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基于ChIP-seq技术的肺癌细胞DNA碱基损伤热点全基因组分析 被引量:1
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作者 李世勋 程燚 +2 位作者 戴楠 熊艳丽 李梦侠 《第三军医大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2021年第7期575-583,共9页
目的建立可用于在全基因组水平分析DNA碱基损伤位点分布的方法,利用该方法分析非小细胞肺癌A549细胞株中DNA碱基损伤热点区域的分布规律。方法利用染色质免疫沉淀偶联测序(chromatin immunoprecipitation sequencing, ChIP-seq)技术对A... 目的建立可用于在全基因组水平分析DNA碱基损伤位点分布的方法,利用该方法分析非小细胞肺癌A549细胞株中DNA碱基损伤热点区域的分布规律。方法利用染色质免疫沉淀偶联测序(chromatin immunoprecipitation sequencing, ChIP-seq)技术对A549细胞中与脱嘌呤/脱嘧啶核酸内切酶1(apurinic/apyrimidinic endonuclease 1, APE1)和8-氧鸟嘌呤DNA糖化酶1(8-oxoguanine DNA glycosylase 1, OGG1)蛋白特异结合DNA片段进行序列鉴定,通过生物信息学的方法分析全基因组DNA碱基损伤热点分布规律。结果 APE1和OGG1结合峰主要分布在基因启动子区,比例分别为41.70%和49.26%,APE1和OGG1结合峰于TSS上游2 000 bp区域内分别占比38.80%和39.80%,APE1与OGG1结合峰具有显著相关性(r=0.636 3,P<0.01)。APE1和OGG1共同结合峰相关基因数有25 038个,其中与肿瘤发生直接相关的有641个。结论建立在全基因组水平分析DNA碱基损伤位点分布的方法;在非小细胞肺癌细胞中,DNA碱基损伤并非随机分布而主要分布于基因调控功能区,碱基损伤修复蛋白结合相关热点区域与肿瘤发生及肿瘤炎症微环境密切相关。 展开更多
关键词 染色质免疫沉淀偶联测序 非小细胞肺癌 DNA碱基损伤 碱基切除修复
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真核细胞DNA碱基损伤及切除修复酶
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作者 孙志贤 陈惠鹏 《国外医学(分子生物学分册)》 CSCD 1993年第3期120-123,共4页
哺乳动物细胞DNA碱基损伤是基因毒素所致DNA损伤事件中最主要的损伤类型;无嘌呤/无嘧啶碱基位点是DNA分子频发生成的结构损伤。DNA糖苷酶、AP内切核酸酶等DNA修复酶借助碱基切除修复机制修复这些损伤,在DNA损伤修复中起关键作用。
关键词 真核细胞 DNA碱基损伤 切除修复酶
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Epigenetics of proteasome inhibition in the liver of rats fed ethanol chronically 被引量:4
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作者 Joan Oliva Jennifer Dedes +1 位作者 Samuel W French Fawzia Bardag-Gorce 《World Journal of Gastroenterology》 SCIE CAS CSCD 2009年第6期705-712,共8页
AIM: TO examine the effects of ethanol-induced proteasome inhibition, and the effects of proteasome inhibition in the regulation of epigenetic mechanisms.METHODS: Rats were fed ethanol for 1 mo using the Tsukamoto-F... AIM: TO examine the effects of ethanol-induced proteasome inhibition, and the effects of proteasome inhibition in the regulation of epigenetic mechanisms.METHODS: Rats were fed ethanol for 1 mo using the Tsukamoto-French model and were compared to rats given the proteasome inhibitor PS-341 (Bortezomib, Velcade^TM) by intraperitoneal injection. Microarray analysis and real time PCR were performed and proteasome activity assays and Western blot analysis were performed using isolated nuclei.RESULTS: Chronic ethanol feeding caused a significant inhibition of the ubiquitin proteasome pathway in the nucleus, which led to changes in the turnover of transcriptional factors, histone-modifying enzymes, and, therefore, affected epigenetic mechanisms. Chronic ethanol feeding was related to an increase in histone acetylation, and it is hypothesized that the proteasome proteolytic activity regulated histone