基于Bayes推断的基因芯片探针特异性估计模型

序列相似性计算是生物信息处理中的基本问题。针对基因芯片设计中的特异性评价问题,基于Bayes推断,建立了DNA序列快速估计算法,该算法不需要序列联配(alignment-free),性能好于广泛应用的相似性计算工具,可以大幅提高基因芯片设计性能。

RNAProbeDesigner:mRNA探针特异性序列搜索方法

mRNA不仅是生物体内蛋白质合成的"图纸",还参与生命活动的很多调节过程。随着分子影像技术的发展,mRNA探针在医药领域的应用越来越广泛。探针的特异性是衡量探针效果的重要指标。本文基于BLAST的序列搜索方法,根据目标mRNA中的每个片段与细胞中其他RNA的相似程度,筛选可用于特异性识别mRNA的寡核苷酸片段,并将该方法编写为一套自动化的mRNA探针特异性序列的搜索程序——RNAProbeDesigner。选取4种蛋白的mRNA对该程序进行测试,结果显示,该程序搜索出的片段中,有部分结果在以往的文献中已被报道用于相应探针的设计,从而证明了该方法的可靠性。

黑麦通用特异性DNA探针的筛选

为了筛选出鉴定小麦背景下黑麦成分的通用特异性引物,选用胜利黑麦、八倍体小黑麦新麦73、六倍体小黑麦哈师209、普通小麦s165、中国春为试验材料,利用国内外发表的黑麦特异性DNA探针引物进行PCR扩增并进行了电泳检测。结果表明,在选用的6对引物(NOR-R1、AF1/AF4、PASW、pSC19.1、pSC20H、pSC10C)中只有4对引物即pSC20H、pSC119.1、AF1/AF4、NOR-1R在黑麦和小黑麦DNA中扩增出了特异性条带,扩增片段大小依次为1490、750、1500、300 bp左右,说明这4对引物是黑麦通用特异性DNA探针引物,可以用于在小麦背景下进行黑麦外源种质的鉴定。

天津稻基因组分析与特异性探针制作 Ⅰ.水稻育种特异性探针制作

用ＰｓｔＩ酶切水稻总ＤＮＡ，制作了单拷贝随机探针。用这些探针以及水稻基因组计划提供的不同来源的分子探针进行ＲＦＬＰ分析，获得籼粳特异性以及与某些重要农艺性状密切相关的育种特异性探针。分子标记转变以及相关分析表明。

应用特异性核酸探针杂交分析法进行献血员HLA分型的初步报告

目的 探讨利用特异性核酸探针杂交分析法检测HLA等位基因的可行性。方法 10例西南某地献血员 ,提取DNA后经PCR扩增 ,采用酶联探针免疫杂交分析法检测HLAⅠ和HLAⅡ等位基因。结果 10例标本经检测HLAⅠ和HLAⅡ等位基因 ,表现为A 0 2、A 2 4、A 11、B 3 5、B 15、B 5 1、B 5 2、B 40、DRB1 110 1、DRB1 0 90 1、DQB1 0 3 0 3、DQB1 0 3 0 1等类型 ,为常见蒙古人种类型。结论 利用特异性核酸探针杂交分析法可方便快速地对HLA分型 ,值得推广使用。

牙龈卟啉菌特异性克隆探针的筛选

目的 从牙龈卟啉菌 47A - 1的基因文库中筛选出特异性片段 ,制备成特异性克隆探针 ,方法将牙龈卟啉菌 47A- 1基因文库中的重组质粒大量扩增和纯化 ,采用地高辛标记法制备成探针 ,与口腔中14种常见细菌 DNA进行杂交鉴定 ,检测其特异性 ,从中筛选出对牙龈卟啉菌具有特异性的克隆探针。结果 重组质粒 p ZJ1与牙龈卟啉菌 47A - 1杂交 ,而与其它细菌 DNA均不杂交 ,包括牙龈卟啉菌ATCC332 77和 W83。结论 重组质粒 p ZJ1可制备成高特异性克隆探针。

