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新疆于田盐池放线菌群落结构
被引量:
10
1
作者
关统伟
赵珂
+2 位作者
夏占峰
孙红专
张利莉
《微生物学通报》
CAS
CSCD
北大核心
2009年第4期515-521,共7页
应用免培养技术和基于16SrRNA基因序列的系统发育分析对新疆于田盐池土壤放线菌群落结构进行研究。结果表明,41个克隆序列属于26个OTUs,分别分布于放线菌门放线菌亚纲(Actinobacteridae)的7个亚目和酸微菌亚纲(Acidimicrobidae),其中链...
应用免培养技术和基于16SrRNA基因序列的系统发育分析对新疆于田盐池土壤放线菌群落结构进行研究。结果表明,41个克隆序列属于26个OTUs,分别分布于放线菌门放线菌亚纲(Actinobacteridae)的7个亚目和酸微菌亚纲(Acidimicrobidae),其中链孢囊菌亚目(Streptosporangi-neae)中放线菌组成丰富,占到了全部挑选克隆的42.3%,是于田盐池放线菌群落中的优势菌,而链霉菌不是高盐环境放线菌的优势菌群。在这些克隆序列中有71.8%的克隆序列同已知序列的相似性低于97%,属于放线菌的新类群,这些可能的新类群中有15.3%的克隆序列与已知菌株的相似性小于85%,这些克隆序列的分类地位都在科一级的分类单元上,有的可能分类地位更高。这些研究结果说明于田盐池中存在有较为丰富的放线菌系统发育多样性,并且潜藏着新类型的放线菌资源。另外,由于微生态效应的存在,不同高盐环境之间放线菌群落也存在明显差异。
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关键词
于田盐池
系统发育
放线菌群落
免培养方法
原文传递
磷细菌肥对采煤塌陷区复垦土壤放线菌群落的影响
被引量:
3
2
作者
孟会生
洪坚平
+1 位作者
王向英
栗丽
《应用与环境生物学报》
CAS
CSCD
北大核心
2016年第5期911-916,共6页
为了解磷细菌肥对采煤塌陷区复垦土壤放线菌群落的影响,采用Illumina高通量测序的方法,对土壤复垦5年后的放线菌群落结构及多样性进行分析,并结合冗余分析(RDA)研究放线菌群落与土壤化学性质的相关关系.结果表明:有机肥+磷细菌肥处理可...
为了解磷细菌肥对采煤塌陷区复垦土壤放线菌群落的影响,采用Illumina高通量测序的方法,对土壤复垦5年后的放线菌群落结构及多样性进行分析,并结合冗余分析(RDA)研究放线菌群落与土壤化学性质的相关关系.结果表明:有机肥+磷细菌肥处理可以提高复垦土壤放线菌的数量.采煤塌陷复垦土壤中放线菌的优势菌群是链霉菌属(Streptomyces)和假诺卡氏菌属(Pseudonocardia),其丰度范围分别为12.28%-15.21%、8.93%-11.49%.配施磷细菌肥处理可以降低链霉菌属的相对丰度,提高假诺卡氏菌属的相对丰度.有机肥+磷细菌肥处理能够提高放线菌的Shannon-Wiener和Simpson多样性指数,对Pielou均匀度指数影响较小.RDA结果显示,土壤有机质、有效磷、速效钾、碱解氮是造成复垦土壤放线菌群落丰度和多样性差异的主要原因.综上认为,有机肥+磷细菌肥处理对复垦土壤放线菌群落的提高作用明显,可以在一定程度上加快土壤的熟化进程.
