PLIN1基因InDel位点检测及其与同羊尾脂和生长性状的关联分析

为了探讨同羊PLIN1基因结构及PLIN1基因的插入/缺失(inserted/deletion,InDel)位点对同羊尾脂和体尺性状的影响,试验对PLIN1基因结构进行了生物信息学分析,并测量了166只健康同羊的尾脂和体尺性状;通过测量同羊表型数据、提取基因组DNA,并采用PCR扩增、琼脂糖凝胶电泳和Sanger测序等方法检测PLIN1基因的InDel位点和分型情况,然后对PLIN1基因的InDel位点与同羊尾脂和体尺性状进行关联分析。结果表明:PLIN1基因位于绵羊的18号染色体上,有8个外显子和7个内含子。绵羊、山羊、普通牛、欧亚野猪、智人、小鼠的PLIN1蛋白结构高度保守,原鸡和绿头鸭的PLIN1蛋白结构与其他物种存在差异,以上8个物种的PLIN1蛋白有10个共同基序,2个特定的保守结构域,PLIN1基因在物种进化中相对保守。同羊的PLIN1基因存在1个26 bp(CGATCCTCGGTGCCCCAGAAACATTC)的InDel位点,包含DD、II和ID 3种基因型,I和D等位基因频率分别为0.2018和0.7982,II、ID和DD基因型频率分别为0.0663,0.2711,0.6627,该位点处于中间多态性(0.250.05);该位点对公羊的体尺性状无显著影响(P>0.05);但该位点的II基因型母羊背高显著高于ID和DD基因型(P<0.05)。说明PLIN1基因的InDel位点可被作为母羊育种的有用分子标记。

二维Delaunay三角网局部更新:点插入与点删除

二维Delaunay三角网的局部更新在地学分析、道路CAD、城市规划等领域有着广泛的用途 ,点插入和点删除则是其中最重要、最基本的操作。该文针对原有逐点插入法和凸耳权值点删除算法存在的不足 ,利用动态包围三角形和特征三角形分别对其进行改进 ,在设计的具有拓扑关系Delaunay的三角网数据结构基础上 ,实现Delaunay三角网的快速局部更新 ,且使之满足Delaunay特性。

有序二叉树中的插入、删除及其PDC—PROLOG实现

二叉树是一种重要的数据结构,而有序二叉树是一种重要的二叉树。本文讨论了在 PDC-PROLOG 中,用递归技术对有序二叉树进行插入与删除结点。

最优搜索机制下寻找最优插入-删除种子

空位种子极大地提高了生物分子序列比对的灵敏度,但不适合大量存在插入和删除字符的序列。在空位种子的基础上,提出了带插入-删除的生物序列比对种子,进一步提高了生物序列比对的效率。实验表明,采用最优搜索算法可以有效地在给定约束条件下寻找到最优的插入-删除种子,并且插入-删除种子比同长度的最优空位种子具有更高的生物序列比对敏感度。

优先队列的并行插入和删除

优先队列广泛地使用在许多并行算法中(例如,多处理机调度和某些组合优化算法)。在这些算法中,共享优先队列的存取冲突限制了加速比的提高。本文提出一种链表优先队列的并行插入和删除方法,具有较小并行开销和较大的并行度,并且保证和串行存取算法的优先顺序完全一致,即删除操作返回已经插入和正在插入的所有元素中的最佳元素。同时,我们还介绍了目前性能最好的堆的并行插入和删除算法,并对准和链表结构并行插入和删除算法的性能和适用范围进行了比较,进一步提出了散列结构的优先队列。在ENCORE Multimax520多处理机上的实验结果验证了我们的理论分析结果:使用链表结构的并行分枝限界算法性能上可获得很大提高。

线性链表插入元素与删除元素算法的分析

从线性表的链式存储下元素的插入与删除的基本思想出发,分别给出了操作实现的算法思想。分析了算法思想的实现方法,以及具体实现的思路。把实践总结表达出来。还指出了这两个算法的相同点及它们之间存在的差异。最后,总结了算法的实现要点及实现思路。

