虾源肌球蛋白抗原表位的计算机辅助计算

利用在线软件和线下软件对来源于刀额新对虾(Metapenaeus ensis)的过敏原Met e1的B细胞抗原表位和T细胞抗原表位进行预测、筛选以及辅助计算.首先,通过uniprot蛋白数据库获取Met e1蛋白质氨基酸序列;其次,用ExPASY ProtParam, SignalP-5.0 Server和TMHMM Server v.2.0在线工具对Met e1的理化性质、信号肽与跨膜区域进行分析,用PSIPRED在线工具、 SOPMA在线工具和DNAstar软件联合预测计算Met e1二级结构,用Swiss model在线软件预测计算Met e1三级结构;再次,用DNAStar线下软件和IEDB在线软件综合预测计算线性B细胞表位,用IEDB在线软件预测计算CD4+T细胞表位和CD8+T细胞表位;最后将所得结果进行B细胞表位和T细胞表的筛选.结果表明:Met e1蛋白的B细胞表位为15~28, 45~49, 92~95, 125~130, 150~153, 255~258位氨基酸;T细胞表位为78~84, 223~232位氨基酸.

DsbC介导HCV优势抗原表位原核可溶性表达与间接ELISA分析

目的DsbC蛋白与丙型肝炎病毒(HCV)优势抗原表位原核融合表达并纯化,获得一种特异优良的HCV血清抗体诊断抗原。方法通过生物信息学软件,筛选我国HCV主要流行株优势抗原片段并进行串联融合形成组合肽命名为P367,将P367与DsbC蛋白进行融合后在原核系统内可溶性表达并纯化获得重组抗原DsbC-P367,建立HCV-IgG血清学检测方法,通过对HCV阴阳性血清的检测,评价DsbC-P367与P367在血清学诊断差异,获得一种新型HCV-IgG血清学诊断抗原制作方法。结果通过信息学软件筛选获得的优势抗原表位来源于不同基因型,全长367个氨基酸。通过原核表达系统发现,DsbC-P367以可溶性表达形式存在,亲和纯化后其相对分子质量为63×10^(3),纯度为92%,Western blot实验初步证实重组DsbC-P367与P367蛋白均具有抗原性;对100份明确HCV阴阳性血清进行检测,DsbC-P367与P367灵敏度分别为96%、90%,特异度均为100%,与“金标准”比较,McNemer检验显示均P=1.00,Kappa分别为0.95、0.87,提示DsbC-P367相对于P367具有更优的灵敏度。结论重组获得的DsbC-P367融合肽在HCV血清学抗体检测中具有良好的灵敏度和特异度,可开发为HCV-IgG体外诊断试剂盒用于HCV感染的实验室诊断。

新型冠状病毒相关TMPRSS2蛋白结构特征和抗原表位分析

采用生物信息学方法分析预测新型冠状病毒(Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2,SARS-CoV-2)跨膜蛋白酶丝氨酸2(transmembrane protease serine 2,TMPRSS2)的理化特性、结构特征和抗原表位,为抗SARS-CoV-2药物研发提供参考。利用ProtParam、ProtScale分析预测TMPRSS2蛋白酶的理化特性;利用COILS Server、SignalP、TMPred、TargetP Server、NetPhos Server、NetNGlyc Server服务器对TMPRSS2蛋白酶结构进行功能结构的分析预测;利用SOPMA、Pfam、SWISS MODEL分析预测TMPRSS2蛋白酶高级结构;利用IEBD分析预测TMPRSS2蛋白酶B细胞、T细胞表位。TMPRSS2蛋白酶氨基酸组成数为492个,其中丝氨酸占比最高;亲水性较高,含10个跨膜螺旋区;具有4个磷酸化位点,3个糖基化修饰点;二级结构中无规则卷曲占据主导地位,三级结构能与已知的5ce.1.1.A(SMTL ID)模型同源建模;存在13个潜在的B细胞表位,12个得分较高的T细胞表位。