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关键词
磷细菌
采煤塌陷区
放线菌群落
高通量测序
冗余分析
原文传递
新疆巴里坤、七角井和台特玛盐湖沉积物中免培养放线菌群落组成与离子成分分析
被引量:
5
3
作者
向慧平
关统伟
+4 位作者
赵顺先
张习超
欧梦莹
林宜锦
王鹏昊
《微生物学通报》
CAS
CSCD
北大核心
2018年第6期1228-1236,共9页
【背景】新型病原微生物层出不穷,放线菌作为最重要的抗生素生产菌仍受制于纯培养困难和菌种资源不足,而对于盐湖沉积物中的丰富放线菌资源却鲜有报道。【目的】探索巴里坤、七角井和台特玛盐湖沉积物放线菌群落结构及其多样性,分析盐...
【背景】新型病原微生物层出不穷,放线菌作为最重要的抗生素生产菌仍受制于纯培养困难和菌种资源不足,而对于盐湖沉积物中的丰富放线菌资源却鲜有报道。【目的】探索巴里坤、七角井和台特玛盐湖沉积物放线菌群落结构及其多样性,分析盐湖沉积物中化学离子成分对放线菌群落的影响。【方法】每个盐湖采集5份样品并混合,使用SDS-CTAB抽提法提取总DNA,使用放线菌特异性引物进行PCR扩增并构建16S r RNA基因文库,每个样品随机挑选220个克隆子,经过Hae III酶切筛选后对阳性克隆子进行测序分析;对每个样品的8种主要化学离子进行检测,并将沉积物化学离子成分与放线菌群落进行关联性分析。【结果】获得的381个克隆序列属于143个操作分类单元(Operational taxonomic Unit,OTU),聚类结果显示从3个盐湖中共探测到37个放线菌属(台特玛盐湖:24;巴里坤盐湖:16;七角井盐湖:14)。3个盐湖共有的放线菌属为Aciditerrimonas、Aquihabitans、Demequina、Dietzia、Ilumatobacter和Amycolatopsis。从放线菌群落结构上看,台特玛盐湖与其他两湖差异性很大,巴里坤盐湖与七角井盐湖群落相似性更高,巴里坤、七角井和台特玛盐湖未知放线菌的组成分别为47.59%、53.07%和51.53%。利用RDA(Redundancy analysis)分析盐湖沉积物化学离子与放线菌群落的关联性,结果显示与Na^+、Cl^-和K^+相比,Mg^(2+)、Ca^(2+)、SO_4^(2-)、HCO_3^-和CO_3^(2-)与盐湖放线菌类群的相关关系要更加紧密。【结论】3个盐湖中具有丰富的放线菌多样性,包含大量的未知放线菌。盐湖沉积物不同的化学离子成分影响着各自独特的放线菌群落,可为开发新的盐湖放线菌资源提供依据。
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关键词
盐湖
离子成分
放线菌群落
免培养
原文传递
出土竹简饱水期间放线菌群落结构与功能
4
作者
张潇月
杨弢
+5 位作者
吴昊
黄鑫
李静
周潇
肖嶙
赵珂
《微生物学通报》
CAS
CSCD
北大核心
2018年第6期1200-1209,共10页
【背景】出土竹简需经历一个较长时间的饱水保存后才进行脱水处理,在此期间微生物的滋生和蔓延威胁竹简的安全保存。【目的】研究分析成都老官山汉墓出土竹简浸泡液中的放线菌群落结构与功能,为科学有效保存竹简提供理论依据。【方法】...
