高错误率长序列基因组数据敏感序列识别并行算法

为解决现有算法难以有效识别高错误率长序列基因组数据中敏感序列的问题,提出一种CPU和GPU协同计算识别的并行算法CGPU-F3SR。该算法通过将基因组数据中的长序列分割为多条短序列,引入布隆过滤机制,以免对分割短序列重复计算;采用k-mer编码策略并行地提取所有短序列中的错误信息,并提出改进的序列相似度计算模型,以提高识别准确率;采取CPU和GPU协同并行加速短序列相似度计算,以提升识别效率;进而高效、准确地识别出高错误率长序列基因组数据中的2类敏感序列——短串联重复序列和疾病相关序列。在长度为100~400 kbp的长序列基因组数据中敏感序列识别的实验结果表明,与其他同类并行算法相比,所提CPU/GPU并行算法CGPU-F3SR识别准确率和查准率分别平均提升7.77%和43.07%,假阳性率平均降低7.41%,识别吞吐量平均提高2.44倍。

融合过滤和相似度计算的高错误率基因组数据敏感序列识别

为解决现有算法难以有效识别高错误率测序数据中敏感序列的问题,提出一种融合过滤和相似度计算的敏感序列识别算法.首先,分割待识别序列为多条短序列,通过构建双布隆过滤器,对短序列进行动态过滤去重,以避免重复运算;然后,对短序列局部片段进行k-mer编码,改进优化短序列局部片段相似性度量的方法,以准确识别短串联重复序列;其次,对短序列进行k-mer编码并与GWAS Catalog数据库中敏感序列进行计算比对,以准确识别疾病相关序列;最后,依据短序列识别结果,生成待识别序列的两条掩码序列,作为识别测序数据中敏感序列的结果.实验结果表明,与同类算法LRF和SRF相比,本文算法对错误率2%~20%的测序数据中敏感序列的平均识别准确率分别提高1.96%和3.66%,查准率分别提高40.08%和68.36%,有效提升高错误率基因组数据中敏感序列识别的效果.

磁敏感序列分析和常规MRI检查对脑血管淀粉样变脑出血诊断价值比较

目的:分析脑血管淀粉样变脑出血(CAAH)患者磁敏感序列分析(SWI)检查特征,阐明SWI在CAAH诊断中的临床价值。方法:选择68例临床诊断怀疑CAAH的患者,均予以常规磁共振成像(MRI)和SWI检查,比较2种影像学检查对怀疑CAAH患者出血病灶检出率的差异,分析2种影像学检查对CAAH检出情况一致性。应用多因素Logistic回归分析术前SWI的影像学特征与患者发生病灶出血的危险性。结果:经病理检查确诊为CAAH 61例,常规MRI序列检出CAAH病灶53个,检出率为86.89%;SWI序列检出CAAH出血病灶59个,检出率为96.72%,SWI显示出血灶数目明显多于常规MRI序列,2种影像学方法对CAAH病灶检出率比较差异有统计学意义(P<0.05)。SWI序列对CAAH患者的检出情况与MRI序列检出一致性较差,Kappa=0.366 6。多因素Logistic回归分析,斑片状高信号、多发边缘清低信号区是CAAH的相关性特征(OR=3.895,P=0.025;OR=3.124,P=0.029)。结论:SWI能有效检出CAAH出血病灶,且诊断价值优于常规MRI检查。

感知敏感序列规则的在线时空K-匿名方法

时空K-匿名方法以数据可靠、实现方式简便灵活,适合基于移动计算环境的LBS的特点,成为近年来在LBS领域研究隐私安全的主流技术。挖掘连续查询的时空K-匿名数据集,抽取出潜在的、有用的序列规则,可为众多行业应用提供预测分析功能,但同时也会产生基于敏感序列规则推理攻击用户隐私的威胁。传统的基于敏感知识隐藏的抗攻击方法,不能适应LBS应用具有的长期、连续、在线服务的特点。文中提出一种感知敏感序列规则的在线时空K-匿名的抗攻击方法:基于中间件的第三方匿名服务器首先从挖掘并分析连续查询生成的匿名区域序列数据集得到隐私敏感的序列规则,然后在后续的LBS查询服务请求中,设定一系列"泛化"、"避让"准则,动态感知敏感序列规则在线生成时空K-匿名数据集,并更新成功匿名的匿名数据集到匿名区域序列数据库。最后,当更新次数达到设定阈值后,重复匿名集序列规则的挖掘、分析与动态隐藏,直至消除所有敏感序列规则。实验证明,提出的方法可以实现匿名集数据中敏感序列规则的动态隐藏,有效消除基于敏感匿名集序列规则对用户位置隐私的推理攻击,且具有速度快、代价小的优点。

