急性肺动脉血栓栓塞PAI-1启动子区插入／缺失多态性研究

目的研究急性肺动脉血栓栓塞（APTE）患者纤溶酶原激活物抑制物-1（PAI-1）启动子区插入／缺失多态性。方法根据是否合并下肢静脉血栓将58例APTE患者分为2组：合并下肢深静脉血栓组（37例），未合并下肢深静脉血栓组（21例）；选择正常对照者57例。采用聚合酶链反应一限制性片段长度多态性法测定PAI-1插入，缺失多态性。结果病例组中4G纯合子基因型频率显著高于对照组，4G纯合子、4G／5G杂合子及5G纯合子3种基因型频率在病例组与对照组间有显著性差异；病例组4G等位基因频率显著高于对照组，4G和5G等位基因频率在病例组与对照组间有显著性差异。未合并下肢深静脉血栓组4G纯合子基因型显著高于合并下肢深静脉血栓组和正常对照组（均P=0．04），而合并下肢深静脉血栓组与正常对照组比较无显著差异。结论PAI-1启动子区插入／缺失多态性与APTE有关，4G纯合子基因型显著增加未合并下肢静脉血栓个体的肺栓塞风险。

贵州仡佬族和苗族人群30个插入/缺失位点遗传多态性分析

目的调查贵州仡佬族和苗族人群30个插入/缺失(InDel)位点的遗传多态性,并评估其在法医学中的应用价值。方法用Investigator~? DIPplex试剂盒分别对贵州220例仡佬族和207例苗族无关个体外周血样进行30个InDel分型检测,统计分析各位点的频率数据、群体遗传学参数,并与其他地区人群已有数据进行比较。结果 30个InDel位点经Bonferroni校正,其基因型分布在贵州仡佬族和苗族群体均符合Hardy-Weinberg平衡,且不存在连锁不平衡现象;各位点在贵州仡佬族和苗族人群中的累积个体识别率分别为0.999 999 999 34和0.999 999 996 86,三联体累积非父排除率均≥0.995 6;30个InDel位点在贵州仡佬族和苗族中均有4个位点的期望杂合度<0.3。通过Genepop 4.2软件计算F_(st)值,除D111(0.137 5)和D118(0.091 1)外,其余位点均小于0.06。从Nei′s DA遗传距离矩阵分析发现,贵州仡佬族与成都汉族的遗传距离最小(0.001 0),贵州苗族与新疆哈萨克族的遗传距离最大(0.026 4)。结论 Investigator■ DIPplex试剂盒中包含的30个InDel位点在贵州仡佬族和苗族人群中具有较好的遗传多态性,可作为个体识别等特殊检案有效的补充体系。

插入缺失位点和miniSTR在甲醛固定石蜡包埋组织中的应用检测

目的:研究插入缺失位点InDel与mini短串联重复序列(STR)遗传标记对甲醛固定石蜡包埋组织应用的价值。方法:19份甲醛固定石蜡包埋组织作为疑难检材,应用3种常染色体遗传标记多重扩增系统,即InDel系统(Investigatior■DIPplex Kit)、miniSTR系统(华夏白金扩增试剂盒)和STR系统(Goldeneye®20A),对STR分型不完整或失败的检材,再分别用InDel和miniSTR系统进行DNA分型检测,比较两者的分型质量和检出率。结果:19份甲醛固定石蜡包埋组织经Goldeneye 20A试剂盒检测,均分型不完整。应用miniSTR系统检测显示,7份样本的检出率100%,其中,D19S433基因座的检出率为100%,D5S818、D13S817和D1S1656基因座的检出率最小,为36.84%。应用InDel系统检测发现,1份样本InDel位点电泳分型完整,所有样本的位点丢失率均小于50%,其中7份样本的位点丢失率低至10%以下。结论:应用遗传标记对甲醛固定石蜡包埋组织这类疑难降解检材进行检测,插入缺失多态性位点InDel与miniSTR可以作为联合检测标记。