人结核分枝杆菌特异性核酸探针制备及结核病PCR检测技术的初步临床应用

采用人结核分枝杆菌(Mycobacterium tuberulosis TB)染色体DNA为模板,选择位于插入片段IS6110中884～865和568～588碱基对处的两个片段为引物,扩增出317bp的特异性片段,将其克隆进pUC19载体。酶切图谱分析和DNA序列测定证实为目的片段。该片段经DIG标记,分别与11种分枝杆菌DNA进行Southern杂交,结果证明只与人型复合分枝杆菌发生杂交反应。利用该对引物建立的PCR检测技术对74份结核病痰液标本进行检测,并与临床细菌快速培养结果相比较,发现48份临床阳性均为PCR阳性,在26份临床阴性标本中亦发现11份PCR检测阳性。将标本PCR产物与克隆探针进行杂交,显示两者结果完全一致。说明PCR检测体系结果可靠,其灵敏度明显高于目前临床所采用的方法,可作为一种常规技术用于结核病的临床检测。

金黄色葡萄球菌nuc基因特异性核酸探针的制备及应用

目的 建立核酸探针检测实验动物金黄色葡萄球菌的方法。方法 将重组质粒pGEM NUC中金黄色葡萄球菌nuc基因特异性片段酶切回收 ,经生物素标记后作为核酸斑点杂交试验探针 ,对细菌菌株及临床样品进行了检测。结果 核酸探针与金黄色葡萄球菌DNA呈杂交阳性 ,而与表皮葡萄球菌、化脓性链球菌、大肠埃希菌等其他细菌DNA呈杂交阴性 ,斑点杂交检测的灵敏度为 1pg基因组DNA。用斑点杂交试验和PCR对 32 2份SPF小鼠的临床样品进行了检测 ,检出率为 3 1% (10 /32 2 ) ,符合率为 10 0 % ,与细菌学检查的结果相一致。结论 建立的DNA探针检测金黄色葡萄球菌方法具有高度的特异性和敏感性 ,且较快速 ,可用于实验动物金黄色葡萄球菌的监测。

植物特异性DNA探针的制备与应用研究进展

本文简述了植物特异性DNA探针的种类,介绍了特异性探针的制备方法,主要是特异性DNA序列的分离与筛选,总结了植物特异性DNA探针在种质鉴定、外源染色体识别、核型分析和基因组研究等方面的应用,提出了存在的问题与应用前景。

用Y染色体特异性探针作斑点印迹法检测人血痕的性别

血痕的性别检查是法医学检案中一个重要内容。过去常用的方法是检查血痕里残存有核细胞中的x和y小体，也有试图测定血痕中性激素(主要是睾丸酮)含量的办法来达到鉴定性别的目的。但都因方法比较繁琐且结果不大可靠，或男女性别判断的界线不够清楚，或受澎响的因素太多而不能令人满意。

高效液相色谱-串联质谱及特异性抑制剂探针方法研究异嗪皮啶的体外CYP450代谢产物及代谢亚型

利用高效液相色谱-串联质谱及特异性抑制剂探针方法研究了异嗪皮啶在大鼠肝微粒体CYP450中的代谢产物及代谢亚型。结果表明,异嗪皮啶在大鼠肝微粒体的代谢时间为2 h最佳,其主要代谢产物有5种。CYP 3A,CYP 2C,CYP 2E1等亚型为异嗪皮啶在大鼠肝微粒体内的主要代谢酶。本方法为进一步研究药物-药物相互作用提供了依据。