【背景】出土竹简需经历一个较长时间的饱水保存后才进行脱水处理,在此期间微生物的滋生和蔓延威胁竹简的安全保存。【目的】研究分析成都老官山汉墓出土竹简浸泡液中的放线菌群落结构与功能,为科学有效保存竹简提供理论依据。【方法】采用PCR-DGGE(变性梯度凝胶电泳)技术与传统可培养方法相结合的方式对成都老官山汉墓出土竹简夏季浸泡液中的放线菌群落结构和功能进行了初探。【结果】DGGE图谱显示,各样品间放线菌多样性指数(H′)、优势度指数(C)、辛普森指数(D)和均匀度指数(J)均有所不同,主成分分析结果反映出竹简浸泡液中放线菌种群结构存在较大差异;DGGE条带回收测序显示15条序列归于10个属,其中检出率较高的有原小单孢菌属(Promicromonospora)、纤维微菌属(Cellulosimicrobium)、芽球菌属(Blastococcus)、链霉菌属(Streptomyces),而原小单胞属(Promicromonospora)在各个样品中均有检出;可培养方法获得12株放线菌,分属于链霉菌属(Streptomyces)和原小单胞属(Promicromonospora);通过刚果红实验对分离获得的菌株进行初步筛选,得到5株具有纤维素降解能力的菌株。【结论】竹简浸泡液中的放线菌不仅种群丰富,而且存在降解竹简的潜在可能。
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关键词
竹简浸泡液
变性梯度凝胶电泳
可培养方法
放线菌群落
结构
纤维素降解
原文传递
肇庆星湖湿地放线菌多样性
被引量:
5
5
作者
薛冬
赵国振
+2 位作者
赵海泉
姚青
朱红惠
《微生物学报》
CAS
CSCD
北大核心
2015年第5期616-626,共11页
【目的】了解肇庆星湖湿地放线菌多样性及其与底泥理化性质的关系。【方法】应用聚合酶链式反应-变性梯度凝胶电泳(polymerase chain reaction-density gradient gel electrophoresis,PCR-DGGE)技术对星湖湿地10个样点放线菌群落进行研...
【目的】了解肇庆星湖湿地放线菌多样性及其与底泥理化性质的关系。【方法】应用聚合酶链式反应-变性梯度凝胶电泳(polymerase chain reaction-density gradient gel electrophoresis,PCR-DGGE)技术对星湖湿地10个样点放线菌群落进行研究,根据DGGE图谱及克隆测序结果对其物种多样性进行分析,并结合样点理化性质对其空间分布特征进行分析。【结果】通过PCR-DGGE指纹图谱发现各样品放线菌物种丰富度(S)、多样性指数(H')和均匀度指数(J')均有所不同。对不同样点放线菌群落相似性进行比较,发现它们的相似性系数存在着一定的关系,相邻样点间相似性较高。对DGGE优势条带进行回收、克隆、测序,显示优势类群主要分布于类诺卡氏菌科(Nocardioidaceae)、链霉菌科(Streptomycetaceae)、小单孢菌科(Micromonosporaceae)、微球菌科(Micrococaceae)、纤维素单胞菌科(Cellulomonadaceae)和原小单胞菌科(Promicromonosporaceae)。典型对应分析结果表明,星湖湿地放线菌群落结构变化的主要影响因子为底泥水溶性碳(WSOC)和速效磷(A-P)。【结论】肇庆星湖湿地蕴含着大量的放线菌资源,具有较高的物种多样性,需要进一步挖掘这些新资源。
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关键词
聚合酶链式反应-变性梯度凝胶电泳
放线菌群落
典型对应分析
原文传递
题名
新疆于田盐池放线菌群落结构
被引量:
10
1
作者
关统伟
赵珂
夏占峰
孙红专
张利莉
机构
塔里木大学新疆生产建设兵团塔里木盆地生物资源保护利用重点实验室
四川农业大学资源环境学院
出处
《微生物学通报》
CAS
CSCD
北大核心
2009年第4期515-521,共7页
基金
国家自然科学基金(No.30660005)
