基于转录组技术的枫叶鲑亲本鉴定和杂交优势分析

为探究枫叶鲑的亲本来源及杂种抗病优势,采用Illumina高通量测序技术对枫叶鲑的胸腺和头肾组织转录组进行测序分析。结果获得胸腺组织原始数据8224345800 bp,拼接获得169204条单基因序列(Unigene);头肾组织原始数据7409864400 bp,拼接获得132292条Unigene。利用生物信息学方法对Unigene进行NR库相似搜索,还进行了GO、KOG和KEGG分类注释。通过比对线粒体DNA(mtDNA)基因序列发现,枫叶鲑与虹鳟(Oncorhynchus mykiss)的线粒体基因同源性达99%以上,可判定枫叶鲑母本是虹鳟;E3、TNF-α、IGM等基因的同源性在大鳞大麻哈鱼(Oncorhynchus tshawytscha)中比虹鳟高,推测枫叶鲑父本可能是大鳞大麻哈鱼。对免疫相关基因分析发现,IgM、TNF-α和T、B淋巴细胞相关基因序列与父、母本同源性均较高,因此初步判定枫叶鲑抗病优势是父、母本双方杂交的结果。通过转录组分析杂交种的抗病优势存在盲区,但该技术可以快速判断父、母本的来源,获得大量遗传信息,优势明显。