BMI-1和MMP-3基因多态性与汉族群体乳腺癌易感性的关联分析

目的研究B细胞特异性白血病病毒插入位点-1(BMi-1)和基质金属蛋白酶-3(MMP-3)基因的3个单核苷酸多态性与汉族乳腺癌易感性的关联。方法基于病例-对照组研究方法,选取2014年1月至2018年7月齐齐哈尔医学院第二、三附属医院、齐齐哈尔建华医院和大庆油田总医院的524例汉族女性乳腺癌患者作为病例组,同期进行健康体检的518例健康体检者作为对照组,应用PCR-LDR技术对BMI-1基因rs1042059、rs201024480位点以及MMP-3基因rs3025058位点的基因多态性进行检测分型,用风险值(OR)和95%置信区间(CI)表示患病风险。结果病例组与对照组相比,MMP-3基因rs3025058位点等位基因频率和基因型分布在两组间有显著性差异(P=0.008);BMI-1基因rs201024480、rs1042059位点基因多态性在两组间比较,差异无统计学意义(P>0.05);校正混杂因素后,携带等位基因5A和基因型5A5A的群体乳腺癌发病风险分别提高1.51和1.48倍(OR=1.51,95%CI:1.17-1.94;P=0.001和OR=1.48,95%CI:1.16-1.91;P=0.001)。结论MMP-3基因rs3025058的多态性与乳腺癌发病风险存在关联,可作为乳腺癌易感基因的候选位点。

内蒙古赤峰地区蒙古族人群30个常染色体InDel的遗传多态性

为了调查30个常染色体插入/缺失(insertion/deletion, InDel)位点在内蒙古赤峰地区蒙古族人群中的遗传多态性,应用Investigator DIPplex试剂盒对50名内蒙古赤峰地区蒙古族无关健康个体进行分型检测,统计分析InDel位点的频率分布及群体遗传学参数。经Bonferroni校正后, 30个InDel位点均符合Hardy-Weinberg平衡检验(P>0.05/30),各位点间处于连锁平衡状态(P>0.05/435);个体识别率为0.309 6~0.658 4,多态信息含量为0.188 9~0.374 9;系统累积个体识别率为0.999 999 999 993,三联体累积非父排除率为0.996 257 187 748,二联体累积非父排除率为0.957 489 048 877。结果提示, Investigator DIPplex试剂盒包含的30个常染色体InDel位点在内蒙古赤峰地区蒙古族人群中有较好的遗传多态性,可作为法医遗传学实践应用的补充。

B细胞特异性莫洛氏鼠白血病病毒插入位点-1、原癌基因和肝癌缺失基因-1在宫颈癌中的表达及其临床意义

目的研究B细胞特异性莫洛氏鼠白血病病毒插入位点-1(BMI-1)、原癌基因(C-myc)和肝癌缺失基因-1(DLC-1)在宫颈癌中的表达及其意义。方法收集43例宫颈癌组织为A组,21例宫颈上皮内瘤变组织为B组,以及20例良性病变宫颈组织为C组。用免疫组化PV-9000二步法检测BMI-1、Cmyc和DLC-1蛋白的表达,用实时荧光定量聚合酶链式反应(RT-PCR)法检测BMI-1、C-myc和DLC-1 mRNA的表达,并分析其与宫颈癌临床病理因素的关系和三者表达的相关性。结果 A组、B组和C组BMI-1 mRNA的表达量分别为0. 93±0. 09,0. 29±0. 06和0. 17±0. 03,C-myc mRNA的表达量分别为0. 96±0. 08,0. 29±0. 04和0. 16±0. 03,DLC-1 mRNA的表达量分别为0. 11±0. 01,0. 83±0. 11和0. 95±0. 16,两两比较,差异均有统计学意义(均P <0. 05)。宫颈癌组织中BMI-1、C-myc和DLC-1的表达与患者的年龄、临床病理类型均无明显的相关性(均P> 0. 05),与患者的FIGO临床分期、淋巴结是否转移和分化程度均有明显的相关性(均P <0. 05)。DLC-1的蛋白表达水平与BMI-1、C-myc的蛋白表达水平均呈负相关(均P <0. 01)。结论在宫颈癌中,BMI-1和C-myc呈高表达,DLC-1呈低表达,其均与宫颈癌患者的FIGO分期、分化程度和淋巴结转移密切相关,联合检测BMI-1、C-myc和DLC-1可作为评价宫颈癌生物学行为和判断预后的参考指标。