通过交互式移位-插入-删除进行基因组排序的较快算法

多染色体基因组进化问题中常见的重组事件就是移位(translocation),对此已有很多研究成果.但事实上更为普遍的情况是2个基因组包含不同基因,这需要考虑插入和删除事件.对于"通过移位-插入-删除进行基因组排序(简称SG-TID)"这个问题,此前已有一个求解移位-删除(或者移位-插入)序列的近似算法,以及求解SG-TID问题的启发式算法.在给出了移位-插入-删除距离的表达公式后,给出了在增加O(n)存储空间的条件下,O(n2)时间内求解该问题的精确算法.该算法比此前给出的算法要快.

内蒙古绒山羊PRDM6基因插入/缺失(InDel)检测及其与生长性状的关联分析

PRDM6属于PRDM蛋白家族的一员,PRDM6基因编码1个转录抑制因子,具有与DNA、RNA、蛋白质结合的能力,同时还具有组蛋白赖氨酸N-甲基转移酶活性。全基因组关联分析结果显示,PRDM6基因遗传变异与骨密度和体质量等性状显著相关,且该基因插入/缺失(Indel)遗传变异还被发现与陕北白绒山羊的多个生长性状显著相关。因此,本研究将PRDM6基因作为研究对象,以期挖掘到与内蒙古绒山羊生长性状相关的关键遗传变异位点。结合Ensembl数据库提供的山羊PRDM6遗传变异信息和已发表文章中的遗传变异位点,本研究探究了2个InDel位点(rs656578433、rs651603667)多态性及其在内蒙古绒山羊群体中的分布规律。发现在本研究检测的群体中,只有第一内含子区的12 bp InDel(rs651603667)存在多态性。不同基因型与生长性状的关联分析结果显示,rs651603667存在3种基因型,即纯合插入型(II)、杂合型(ID)和纯合缺失型(DD),频率分别为0.399、0.444、0.159。在育成羊群体中,此rs651603667突变与体质量、胸深显著相关(P<0.05);在成年羊群体中,rs651603667突变与体长、髋宽显著相关(P<0.05),和体高、胸深极极显著相关(P<0.01);此外,皮尔逊(Pearson)相关分析结果显示,该突变位点显著影响的生长性状均与体质量存在极显著相关(P<0.01)。综上,PRDM6基因12 bp InDel突变位点与内蒙古绒山羊体长、髋宽和体高、胸深具有显著或极显著相关性,可作为内蒙古绒山羊生长性状选育的有效分子标记。

广义Helberg码纠插入/删除错误的一个简单证明

针对广义Helberg码纠错能力的现有证明方法较为复杂的缺点,提出了广义Helberg码能够纠正多个插入/删除错误的一种简单证明方法。通过深入分析广义Helberg码的码字与权重之间內积的单调性,证明了任意两个不同码字与权重之间的內积之差的上下界。利用所得到的上下界,简化了广义Helberg码纠错能力的现有证明方法。所给出的简单证明方法有助于对广义Helberg码的理解和进一步深入研究。

二分查找树插入和删除算法的综合推导

程序综合是根据程序规范,推导出满足此规范的程序,推导的过程就是证明的过程,从而保证了最终程序的正确性.程序规范是对程序所要完成的任务的数学描述,表明了程序的目的和应满足的性质. 我们这里借助类似于函数程序语言Miranda的一种函数语言。

数据结构中链表的插入和删除方法研究

链表是数据结构中的重要概念,利用指针处理链表是教学中的一个难点。为此,对链表的插入、删除方法进行了的分析,找出了问题的关键,总结了操作过程中的实现方法和技巧,以帮助学生学习和理解该部分知识。

