探针熔解分析法快速检测结核分枝杆菌链霉素耐药突变

目的评价探针熔解分析法快速检测结核分枝杆菌链霉素耐药突变的应用价值,为临床应用提供依据。方法首先用中国药品生物制品检定所提供的含37份标准非结核分枝杆菌的标准盘进行特异性评价,然后将野生型结核分枝杆菌H37Rv基因组DNA梯度稀释进行灵敏度考察,最后对906株结核分枝杆菌临床分离株(其中37份有药物敏感性试验结果)的链霉素耐药相关基因进行检测,并对突变菌株、有药敏结果的菌株以及疑似杂合的菌株进行测序分析。结果标准盘评价结果证实该体系特异检测H37Rv结核分枝杆菌。分析灵敏度为5～50拷贝每反应。在所有的906份结核分枝杆菌培养标本中,103份标本发生突变且与测序结果一致,18份标本存在杂合信号,17份标本无信号。37份有药敏结果的标本中,敏感的标本用探针熔解分析法所得结果均为野生型,耐药的16份标本仅检测到7份突变,另有9份耐药的标本实时检测为野生型,与测序结果相符。结论探针熔解分析技术特异性好,可以快速、准确地检测结核分枝杆菌链霉素耐药常见突变,有望直接用于临床标本链霉素耐药性检测。

PCR-探针熔解分析法检测结核分枝杆菌利福平耐药性的临床应用

目的评价PCR-探针熔解分析法(probe melting analysis assay,PMAA)检测结核分枝杆菌(Mycobacterium tuberculosis,MTB)对利福平(rifampin,RFP)耐药性的临床应用价值。方法采用常规比例法和PCR-PMAA对512株MTB临床分离株进行RFP药敏试验,并进行RFP耐药相关基因rpoB DNA测序。结果以常规比例法为标准,PCR-PMAA检测RFP耐药性的敏感性、特异性分别为97.5%、96.2%,阳性和阴性预测值分别为94.1%、98.4%、符合率及约登指数分别为96.7%及0.93。193株比例法和PCR-PMAA两法检测均耐药的菌株,经DNA测序证实174株rpoB基因RFP耐药决定区(RFP resistance determining region,RRDR)发生单位点密码子突变,19株RRDR发生不同组合型的双位点密码子联合突变;5株比例法检出耐药、PCR-PMAA敏感的菌株,DNA测序rpoB基因未见突变;12株比例法检出敏感、PCR-PMAA耐药的菌株,DNA测序证实其中7株511位点密码子突变,5株533位点密码子突变;302株两法检测均敏感菌株DNA测序结果未见rpoB耐药相关的基因位点突变。PCR-PMAA检测MTB临床分离株rpoB基因突变结果与DNA测序结果完全一致。结论 PCR-PMAA法能高效检出MTB对RFP耐药的相关基因突变,用于检测MTB对RFP耐药性的敏感性高、特异性强,方法简便、快速、价廉,具有良好的临床应用前景。

探针熔解分析法快速检测结核分枝杆菌链霉素耐药突变

目的对采用探针熔解分析法对结核分枝杆菌的链霉素耐药突变情况进行快速检测的应用价值进行研究分析。方法抽取740株结核分枝杆菌的临床分离菌株,采用探针熔解分析法,对链霉素耐药突变情况进行检测。结果 740株结核分枝杆菌中有86株发生突变,9份标本中发现杂合信号,8份标本中没有任何信号。29份存在药敏性的标本的检测结果均显示为野生型,有耐药性的13份标本中仅有5份存在突变现象,另外的8份标本检测结果显示为野生型。结论采用探针熔解分析法对结核分枝杆菌的链霉素耐药突变情况进行快速检测,其特异性非常明显,且具有快速、准确的特点。