教育部科学技术研究重点项目(No.209145)
+2 种基金
新疆生产建设兵团塔里木盆地生物资源保护利用重点实验室开放课题(No.BR0803)
教育部新世纪优秀人才支持计划(No.NCET-06-0917)
新疆高校科研计划创新研究群体基金项目(No.XJEDU2005G07)
文摘
应用免培养技术和基于16SrRNA基因序列的系统发育分析对新疆于田盐池土壤放线菌群落结构进行研究。结果表明,41个克隆序列属于26个OTUs,分别分布于放线菌门放线菌亚纲(Actinobacteridae)的7个亚目和酸微菌亚纲(Acidimicrobidae),其中链孢囊菌亚目(Streptosporangi-neae)中放线菌组成丰富,占到了全部挑选克隆的42.3%,是于田盐池放线菌群落中的优势菌,而链霉菌不是高盐环境放线菌的优势菌群。在这些克隆序列中有71.8%的克隆序列同已知序列的相似性低于97%,属于放线菌的新类群,这些可能的新类群中有15.3%的克隆序列与已知菌株的相似性小于85%,这些克隆序列的分类地位都在科一级的分类单元上,有的可能分类地位更高。这些研究结果说明于田盐池中存在有较为丰富的放线菌系统发育多样性,并且潜藏着新类型的放线菌资源。另外,由于微生态效应的存在,不同高盐环境之间放线菌群落也存在明显差异。
关键词
于田盐池
系统发育
放线菌群落
免培养方法
Keywords
Yutian pit, Phylogenetic analysis, Actinobacterial community structure, Culture-independentmethod
分类号
Q93 [生物学—微生物学]
原文传递
题名
磷细菌肥对采煤塌陷区复垦土壤放线菌群落的影响
被引量:
3
2
作者
孟会生
洪坚平
王向英
栗丽
机构
山西农业大学资源环境学院
出处
《应用与环境生物学报》
CAS
CSCD
北大核心
2016年第5期911-916,共6页
基金
国家自然科学基金项目(31272257)
山西省自然科学基金(2014011001-4)
山西省青年科技基金项目(2013021032-2)资助~~
文摘
为了解磷细菌肥对采煤塌陷区复垦土壤放线菌群落的影响,采用Illumina高通量测序的方法,对土壤复垦5年后的放线菌群落结构及多样性进行分析,并结合冗余分析(RDA)研究放线菌群落与土壤化学性质的相关关系.结果表明:有机肥+磷细菌肥处理可以提高复垦土壤放线菌的数量.采煤塌陷复垦土壤中放线菌的优势菌群是链霉菌属(Streptomyces)和假诺卡氏菌属(Pseudonocardia),其丰度范围分别为12.28%-15.21%、8.93%-11.49%.配施磷细菌肥处理可以降低链霉菌属的相对丰度,提高假诺卡氏菌属的相对丰度.有机肥+磷细菌肥处理能够提高放线菌的Shannon-Wiener和Simpson多样性指数,对Pielou均匀度指数影响较小.RDA结果显示,土壤有机质、有效磷、速效钾、碱解氮是造成复垦土壤放线菌群落丰度和多样性差异的主要原因.综上认为,有机肥+磷细菌肥处理对复垦土壤放线菌群落的提高作用明显,可以在一定程度上加快土壤的熟化进程.
关键词
磷细菌
采煤塌陷区
放线菌群落
高通量测序
冗余分析
Keywords
phosphobacteria
mining subsidence area
actinomycetes community
high throughput sequencing
redundancyanalysis
分类号
S154.3 [农业科学—土壤学]
S158.1 [农业科学—土壤学]
原文传递
题名
新疆巴里坤、七角井和台特玛盐湖沉积物中免培养放线菌群落组成与离子成分分析
被引量:
5
3
作者
向慧平
关统伟
赵顺先
张习超
欧梦莹
林宜锦
王鹏昊
机构
西华大学微生物研究所食品生物技术四川省高校重点实验室
出处
《微生物学通报》
CAS
CSCD
北大核心
2018年第6期1228-1236,共9页
基金
国家自然科学基金(31060003)
教育部春晖计划(Z2012022)~~