山羊FN1基因InDel位点鉴定及其与生长性状的关联性分析

【目的】转录组候选基因纤维连接蛋白1(Fibronectin 1,FN1)对于骨分化、骨形成和骨细胞迁移起关键作用。对FN1基因预测突变位点进行DNA池检测,并与山羊生长性状进行关联分析,以期为山羊的遗传育种和性状改良提供分子标记。【方法】利用DNA池检测和PCR-RFLP技术,分析福清山羊、努比亚黑山羊和简阳大耳羊中FN1基因的7个预测突变位点的遗传多态性,并与其生长性状进行关联分析。【结果】通过DNA池检测和PCRRFLP发现,7个预测位点中只有Del66652位点存在多态性,且在3个山羊群体中都只存在Ⅱ和ID基因型,都不处于哈迪温伯格平衡(P>0.05),多态性信息含量小于0.25。关联分析发现,努比亚黑山羊ID基因型个体的管围显著优于Ⅱ基因型(P<0.05),ID基因型的胸围指数极显著优于Ⅱ基因型(P<0.01)。简阳大耳羊ID基因型个体的胸围指数和管围指数显著优于Ⅱ基因型(P<0.05)。【结论】Del66652位点与努比亚山羊和简阳大耳羊的生长性状显著相关,且ID基因型为优势基因型。Del66652位点可作为影响山羊生长性状的分子标记位点,为提高山羊生长性状的品种改良提供研究基础。

在Delphi中使用SQL Server的XML特性(五)——插入、更新、删除数据

在本系列文章的前几部分,我们已经了解在Delphi程序中利用SQL Server 2000 XML特性的数据查询技术。我们也研究了如何在Delphi数据敏感控件中使用XML数据源。作为系列文章的最后一部分,我们将探讨有关利用SQL ServerXML特性进行数据插入、更新、删除的话题。

遗传标记的单核苷酸多态性和插入-删除以及玉米指纹重叠群在遗传图上的定位

单核苷酸多态性（SNPs）和插入-删除标记（InDels）日益成为主要作物的重要遗传标记。本研究中，我们想证明这两种标记在将指纹重叠群定位到遗传图谱上的实用性。为了得到SNP和InDcl标记，我们扩增了12个玉米品系中与3000个单基因相对应的基因组区域，其中194个单基因（6．4％）在琼脂凝胶上表现出B73和Mo17间的大小多态性InDels。

两株黑曲霉全基因组重测序分析

为探究导致不同黑曲霉中赭曲霉毒素A(ochratoxin A,OTA)生物合成差异的原因并对毒素进行去除及防控,该研究选用黑曲霉CICC 41702与黑曲霉3.316为试验材料,利用全基因组重测序分析两株黑曲霉菌株基因组水平的差异及OTA生物合成的机制。利用Illumina技术对产和不产OTA的两株黑曲霉菌株进行全基因组重测序,并以黑曲霉CBS 513.88的基因组序列为参考,深度挖掘单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP)、插入或删除(insertions or deletions,InDel)、结构性变异(structural variants,SV)、拷贝数变异(copy number variation,CNV)等信息,并对参与OTA生物合成的基因进行特异性生物信息学分析。结果表明,黑曲霉3.316比黑曲霉CICC 41702显示出更高的变异,且An15g07920基因在黑曲霉3.316中存在大量的非同义突变并显示缺失了23600 bp,推测这可能是导致两株黑曲霉的OTA生物合成差异的原因。

GHR基因9-bp InDel与陕北白绒山羊体重和生长性状的关联研究

生长激素受体(growth hormone receptor,GHR)是生长激素(GH)的特定跨膜受体,对动物正常的生长发育具有重要作用。该试验随机选择532只陕北白绒山羊,通过降落PCR (Touch down PCR)方法鉴定陕北白绒山羊GHR基因第一内含子存在的9bp插入缺失(InDel)情况并分析其与体重、生长性状的相关性。研究发现,陕北白绒山羊GHR基因共出现II、ID、DD 3种基因型;相关分析结果表明,在体重、髋宽、体高、荐高和胸深指标上,基因型ID或DD个体相比较II型个体更具显著性优势(P<0.05),说明该位点等位基因D更有利于山羊的生长发育。研究表明GHR基因可作为陕北白绒山羊体重和生长性状的候选基因,为陕北白绒山羊产业快速高效发展提供科学理论依据。

