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基于结构分类的蛋白质折叠模式识别方法
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作者 刘伟华 毛凤楼 +1 位作者 来鲁华 韩玉真 《生物物理学报》 CAS CSCD 北大核心 1999年第1期126-136,共11页
对用于折叠模式识别的蛋白质结构数据库进行结构分类,构建了四个分类库:Al-α库,Al-β库,α/β库,α+β库和一个总库,然后分别统计出不同灵敏度的匹配评估函数(平均势)。对不同的平均势,不同结构类型的蛋白进行的检验... 对用于折叠模式识别的蛋白质结构数据库进行结构分类,构建了四个分类库:Al-α库,Al-β库,α/β库,α+β库和一个总库,然后分别统计出不同灵敏度的匹配评估函数(平均势)。对不同的平均势,不同结构类型的蛋白进行的检验发现:来源于α/β库的平均势预测能力最强,来源于Al-α库的平均势预测能力最弱;对α/β蛋白的预测成功率最高,对Al-α蛋白的预测成功率最低。这与α/β蛋白结构最规则。 展开更多
关键词 蛋白质 折叠模式识别 结构分类 平均势
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一个识别蛋白质折叠模式的SVM分类器 被引量:1
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作者 郭海娟 吕强 +3 位作者 吴宏杰 吴进珍 杨鹏 黄旭 《生物信息学》 2010年第4期287-290,共4页
蛋白质折叠模式识别是一种分析蛋白质结构的重要方法。以序列相似性较低的蛋白质为训练集,提取蛋白质序列信息频数及疏水性等信息作为折叠类型特征,从SCOP数据库中已分类蛋白质构建1 393种折叠模式的数据集,采用SVM预测蛋白质1 393种折... 蛋白质折叠模式识别是一种分析蛋白质结构的重要方法。以序列相似性较低的蛋白质为训练集,提取蛋白质序列信息频数及疏水性等信息作为折叠类型特征,从SCOP数据库中已分类蛋白质构建1 393种折叠模式的数据集,采用SVM预测蛋白质1 393种折叠模式。封闭测试准确率达99.612 2%,基于SCOP的开放测试准确率达79.632 9%。基于另一个权威测试集的开放测试折叠准确率达64.705 9%,SCOP类准确率达76.470 6%,可以有效地对蛋白质折叠模式进行预测,从而为蛋白质从头预测提供参考。 展开更多
关键词 蛋白质折叠模式识别 SVM 从头预测
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低同源性蛋白质结构预测 被引量:2
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作者 倪立生 毛凤楼 +1 位作者 韩玉真 来鲁华 《物理化学学报》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2001年第5期389-392,共4页
The development of human genome project calls for more rapid and accurate protein structure prediction method to assign the structure and function of gene products. Threading has been proved to be successful in protei... The development of human genome project calls for more rapid and accurate protein structure prediction method to assign the structure and function of gene products. Threading has been proved to be successful in protein fold assignment,although difficulties remain for low homologous sequences. We have developed a method for solving the sequence rearrangement problem in threading. By reshuffling secondary elements,protein structures with the same spatial arrangement of secondary structures but different connections can be predicted. This method has been proved to be useful in fold recognition for proteins of different evolutionary origin and converge to the same fold. 展开更多
关键词 蛋白质 结构预测 折叠模式识别 低同源性 收敛进化 基因组 二级结构
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