磁共振磁敏感序列在老年高血压患者脑内微出血的诊断价值

目的分析3.0T磁共振(MRI)磁敏感序列(SWI)对老年高血压患者脑微出血(cerebral microbleeds,CMBs)的诊断价值。方法回顾性分析我院2010年1月至2012年12月间在我院影像中心行头颅MRI检查的符合入组条件的老年高血压患者195例。行常规MRI及SWI检查,分别记录各个脑区的CMBs病灶数。结果本组CMBs检出率为34.4%,随年龄增长CMBs的检出率逐步增高,CMBs病灶主要分布于皮层和皮层下以及基底节区。单因素分析显示年龄、高血压是CMBs的危险因素。结论SWI诊断CMBs比常规序列更加敏感,年龄和高血压是CMBs的主要影响因素。

脑血管淀粉样变脑出血的临床与磁敏感序列分析

目的根据脑血管淀粉样变脑出血(CAAH)患者的相关临床及MR影像资料,总结磁敏感序列(SWI)在临床诊断中的应用价值。方法回顾分析28例脑血管淀粉样变脑出血患者的临床资料,以及常规MRI和SWI的表现。结果脑血管淀粉样变脑出血主要分布于脑叶浅表区域,呈多发性,SWI检查显示为多发性低信号灶。结论脑血管淀粉样变脑出血在临床和SWI上具有一定特征,SWI能够为临床诊断提供更详细、准确的信息。

磁敏感序列在外伤性蛛网膜下腔出血诊断中的应用

目的探讨磁敏感序列SWAN(T_2*-weighted angiography)在外伤性蛛网膜下腔出血中的诊断价值。方法回顾性分析蛛网膜下腔出血20例,所有患者在发病3天内均进行CT和MR检查,MR检查序列包含T_1FLAIR、T_2WI、T_2FLAIR、SWAN序列。对比分析它们对蛛网膜下腔出血的敏感性。结果在20例蛛网膜下腔出血患者中,常规T_1FLAIR、T_2WI、、T_2FLAIR序列上异常信号计数明显低于CT,而SWAN在确定病变的数量及范围方面要优于CT。结论 SWAN序列对蛛网膜下腔出血的敏感性高,应作为检查SAH的常规首选序列。

磁敏感序列分析在脑血管淀粉样变脑出血诊断中的应用

目的探讨磁敏感序列分析在脑血管淀粉样变脑出血诊断中的应用。方法选择2017年6月-2018年12月郑州市第七人民医院收治的疑似脑血管淀粉样变脑出血(CAAH)患者52例作为研究对象,所有患者均进行磁敏感序列分析(SWI)和常规核磁共振成像(MRI)扫描检查,比较两种扫描方式的序列特征及图像质量、病灶检出率。结果 MRI检测到的T1WI多表现为等信号或低信号,T2WI多表现为低信号、高信号混杂,病灶形状为片状、点状、环状;SWI检测序列更有规律,病灶形状更清晰,全面;SWI扫描的图像诊断率为92.31%高于MRI扫描的图像诊断率84.62%(P<0.05);52例疑似CAAH患者,经病理确诊为48例,MRI检出42例,包括37例脑皮层及皮层下多发出血患者,5例脑叶单发出血患者,检出率为87.05%,SWI检出46例,包括38例脑皮层及皮层下多发出血患者,5例脑叶单发出血患者和3例微小出血病灶,检出率为95.83%(P<0.05)。结论采用SWI检测,序列特征更明显,且扫描的图像诊断率高,可提高CAAH患者的病灶检出率,值得推广应用。

磁敏感序列联合黑水序列诊断创伤性脑微出血的应用研究

目的探讨磁敏感序列(SWI)联合黑水序列(FLAIR)诊断创伤性脑微出血的应用研究。方法选取2018年2月~2019年2月我院收治的60例创伤性脑微出血患者作为研究对象,所有患者进行头部CT、常规磁共振成像(MRI)(包括T1WI、T2WI序列)和SWI联合FLAIR扫描。比较T1WI、T2WI序列、SWI联合FLAIR扫描的检出率及扫描信号特点。结果SWI联合FLAIR扫描的检出率高于T1WI、T2WI序列,T2WI序列扫描的检出率高于T1WI,差异均有统计学意义(P<0.05)。SWI联合FLAIR扫描的信号特点优于T1WI、T2WI序列,T1WI序列扫描的信号特点优于T2WI序列,差异均有统计学意义(P<0.05)。结论SWI联合FLAIR扫描在创伤性脑微出血诊断中具有显著的应用价值,能为临床制定治疗方法提供合理的依据,加速患者康复。