GDF9基因12-bp InDel与陕北白绒山羊生长性状关联研究

生长分化因子9(growth differentiation factor 9,GDF9)也称FecG基因,是影响家畜繁殖力的常染色体主效候选基因,此基因在性腺轴相关组织及内脏组织器官中均有表达,且shRNA下调GDF9基因的表达可能对动物生长轴的调控造成影响,因此,推测GDF9基因对动物正常的生长发育也具有重要作用。为探讨GDF9基因作为山羊生长性状候选基因的可能性,寻找与山羊生长性状相关的分子标记,本研究以陕北白绒山羊(n=638)为研究对象,并结合已有报道利用DNA池检测GDF9基因的InDel位点,评估InDel位点与生长性状的相关性。本研究发现,在638只陕北白绒山羊GDF9基因3′调控区存在12-bp的插入缺失(InDel),群体共出现3种基因型(II,ID,DD),其中I和D等位基因频率分别为0.461和0.539,优势基因型为杂合型(ID)频率为0.874。关联性分析结果表明,该突变位点与陕北白绒山羊体高显著相关(P<0.01),同时显著影响十字部高性状(P<0.05)。其他性状虽然没有显著的相关性,但是其体重、体长等重要生长性状也表现相同的趋势。因此,GDF9基因可作为陕北白绒山羊生长性状选育的候选基因,为陕北白绒山羊选育工作提供理论依据。

绒山羊MARCH1基因InDel位点与体尺性状的关联研究

探究膜相关RING-CH型蛋白1(membrane-associated Ring-CH Protein 1,MARCH1)基因多态能否显著影响内蒙古白绒山羊的生长性状。通过现代分子遗传学技术检测460只内蒙古白绒山羊MARCH1基因启动子区7-bp位点InDel(insertion/deletion)多态性,并利用SPSS 23.0分析软件探究它们与生长性状的相关性。育成羊MARCH1基因启动子7-bp(NC_030813:g.1858696insTAATACG)突变位点DD基因型个体体高均值显著大于ID和II基因型个体(P=0.010),ID基因型个体体长均值显著大于II基因型个体(P=0.036);成年羊该突变位点ID基因型个体管围均值显著大于II基因型个体(P=0.040)。皮尔逊相关分析显示:内蒙古白绒山羊体高、体长和管围与体重性状均存在极显著相关(P<0.01)。MARCH1基因启动子区7-bp位点可作为内蒙古白绒山羊体尺性状的有效分子标记。

基于全基因组重测序技术分析甜菜InDel标记

为了给甜菜种质资源的基因定位及分子标记辅助育种提供数据支撑,对‘MA3001’、‘KWS1231’、‘ZT000589’、‘ZT000549’、‘ZT000286’五个甜菜品种进行了InDel标记的全基因组重测序,将其分别与参考基因组比对,经处理后得到42.84 GB的无重复有效数据。从5个甜菜品种中平均发现了314134.8个InDel位点,其中插入、缺失位点平均分别为158921.4、155212.4个;InDel位点分布在基因间区的数量最多,约占全部位点的55%,在基因区内大部分分布在内含子中;不同甜菜品种全基因组中InDel位点的长度分布趋势基本一致;InDel位点数量随着InDel长度的增加而减少(基因区除外),基因间区内大部分InDel位点的长度为1 bp,约占40%,基因区内大部分InDel位点的长度为3 bp或其整数倍。在蛋白质编码区平均发现了4782个InDel位点,这些InDel位点几乎都会引起编码蛋白质的显著变化;约有1500个InDel位点导致了删除或插入,约有600~800个InDel位点导致了碱基移位,低于100个InDel位点导致了终止密码子的产生和缺失。基因间区以及内含子区域中大于3 bp的InDel位点适合进行InDel引物开发,这些InDel位点的开发将为进行遗传效应分析并鉴定甜菜种质资源提供重要基础。