不同品种猪肠道拟杆菌属-普雷沃氏菌属群实时荧光定量分析

对猪肠道30种细菌的16SrDNA序列进行比对分析,设计拟杆菌属-普雷沃氏菌属荧光定量的特异引物。以多形拟杆菌菌株(CDC1404-A)基因组的DNA为模板,以常规PCR引物扩增16SrDNA靶片断,将PCR产物纯化后作为DNA标准品,将梯度稀释的标准品作模板,建立定量标准曲线。以TaqMan探针建立25μL反应体系,对不同浓度的多形拟杆菌DNA样品进行检测,并以乳酸杆菌、大肠杆菌和双歧杆菌的基因组DNA模板作阴性对照,验证此方法检测拟杆菌属-普雷沃氏菌属的特异性。结果表明:设计的荧光定量引物和探针,仅对拟杆菌和普雷沃氏菌有很强的特异性,该方法的灵敏度可3.73个/μL的基因组DNA。将PCR方法用于5月龄长白和太湖猪回肠内容物检测,其拟杆菌属-普雷沃氏菌属的检测结果呈阳性,每克回肠内容物拟杆菌属-普雷沃氏菌属数量的拷贝数对数值太湖猪比长白猪高38.5%(P<0.10),而且发现拟杆菌属-普雷沃氏菌属数量与背膘厚度、脂肪率之间有正相关关系。

海洋放线菌Nocardiopsis sp.HM-01的抑菌活性及抑菌物质鉴定

该研究针对一株海洋放线菌HM-01进行形态学及16S rDNA分析,并对该菌株的发酵液提取物进行抑菌特性研究,采用antiSMASH对该菌株亲缘性较高的基因组序列进行次级代谢产物基因簇预测,并结合液相色谱-质谱分析,鉴定主要抑菌活性物质。结果表明,该菌株被鉴定为拟诺卡氏菌属(Nocardiopsis)。Nocardiopsis sp.HM-01发酵液提取物对大肠杆菌、金黄色葡萄球菌、鳗弧菌、阴沟肠杆菌、铜绿假单胞菌等均有明显抑制活性,且以RP培养基在发酵第9天时效果最明显。鉴定出主要的抑菌活性物质为desferrioxamine E和icosalide B。

三维法测定耐头孢美唑菌β-内酰胺酶的研究

目的检测耐头孢美唑的肠杆菌科细菌持续高产 AmpC 酶和超广谱β-内酰胺酶(ESBLs)及对其他抗生素的耐药状况。方法采用三维法测定 AmpC 和 ESBLs 及纸片扩散法测定16种抗菌药物的抑菌环直径。结果 50株耐头孢美唑的肠杆菌科菌有24.0%的菌株同时产 AmpC 酶和 ESBLs,有28.0%的菌株单产 AmpC 酶,有6.0%的菌株单产 ESBLs,有46.0%的菌株 AmpC 酶和 ESBLs 酶均阴性;AmpC 和 ESBLs 总的阳性率分别为48.0%和26.0%;AmpC 和 ESBLs 总的阳性率分别为44.0%和26.0%;肠杆菌属的产 AmpC 酶率最高,不动杆菌属、铜绿假单胞菌、弗氏柠檬酸杆菌、气单胞菌属均能产生 AmpC酶,而大肠埃希菌产 AmpC 酶的几率较小。结论耐头孢美唑的肠杆菌科细菌产 AmpC 酶几率较高,应加强监测。

基于MiSeq分析川中黑山羊瘤胃细菌的多样性及群落结构

采用MiSeq高通量测序技术分析川中黑山羊瘤胃细菌的多样性及菌群结构。选用3只140日龄健康公羊,其平均体质量为(15.53±0.21)kg,饲喂10 d后,于150日龄时采集瘤胃液(样品A),40 d后再次采集瘤胃液(样品F),提取瘤胃液细菌基因组DNA,对细菌16S rDNA序列V4区进行MiSeq测序。结果显示:1)从样品A与样品F中共获得高质量序列338 830条,聚类后得3 400个运算分类单位(OTU);2)样品A的α多样性指数高于样品F的,但其差异无统计学意义;3)门水平上,样品A最高相对丰度为拟杆菌门的(占总序列数的40.87%),其次为厚壁菌门的(27.19%),样品F最高相对丰度为拟杆菌门的(47.12%),其次为变形菌门的(19.99%),再次为厚壁菌门的(18.05%),样品A厚壁菌门的相对丰度极显著高于样品F的(P<0.01);4)在属水平上,样品A与样品F的最高相对丰度均为普雷沃氏菌属的(样品A的为25.54%,样品F的为27.67%),样品A中月形单胞菌属、丁酸弧菌属、瘤胃球菌属、琥珀酸弧菌属、琥珀酸菌属等的相对丰度显著高于样品F的(P<0.05)。试验结果表明,川中黑山羊瘤胃中相对丰度最高的菌门为拟杆菌门,相对丰度最高的菌属为普雷沃氏菌属,且两瘤胃样品中部分细菌相对丰度间的差异显著。