分子信标熔解曲线法分析SLC11A1基因插入/缺失多态性

目的针对溶质转运蛋白家族11成员1蛋白(SLC11A1)基因插入/缺失多态性位点rs17235416,建立基于荧光定量PCR(q PCR)的分子信标熔解曲线法对其进行基因分型。方法针对该位点设计特异性的引物和分子信标探针,联合应用非对称q PCR、分子信标探针和熔解曲线分析等技术建立分子信标熔解曲线法进行基因分型。对210份全血样本提取DNA后,用上述方法和改进的PCR-RFLP法对该位点进行检测和分型,并以测序法验证。结果 210份样本的基因型TGTG+/+、TGTG-/-和TGTG+/-分布频率分别为69.5%、4.8%和25.7%。分子信标熔解曲线法和PCR-RFLP法的分型结果与测序结果完全一致。结论国内外首次成功建立分子信标熔解曲线法检测SLC11A1基因rs17235416位点;该方法在大人群样本检测中具有简便、快速、准确等优点。

新型遗传标记DIP-STR多重复合扩增体系的构建

目的建立一种同时检测人常染色体插入缺失多态性(Deletion/Insertion Polymorphisms,DIP)位点和短串联重复序列多态性(Short Tandem Repeat,STR)基因座的多重荧光标记复合扩增体系,为不均衡混合样本DNA检测提供有效的辅助方法。方法在多色荧光标记复合扩增和毛细管电泳技术的基础上,利用DIP和STR两种遗传标记串联组合成新型遗传标记DIP-STR,构建荧光标记复合扩增体系同步检测分析样本的8个DIP-STR基因座。结果建立了一种同时检测8个DIP-STR基因座分型的检测方法。结论本研究通过设计针对DIP位点插入或缺失的特异性引物,在现有法医物证常规检验设备和方法的基础上,可对现场物证中不均衡混合样本进行分型,为现场案件混合DNA检测提供有效辅助方法。

单管直扩38重祖先信息InDels体系的构建及其在微流控芯片系统的应用

本文基于插入-缺失多态性(insertion-deletion polymorphism,InDel)遗传标记,从相关文献和dbSNP库中筛选出38个在东亚、欧洲、非洲人群中具有等位基因频率差异的祖先来源InDel位点,同时整合Amelogenin位点和Y染色体STR(DYS439)位点,以辅助未知样本的性别鉴定,采用PCR-CE技术构建了可以区分三大洲际人群的单管直接扩增复合检测体系,该体系可与微流控芯片系统相结合,1.7 h内完成DNA样本自动化扩增和电泳分型,利用公共数据库1000Genomes中16个人群1 607名个体的分型数据对筛选的38个InDel位点进行初步评估;同时对构建的38-plex InDels体系的灵敏度、准确性、直接扩增能力进行验证评估;检测5种不同人群的779份样本和215份唾液卡、血卡的直接扩增样本,采用聚类分析和主成分分析方法,评价体系的推断准确性.结果表明该38-plex InDels复合检测体系分型准确,灵敏度达157 pg,能够对唾液卡和血卡直接扩增,可以区分三大洲际人群及其混合人群,能够准确推断待测样本的族群来源、估算祖先成分,且通过集成细胞裂解步骤将有望2h实现"样本进-结果出"式快速自动化InDel分型.