文摘
【背景】新型病原微生物层出不穷,放线菌作为最重要的抗生素生产菌仍受制于纯培养困难和菌种资源不足,而对于盐湖沉积物中的丰富放线菌资源却鲜有报道。【目的】探索巴里坤、七角井和台特玛盐湖沉积物放线菌群落结构及其多样性,分析盐湖沉积物中化学离子成分对放线菌群落的影响。【方法】每个盐湖采集5份样品并混合,使用SDS-CTAB抽提法提取总DNA,使用放线菌特异性引物进行PCR扩增并构建16S r RNA基因文库,每个样品随机挑选220个克隆子,经过Hae III酶切筛选后对阳性克隆子进行测序分析;对每个样品的8种主要化学离子进行检测,并将沉积物化学离子成分与放线菌群落进行关联性分析。【结果】获得的381个克隆序列属于143个操作分类单元(Operational taxonomic Unit,OTU),聚类结果显示从3个盐湖中共探测到37个放线菌属(台特玛盐湖:24;巴里坤盐湖:16;七角井盐湖:14)。3个盐湖共有的放线菌属为Aciditerrimonas、Aquihabitans、Demequina、Dietzia、Ilumatobacter和Amycolatopsis。从放线菌群落结构上看,台特玛盐湖与其他两湖差异性很大,巴里坤盐湖与七角井盐湖群落相似性更高,巴里坤、七角井和台特玛盐湖未知放线菌的组成分别为47.59%、53.07%和51.53%。利用RDA(Redundancy analysis)分析盐湖沉积物化学离子与放线菌群落的关联性,结果显示与Na^+、Cl^-和K^+相比,Mg^(2+)、Ca^(2+)、SO_4^(2-)、HCO_3^-和CO_3^(2-)与盐湖放线菌类群的相关关系要更加紧密。【结论】3个盐湖中具有丰富的放线菌多样性,包含大量的未知放线菌。盐湖沉积物不同的化学离子成分影响着各自独特的放线菌群落,可为开发新的盐湖放线菌资源提供依据。
关键词
盐湖
离子成分
放线菌群落
免培养
Keywords
Saline lakes
Ionic composition
Actinobacterial community
Culture-independent
分类号
Q938 [生物学—微生物学]
原文传递
题名
出土竹简饱水期间放线菌群落结构与功能
4
作者
张潇月
杨弢
吴昊
黄鑫
李静
周潇
肖嶙
赵珂
机构
四川农业大学资源学院应用微生物学系
成都文物考古研究院
出土木漆器保护国家文物局重点科研基地成都工作站
荆州文物保护中心
出处
《微生物学通报》
CAS
CSCD
北大核心
2018年第6期1200-1209,共10页
基金
成都市科技惠民技术研収项目(2015-HM01-00609-SF)
四川省大学生创新性实验计划项目(201610626074)~~
文摘
【背景】出土竹简需经历一个较长时间的饱水保存后才进行脱水处理,在此期间微生物的滋生和蔓延威胁竹简的安全保存。【目的】研究分析成都老官山汉墓出土竹简浸泡液中的放线菌群落结构与功能,为科学有效保存竹简提供理论依据。【方法】采用PCR-DGGE(变性梯度凝胶电泳)技术与传统可培养方法相结合的方式对成都老官山汉墓出土竹简夏季浸泡液中的放线菌群落结构和功能进行了初探。【结果】DGGE图谱显示,各样品间放线菌多样性指数(H′)、优势度指数(C)、辛普森指数(D)和均匀度指数(J)均有所不同,主成分分析结果反映出竹简浸泡液中放线菌种群结构存在较大差异;DGGE条带回收测序显示15条序列归于10个属,其中检出率较高的有原小单孢菌属(Promicromonospora)、纤维微菌属(Cellulosimicrobium)、芽球菌属(Blastococcus)、链霉菌属(Streptomyces),而原小单胞属(Promicromonospora)在各个样品中均有检出;可培养方法获得12株放线菌,分属于链霉菌属(Streptomyces)和原小单胞属(Promicromonospora);通过刚果红实验对分离获得的菌株进行初步筛选,得到5株具有纤维素降解能力的菌株。【结论】竹简浸泡液中的放线菌不仅种群丰富,而且存在降解竹简的潜在可能。
关键词
竹简浸泡液
