无辅助因子放线菌抗生素合成关键酶Dpgc的生信分析

为研究万古霉素等抗生素合成关键酶的特征,通过多种生信工具对Dpgc的序列进行分析、预测其理化性质及结构功能。结果显示:Dpgc分布于细胞质中,无信号肽,为亲水性可溶性蛋白,有7个潜在的磷酸化位点。预测到一个结构域,属于巴豆酸酶/烯酰辅酶A(CoA)水合酶超家族,其二级结中主要以α螺旋和无规则卷曲为主;三级结构预测到5种模型,其中模型4的误差小,以它为基础,预测到一个体积为171.52?3的催化口袋。采用swiss-model进行同源建模,结果表明:Dpgc建模结构可靠,可为该酶活性的进一步分析提供理论参考。Dpgc关键酶的生信分析佐证了该酶结构的一些实验研究的结果,为万古霉素等抗生素合成产量的提高提供了参考。

一株藜内生放线菌的活性分析及抗生素生物合成潜力的筛查

对一株分离自药用植物藜的内生放线菌LCB-A236进行系统学鉴定。电镜扫描后观察到螺旋状的孢子丝和椭球形的孢子,通过其形态和生理生化特征初步确定为链霉菌。分子鉴定和系统发育分析结果显示,其与Streptomyces violaceorubidus LMG 20319T (AJ781374)进化地位最接近,相似度为99.71%,确定为Streptomyces sp.。通过平板法、SRB法和Lilian Sauma等人的激动率测试模型进行抗菌、抗癌及抗糖尿病活性测试,结果显示出较强的抗癌及抗糖尿病活性和中等的抗菌活性。菌株的5类抗生素合成酶基因PCR扩增筛查结果表明,该菌株含有I-型聚酮合成酶、II-型聚酮合成酶和非核糖体多肽合成酶的基因。