用改进的CTAB法提取肉苁蓉基因组DNA

研究了肉苁蓉(Cistanche deserticola)基因组DNA的分离提取方法.由于肉苁蓉组织内含有大量的多糖类及蛋白等物质,严重干扰DNA的抽提,在对其进行若干预处理之后,采用改进的CTAB法提取基因组DNA.根据外观、琼脂糖凝胶电泳检测、D260/D280的测定和PCR扩增表明,用改进的CTAB法提取肉苁蓉基因组DNA,所得DNA无论是纯度还是完整性都比较好,可以直接用于RAPD反应体系.

改进的CTAB法提取胡杨(Populus euphratica)总DNA

以胡杨幼叶为材料,对影响胡杨DNA提取质量的主要因子进行研究,以期建立适宜胡杨DNA提取的优化反应体系,结果表明,在胡杨基因组DNA提取过程中,CTAB缓冲液中增加EDTA的用量及添加完异丙醇沉淀时间是影响胡杨基因组DNA提取的最主要因子。

改进的CTAB法提取盐生植物基因组DNA

用改进的CTAB法提取猪毛菜、碱蓬、骆驼蓬、骆驼蹄瓣和柽柳5种盐生植物基因组DNA,通过与常规的CTAB法提取结果相比发现,改进的CTAB法从提取速度、得率、质量上都优于常规的CTAB法,并总结出一套适用于盐生植物的快速高质量基因组DNA的提取方法。

板桥党参基因组DNA提取方法的改进及其18S rRNA基因序列分析

目的:为研究道地药材板桥党参Codonopsis tangshen Oliv.的遗传多样性、种类鉴定等,提取高质量的基因组DNA;探讨板桥党参18S rRNA基因的序列特征,为板桥党参分子鉴定提供分子依据。方法:以板桥党参鲜嫩叶片为材料,采用自行改进的CTAB法提取出基因组DNA;采用PCR直接测序技术测定板桥党参的18S rRNA基因序列,并分析其序列组成。结果:使用改进的CTAB法从鲜叶中提取板桥党参的基因组DNA浓度较高;以其基因组DNA为模板对18S rRNA基因进行PCR克隆并测序,获得了板桥党参18S rRNA基因序列特征。结论:改进的CTAB法提取板桥党参基因组DNA效果较好;DNA测序技术可作为板桥党参基原鉴定准确而有效的分子鉴定方法。

甘薯基因组DNA高效快速提取方法

甘薯基因组DNA传统的CTAB提取法,提取DNA质量好,但提取效率不高。为满足甘薯分子标记辅助育种、核心种质和遗传连锁图谱构建以及转基因植株检测的需要,通过对传统的CTAB法进行改进,本研究建立了一种高效快速价廉的甘薯及其近缘野生种基因组DNA提取方法,适合于PCR扩增以及AFLP分析。本方法使用1.5mL离心管和专用棒槌,整个过程转管1次,提取的DNA主带明显,片段大小一致,得率达5μg/mg叶片冻干粉。提取质量可靠,RAPD-PCR和酶切后AFLP扩增,与传统CTAB法提取DNA扩增结果没有明显差异。与传统的CTAB方法相比,该方法快速(提取过程不足30min),效率高,从10mg叶片冻干粉中一次可提取50μg左右的DNA模板,操作简便,污染降低,实用性强。

8种柱花草属牧草SSR-PCR反应体系优化及引物筛选

柱花草(Stylosanthes)是优良的豆科牧草,叶片中含有大量的多糖多酚,本研究利用改良CTAB法抽提柱花草叶片中总DNA。通过正交试验设计L16(45),确立了柱花草SSR-PCR最佳反应体系:20μL体系中1μL 50ng·μL-1模板DNA,1.6μL 5μmol·L-1引物,1.6μL 10mol·L-1dNTPs,1.2μL 25mol·L-1 Mg2+,0.3μL 5U·μL-1 Taq聚合酶,2μL 10×PCR Buffer(Mg2+free),剩余用ddH2O补足。扩增反应程序为94℃变性40s,Tm(不同退火温度)退火时间40s,72℃延伸45s,循环数35个。利用优化体系对来自7种柱花草的123对SSR引物在8个不同种柱花草中进行转移,共筛选出44对引物在8种柱花草中都能有效扩增,并从中筛选出26对在8个不同种柱花草中富含多态性引物,为今后利用SSR标记对柱花草属的指纹图谱构建、遗传多样性分析、分子育种和品种鉴定与保护等工作提供重要依据。

适于核桃的RAPD-PCR反应体系的建立

采用CTAB法和改进的CTAB法,从叶片中提取核桃基因组DNA,比较其分离效果。结果表明,改进的CTAB法可有效去除细胞内多糖和多酚等杂质对模板DNA的污染。并以此为模板进行RAPD反应,对RAPD反应程序中的一些重要参数进行摸索和优化试验,建立适合于核桃的RAPD-PCR反应体系,以进行该树种的分子标记研究。