流动敏感黑血序列三维T_(1)WI增强扫描在脑转移瘤中的应用价值

目的:探讨3.0T磁共振流动敏感黑血序列三维T_(1)加权增强扫描(FSBB 3D CE-T_(1)WI)在脑转移瘤中的应用价值。方法:回顾性将2021年1月-2022年8月在本院就诊且经临床和影像检查证实的52例脑转移患者纳入研究。所有患者分别行颅脑FSBB 3D CE-T_(1)WI、FSE CE-T_(1)WI和快速梯度回波序列三维T_(1)加权对比增强(FFE 3D CE-T_(1)WI)扫描,采用卡方检验或Fisher精确概率检验比较3个序列之间病灶检出率的差异。结果:经随访证实颅内转移灶总数为371个,FSBB 3D CE-T_(1)WI的检出率99.73%(370/371),FFE 3D CE-T_(1)WI的检出率为83.02%(308/371),FSE CE-T_(1)WI的检出率为78.44%(291/371),三者之间检出率的差异有统计学意义(χ^(2)=82.748,P<0.05)。分层分析:直径<3 mm的转移灶共160个,FSE CE-T_(1)WI、FFE 3D CE-T_(1)WI和FSBB 3D CE-T_(1)WI的检出率分别为50.62%、60.62%和99.37%,三个序列之间检出率的差异有统计学意义(χ^(2)=101.436,P<0.05);对于直径3~10 mm的转移灶,FSE CE-T_(1)WI、FFE 3D CE-T_(1)WI和FSBB 3D CE-T_(1)WI的检出率分别为99.38%、100%和100%,三个序列之间检出率的差异无统计学意义(P>0.05);对直径>10 mm的转移灶,三个序列的检出率均为100%,差异无统计学意义(P>0.05)。结论:FSBB 3D CE-T_(1)WI在检出脑转移瘤方面要优于常规和高分辨序列MR增强扫描,值得临床推广。

3.0T MRI磁敏感加权成像序列对急性脑梗死合并脑微出血的诊断价值

目的探讨3.0T MRI磁敏感加权成像(SWI)序列对急性脑梗死(ACI)合并脑微出血(CMBs)的诊断价值,为临床提供参考。方法回顾性分析2023年9月至2024年3月敦煌市医院收治的172例疑似ACI患者的临床资料,所有患者均行头颅CT、扩散加权成像(DWI)序列与SWI序列检查,观察头颅CT、DWI序列与SWI序列检查对ACI合并CMBs的诊断效能。结果CT、DWI序列、SWI序列对ACI合并CMBs检出率分别为70.00%、80.00%、90.00%,3种方法的检出率比较,差异无统计学意义(P>0.05)。经一致性分析,CT检查诊断ACI合并CMBs的灵敏度为70.00%,特异度为50.00%,准确率为54.55%,Kappa值为0.134;DWI检查诊断ACI合并CMBs的灵敏度为80.00%,特异度为63.24%,准确率为67.05%,Kappa值为0.315;SWI检查诊断ACI合并CMBs的灵敏度为90.00%,特异度为88.24%,准确率为88.64%,Kappa值为0.707。结论SWI序列检查诊断ACI合并CMBs具有较高的灵敏度和准确率,且一致性较高,具有良好的诊断效能。

软骨MRI敏感序列在距跟骨间韧带治疗中的应用

目的探讨软骨磁共振成像(MRI)敏感序列在距跟骨间韧带治疗的应用指导效果。方法选择2009年8月—2013年1月湖北医药学院附属东风医院收治的跟骨骨折伴有距跟骨间韧带损伤患者60例,都进行MRI扫描,选择MRI三维容积式内插法屏气检查(T1-VIBE)序列、三维自旋回波序列(3D-SPACE)和三维动态增强(3D-FLASH)序列扫描足踝部,对图像质量进行评分,对距跟骨间韧带长度和宽度进行最优序列的测量。结果 3D-SPACE和3D-FLASH序列的图像评分高于T1-VIBE序列(P<0.05),3D-SPACE和3D-FLASH序列的图像评分组间对比差异无统计学意义(P>0.05)。在同性别者,中距跟骨间韧带长度和宽度左侧与右侧无明显差异(均P>0.05)。结论软骨MRI 3D-SPACE和3D-FLASH敏感序列有较好的空间分辨率,对距跟骨间韧带长度和宽度有很好的测量指导,可以作为距跟骨间韧带病变的首选扫描序列。