多色探针熔解曲线分析法评估结核分枝杆菌阳性患者对不同抗结核药物耐药性的诊断效能

目的:分析多色探针熔解曲线分析法(MMCA)评估结核分枝杆菌阳性患者对利福平、乙胺丁醇、链霉素、异烟肼、喹诺酮耐药性的诊断效能。方法:选取2023年1—6月泉州市各县(市)区结核定点医院收治的100例结核分枝杆菌阳性患者的痰培养标本,经过培养与分离获取100例结核分枝杆菌株,以改良罗氏比例法药敏试验为金标准,通过MMCA检测结核分枝杆菌对利福平、乙胺丁醇、链霉素、异烟肼、喹诺酮的耐药性,记录其符合率、敏感度、特异度、阳性预测值、阴性预测值。结果:MMCA检测利福平耐药性的符合率为94.00%,敏感度为83.33%,特异度为95.45%,阳性预测值为71.42%,阴性预测值为97.67%。MMCA检测乙胺丁醇耐药性的符合率为97.00%,敏感度为87.50%,特异度为97.83%,阳性预测值为77.78%,阴性预测值为98.90%。MMCA检测链霉素耐药性的符合率为98.00%,敏感度为85.71%,特异度为98.92%,阳性预测值为85.71%,阴性预测值为98.92%。MMCA检测异烟肼耐药性的符合率为90.00%,敏感度为76.47%,特异度为92.77%,阳性预测值为68.42%,阴性预测值为95.06%。MMCA检测喹诺酮耐药性的符合率为94.00%,敏感度为81.82%,特异度为95.51%,阳性预测值为69.23%,阴性预测值为97.70%。结论:MMCA评价结核分枝杆菌对利福平、乙胺丁醇、链霉素、异烟肼、喹诺酮的耐药性具有较好的特异度与敏感度,且便于检测,有助于对耐药结核杆菌的快速筛查。

PCR-探针熔解分析法检测结核分枝杆菌氟喹诺酮耐药基因突变的临床应用评价

目的评价PCR-探针熔解分析法(PMAA)检测结核分枝杆菌(MTB)氟喹诺酮(FQ)药物耐药性的临床应用价值。方法采用常规比例法和PCR-PMAA对509株MTB临床分离株进行FQ药物敏感性试验。对69株比例法和(或)PCR-PMAA法检测耐药以及440株两法检测均敏感的MTB菌株中抽取的55株菌株,进行FQ药物耐药相关基因gyrA和gyrBPCR-DNA测序。结果以常规比例法为标准,PCR-PMAA检测FQ药物耐药性的敏感性、特异性、阳性和阴性预测值、符合率及约登指数分别为97.01%、99.55%、97.01%、99.55%、99.21%及0.97。比例法和(或)PCR-PMAA检测耐药的69株中,经DNA测序证实44株gyrA94位密码子GAC→AAC(D→N)或CAC(H)或GGC(G)或GCC(A)突变;4株gyrA91位密码子TCG→CCG(S→P)突变;19株gyrA90位密码子GCG→GTG(A→V)或AAG(K)突变;1株gyrB500位GAC→AAC(D→N)突变;1株在测序范围未见突变。55株两法检测均敏感样品DNA测序结果证实,gyrA和gyrB基因均未见耐药相关的基因位点突变。结论 PCR-PMAA法能高效检出MTBFQ药物耐药相关基因突变,用于检测MTBFQ药物耐药性敏感性高,特异性强,方法简便、快速、价廉,具有良好的临床应用前景。

