从一株革兰氏阳性菌微杆菌中快速高效提取基因组DNA的新方法(英文)

[目的]探索可以快速从革兰氏阳性菌微杆菌中提取高质量基因组总DNA的新方法。[方法]采用3种不同方法提取微杆菌基因组DNA,并进行DNA纯度、完整度鉴定及16SrDNA扩增检测。[结果]紫外吸收值表明,采用改良方法所获DNAA260/A280大于1.80,A260/A230为2.0,5ml过夜菌液可得6.5μg基因组总DNA。DNA凝胶电泳结果表明DNA完整度高且无RNA污染。以此方法提取的基因组总DNA样品为模板,可灵敏有效扩增16SrDNA基因。[结论]该方法用时短,操作简易,纯度好、产率高、成本低,适用于革兰氏阳性菌各相关的分子生物学研究。

小型节肢动物无形态损伤提取基因组DNA的研究进展

DNA提取是获取DNA条形码的关键步骤及进行后续相关研究的基础。小型节肢动物因个体微小,常用的基因组DNA提取方法破坏了重要的外部形态特征,致使无法进行后续的形态学验证,而无形态损伤提取DNA的方法有效弥补前者的不足。本文对小型节肢动物的无形态损伤提取基因组DNA进行综述,对比了小型节肢动物不同基因组DNA提取方法的优缺点,为进一步优化改进,探索更简单、高效的无形态损伤性DNA提取方法奠定基础。

腐乳中菌群基因组DNA提取方法的对比研究

为更好研究腐乳中微生物菌群的多样性,采用改良十六烷基三甲基溴化铵(CTAB)法和玻璃珠法对腐乳中的微生物进行非培养方式的基因组DNA提取,并将提取产物进行高通量测序分析。结果显示,在基因组DNA提取浓度方面,玻璃珠法和改良CTAB法均能得到一定量的基因组DNA,且均可得到扩增条带,但玻璃珠法拖尾严重。借助高通量测序方法检测,两种提取方法得到的样品基因组DNA在文库中的序列基本都能够被测出,在门和属水平上菌群结构相差不大。综上,改良CTAB法更适合大批量样品进行非培养方式的基因组DNA提取,该方法提取得到的基因组DNA浓度高且不影响后续实验。

虾肝肠胞虫(Enterocytozoon hepatopenaei, EHP)基因组不同提取方法的比较

为探寻最佳EHP基因组提取方法,本研究采用传统酚/氯仿抽提法、改良酚/氯仿抽提法、几丁质酶法、商品化海洋动物DNA提取试剂盒及商品化植物DNA提取试剂盒共5种方法分别对等量的EHP进行基因组提取。提取的基因组浓度由高到低依次为:商品化海洋动物DNA提取试剂盒(18.825 ng/µL) > 几丁质酶法(17.17 ng/µL) > 改良酚/氯仿抽提法(15.06 ng/µL) > 传统酚/氯仿抽提法(10.8 ng/µL) > 商品化植物DNA提取试剂盒(2.175 ng/µL);提取的基因组完整性由高到低依次为:商品化海洋动物DNA提取试剂盒 > 改良酚/氯仿抽提法 > 商品化植物DNA提取试剂盒 > 传统酚/氯仿抽提法 > 几丁质酶法。由上述结论可知,采用商品化海洋动物DNA提取试剂盒提取的EHP基因组浓度最高,且完整性最好,是5种方法中最佳的提取方法。

水体中基因组提取方法的比较及水体中铜绿假单胞菌检测技术的研究

以河水为研究对象,采用沸水浴法、SDS法、CTAB法、酚氯仿法和改良法提取河水中的基因组,对提取效果进行比较,确定出最佳提取方法;并利用传统培养法和分子生物学方法对人工污染样品中的铜绿假单胞菌进行检测,对两种方法检测结果进行比较;最后实验利用4种自然界水体验证了分子生物学方法的准确性。结果表明加入溶菌酶的酚氯仿法对河水中的DNA提取效果最好;传统培养法和分子生物学方法检测结果一致,且分子生物学方法比传统培养法节省一半左右的时间;用分子生物学方法可以检测出自然界水体中的铜绿假单胞菌。