用于中国人群个体识别的InDel多重PCR系统的构建

目的利用插入-缺失多态性(insertion-deletion,InDel)遗传标记,建立一套可用于鉴定中国人群的法医DNA复合扩增体系。方法利用db SNP数据库,筛选出30个在中国人群中有高度遗传多态性的InDel位点,建立复合多重PCR扩增体系,并对汉族、哈萨克族、傣族、苗族与瑶族进行遗传多态性调查。结果成功建立了一套包含30个InDel位点与1个性别鉴定基因座、共31个遗传标记的复合多重PCR扩增体系。在5个民族的遗传多态性调查中,累积个体识别率分别为0.999999999957、0.999999999990、0.999999999974、0.999999999875及0.999999999966,具有较高的遗传多态性;群体间FST值均小于0.0448,在群体间差异很小。结论本体系可用于中国人群的法医DNA个体识别。

水稻稻瘟病抗性基因Pi2-InDel标记的开发与评价

通过对水稻抗稻瘟病基因Pi2/9位点上已克隆的功能基因及非功能位点序列的相互对比,鉴定到Pi2特异的核苷酸差异,开发了基于PCR技术的Pi2基因的插入/缺失(insert-deletion,InDel)标记,能有效地将Pi2与其它抗性等位基因及感病等位基因区分开。利用Pi2基因的分离群体进行标记选择与接种鉴定,结果表明Pi2-InDel标记能精确地选择Pi2基因。用Pi2-InDel标记对20份水稻品种和育种亲本进行分子检测,该标记能准确地将抗性基因分离开来。这为筛选水稻稻瘟病抗性种质资源,以及抗性标记辅助抗病育种提供了便利。

中国土拉弗朗西斯菌holarctica亚种的遗传多样性

目的 研究国内外土拉弗朗西斯菌的遗传进化关系.方法 选择17个单核苷酸多态性、4个插入/缺失和12个可变数目串联重复,采用单核苷酸多态性和插入/缺失、多位点可变数目串联重复分析方法单独和组合起来对39株土拉菌（10株中国土拉菌和29株已公布测序的土拉菌）进行系统进化分析.结果 组合分析显示,3株中国土拉菌和日本的FSC022被分配到B5;剩余3株中国土拉菌和瑞典的FSC200被分配到B1;3株和美国的OSU18被分配到B2;1株和法国的FTNF002-00、德国的F92与美国的OR96246一起被分配到B4.10株中国土拉菌分为4种亚型,研究表明中国土拉菌具有广泛的遗传多样性.结论 本研究针对土拉菌B型建立了一套简易高效的分型方法,并以此为基础得出土拉菌B型的起源可能是亚洲地区.

Quick TargSeq全集成DNA快速检测系统在非实验室环境下对STR和DIP的同步检测分析

目的 测试Quick TargSeq全集成DNA快速检测系统在非实验室环境下对常见样本进行STR(Short Tandem Repeat)和DIP(Deletion-Insertion Polymorphisms)两种复合扩增试剂的检测能力。方法 将Quick TargSeq全集成DNA快速检测系统置于户外、车载等非实验室环境条件下,对59份样本(包含30份口腔拭子、26份血卡、2份接触类检材和1份精斑)进行STR检测,对43份样本(包含23份口腔拭子和20份血卡)进行DIP检测,对37份样本(20份口腔拭子和17份血卡)进行STR和DIP并行检测。结果 口腔拭子和血卡的位点检出率分别为98.95%和97.15%,全集成成功率均为100%,自动分型准确率分别为95.99%和94.81%,STR和DIP并行检测的检出率分别达到98.55%和97.96%,自动分型准确率分别为94.18%和98.82%;精斑和手机屏幕拭子可得到完整分型,而摩托车脚踏板拭子出现5个STR基因座丢失。结论 Quick TargSeq全集成DNA快速检测系统可以在非实验室环境下正常工作,具备STR和DIP两种复合扩增试剂的检测能力,且可以在同一卡盒的两个通道内实现两种试剂的并行检测,对于口腔拭子、血卡、精斑样本以及某些DNA含量高的接触类检材能够快速、自动获得分型信息。