115462例新生儿葡萄糖-6-磷酸脱氢酶缺乏症筛查及基因突变分析

目的了解贵阳地区葡萄糖-6-磷酸脱氢酶(glucose-6-phosphate dehydrogenase,G6PD)缺乏症发病情况和基因突变特点,为贵阳地区G6PD缺乏症的防治提供科学参考。方法募集该地区2020年8月至2023年1月出生的新生儿,应用荧光分析法对其血斑样本进行G6PD酶活性筛查,召回初筛阳性儿,完成G6PD酶活性诊断及多色探针荧光PCR熔解曲线法(Multicolor probe melting curve analysis method,MMCA)基因突变分析。结果共募集115462例新生儿,G6PD酶活性筛查血斑样本共筛出阳性1606例,筛查阳性率为1.39%(1606/115462),其中男性为1.83%(1130/61801)、女性0.89%(476/53661),男女新生儿G6PD酶活性初筛阳性率差异有统计学意义(P<0.01);召回初筛阳性患儿,G6PD基因突变检出率87.07%(909/1044),其中男性为90.09%(764/848),女性为73.98%(145/196),男女间G6PD基因突变检出率差异有统计学意义(P<0.01)。本研究共检出13种类型G6PD基因单一突变型(c.1024 G>T、c.1388 G>A、c.95 A>G、c.1376 G>T、c.592C>T、c.871 G>A、c.519 C>T、c.392G>T、c.493 A>G、c.1004C>A、c.1360C>T、c.383T>C、c.517T>C)和6种复合突变型(c.1376 G>T杂合复合c.95A>G杂合突变、c.1024 G>T杂合复合c.95A>G杂合突变、c.1024 C>T杂合复合c.1388 G>A杂合突变、c.1024 C>T杂合复合c.519C>T杂合突变、c.1376 G>T杂合复合c.1024 C>T杂合突变、c.95A>G杂合复合c.1388 G>A杂合突变)。贵阳地区G6PD缺乏症基因突变类型复杂多样,G6PD突变常见类型为c.1024 C>T、c.1388G>A、c.95 A>G、c.1376G>T这四种类型。结论贵阳地区G6PD基因突变位点具有明显地域性特征,开展G6PD酶活性筛查及相关诊断检测,有利于本地区G6PD缺乏症的筛查、确诊、治疗和防控,有效提高出生人口素质。

应用多色探针熔解曲线分析法检测湘潭地区G6PD缺乏症基因突变

目的探讨多色探针熔解曲线分析(MMCA)法检测湘潭地区葡萄糖-6-磷酸脱氢酶(G6PD)缺乏症基因突变的性能,为临床诊断提供参考。方法纳入2017年1月至2020年9月于该院进行G6PD缺乏症筛查的90221例新生儿,以其中454例同时进行G6PD酶活性法检测和基因检测[MMCA法、外显子基因测序(Sanger测序)法]的G6PD缺乏症初筛阳性新生儿作为研究对象,以Sanger测序法的检测结果为“金标准”,对酶活性法和MMCA法进行方法学比较。结果酶活性法诊断男性新生儿G6PD缺乏症的灵敏度为97.6%,特异度为100.0%;诊断女性新生儿G6PD缺乏症的灵敏度为59.5%,特异度为100.0%。酶活性法与Sanger测序法诊断男性新生儿G6PD缺乏症的结果一致性较好(Kappa=0.974,P<0.05),诊断女性新生儿G6PD缺乏症的结果一致性一般(Kappa=0.676,P<0.05)。MMCA法诊断男性新生儿G6PD缺乏症的灵敏度为97.0%,特异度为100.0%;诊断女性新生儿G6PD缺乏症的灵敏度、特异度均为100.0%。MMCA法与Sanger测序法诊断男性新生儿G6PD缺乏症的结果一致性较好(Kappa=0.967,P<0.05),诊断女性新生儿G6PD缺乏症的结果完全吻合(Kappa=1.000,P<0.05)。结论与传统的酶活性法比较,MMCA法具有灵敏度、特异度高的优点,是一种快速、准确、适用于临床诊断G6PD缺乏症的方法。