微波法快速提取放线菌基因组DNA

原有的放线菌基因组DNA提取方法费时、费力、费用高 ,且对极端环境放线菌成功率较低。利用微波热振惊提取固体培养基表面放线菌菌落基因组DNA ,具有快速、简便、费用低廉等优点。所得的基因组DNA可作为PCR反应的模板进行 1 6SrRNA基因有效扩增。

微波法快速提取丝状真菌基因组DNA

丝状真菌基因组DNA的提取是一个费时、费力,并且费用较高的工作,效率较低。本文报道一种以微波热振破壁处理真菌菌丝,快速、简便和高效提取真菌基因组DNA的方法。以提取的DNA为模板可以扩增出18S rRNA基因。

活性污泥基因组DNA快速提取新方法及其指纹分析

建立了从活性污泥中快速提取基因组DNA的新方法,过程包括粗提与精制两个步骤,简化了繁琐的提取程序,提高了提取效率.用该方法提取的基因组DNA做模板,进行扩增核糖体限制性酶切片断分析(ARDRA)及核糖体基因间区序列分析(R ISA),均获得了理想的多态性指纹图谱;采用两对特异性引物(鞘氨醇单胞菌属和氨加氧酶基因)对所提污泥基因组DNA进行扩增,均获得了正确的PCR产物.该方法提取的污泥基因组DNA不但适用于研究污泥系统中菌群多样性分析,而且还可以对特定基因进行跟踪监测.

一种高效快速的鱼类标本基因组DNA提取方法

以95%酒精保存的黄鳝(M onopterus albus)和斑鳢(Channa maculates)标本为材料,采用先沉降DNA再去除杂质的方法从鱼类标本中提取基因组DNA。基因组DNA的琼脂糖凝胶电泳和紫外分光光度法检测以及PCR扩增结果显示,本方法提取的鱼类基因组DNA的电泳主带清晰明亮;A260/A280值在1.7830-2.0144之间;PCR扩增产物条带清晰明亮,且单一整齐没有拖带,表明本方法可从酒精保存的鱼类标本中提取比较纯净的DNA,能够满足一般分子生物学试验需要。与传统苯酚/氯仿法相比,本方法操作简单快速,避免了苯酚等物质对后续实验的影响,可作为一种常规动物组织DNA提取方法。

6种链霉菌基因组DNA提取方法比较

采用优化SDS、SDS、优化CTAB、CTAB、液氮研磨、微波法分别提取委内瑞拉链霉菌基因组DNA,比较6种方法的差异,选出最佳提取方法分别提取S.fradiae,S.venezuelae,S.ambofa-ciens,S.glaucescens,S.coelicolor基因组DNA,并利用16S rDNA的通用引物扩增相应的目的基因。结果表明:6种方法制备的基因组DNA以优化SDS法和微波法为上选,后者的纯度高但量很少。优化SDS法是6种提取方法中最可靠的DNA提取方法,DNA量大,纯度高,可靠,可作为PCR反应的模板进行16S rDNA基因有效扩增。

一种高效提取虎耳草科植物基因组DNA的方法

[目的]探索从虎耳草科植物中提取DNA的有效方法。[方法]采用改进的CTAB法,从11种虎耳草科植物中提取DNA。以提取的DNA为模板,利用通用引物"psbAF"和"trnHR"对虎耳草科植物叶绿体DNApsbA-trnH片段进行PCR扩增。[结果]通过该方法提取的DNA纯度较高,质量较好。用所得DNA进行psbA-trnH扩增的产量高,可用于后续的测序等分析。对山地虎耳草的PCR产物纯化后进行测序,得到262 bp的序列。将其与GenBank中的虎耳草属其他植物的psbA-trnH序列进行比对分析,证实该序列为目标psbA-trnH片段的区域。[结论]该方法可有效去除次生物质对DNA的干扰,提取的基因组DNA可用于叶绿体psbA-trnH测序分析和其他遗传学分析。

