的ESTs序列提供了可能。

福美双诱发肉鸡胫骨软骨发育不良早期生长板消减cDNA文库的构建

【目的】为应用cDNA芯片技术筛选肉鸡胫骨软骨发育不良(TD)时序性差异表达基因,本研究构建了早期生长板消减cDNA文库。【方法】将7日龄AV肉鸡随机分为两组,对照组(control,C)饲以基础日粮,试验组(thiram diet-fed,T)饲以基础日粮添加福美双100 mg·kg-1,2 d后继续饲以基础日粮,诱发肉鸡TD。应用抑制消减杂交技术(SSH)构建正反向消减cDNA文库,用PCR验证两个文库中克隆的插入片段,随机抽取100个阳性克隆测序,对所测序列同源性分析和功能预测。【结果】从两个文库共获得2 227个有效阳性克隆,插入片段大小主要分布在200—1 000bp之间;所测序列中有97条ESTs与GenBank中的鸡基因序列同源性达到99%,且非冗余度达到68.7%;此外,有3条ESTs未找到同源序列。这些基因具有构成细胞外基质,参与软骨内骨化和骨的重构,调节骨发育,行使信号转导、血管发生,参与电子传递及能量代谢等功能。【结论】成功构建了消减cDNA文库,将为进一步点制cDNA芯片,筛选不同阶段的差异表达基因奠定了基础,也为肉鸡TD机理研究提供新线索。

低渗诱导凡纳滨对虾肝胰腺消减文库的构建及其表达序列标签分析

初始体重（0．27±0．01）g的凡纳滨对虾（Litopenaeus vannamei）分别于盐度2和30中饲养56d，采用抑制性消减杂交技术构建低渗胁迫诱导的凡纳滨对虾肝胰脏差异表达基因消减cDNA文库。消减杂交效率分析显示，正反向消减文库差异表达的基因各富集大约25和2^5-10倍。从正反向两个文库中随机挑选200个阳性克隆进行测序（正向文库80个，反向文库120个），共获得179条序列长度大于100bp的ESTs序列，经CAP3在线拼接程序得到73条Unigenes（19条contigs和54条singlets）。生物学信息分析表明，这些Unigenes所代表的相应基因的功能包括免疫相关蛋白、代谢相关蛋白、核蛋白、细胞凋亡和转移蛋白。这些基因信息表明，凡纳滨对虾在低盐胁迫诱导所导致的生理变化非常复杂，构建的差异表达cDNA文库可较好地反映低盐胁迫对凡纳滨对虾影响的基因信息。

中国明对虾(Fenneropenaeus chinensis)卵黄发生前期与消退期卵巢和肝胰腺消减文库的初步构建及分析

利用抑制性消减杂交技术(SSH)分别对中国明对虾在卵黄发生的两个关键时期(卵黄发生前期和消退期)构建卵巢和肝胰腺的正反向消减文库,测序结果与GenBank进行BLASTx同源比较并利用GO分析进行功能注释。结果显示,各文库中的差异表达基因与卵巢发育时期相吻合,卵黄发生前期的卵巢和肝胰腺中分别检测到与卵黄蛋白原相关基因的出现,说明卵黄发生前期与卵黄发生有重要联系。在消退期中检测到与皮质棒形成相关的基因,说明消退期仍有皮质棒的形成,同时也检测到一些与免疫相关的基因,在机体中差异表达时期的功能有待进一步探讨。

低温胁迫下东农冬麦1号分蘖节SSH文库的构建及文库中3个基因的表达模式

为揭示高抗寒冬小麦品种东农冬麦1号的抗寒分子机制,在北方寒地自然条件下,于越冬前(5℃)和越冬期(-25℃)分别对分蘖节取样,利用抑制消减杂交技术构建该品种低温胁迫相关基因的cDNA文库。在cDNA文库中随机挑选300个阳性克隆测序,获得230条高质量的表达序列标签(EST)。对该序列进行BLAST比对及功能注释,发现文库中基因组成类型复杂多样,其中应对胁迫的基因(如热激蛋白、CS66、Wcor8等)以及参与编码60S和40S核糖体亚基的基因出现的频率较高,这些基因可能与东农冬麦1号的安全越冬有密切关系。对文库中筛选到的2种未知基因和Clp基因进行荧光定量PCR分析,发现其表达水平随着温度降低而不同程度升高;在弱抗寒性小麦品种济麦22中,这些基因则有不同的表达模式。推测这些基因在抗低温胁迫过程中发挥重要作用。

小麦抗白粉病SSH-cDNA文库中差异基因的表达模式

为了解白粉菌诱导下抗白粉病小麦的抗病机制,构建了白粉菌接种初期的抑制性消减杂交cDNA(SSH-cDNA)文库。从中随机挑取140个阳性克隆进行测序,去除冗余序列和重复序列后,得到94条EST,利用NCBI的BLAST在线序列比对工具对GenBank的蛋白质数据库进行同源性比对及功能分类。结果表明,49个EST与已知功能蛋白同源性较高,主要涉及初级代谢(2%)、能量代谢(24%)、细胞结构(2%)、转录(2%)、蛋白质合成加工与储藏(16%)、转运(4%)、信号转导(4%)和抗病与防御(30%)。经文库比较,筛选出与病程相关蛋白基因同源的EST(Z25-1)和与谷胱甘肽硫转移酶同源的EST(Z440-1),GenBank登录号为EX567369和EX567360。以其EST序列为依据设计引物,通过RT-PCR分析它们在白粉菌诱导下的表达模式,结果该2基因表达存在明显差异。其中,Z25-1在未接种白粉菌时具有一定的表达量,白粉菌侵染后表达量开始上升,侵染72h时表达量最高,然后下降;Z440-1在未接种时也具有一定的表达量,但在接种初期表达微弱,甚至不表达,24h后表达开始上升,到72h时达最高,然后下降。本研究表明,病程相关蛋白和谷胱甘肽硫转移酶属于诱导型表达基因,且参与白粉病抗病反应,在白粉菌诱导72h时表达量最高。

大豆疫霉根腐病菌诱导下SSH文库构建及初步分析

大豆疫霉根腐病是危害大豆生产的毁灭性病害之一，研究利用抑制性消减杂交技术（Suppression Subtractive Hybridization，SSH）成功构建了疫霉菌诱导的大豆抗病品种绥农10差异表达的cDNA消减文库，从文库中共筛选到2067个阳性克隆，PCR鉴定插入片段大部分集中在100—800bp之间，利用BLAST在GenBank数据库进行序列相似性比对，获得有功能的EST375个，分析表明这些EST功能涉及大豆的抑制病原菌生长、细胞自身保护、信号传导、系统获得抗性、蛋白质合成、呼吸作用等。