应用多色探针熔解曲线法检测G6PD缺乏症杂合子的基因突变

目的应用多色探针熔解曲线法(multicolor melting curve analysis,MMCA),建立一种快速筛查葡萄糖-6-磷酸脱氢酶(G6PD)缺乏症杂合子的临床方法。方法收集重庆地区2015年1月至2016年7月共429例(男性342例,女性87例)疑似G6PD缺乏症的患者外周血,采用G6PD/6PGD定量比值法和MMCA法分别检测男性和女性G6PD酶活性和基因突变,以金标准Sanger测序来评价两种方法。同时收集重庆地区进行G6PD缺乏症新生儿疾病筛查的1 754份女性末梢血滤纸片,采用MMCA法筛查G6PD基因突变。结果 429例疑似病例中,G6PD/6PGD定量比值法诊断男性的灵敏度96.8%、特异性100%,与Sanger测序法一致性好(Kappa=0.917,P<0.05);但女性的灵敏度仅10%,特异性100%,与Sanger测序法一致性差(Kappa=0.127,P<0.05)。MMCA法诊断男性的灵敏度95.7%,特异性100%,与Sanger测序法一致性较好(Kappa=0.891,P<0.05);女性的灵敏度100%,特异性100%,与Sanger测序法结果完全吻合(Kappa=1.000,P<0.05)。1 754例女性中杂合子占1.14%(20/1 754),G6PD酶活性均正常。结论与传统的G6PD/6PGD定量比值法比较,MMCA法检测杂合子灵敏度更高,可用于G6PD缺乏症杂合子筛查,为一种简便、准确的诊断新方法。

多色探针熔解曲线分析法对5种抗结核药物的耐药性诊断价值

目的探讨多色探针熔解曲线分析法(multicolor melting curve analysis,MMCA)对5种抗结核药物的耐药性诊断效果,明确MMCA检测结核分枝杆菌耐药性的临床应用价值。方法2021年4月—2022年5月选择在本院住院诊治的结核分枝杆菌阳性患者200例作为研究对象,取患者的痰液标本,分别给予传统结核分枝杆菌药敏实验(改良罗氏培养基法)和MMCA检测利福平、乙胺丁醇、链霉素、异烟肼、左氧氟沙星等5种抗结核药物的耐药性,对两种诊断方法结果不一致的样本进行基因测序验证,对比MMCA对5种抗结核药物的诊断效能。结果以结核分枝杆菌改良罗氏培养基法作为耐药诊断的金标准,MMCA检测利福平、乙胺丁醇、链霉素、异烟肼、左氧氟沙星耐药的灵敏度分别为95.83%(46/48)、93.75%(15/16)、100.00%(15/15)、100.00%(20/20)、70.00%(7/10),组间比较具有统计学差异(P<0.05),MMCA检测5种抗结核药物的特异度、阳性预测值、阴性预测值、准确度组间比较差异无统计学意义(P>0.05)。对MMCA与改良罗氏培养基法结果8例不一致的样本进行基因测序,与基因测序结果进行比较后发现,MMCA与基因测序结果符合率为75.00%(6/8)。结论MMCA在结核病患者耐药突变的检测中,对一线抗结核药物具有很高的诊断效能,对于二线抗结核药物左氧氟沙星的敏感度不足,因此在一线抗结核药物的检测上,MMCA技术具有良好的临床应用前景。

FMCA技术分析大前庭水管综合征家系及产前诊断

目的应用FMCA技术检测双侧前庭水管扩大家系SLC26A4基因,探讨前庭水管扩大与SLC26A4基因的关系及FMCA技术最优条件。方法收集EVA家系临床资料,基于荧光定量PCR熔解曲线平台,运用FMCA技术分析107例正常人,6个EVA家系19位成员的SLC26A4基因IVS7-2A>G(919-2A>G),2168A>G及1229C>T突变位点。并用直接测序技术予以验证。结果 107例正常人中有2例SLC26A4基因杂合突变,突变率为1.87%;EVA家系中有3例SLC26A4基因纯合突变,3例SLC26A4基因复合杂合突变,10例SLC26A4基因杂合突变,3例无SLC26A4基因突变,SLC26A4基因突变率为84.21%。对家系a进行产前诊断,结果为IVS7-2A>G/1229C>T复合杂合突变。所有检测结果与测序结果一致,符合率为100%。结论 FMCA平台能快速检测SLC26A4基因的IVS7-2A>G,2168A>G与1229C>T突变,其操作简单,成本低。且经测序技术验证,结果准确。可作为诊断遗传性疾病及产前诊断的快速有效方法。