甲基化特异性多重连接探针扩增及甲基化特异性PCR诊断Prader-Willi综合征方法比较

目的应用甲基化特异性PCR(methylation-specific PCR,MS-PCR)和甲基化特异性多重连接探针扩增(methylation-specific multiplex ligation-dependent probe amplification,MS-MLPA)方法对Prader-Willi综合征(Prader-Willi syndrome,PWS)进行诊断并比较两种方法的差异。方法回顾性研究2005年10月至2014年2月到北京协和医院就诊的患儿及正常对照共102例,男57例,女45例。其中正常对照16例;荧光原位杂交或高分辨染色体确诊PWS阳性对照2例;临床疑似PWS患儿84例。提取受试者外周血基因组DNA分别应用MS-PCR及MS-MLPA方法进行基因分析,对疑似患儿进行确诊和遗传类型分型,并计算两种方法的特异性、敏感性及准确度,应用卡方检验对两种方法进行比较。结果 MSPCR结果示正常对照及阳性对照与其表型全部相符,84例疑似患儿中有39例提示为PWS,45例提示正常。MS-MLPA结果示除正常对照外的86例受试者中,29例提示为父源缺失型PWS;9例提示为母源二体型PWS;47例提示为正常;1例因DNA过于陈旧未检出有效结果。对比两种方法检测结果,有2例MS-PCR结果显示为PWS,但MS-MLPA结果显示为正常,通过增加DNA用量重新进行MS-PCR检测后,除外PWS。结合临床表现,受试者中明确诊断PWS的患儿39例,非PWS者63例。MS-PCR方法共出现2例假阳性,假阳性率为3.17%(2/63)。MS-PCR方法敏感性100%,特异性96.83%,准确度98.03%;MS-MLPA方法敏感性97.43%,特异性100%,准确度99.02%。两种方法的敏感性、特异性及准确度差异无统计学意义(P均>0.05)。结论 MS-PCR及MS-MLPA敏感性、特异性及准确度皆佳,均可用于PWS诊断,MS-MLPA可区分父源缺失型及母源二体型。MS-PCR应保证DNA用量充足以避免假阳性出现。MS-MLPA应使用新鲜提取的DNA,且实验条件要求更为严格。建议同时使用两种方法检测以获得准确结果。

鸡致病性外源性禽白血病病毒特异性核酸探针交叉斑点杂交检测试剂盒的研制

用特定引物通过PCR合成了经地高辛标记的鸡致病性外源性及内源性禽白血病病毒特异性核酸探针,通过交叉斑点分子杂交,这些探针将可用于检测病料样品中致病性外源性禽白血病毒特异性核酸的存在。利用此试剂盒,对从病料组织样品中提取的基因组DNA作交叉斑点分子杂交或对提取的DNA用相应引物扩增后的PCR产物作交叉斑点分子杂交,可在24～36 h内完成检测并报告结果。

沙门氏菌属特异性核酸探针的研制及应用试验

首先提取鼠伤寒沙门氏菌菌株23566的染色体DNA,并用限制酶BamHI或HindⅢ进行酶切消化,将酶切片段连接到质粒载体pBR325的相应位点中,然后转化大肠杆菌宿主细胞HB101,我们通过这种随机克隆的方法建立了鼠伤寒沙门氏菌染色体的部分基因文库。其次,经广泛的杂交试验表明,重组质粒pLS2和pLS3中的插入片段(大小分别为8.0kb和3.4kb)

基于马尔可夫链的基因芯片特异性探针选择方法

对于基因表达芯片,特异性探针的选择是探针设计的重要环节,由于基因组序列数据量极大,不可能对每个候选探针都在全序列中进行特异性评价并进行取舍。对此问题,提出了一种采用马尔可夫链概率准则的探针特异性选择方法,即把基因组序列看作马尔可夫链,任何探针序列的互补序列作为它的一个子序列,都具有一定的出现概率,概率越小,越可能具有特异性。据此,选择其中概率最小的N个候选探针,能够大大减少进行特异性评价的探针数量,缩短探针设计的计算时间。对实际数据的测试结果表明,该方法选择的探针具有很高的特异性。

应用特异性探针药物分析双峰驼CYP2D6酶体外活性

动物CYP酶是代谢药物、外源性化学物质和内源性化合物的超家族酶系,其中CYP2D6亚酶虽然只占动物肝CYP酶系的2%,却承担着约20%左右的药物代谢。作者旨在较为系统地研究双峰驼CYP2D6酶的体外活性及其对特异性抑制剂的敏感性。采用差速离心法制备双峰驼肝微粒体,借助BCA法和CO还原差示光谱法测定肝微粒体蛋白浓度和CYP总酶含量。并在优化肝微粒体孵育体系及建立CYP2D6酶的特异性底物氢溴酸右美沙芬及其活性代谢产物去甲右美沙芬高效液相色谱法的基础上,研究双峰驼CYP2D6酶的动力学特征、底物代谢率及特异性抑制剂奎尼丁对该酶的抑制作用。结果表明,双峰驼肝微粒体蛋白浓度、CYP总酶含量均能满足试验要求。建立的测定酶底物和产物的HPLC法灵敏度高、稳定性好,且各成分分离完全、峰形良好、无干扰。双峰驼CYP2D6酶的Vmax值为(0.141 6±0.052 7)nmol·(min·mg)-1,Km值为(12.986 0±0.357 2)μmol·L-1。奎尼丁对双峰驼CYP2D6酶的半数抑制浓度IC50为(2.779 0±0.063 9)μmol·L-1。因此,该试验不仅为深入研究双峰驼CYP2D6酶体外活性成功建立并优化了反应体系,而且得出了双峰驼CYP2D6酶动力学参数和特异性抑制剂的IC50值,填补了该领域的空白。