modifications by controlling the stability of histone modifying enzymes, and, therefore, regulated the chromatin structure, allowing easy access to chromatin by RNA polymerase, and, thus, proper gene expression. Proteasome inhibition by PS-341 increased histone acetylation similar to chronic ethanol feeding. In addition, proteasome inhibition caused dramatic changes in hepatic remethylation reactions as there was a significant decrease in the enzymes responsible for the regeneration of S-adenosylmethionine, and, in particular, a significant decrease in the betaine-homocysteine methyltransferase enzyme. This suggested that hypomethylation was associated with proteasome inhibition, as indicated by the decrease in histone methylation.CONCLUSION: The role of proteasome inhibition in regulating epigenetic mechanisms, and its link to liver injury in alcoholic liver disease, is thus a promising approach to study liver injury due to chronic ethanol consumption. 展开更多
关键词 Alcohol liver injury BETAINE Epigenetic mechanisms Homocysteine methyltransferase Proteasome inhibition S-ADENOSYLMETHIONINE
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Sulfolobus acidocaldarius DNA聚合酶Ⅳ跨越损伤合成能力的酶学特征
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作者 王伟玮 王风平 刘喜朋 《微生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第3期478-488,共11页
【目的】以嗜酸嗜热硫化叶菌Sulfolobus acidocaldarius的DNA聚合酶Ⅳ (Saci_0554)为例,表征其跨越模板上损伤碱基的DNA合成效果。【方法】将DNA聚合酶Ⅳ (SacpolⅣ)在大肠杆菌中进行重组表达,经亲和层析纯化得到SacpolⅣ蛋白;利用人工... 【目的】以嗜酸嗜热硫化叶菌Sulfolobus acidocaldarius的DNA聚合酶Ⅳ (Saci_0554)为例,表征其跨越模板上损伤碱基的DNA合成效果。【方法】将DNA聚合酶Ⅳ (SacpolⅣ)在大肠杆菌中进行重组表达,经亲和层析纯化得到SacpolⅣ蛋白;利用人工合成的带有不同损伤的寡核苷酸片段作为模板DNA,用尿素变性聚丙烯酰胺凝胶电泳技术,鉴定SacpolⅣ在体外跨越各种损伤碱基进行跨损伤合成的催化能力。【结果】SacpolⅣ重组蛋白能够不同程度地跨越嘌呤和嘧啶损伤,跨越能力的高低取决于损伤碱基与正常碱基形成氢键的能力。本研究还发现,SacpolⅣ能够在DNA链中掺入核糖核苷酸,但掺入核糖核苷酸的效率低于脱氧核糖核苷酸。【结论】本研究证实SacpolⅣ具有很强的跨越损伤合成能力,能够跨越多种氢键配对能力减弱的损伤碱基,为其在细胞内的跨越损伤合成功能提供了生化证据。 展开更多
关键词 嗜热古菌 嗜酸嗜热硫化叶菌 DNA聚合酶Ⅳ 跨越损伤合成 损伤碱基
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嗜酸嗜热古菌Sulfolobus acidocaldarius编码尿嘧啶DNA糖苷酶表达,纯化与酶学特征 被引量:1
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作者 王婧 易刚顺 +2 位作者 欧杰 刘建华 刘喜朋 《微生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2015年第8期1036-1041,共6页
【目的】嗜高温微生物面临d C脱氨基生成d U损伤的巨大压力,鉴定嗜酸嗜热古菌S.acidocaldarius来源的尿嘧啶DNA糖苷酶(UDG)切除d U损伤的酶学活性。【方法】重组表达来源于S.acidocaldarius的IV和V型UDG,经亲和纯化得到电泳纯重组蛋白... 【目的】嗜高温微生物面临d C脱氨基生成d U损伤的巨大压力,鉴定嗜酸嗜热古菌S.acidocaldarius来源的尿嘧啶DNA糖苷酶(UDG)切除d U损伤的酶学活性。【方法】重组表达来源于S.acidocaldarius的IV和V型UDG,经亲和纯化得到电泳纯重组蛋白。然后利用人工合成的d U(deoxyuracil)修饰寡核苷酸片段作为底物,体外鉴定两种重组UDG的酶学特性。【结果】来源于S.acidocaldarius的IV和V型重组UDG具有相似的酶学特性。IV型UDG催化效率更高,比活性是V型重组UDG的750倍左右。作为来自嗜热微生物的蛋白,S.acidocaldarius的IV和V型UDG的最适反应温度为65-75℃。【结论】IV型UDG比V型UDG水解d U碱基和脱氧核糖之间糖苷键的能力更强。 展开更多
关键词 古菌 嗜酸嗜热硫化叶菌 dU碱基损伤 DNA修复 尿嘧啶DNA糖苷酶
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