新生儿葡萄糖-6-磷酸脱氢酶缺乏症筛查及基因突变特征分析

目的探讨贵阳地区新生儿葡萄糖-6-磷酸脱氢酶(G6PD)缺乏症发病情况和基因突变特点。方法选择2020年9月1日至2022年6月30日在贵阳市所有助产机构出生,并进行G6PD筛查的89715例活产新生儿为研究对象。采集其足跟血滤纸干血斑标本(DBS),采用荧光分析法定量初筛G6PD活性。对于G6PD≤27 U/dL的G6PD缺乏症初筛呈阳性新生儿,召回至贵阳市新生儿疾病筛查中心,采集空腹肘静脉血1~2 mL,采用G6PD/6-磷酸葡萄糖脱氢酶(6PGD)比值法与多色探针荧光熔解曲线(MMCA)法基因突变检测,进行新生儿G6PD缺乏症诊断。本研究经贵阳市妇幼保健院伦理委员会批准(科研伦理审查批件2021-56号),并与新生儿监护人签订临床研究知情同意书。结果本研究89715例新生儿中,G6PD缺乏症初筛阳性率为1.40%(1254/89715),其中男性新生儿的初筛阳性率为1.85%(888/47983),女性为0.88%(366/41732),男性新生儿G6PD缺乏症初筛阳性率显著高于女性,并且差异有统计学意义(χ^(2)=153.52,P<0.001)。这1254例G6PD缺乏症初筛阳性新生儿的召回复查率为74.96%(940/1254)。940例被召回复查新生儿中,被确诊为G6PD缺乏症者为895例,召回确诊率为95.21%(895/940),其中男性确诊率为98.10%(673/686),女性为87.40%(222/254);经G6PD/6PGD比值法被确诊为G6PD缺乏症者为694例,召回确诊率为73.83%(694/940),其中男性确诊率为82.51%(566/686),显著高于女性的50.39%(128/254),并且差异有统计学意义(χ^(2)=98.94,P<0.001);经MMCA法基因突变检测被确诊为G6PD缺乏症者为846例,召回确诊率为90.00%(846/940),其中男性确诊率为95.48%(655/686),显著高于女性的75.20%(191/254),差异有统计学意义(χ^(2)=84.74,P<0.001)。846例经基因突变检测确诊为G6PD缺乏症新生儿中,G6PD基因单一突变型为13种和复合杂合突变为6种,排名前4位G6PD基因热点突变类型依次为c.1024C>T(235例,占27.78%),c.1388G>A(205例,占24.23%),c.95A>G(163例,占19.27%),c.1376G>T(152例,占17.97%)。结论贵阳地区新生儿G6PD缺乏症初筛阳性者中,召回复查率较低。该地区G6PD缺乏症新生儿排名前4位的G6PD基因突变类型以c.1024C>T、c.1388G>A、c.95A>G、c.1376G>T为主。开展G6PD活性筛查及相关诊断检测,有利于新生儿G6PD缺乏症的早诊断、早治疗。

白血病NPM1基因突变快速检测与分型方法的研究

目的:建立一种通过荧光探针熔解曲线分析技术对急性髓系白血病(AML)中NPM1突变基因快速检测和分型的方法。方法:设计Nucleoplasmin(NPM1)第12号外显子突变基因mut A、mut B、mut D和野生型的一对共用引物和一条荧光单链探针(分子信标),依据PCR产物与探针的熔解曲线峰值对A、B、D型基因突变进行检测与分型。结果:本方法可对NPM1的A、B、D型基因突变和野生型进行有效分型,灵敏度为1%。通过对62份AML临床样本进行检测,本方法的检出率、分型结果与临床样本测序信息一致。结论:本研究建立的NPM检测方法,PCR体系简单稳定,操作便捷,结果易于判读,可以与测序法互为补充作为AML早期诊断或伴随诊断的NPM1突变快速检测分型方法。