大花蕙兰基因组DNA提取及RAPD反应条件探索

用SDS、CTAB和改良CTAB法分别提取大花蕙兰叶片基因组DNA,发现以改良CTAB法提取的DNA纯度高,产率也较高。以5’-GGTGCTCCGT-3(’BA440)为随机引物,并以大花蕙兰品‘种金杯(’Cymbidiumhybridiumcv.HiroshimaGoldenCu“pSunnyMoon”)的DNA为模板,对RAPD(RandomAmplifiedPolymorphicDNA)反应体系进行了优化研究,结果表明,25μl反应体系中,Mg2+、TaqDNA聚合酶、引物、模板DNA和dNTP5种主要成分的适宜浓度或用量分别是:2.0mmol/L、1.0U、0.20μmol/L、25ng和0.20mmol/L。扩增程序优化为:94℃预变性4min;94℃变性0.5min,37℃退火1min,72℃延伸1min,40个循环;最后72℃延伸7min。

一种提取植物基因组DNA的方法--改良尿素法

介绍了一种从玉米和水稻叶片中提取高质量基因组DNA的改良尿素法.与其他常用方法如CTAB法、SDS法等相比,这种改良方法具有产率高、快速省时、可常温操作、成本耗用低等优点.结果证明,采用这种改良方法获得的基因组DNA纯度高、浓度大,适合用于限制性内切酶的酶切反应、基于PCR基础上的遗传多样性分析、基于传统的Southern杂交的遗传图谱分析以及其他下游分子生物学研究,是一种适于植物基因组DNA制备方法,值得推广的.并针对基因组制备过程中经常出现的难题,分析了产生的原因,提出了具体解决办法.

4种不同广玉兰基因组DNA提取方法的比较

采用常规CTAB法、常规SDS法、改良CTAB法、改良SDS法4种方法对广玉兰(Magnolia grandiflora)叶片基因组DNA的提取进行比较,并进行ISSR-PCR检测,结果表明:改良的CTAB法提取的基因组DNA效果比常规CTAB法、常规和改良SDS法都好,提取DNA的浓度和纯度高,无蛋白质和RNA等杂质影响,并且可以很好的应用于ISSR分子标记分析,ISSR-PCR反应体系中模板DNA的最佳浓度是30 ng/20μL.

柿属植物基因组DNA提取方法比较

针对柿属植物叶片富含单宁,常规CTAB法提取DNA质量低等问题,为了获得符合柿属植物SSR-PCR扩增要求的DNA,分别采用改良CTAB法和植物基因组DNA提取试剂盒两种方法,提取柿属植物DNA,结果显示:两种方法均可得到满足SSR-PCR扩增要求的DNA;试剂盒较改良CTAB法提取的DNA质量高、杂质少,DNA得率略低,但其操作步骤简单,耗时短,毒害小,因其费用较改良CTAB法高,各实验室可根据自身条件选择适宜方法提取柿属植物DNA。

硅羟基磁珠的制备及全基因组DNA提取优化

旨在制备硅羟基功能化纳米磁珠与核酸提取试剂,并对提取过程进行优化。采用溶剂热法制备硅羟基功能化纳米磁珠,并用表面化学修饰法在磁珠表面包裹SiO_2;在自制磁珠提取过程中分别对比缓冲液浓度、裂解液浓度、磁珠量以及洗脱温度等因素对DNA提取效率的影响,使用紫外分光光度计定量测定和琼脂糖凝胶电泳定性验证,并与商品化磁珠试剂盒提取效果进行对比。结果显示,通过水热法成功合成了粒径在200 nm左右的Fe_3O_4@SiO_2磁珠,当磁珠量为1.5 mg,裂解液为含5 mol/L的盐酸胍溶液(p H4.9),缓冲液体系为含60%无水乙醇的60 mmol/L盐酸胍缓冲液(pH7.5),洗脱温度为65℃时,所提取的核酸效果达到最优,且4个因素对浓度的影响均存在统计学差异(P<0.05)。利用自制磁珠和试剂体系可高效的完成全血中全基因组DNA的提取,且优于商业化试剂盒。