棉花组织总RNA的快速提取方法

棉花组织富含多糖、棉酚等次生代谢物质 ,较难提取高质量的RNA。本研究在前人方法的基础上对快速提取棉花组织总RNA的方法进行了探讨。利用改进的CTAB异硫氰酸胍裂解缓冲液 ,获得的RNA完整性好 ,无DNA污染 ,含量高 ,每克鲜组织能提取 0 5mg总RNA ,OD2 6 0 /OD2 80 比值均在 1 7～ 2 0之间。该方法不但适用于叶片提取总RNA ,而且在根、花冠、种子、发育的纤维中均能提取出高质量的RNA ,同时节约成本 ,相对于试剂盒提取RNA ,成本大为降低。

花生DNA提取方法比较

目的:旨在筛选优化花生DNA提取方法。方法:采用SDS法、改进SDS法;CTAB法、改进CTAB法四种方法对花生叶DNA进行提取,并从电泳结果、纯度、得率、等方面对其进行比较研究,从而确定花生DNA提取适用流程;结果:CTAB法DNA平均得率为55.0μg/g.Fw,略小于SDS的60.3,但其A260/A280平均值为1.81,比SDS的1.55更接近标准要求。结论:综合考虑CTAB法是提取花生DNA的最佳方法,可提取到较高质量的DNA,符合分子检测要求;虽然改良CTAB法也相对好于SDS法,但由于步骤增加反而加剧DNA降解。

用于转基因检测的番木瓜基因组DNA提取方法的比较

本研究以番木瓜果实的不同部位,果皮、果肉和种籽为材料,比较了改进CTAB法和试剂盒法两种提取基因组DNA的方法。分别对植物叶绿体基因rbcL和番木瓜特异基因Papain进行了普通PCR和荧光PCR扩增,检验提取DNA的质量。结果显示改进CTAB法和试剂盒法都能提取得到纯度较高的DNA,适合普通和荧光PCR反应的要求,适用于外源基因的检测。改进CTAB法提取的DNA浓度要高于试剂盒法,而试剂盒法提取DNA所用的时间较短,更为方便,但成本较高。同时材料取样部位最好是果皮和果肉,果皮和果肉为材料提取得到的DNA纯度很高,适用于荧光PCR的要求。

华中五味子干燥材料DNA提取方法的研究

目的:建立一套适合从华中五味子硅胶干燥的幼芽中提取高质量DNA的方法,为进一步开展分子生物学研究奠定基础。方法:比较SDS法、STE-CTAB法、SDS-CTAB法以及经过作者改进的CTAB法,运用紫外光谱和电泳分析方法测定所得DNA样品的纯度与完整性。结果:四种方法中改进CTAB法所得DNA纯度最高,完整性好,其A260/A280值为1.81,A260/A230值为2.13,经稳定性试验证明该方法稳定。结论:改进CTAB法是一套适合从华中五味子硅胶干燥的幼芽中提取高质量DNA的方法。

蒙药冷蒿的遗传多样性随机引物多态性分析

目的研究内蒙古通辽地区蒙药冷蒿的遗传特异性及通辽、呼和浩特、锡林郭勒3个不同地区蒙药冷蒿的遗传多样性。方法采用随机引物多态性(RAPD)方法 ,从17组RAPD引物中筛选出13组条带清晰、多态性明显并且重复性好的引物用于实验,并利用Popgen32和NTSYS软件进行数据计算与聚类分析。结果①13组引物共产生的209条带中,有201条多态性带,多态位点百分率达96.17%。②3个地区蒙药冷蒿Ht=0.2381,Hs=0.1874,Dst=0.0507,地区间的Gst=0.2129。③通过UPGMA分析,呼和浩特与锡林郭勒盟冷蒿聚为一类,通辽冷蒿单独聚为一类。结论①冷蒿具有较高的遗传多样性且不同地区差异明显。②冷蒿居群总的遗传多样性来自于居群内(78.71%),且居群间有基因的交流。

苛求芽孢杆菌基因组DNA提取方法的比较

目的:比较不同方法提取苛求芽孢杆菌基因组DNA的差异。方法:用经典CTAB提取法、改进CTAB法(溶菌酶处理结合CTAB提取法)、UniQ柱吸附提取法制备苛求芽孢杆菌基因组DNA,比较产物完整性和用于PCR扩增的有效性。结果:三种方法制备基因组DNA纯度接近,但改进CTAB法产率最高,UniQ法产率最低。经典CTAB法和UniQ法提取基因组DNA易降解。三种方法所得基因组DNA用于PCR扩增效率接近。结论:溶菌酶裂解结合CTAB提取更适合制备苛求芽孢杆菌基因组DNA。

