基于计算机模拟技术以埃博拉病毒跨膜糖蛋白为靶点挖掘中药抗病毒活性分子

目的基于埃博拉病毒跨膜糖蛋白(transmembrane glycoprotein of the Ebola virus,EBOV-GP)的三维空间结构,运用计算机虚拟筛选技术从中国台湾中医药数据库TCM@TAIWAN中寻找具有抗病毒作用的中药活性分子。方法以EBOV-GP为靶点,采用类药性评估、分子对接、分子动力学模拟以及吸收、分布、代谢和排泄(absorption、distribution、metabolism and excretion,ADME)预测等多尺度虚拟筛选策略,从TCM@TAIWAN数据库中挖掘候选药效分子,并分析候选分子与靶点的相互作用情况。结果以胺碘酮为阳性对照药物,筛选出4个类药性良好的中药单体ZINC85531496、ZINC85567560、ZINC85592968、ZINC33833122,与EBOV-GP亲和力及相互作用基团均优于胺碘酮。结论采用多种计算机虚拟筛选技术挖掘EBOV-GP抑制剂,可促进从天然产物化学结构数据库中提取、设计以及实验合成抗埃博拉病毒的药效分子。

基于埃博拉病毒糖蛋白单体结构从中药天然产物库中筛选新型抗病毒化合物

基于埃博拉病毒跨膜单链糖蛋白(single glycoprotein of ebolavirus,EBOV-sGP)为靶标,运用类药性评估、分子对接、ADME预测、结合自由能计算、分子动力学模拟等计算机虚拟筛选技术,从中药数据库TCMSP中挖掘抗病毒天然产物活性分子。以药效分子托瑞米芬(toremifene)为阳性对照,最终筛选出4个类药性良好的先导化合物MOL006834、MOL000174、MOL002192、MOL012524,它们与EBOV-sGP亲和力及相互作用基团均接近于toremifene。该研究结果可促进从中药天然产物库中提取、设计以及实验合成抗埃博拉病毒的药效分子。