质谱MRM方法开发--ABC外排蛋白指纹肽段的Insilico筛选研究

目的基于质谱MRM方法开发,建立相关ABC外排蛋白P-gp、MRP1、BCRP指纹肽段的In silico筛选方法。方法运用生物信息学方法,使用Uniprot软件获取目标氨基酸序列,根据肽段选择规则进行筛选;使用Skyline软件预测肽段离子及MRM相关母离子和子离子的信息,并排除特定不确定或不稳定的氨基酸;最后采用Blast软件对候选指纹肽段进行独特性确认,最终需结合质谱检测的方法进行验证。结果成功运用生物信息学方法,选定代表各自目标蛋白的指纹肽段,结果为P-gp蛋白肽段,IATEAIENFR;MRP1蛋白肽段,EDAQVDLFR;BCRP蛋白肽段,SSLLDVLAAR。结论In silico联合质谱的MRM方法成功选定了ABC相关外排蛋白的指纹肽段,为具有肽段组成的各类蛋白类、多肽类物质检测奠定了基础。

苏云金芽胞杆菌BRC-HZP7杀虫晶体蛋白多样性分析

分离自武夷山土壤的苏云金芽胞杆菌BRC-HZP7菌株对小菜蛾和甜菜夜蛾幼虫有较好的毒杀作用.对该菌株进行了生理生化测定、cry基因的PCR-RFLP检测,以及通过SDS-PAGE检测晶体蛋白,并对蛋白点进行肽段指纹图谱鉴定.结果表明该菌株含有cry1Aa、cry1Ba、cry1Ia、cry2Ab、cry2Ac、cry2Ae等6种cry基因.从选取的8个蛋白条带肽段指纹图谱可以看出:标记3、6、7、8的4个蛋白点都是杀虫晶体蛋白,蛋白点6、7、8分别鉴定为Cry2Aa、Cry1Aa、Cry1Ba,蛋白点3可能是Cry1Ba的部分片段.表明该菌株有丰富的ICP资源,可作为杀虫应用的候选菌株.