适于SSR分析的不同生长型桃幼叶基因组DNA提取方法

以6种不同生长型桃幼叶为材料,为适应SSR分析要求,对常规CTAB法、改进CTAB法、常规SDS法以及SDS-CTAB结合法4种基因组DNA提取方法的效果进行了比较研究。结果表明:常规CTAB法所提取的DNA呈黏稠状的浅褐色沉淀,难以溶解;常规SDS法和SDS-CTAB结合法提取的桃基因组DNA浓度较低,在品种间差异较大;而改进CTAB法提取DNA完整性较好,D260 nm/D280 nm值介于1.8～2.0,RNA去除干净,其SSR分析(引物CPPCT26)条带清晰,多态性好,表明此方法提取的不同生长型桃幼叶基因组DNA完全适于SSR分析。

冷季型草坪草基因组DNA的提取方法比较

采用SDS法、热CTAB法、高盐低pH法和改进CTAB法分别提取高羊茅(FestucaarundinaceaSchreb.)、草地早熟禾(PoapratensisL.)和多年生黑麦草(LoliumperenneL.)3种冷季型草坪草基因组DNA。结果表明,改进CTAB法为最佳的提取方法,分离的DNA产率高、纯度高、质量高,经纯化后电泳检测带型清晰。RAPD扩增显示,用该快速、简便、有效的方法提取的基因组DNA能扩增出清晰易辨的带型。

杜仲叶和树皮总RNA的快速提取法

文中提出了一种适用于杜仲Eucommia ulmoides Olive树皮和树叶总RNA快速提取的方法,用本方法提取的杜仲树皮树叶的总RNA具有正常的光谱吸收,OD_(260)/OD_(280)为1.930。琼脂糖电泳后,28S RNA的亮度基本为18S RNA的亮度的2倍,说明提取的RNA完整,并未降解。同其它的方法比较,该法提取的RNA质量高、简便、快速、经济,可用于RT-PCR、Northern杂交、cDNA文库的构建。

半夏叶片总RNA的提取研究

[目的]为了获得高产高质的半夏RNA,为半夏分子生物学方面的研究打下基础。[方法]采用改进的CTAB法提取半夏叶片RNA。用紫外分光光度计测定所提RNA样品的OD260、OD280和OD230的值,用RNA浓度计算公式:RNA(μg/μl)=OD260×40×稀释倍数/1000,求出RNA浓度。[结果]紫外分光光度计的测定结果表明:OD260/OD280介于1.7～2.0之间。用改进的CTAB法提取的半夏叶片RNA质量较好,经变性胶电泳后,有较明显的3条带,分别是28S、18S和5S,28S、18S清晰可见,5S稍有弥散,但在亮度上28S与18S差别不大。[结论]此方法简便易行,成本较低,适合于富含多糖、多酚植物材料的RNA提取。

一种制备富含多糖丝状真菌基因组DNA的方法

采用改进CTAB法提取的红曲霉、镰刀菌和微小毛霉基因组DNA数量和质量都较为理想,DNA产量在90～130μg.g-1湿菌体,大小均在21kb。4℃可保存4～6个月。用该方法提取的基因组DNA为PCR扩增的模板,扩增结果稳定、准确。分别用限制性内切酶SacI、HindⅢ、BamHⅠ酶解红曲霉M34均能得到较为均一的完全酶切带。该方法快速、简便,成本低,适合富含色素和多糖的真菌的基因组DNA的提取。此外,还适合真菌分子育种等的筛选和样本量大的PCR检测。

草坪草ctDNA提纯方法探讨

以4种草坪草高羊茅Festuca elata、黑麦草Lotium perenne、狗牙根Cynodon dactylon、中华结缕草Zoysia sinica为材料,用改进的差速离心法分离叶绿体,CTAB法提取叶绿体DNA(ctDNA),琼脂糖电泳检测ctDNA含量。结果显示,改进CTAB法提取ctDNA的纯度高、谱带清晰、完整叶绿体比例高;且CTAB法与常用高等植物ctDNA的分离提纯方法相比,省去传统的密度梯度离心法耗材、耗时步骤,具有简便、快速、得率较高等优点。实验表明,改进CTAB法为禾本科植物ct DNA的提取提供参考,适于生物实验教学和科研活动。

RAPD法研究穗花杉遗传多样性的反应条件优化

以改进CTAB法抽提的中国特有濒危植物穗花杉嫩叶总DNA为模板,进行随机扩增多态性DNA(RAPD)最佳条件优化,结果表明:RAPD分析最佳反应体系为10×Buffer缓冲液2μL,模板70ng,Mg2+2.0mmol/L,dNTPs0.2mmol/L,引物0.60μmol/L,Taq酶1.5U,PCR反应体积为20μL.最佳扩增程序为94℃5min,1个循环;94℃1min、37℃1min、72℃2min,40个循环;72℃10min,1个循环.