目的基于全转录组测序探讨小鼠肝细胞癌(hepatocellular carcinoma,HCC)组织中miR-122-5p和miR-27b-3p调控DNA拓扑异构酶2-a(DNA topoisomerase 2-alpha,Top2a)异常表达的可能调控机制。方法通过构建小鼠HCC模型、实时荧光定量PCR(RT-qP...目的基于全转录组测序探讨小鼠肝细胞癌(hepatocellular carcinoma,HCC)组织中miR-122-5p和miR-27b-3p调控DNA拓扑异构酶2-a(DNA topoisomerase 2-alpha,Top2a)异常表达的可能调控机制。方法通过构建小鼠HCC模型、实时荧光定量PCR(RT-qPCR)和全转录组测序等生物信息学手段,以及结合The Human Protein Atlas(人类蛋白质图谱数据库),分析Top2a在瘤体组织和正常肝组织中的差异表达,并进一步筛选与Top2a或其编码蛋白有PPI和靶标关系的差异(q<0.05,q为校正的P)表达基因和miRNA,分析其功能。构建Top2a编码蛋白的蛋白质-蛋白质互作图(PPI)和分析Top2a及相关基因参与的生物学功能。结果与对照组相比,瘤体组织中Top2a差异过表达(P<0.05),且存在87个与Top2a编码蛋白互作、差异表达的蛋白编码基因。GO功能富集显示,Top2a及相关基因主要存在于细胞核,且多数具有蛋白结合和DNA结合活性,参与RNA聚合酶Ⅱ启动子转录的正向调节、细胞对DNA损伤刺激的反应和染色体分离等生物学过程。同时,存在miR-27b-3p和miR-122-5p这2种靶向于Top2a的miRNA在瘤体组织中表达显著低于对照组织。Top2a基因在肝癌组织中RNA和蛋白质表达水平均高于正常肝组织,此外,Top2a基因低表达的肝癌患者的生存率明显高于高表达的患者。结论Top2a基因在HCC中过表达是其细胞抑制了miR-122-5p和miR-27b-3p表达的结果。而Top2a在细胞核内通过蛋白结合和DNA结合等活性,影响转录起始、DNA损伤刺激反应和染色体分离等生物学过程,则是其在HCC中发挥作用的分子机制。Top2a基因可能是预测肝癌预后的重要生物标志物,有一定的临床诊断价值。展开更多
文摘目的基于全转录组测序探讨小鼠肝细胞癌(hepatocellular carcinoma,HCC)组织中miR-122-5p和miR-27b-3p调控DNA拓扑异构酶2-a(DNA topoisomerase 2-alpha,Top2a)异常表达的可能调控机制。方法通过构建小鼠HCC模型、实时荧光定量PCR(RT-qPCR)和全转录组测序等生物信息学手段,以及结合The Human Protein Atlas(人类蛋白质图谱数据库),分析Top2a在瘤体组织和正常肝组织中的差异表达,并进一步筛选与Top2a或其编码蛋白有PPI和靶标关系的差异(q<0.05,q为校正的P)表达基因和miRNA,分析其功能。构建Top2a编码蛋白的蛋白质-蛋白质互作图(PPI)和分析Top2a及相关基因参与的生物学功能。结果与对照组相比,瘤体组织中Top2a差异过表达(P<0.05),且存在87个与Top2a编码蛋白互作、差异表达的蛋白编码基因。GO功能富集显示,Top2a及相关基因主要存在于细胞核,且多数具有蛋白结合和DNA结合活性,参与RNA聚合酶Ⅱ启动子转录的正向调节、细胞对DNA损伤刺激的反应和染色体分离等生物学过程。同时,存在miR-27b-3p和miR-122-5p这2种靶向于Top2a的miRNA在瘤体组织中表达显著低于对照组织。Top2a基因在肝癌组织中RNA和蛋白质表达水平均高于正常肝组织,此外,Top2a基因低表达的肝癌患者的生存率明显高于高表达的患者。结论Top2a基因在HCC中过表达是其细胞抑制了miR-122-5p和miR-27b-3p表达的结果。而Top2a在细胞核内通过蛋白结合和DNA结合等活性,影响转录起始、DNA损伤刺激反应和染色体分离等生物学过程,则是其在HCC中发挥作用的分子机制。Top2a基因可能是预测肝癌预后的重要生物标志物,有一定的临床诊断价值。