基于高通量测序技术的胃癌患者肠道菌群变化特点

目的 使用高通量测序技术检测胃癌患者肠道菌群,探讨其分布及菌群功能的特点。方法 根据纳入排除标准,选取2019至2021年在河北北方学院附属第一医院胃肠肿瘤外科就诊的42例胃腺癌患者为研究对象,同时招募性别、年龄匹配的30例健康志愿者为对照组,收集两组粪便样本并提取DNA,使用16S核糖体DNA扩增子焦磷酸测序分析微生物种群,PICRUSt2预测菌群功能差异。结果 与健康对照组相比,胃癌组患者拟杆菌门丰度减少,变形菌门和放线菌门丰度增加,差异均有统计学意义(t=4.491、3.369、2.790,P<0.05);α多样性分析结果显示,胃癌患者Chao1指数升高而Shannon指数减少,差异均有统计学意义(t=10.884、9.953,P<0.01);主坐标分析(PCoA)显示,胃癌组与对照组菌群结构存在差异。线性判别效应分析(LefSe)结果显示,在属水平上,胃癌患者大肠埃希菌-志贺菌属(Escherichia-Shigella)丰度显著高于对照组,而作为益生菌的拟杆菌属(Bacteroides)、乳酸杆菌(Lactobacilli)显著低于对照组,差异均有统计学意义(线性判别分析值=3,P<0.05)。京都基因和基因组百科全书(KEGG)结果显示,胃癌患者与健康对照组间的菌群代谢存在差异。结论 胃癌患者肠道菌群多样性和结构均与健康人群不同,提示肠道菌群可能参与胃癌发生。

糖尿病微血管并发症患者肠道菌群的特征分析

目的探讨糖尿病微血管并发症(DMC)患者的肠道菌群特征。方法选取2019年9月至2020年11月于承德医学院附属医院内分泌科住院治疗的2型糖尿病(T2DM)患者。收集患者年龄、性别、吸烟史、收缩压、舒张压、体重指数(BMI)、糖化血红蛋白(HbA1c)、总胆固醇(TC)、甘油三酯(TG)、高密度脂蛋白胆固醇(HDL-C)、低密度脂蛋白胆固醇(LDL-C)、丙氨酸氨基转移酶(ALT)、天冬氨酸氨基转移酶(AST)、γ-谷氨酰转移酶(GGT)、肌酐(CRE)、胰岛素的使用情况等指标,以及拟杆菌属、普雷沃菌属、双歧杆菌属等肠道菌群含量。依据是否合并微血管并发症将患者分为糖尿病微血管并发症(DMC)组和单纯糖尿病(DM)组。采用t检验、Mann-Whitney U检验或χ^(2)检验对两组间各指标及肠道菌群含量进行比较。采用Spearman相关分析法分析肠道菌群与各指标的相关性。采用多因素logistic回归分析法分析DMC患病的危险因素。结果共纳入患者79例。其中,DMC组47例,DM组32例。与DM组相比,DMC组的拟杆菌属含量增加,普雷沃菌属、双歧杆菌属含量下降,差异均有统计学意义(P<0.05)。多因素logistic回归分析模型结果显示,随着拟杆菌属含量的增加,DMC患病率增加(OR=1.053,95%CI 1.016~1.091,P=0.005),在校正年龄、性别、吸烟史、收缩压、舒张压、BMI、HbA1c、血脂、肝酶、CRE、胰岛素的使用情况等混杂因素后,拟杆菌属仍为DMC的危险因素(OR=1.085,95%CI 1.023~1.151,P=0.007);随着普雷沃菌属含量的增加,DMC患病率下降(OR=0.843,95%CI 0.737~0.965,P=0.013),在校正以上混杂因素后,普雷沃菌属仍为DMC的保护因素(OR=0.822,95%CI 0.681~0.993,P=0.042)。结论DMC患者肠道中存在菌群紊乱,随着拟杆菌属和普雷沃菌属含量的增加,DMC患病率分别出现增加和下降的不同结果,拟杆菌属为DMC的危险因素,普雷沃菌属为DMC的保护因素。