心脏磁共振运动伪影校正相位敏感反转恢复序列在心律失常患者中的应用

目的探讨运动校准相位敏感反转恢复序列(moco PSIR)成像在心律失常患者中应用的价值。方法收集拟行心律失常介入消融术的60例患者,均行心脏MR检查,序列包括心脏电影成像、LGE成像、moco PSIR成像。比较LGE与moco PSIR成像的图像质量及对延迟强化病灶的检出情况。结果对60例患者共采集左心室短轴LGE图像、moco PSIR图像各180幅。LGE与moco PSIR图像比较,二者图像质量差异有统计学意义(χ2=14.88,P<0.01)。LGE图像中,延迟强化阳性病灶见于12例患者共15幅图像。moco PSIR图像中,总计17例患者共23幅左心室短轴图像可见延迟强化阳性病灶。结论对心律失常患者进行心脏MR检查时,采用moco PSIR序列进行延迟强化成像,图像质量好,有助于延迟强化病灶的检出。

磁敏感成像序列在脑梗死并发出血中的临床价值

目的针对大面积脑梗死并发出血的患者进行磁敏感成像序列的临床应用分析。方法选取2017年1—12月在我院就诊的脑梗死并发出血的患者为讨论的对象,进行CT和MRI检查,并通过磁敏感成像序列(SWI)扫描,对脑梗死并发出血的表现结果分析。结果在50例患者中,检查出脑梗死并发出血病灶数169个,其中,A型的有107个,B型的有62个。A型主要是位于患者的基底节区,以及侧脑室附近,形状以圆形、卵圆形为主,并且边界清晰。B型主要以不规则的小条片为主,多发生在梗死的病灶内部。在检出率结果上,也以SWI的检出率更高,有50例,而其他检查方式中,MRI有42例,CT则有31例,均低于SWI。通过卡方检测,不同的扫描序列的检测结果差异存在统计学意义(P <0.05)。结论采用磁敏感加权成像扫描的方式能够检查出脑梗死并发出血病灶,能对该疾病的分型进行具体情况的分析,有利于疾病的治疗和后期的改善。

血流敏感散相——稳态自由激发序列对小腿动脉成像准确性的研究

目的探讨血流敏感散相—稳态自由激发序列(FSD-SSFP)对小腿动脉狭窄评估的准确性。方法选择2014年7月—2015年7月首都医科大学附属北京安贞医院收治的16例患有下肢动脉疾病的患者,均进行下肢动脉核磁血管造影(MRA)检查,包括FSD-SSFP、增强MRA(CE-MRA)。所有患者在MRA检查前均进行超声检查,MRA检查结束1周内进行数字减影血管造影(DSA)检查。由2名具有5年心血管图像诊断经验的医生对血管狭窄程度进行评价。用Kappa检验分析MRA观察者间的一致性。用受试者工作特性(ROC)曲线比较FSD-SSFPMRA、CE-MRA、CE-MRA联合FSD-SSFP MRA(CE+FSD MRA)以及超声等4种检查方法诊断血管狭窄病变的准确度。结果以DSA为参照,以DSA为参照,FSD-SSFP MRA和CE-MRA均存在过度评价狭窄程度,超声低估狭窄程度。用DSA做参照标准,ROC曲线分析显示CE+FSD MRA曲线下面积最大(0.929),超声曲线下面积最小(0.860)。狭窄划界值为2时能够获得最大敏感度和特异度。结论在患有下肢动脉疾病患者小腿动脉的无创检查中,FSD-SSFP MRA能够提供高质量的诊断图像,无需对比剂,是CE-MRA良好的补充手段。CE+FSD MRA能够提高血管狭窄诊断的准确度。