变性梯度凝胶电泳
可培养方法
放线菌群落
结构
纤维素降解
Keywords
Bamboo slips soak solution
DGGE
Culture-dependent method
Actinobacterialcommunity
Cellulose decomposition
分类号
K877.5 [历史地理—考古学及博物馆学]
Q938 [生物学—微生物学]
原文传递
题名
肇庆星湖湿地放线菌多样性
被引量:
5
5
作者
薛冬
赵国振
赵海泉
姚青
朱红惠
机构
广东省微生物研究所
安徽农业大学生命科学学院
华南农业大学园艺学院
出处
《微生物学报》
CAS
CSCD
北大核心
2015年第5期616-626,共11页
基金
国家自然科学基金项目(31300011)
广东省科技基础条件建设项目(2013B060400043)
+1 种基金
广东省科学院优秀青年科技人才基金项目(rcjj201301)
广东省微生物研究所南粤微生物优秀人才培育基金项目~~
文摘
【目的】了解肇庆星湖湿地放线菌多样性及其与底泥理化性质的关系。【方法】应用聚合酶链式反应-变性梯度凝胶电泳(polymerase chain reaction-density gradient gel electrophoresis,PCR-DGGE)技术对星湖湿地10个样点放线菌群落进行研究,根据DGGE图谱及克隆测序结果对其物种多样性进行分析,并结合样点理化性质对其空间分布特征进行分析。【结果】通过PCR-DGGE指纹图谱发现各样品放线菌物种丰富度(S)、多样性指数(H')和均匀度指数(J')均有所不同。对不同样点放线菌群落相似性进行比较,发现它们的相似性系数存在着一定的关系,相邻样点间相似性较高。对DGGE优势条带进行回收、克隆、测序,显示优势类群主要分布于类诺卡氏菌科(Nocardioidaceae)、链霉菌科(Streptomycetaceae)、小单孢菌科(Micromonosporaceae)、微球菌科(Micrococaceae)、纤维素单胞菌科(Cellulomonadaceae)和原小单胞菌科(Promicromonosporaceae)。典型对应分析结果表明,星湖湿地放线菌群落结构变化的主要影响因子为底泥水溶性碳(WSOC)和速效磷(A-P)。【结论】肇庆星湖湿地蕴含着大量的放线菌资源,具有较高的物种多样性,需要进一步挖掘这些新资源。
关键词
聚合酶链式反应-变性梯度凝胶电泳
放线菌群落
典型对应分析
Keywords
polymerase chain reaction density-gradient gel electrophoresis (PCR-DGGE), actinobacteria communitystructure, Canonical correspondence analysis
分类号
Q938 [生物学—微生物学]
原文传递
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
新疆于田盐池放线菌群落结构
关统伟
赵珂
夏占峰
孙红专
张利莉
《微生物学通报》
CAS
CSCD
北大核心
2009
10
原文传递
2
磷细菌肥对采煤塌陷区复垦土壤放线菌群落的影响
孟会生
洪坚平
王向英
栗丽
《应用与环境生物学报》
CAS
CSCD
北大核心
2016
3
原文传递
3
新疆巴里坤、七角井和台特玛盐湖沉积物中免培养放线菌群落组成与离子成分分析
向慧平
关统伟
赵顺先
张习超
欧梦莹
林宜锦
王鹏昊
《微生物学通报》
CAS
CSCD
北大核心
2018
5
原文传递
4
出土竹简饱水期间放线菌群落结构与功能
张潇月
杨弢
吴昊
黄鑫
李静
周潇
肖嶙
赵珂
《微生物学通报》
CAS
CSCD
北大核心
2018
0
原文传递
5
肇庆星湖湿地放线菌多样性
薛冬
赵国振
赵海泉
姚青
朱红惠
《微生物学报》
CAS
CSCD
北大核心
2015
5
原文传递
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