食品检测用4种病原菌基因组试剂盒提取方法的比较与优化

目的:采用国产的天根细菌基因组提取试剂盒,制备具有自主知识产权的、达到国家核酸标准物质要求的食源性病原菌的基因组样品。方法:以4种食源性病原菌大肠埃希氏菌O157:H7、单增李斯特氏菌、肠炎沙门氏菌和金黄色葡萄球菌为研究对象,首先使用进口OMEGA细菌基因组提取试剂盒和国产天根细菌基因组提取试剂盒提取4种病原菌的基因组,然后对国产试剂盒提取的基因组浓度和纯度较低的大肠埃希氏菌O157:H7、肠炎沙门氏菌和金黄色葡萄球菌的基因组提取方法进行优化。最后对4种病原菌基因组的完整性和纯度进行琼脂糖凝胶电泳检测,并分别对4种病原菌的特征毒力基因进行PCR扩增验证。结果:通过方法优化,使用国产天根细菌基因组提取试剂盒提取的4种病原菌的基因组质量浓度均在50 ng/μL以上,A260/A280和A260/A230的值在1.7~2.0之间,基因组DNA条带完整,无RNA和蛋白污染,各菌株的特征毒力基因均为阳性。结论:通过基因组提取方法的优化,得到符合国家核酸标准样品要求的4种病原菌基因组样品,为后续大量制备核酸标准样品奠定了基础。

芋螺基因组DNA提取方法的优化

热带药用海洋生物芋螺产生的芋螺毒素 (Conotoxin) ,已成为神经科学研究的有力工具药和新药开发的新来源。近来出现了从芋螺基因组DNA中克隆新型芋螺毒素基因的新方法 ,因而快速获得芋螺基因组DNA是分离多样性毒素基因、建立基因库及药用芋螺基因资源开发的前提。本研究采用不同的DNA提取方法 ,从 6种芋螺的不同组织和器官中分离总DNA ,经综合比较 ,建立了简便快速的提取芋螺总DNA的改良苯酚

用改进的CTAB法提取肉苁蓉基因组DNA

研究了肉苁蓉(Cistanche deserticola)基因组DNA的分离提取方法.由于肉苁蓉组织内含有大量的多糖类及蛋白等物质,严重干扰DNA的抽提,在对其进行若干预处理之后,采用改进的CTAB法提取基因组DNA.根据外观、琼脂糖凝胶电泳检测、D260/D280的测定和PCR扩增表明,用改进的CTAB法提取肉苁蓉基因组DNA,所得DNA无论是纯度还是完整性都比较好,可以直接用于RAPD反应体系.

菊叶香藜(Chenopodium foetidum)基因组DNA的提取方法研究

文章通过传统CTAB法、改良CTAB法、SDS法、高盐低pH法和试剂盒法等5种方法,对菊叶香藜进行基因组DNA提取,旨在筛选一种菊叶香藜基因组DNA的适宜提取方法。同时用紫外分光光度法和琼脂糖凝胶电泳对5种方法所提DNA进行检测,并对改良CTAB法提取的DNA进行RAPD-PCR扩增检测。结果表明:改良CTAB法提取速度较快,便于操作,提取的DNA质量较好,进行的RAPD-PCR扩增条带清晰,能满足分子标记的要求。因此,改良CTAB法为菊叶香藜基因组DNA可靠并合适的提取方法。