影响RNA芯片探针杂交效率的因素分析

RNA芯片作为研究ncRNA的主要技术之一,已受到广泛关注。然而因RNA芯片中靶序列的单链特征,使得RNA芯片的探针设计比DNA复杂。本研究对加强型绿色荧光蛋白(EGFP)RNA序列进行覆瓦式探针设计,制作了RNA原位合成芯片,研究探针/靶序列杂交双链ΔG和Tm、靶序列二级结构以及探针的末端碱基对RNA芯片杂交信号强度的影响。结果表明,探针/靶序列杂交双链ΔG和Tm相同的探针间的杂交信号存在较大差异,探针/靶序列杂交双链ΔG和Tm与RNA芯片杂交信号之间未发现明显的规律性;靶序列二级结构的探针PT-sc参数与芯片杂交信号强度间呈较好的线性关系;探针5’末端碱基组成对芯片杂交信号强度也有影响,5’末端碱基为G/C的探针杂交信号总体上高于其邻近的5’末端碱基为A/T的探针的杂交信号,为RNA芯片的探针筛选提供一定的理论基础。

多重连接依赖性探针扩增技术及其在临床中的应用

正多重连接依赖性探针扩增(Multiplex Ligation-dependent Probe Amplification,MLPA)技术是一种高效、特异、快速、简便,针对待检核苷酸序列进行定性和相对定量分析的技术。

核酸分析技术与植物的分子分类

植物分子分类学应用收集的分子生物学资料进行植物系统研究,主要通过研究植物蛋白或核酸(RNA或DNA)的组分和系列,系统分析植物间的亲缘关系并分类排定它们在植物系统中的位置。在分类学中应用最早的是蛋白质电泳技术,由于蛋白质易变性,组成蛋白的氨基酸种类多,蛋白的分离纯化和序列分析比较繁琐,蛋白操作技术的应用局限性较大。由于核酸操作技术的发展,近几年来不少研究者利用植物的细胞核、叶绿体或线粒体基因组的某些特征,对不少植物进行了系统分类。

基因扩增技术

用 DNA 探针技术分析特异的核苷酸序列来诊断传染病和遗传病,使诊断的灵敏度有了很大的提高,但由于特异的靶序列含量极微,一般情况下即使用 DNA 杂交技术也难以测出,常需将嵌有靶基因的载体导入细菌细胞中,细菌快速繁殖,靶基因得到扩增后再进行检测。此法费时、费事,难于实际应用。1985年 Saiki 和1987年 Mullis 分别建立了多聚酶链反应(polymerase chaim reaction,PCR),又称特异性 DNA 序列引物定向酶促扩增技术,能选择性扩增、浓集一个特异性 DNA

微生物DNA诊断技术

多年来,在冷环境下将分开的,互补DNA链重新结合,已经用作测定基因和分类关系的工具。由于生物学上相关生物的基因组DNA中核苷酸的特异系列的独特性以及其碱基对反应的严格程度在实验上可以控制,因此核酸杂交提供了一个鉴别传染因子的高度准确的潜在有力的工具。用这种方法,对导致常见病或罕见病的微生物可以作出阳性的查证,从而对治疗、控制、监测和预防有利。