磁共振弥散加权序列联合磁敏感加权序列对脑梗死伴脑微出血患者中的诊断价值分析

目的:分析磁共振弥散加权(DWI)序列联合磁敏感加权(SWI)序列对脑梗死伴脑微出血患者的诊断价值。方法:选取2015年10月-2021年12月江苏省宿迁市中医院收治的84例脑梗死伴脑微出血患者为研究对象,均接受磁共振DWI序列及SWI序列诊断,比较单一诊断与联合诊断对脑梗死及伴脑微出血的检出率,计算灵敏度与特异性,分析单一诊断与联合诊断对微出血病灶位置的检出情况。结果:磁共振DWI序列、SWI序列联合诊断对脑梗死及脑微出血的检出率均高于单一诊断,差异有统计学意义(P<0.05);磁共振DWI序列、SWI序列联合诊断的灵敏度、特异度均高于单一诊断,差异有统计学意义(P<0.05);磁共振DWI序列、SWI序列联合诊断对小脑、脑干、皮层、丘脑、基底节的检出率均高于单一诊断,差异有统计学意义(P<0.05)。结论:临床可通过磁共振DWI序列联合SWI序列检验方式诊断脑梗死伴脑微出血疾病,准确性高,可有效减少误诊、漏诊问题,为临床治疗方案制定提供可靠支持,值得推广。

应用磁共振敏感加权序列诊断缺血性脑卒中微出血的临床价值初探

目的探讨磁共振敏感加权序列(susceptibilityweightedimaging,SWI)诊断缺血性脑卒中微出血的临床价值。方法回顾性分析本院2017年2月至2019年3月确诊为缺血性脑卒中并伴有脑内微出血症的45例患者的临床资料。观察MRI检查的诊断结果并进行讨论和分析;观察T1WI、T2WI、DWI和FLAIR序列及SWI序列的图像,对大脑皮层、皮层下、基底节、丘脑、脑桥延髓、小脑的病灶进行计数,比较各个序列对病灶的检出敏感性。结果 45例患者中,通过SWI序列共检出CMBs病灶267个;其中T1WI检出75个,检出敏感性为28.09%;T2WI检出92个,检出敏感性为34.46%;T2FLAIR检出105个,检出敏感性为39.33%;DWI检出182个,检出敏感性为68.16%。SWI序列对CMBs病灶的检查敏感性显著高于T1WI、T2WI、DWI和FLAIR序列(P<0.05)。结论 MRI检查可有效显示CMBs的影像学特点,SWI序列应用于CMBs的诊断中具有重要的价值,可为临床诊断治疗缺血性脑卒中提供可靠的理论依据,值得广泛推广应用。

磁共振磁敏感成像序列在脑微出血患者诊断中的应用价值

目的 探讨磁共振磁敏感成像序列在脑微出血（CMBs）患者诊断中的临床应用价值。方法 选取本院2012年1月~2015年5月收治的68例经临床和手术病理确诊的CMBs患者作为研究对象,分别进行磁敏感成像（SWI）与常规序列（T1WI、T2WI、FLAIR）扫描,比较其结果。结果 常规序列T1WI检出率为8.8%,T2WI为16.1%,FLAIR为55.9%,SWI的检出率为97.1%,两者检出率比较,差异有统计学意义（P〈0.05）。结论 SWI在CMBs诊断方面具有重要的应用价值,可以作为MRI诊断CMBs的补充序列之一。

磁敏感成像序列对脑梗死并隐匿性脑微出血的诊断体会

目的探讨1.5T磁共振磁敏感序列对脑梗死并隐匿性脑微出血的诊断价值。方法选取2018年10月至2019年10月本院收治的90例诊断脑梗死并隐匿性脑微出血患者的影像资料,均采取常规序列扫描(FLAIR、T2WI、T1WI)和磁敏感成像序列(SWI),比较二者的应用价值。结果MRI的SWI序列和常规序列的检出率比较差异有统计学意义(P<0.05);MRI各序列信号的高信号、等信号、低信号比较差异有统计学意义(P<0.05)。结论对于脑梗死并隐匿性脑微出血患者,采取1.5T磁共振SWI序列检出率较高,有助于为临床应用溶栓药治疗脑梗死及判断疾病的预后提供参考。

磁共振磁敏感加权成像序列成像在脑海绵状血管瘤诊断中的临床价值

目的探讨磁共振磁敏感加权成像(SWI)序列成像在脑海绵状血管瘤诊断中的应用价值。方法选择2017年6月至2018年12月在医院经手术检查确诊的脑海绵状血管瘤患者35例,所有患者均先行头颅磁共振常规序列扫描检查,再行SWI序列扫描,以手术病理结果为金标准,评估磁共振不同序列诊断颅内海绵状血管瘤的病灶检出率及病灶最大直径平均值。结果SWI序列的病灶检出率(100.00%)明显高于常规序列(80.77%),差异有统计学意义(P<0.05);SWI序列检出的病灶最大直径平均值明显大于常规序列,差异有统计学意义(P<0.05)。结论磁共振SWI序列成像在脑海绵状血管瘤诊断中的病灶检出率较高,比磁共振常规序列更具优势。