插入缺失位点和miniSTR在甲醛固定石蜡包埋组织中的应用检测

目的:研究插入缺失位点InDel与mini短串联重复序列(STR)遗传标记对甲醛固定石蜡包埋组织应用的价值。方法:19份甲醛固定石蜡包埋组织作为疑难检材,应用3种常染色体遗传标记多重扩增系统,即InDel系统(Investigatior■DIPplex Kit)、miniSTR系统(华夏白金扩增试剂盒)和STR系统(Goldeneye®20A),对STR分型不完整或失败的检材,再分别用InDel和miniSTR系统进行DNA分型检测,比较两者的分型质量和检出率。结果:19份甲醛固定石蜡包埋组织经Goldeneye 20A试剂盒检测,均分型不完整。应用miniSTR系统检测显示,7份样本的检出率100%,其中,D19S433基因座的检出率为100%,D5S818、D13S817和D1S1656基因座的检出率最小,为36.84%。应用InDel系统检测发现,1份样本InDel位点电泳分型完整,所有样本的位点丢失率均小于50%,其中7份样本的位点丢失率低至10%以下。结论:应用遗传标记对甲醛固定石蜡包埋组织这类疑难降解检材进行检测,插入缺失多态性位点InDel与miniSTR可以作为联合检测标记。

贵州仡佬族和苗族人群30个插入/缺失位点遗传多态性分析

目的调查贵州仡佬族和苗族人群30个插入/缺失(InDel)位点的遗传多态性,并评估其在法医学中的应用价值。方法用Investigator~? DIPplex试剂盒分别对贵州220例仡佬族和207例苗族无关个体外周血样进行30个InDel分型检测,统计分析各位点的频率数据、群体遗传学参数,并与其他地区人群已有数据进行比较。结果 30个InDel位点经Bonferroni校正,其基因型分布在贵州仡佬族和苗族群体均符合Hardy-Weinberg平衡,且不存在连锁不平衡现象;各位点在贵州仡佬族和苗族人群中的累积个体识别率分别为0.999 999 999 34和0.999 999 996 86,三联体累积非父排除率均≥0.995 6;30个InDel位点在贵州仡佬族和苗族中均有4个位点的期望杂合度<0.3。通过Genepop 4.2软件计算F_(st)值,除D111(0.137 5)和D118(0.091 1)外,其余位点均小于0.06。从Nei′s DA遗传距离矩阵分析发现,贵州仡佬族与成都汉族的遗传距离最小(0.001 0),贵州苗族与新疆哈萨克族的遗传距离最大(0.026 4)。结论 Investigator■ DIPplex试剂盒中包含的30个InDel位点在贵州仡佬族和苗族人群中具有较好的遗传多态性,可作为个体识别等特殊检案有效的补充体系。

内蒙古鄂温克族人群30个InDel位点遗传多态性

目的研究30个插入/缺失(insertion/deletion,InDel)位点在内蒙古地区鄂温克族人群中的遗传多态性,并评估其在法医学中的应用价值。方法采集87名鄂温克族健康无关个体的外周血样,提取基因组DNA,对样本的30个InDel位点进行复合扩增并分型,运用优化的Power Stats v1.2软件对各位点进行HardyWeinberg平衡检验及遗传学参数的计算,并采用SNPAnalyzer v2.0软件检验各位点间是否存在连锁不平衡。基于30个InDel位点的等位基因频率进行分子方差分析、主成分分析、系统发育树的构建,探讨鄂温克族与其他群体的关系。结果 30个InDel位点经校正检验后符合Hardy-Weinberg平衡定律。经Bonferroni法校正后,两两配对的InDel位点之间处于连锁平衡状态。群体遗传学研究结果表明,鄂温克族与河南汉族和北京汉族的遗传关系较近,与欧洲和墨西哥地区的族群较远。结论 30个InDel位点在内蒙古鄂温克族人群中具有相对较好的遗传多态性,可作为STR检测体系的有益补充。

国内外36个群体30个常染色体InDel位点的荟萃分析和系统树

目的为了研究国内外不同地区36个群体30个常染色体InDel位点的遗传关系。方法收集国内外不同地区的36个群体30个常染色体InDel位点的基因频率,通过统计其遗传距离,构建系统发生树,并进行多维尺度分析。结果经统计遗传距离,发现华东畲族与非裔美国人1的遗传距离最大(0.168)。经构建系统发生树和多维尺度分析(MDS),发现国内外36个群体共分为三大支,第一支:索马里人、非裔美国人1和非裔美国人2;第二支:芬兰人、丹麦人、白种人、美国白种人、捷克人、西班牙人、西班牙巴斯克人、葡萄牙人和德国人;剩余群体为一支。结论以30个InDel遗传标记的等位基因频率为基础,统计得到的遗传距离Fst、系统发生树和MDS分析,能够适用于群体遗传相关性、民族和种族研究。

内蒙古赤峰地区蒙古族人群30个常染色体InDel的遗传多态性

为了调查30个常染色体插入/缺失(insertion/deletion, InDel)位点在内蒙古赤峰地区蒙古族人群中的遗传多态性,应用Investigator DIPplex试剂盒对50名内蒙古赤峰地区蒙古族无关健康个体进行分型检测,统计分析InDel位点的频率分布及群体遗传学参数。经Bonferroni校正后, 30个InDel位点均符合Hardy-Weinberg平衡检验(P>0.05/30),各位点间处于连锁平衡状态(P>0.05/435);个体识别率为0.309 6~0.658 4,多态信息含量为0.188 9~0.374 9;系统累积个体识别率为0.999 999 999 993,三联体累积非父排除率为0.996 257 187 748,二联体累积非父排除率为0.957 489 048 877。结果提示, Investigator DIPplex试剂盒包含的30个常染色体InDel位点在内蒙古赤峰地区蒙古族人群中有较好的遗传多态性,可作为法医遗传学实践应用的补充。

新型遗传标记DIP-STR多重复合扩增体系的构建

目的建立一种同时检测人常染色体插入缺失多态性(Deletion/Insertion Polymorphisms,DIP)位点和短串联重复序列多态性(Short Tandem Repeat,STR)基因座的多重荧光标记复合扩增体系,为不均衡混合样本DNA检测提供有效的辅助方法。方法在多色荧光标记复合扩增和毛细管电泳技术的基础上,利用DIP和STR两种遗传标记串联组合成新型遗传标记DIP-STR,构建荧光标记复合扩增体系同步检测分析样本的8个DIP-STR基因座。结果建立了一种同时检测8个DIP-STR基因座分型的检测方法。结论本研究通过设计针对DIP位点插入或缺失的特异性引物,在现有法医物证常规检验设备和方法的基础上,可对现场物证中不均衡混合样本进行分型,为现场案件混合DNA检测提供有效辅助方法。