识别全血中牛巴贝斯虫的特异性DNA探针

识别全血中牛巴贝斯虫的特异性ＤＮＡ探针［泰］Ｗ．Ｐｅｔｃｈｐｏｏ等生物技术、基因工程和ＤＮＡ杂交技术的发展，为血液原虫病的诊断提供了新工具。已报道的有人疟疾和利什曼原虫症、牛的锥虫症、边虫症种梨形虫症。牛巴贝斯虫症是由牛巴贝斯虫种双芽梨形虫引起的，前...

基于组合探针识别的大规模细菌分类16 S rRNA基因芯片设计(英文)

随着16SrRNA序列资源的不断丰富,以及寡核苷酸微阵列基因芯片技术的不断进步,检测复杂微生物菌落中的微生物种群构成成为可能.现有的序列特异性探针设计算法缺乏足够的覆盖度、灵活性以及效率,不能满足大规模细菌检测基因芯片的设计要求.很多组特异性探针设计算法的思路多局限于针对某个目标序列组设计唯一的组特异性探针.在很多应用场合,设计单个探针检测组内所有目标序列的目标是很难达到的.因此,设计多个探针通过组合方式进行检测是很有必要的.每个探针能特异性地检测组内一部分目标序列,通过组合就能提高覆盖率.然而,在所有可能的探针组合中找到一个优化的探针组合是很耗时的.提出了一个可行的基于相对熵和遗传算法的组合探针设计算法.

36380名河北汉族HLA供者基因多态性及其分布特征

目的了解河北省汉族人群人类白细胞抗原HLA-A、B、DRB1基因多态性及分布特征。方法采用序列特异性寡核苷酸探针聚合酶链反应(PCR-Sequence Specific Oligonueleotide Probing,PCR-SSOP)方法,对36 380名河北汉族捐献造血干细胞健康志愿者的HLA-A、B、DRB1基因作低分辨基因分型检测,采用方根法计算HLA-AB、DRB1基因频率,并进行群体比较。结果河北汉族人群中共检出18个HLA-A基因43个HLA-B基因和14个HLA-DRB1基因,呈现较高的基因多态性,包括过去很少被检测到的HLA-A*25,A*74,B*42,B*53,B*73,DR*18。,其中A座位最常见基因依次为:A*02、A*11、A*24、A*30、A*01、A*03、A*33 B座位最常见基因依次为:B*13、B*1501(B62)、B*51、B*4002(B61)、B*4001(B60)、B35,B46DRB1座位最常见基因依次为DRB1*15、DRB1*07、DRB1*09、DRB1*12、DRB1*04、DRB1*11和DRB1*14,结论河北汉族人群HLA-A、B、DRB1基因分布有自己的特点,各基因频率介于南北汉族之间,但更接近于中国北方汉族人群,符合地域分布特征。

河北汉族HLA-A基因多态性及其分布特征

目的了解河北省汉族人群人类白细胞抗原HLA-A等位基因多态性及分布特征。方法采用序列特异性寡核苷酸探针聚合酶链反应(PCR-Sequence Specific Oligonucleotide Probing,PCR-SSOP)方法,对5908名河北汉族捐献造血干细胞健康志愿者的HLA-A等位基因作低分辨基因分型检测,采用方根法计算HLA-A基因频率,并进行群体比较。结果河北汉族人群中共检出18个HLA-A基因,呈现较高的基因多态性,包括过去很少被检测到的HLA-A25,A74,其中A座位最常见基因依次为:A*02、A*11、A*24、A*01、A*30、A*03、A*33。结论河北汉族人群HLA-A基因分布有自己的特点,各等位基因频率介于南北汉族之间,但更接近于中国北方汉族人群,符合地域分布特征。