罗非鱼湖病毒微滴式逆转录数字PCR检测方法的建立

建立一种敏感性高、特异性强、重复性好的罗非鱼湖病毒反转录微滴式数字PCR (RT-ddPCR)检测方法,可为罗非鱼湖病毒的定量检测提供技术支持。参照NCBI中GenBank登陆的TiLV第3段全基因序列,选择hypothetical protein gene基因作为靶位基因设计合成了1对引物和探针,以TiLV-cDNA为模板,摸索、优化反应方法,建立与实时荧光RTPCR检测方法的线性关系,分析方法的敏感性、特异性、重复性,最后进行临床样品检测。结果显示,当引物、探针浓度分别为500、300 nmol·L^(-1)且退火温度为54.2℃时,建立的TiLV RT-ddPCR扩增反应效率最高、阴阳性微滴分布界限最明显、平均拷贝数较高;敏感性强,检测限低至2拷贝·μL^(-1),且在1~90 000拷贝·μL^(-1)范围内与实时荧光RT-PCR检测的线性关系较好(R2=0.995 8);检测变异系数低(4.86%);与其他5种常见的水生动物疫病病毒[鲤浮肿病毒(Carp edema virus, CEV)、锦鲤疱疹病毒(Koi herpesvirus, KHV)、草鱼出血病毒(Grass carp reovirus, GCRV)、鲫造血器官坏死病毒(Cyprinid herpesvirus 2, CyHV-2)、细胞肿大虹彩病毒(Red sea bream iridovirus, RSIV)]阳性样品未发生交叉反应;在临床样品的检测中,48份罗非鱼样品结果均为阴性,5份能力验证样品中3份为阳性,与能力验证满意结果一致。

一步法微滴数字PCR检测生菜中GII型诺如病毒

目的:采用逆转录微滴数字聚合酶链式反应(reverse transcription droplet digital polymerase chain reaction,RT-ddPCR)技术和QX200 Droplet Digital PCR System,建立一步法RT-ddPCR高灵敏快速检测生菜中GII型诺如病毒(norovirus genegroup II,NoV GII)的方法。方法:优化RT-ddPCR检测NoV GII的反应体系;通过10倍梯度稀释的NoV GII线性阳性质粒确定RT-ddPCR的检测范围;利用其他常见的肠道病毒核酸(非GII型诺如病毒)作为反应模板,与NoV GII核酸同时进行RT-ddPCR,判定反应体系的特异性,并通过不同时间多次检测样品的方式判断该检测方法的稳定性。采用ISO/TS 15216-1:2013食品中诺如病毒RNA提取方法,对人工染毒不同水平(高、中、低)的NoVGII生菜样品进行检测,同时研究去除抑制物前后对RT-ddPCR检测的影响,并与逆转录定量聚合酶链式反应(reverse transcription quantitative polymerase chain reaction,RT-qPCR)进行检测回收率的对比,探究RT-ddPCR在食品中NoV GII快速与定量检测上的发展潜力与应用前景。结果:RT-ddPCR的最高检测限为8.47×104 copies/μL,最低检测限为2.12 copies/μL,RT-ddPCR扩增效率为95.44%,标准曲线相关系数为0.997 3。在不同浓度人工染毒生菜样品中,抑制物的存在对ddPCR回收率检测结果没有显著性差异。在高、中染毒浓度下,抑制物对RT-qPCR与RT-ddPCR回收率检测结果影响不显著。低浓度下,未去除抑制物的RT-qPCR法平均回收率仅1.43%,与去除抑制物后的RT-qPCR检测结果(平均回收率为9.71%)有显著差异,且与RT-ddPCR的检测结果(未去除抑制物的RT-ddPCR平均回收率为11.80%,去除抑制物后平均回收率为12.53%)存在显著性差异。结论:生菜抑制物对RT-ddPCR的检测影响不显著,利用RT-ddPCR可有效测出低浓度的受污染样品,避免用现有的RT-qPCR方法因抑制物带来的"假阴性"检测结果。本实验建立的RT-ddPCR方法能高效、灵敏地检测出受污染食品中NoV GII的低病毒含量,在食源性病毒检测中具有可观的发展潜力和应用前景。

微滴式数字PCR检测冷冻草莓中GⅠ、GⅡ型诺如病毒

目的:建立一种检测冷冻草莓中诺如病毒(GⅠ和GⅡ)的逆转录微滴数字PCR(RT-ddPCR)方法。方法:根据ISO标准选定检测引物,优化反应体系,退火温度,进行了方法学实验,建立了一种快速检测冷冻草莓中GⅠ和GⅡ亚型诺如病毒的新方法。结果:确定了数字PCR检测GⅠ型诺如病毒退火温度为56.5℃,GⅡ型诺如病毒退火温度为58.1℃。RT-ddPCR检测GⅠ质粒标准品标准曲线的R^2=0.9947,RT-ddPCR检测GⅡ质粒标准品标准曲线的R^2=0.9950,说明该方法具有良好的线性关系。与RT-qPCR灵敏度对比,RT-ddPCR法的灵敏度比RT-qPCR法高一个数量级。在检测范围内,最低检测限低至个位拷贝数。RSD最小为3.8%,表明该实验重复性良好。浓度较低100 copies/μL左右时,RT-ddPCR的重复性不佳。结论:本研究建立的诺如病毒数字PCR法具有特异性强、灵敏度高、检测限低等优点,可用于冷冻草莓中诺如病毒的定量检测。

H7亚型禽流感病毒微滴式逆转录数字PCR检测方法的建立

本文建立了一种H7亚型禽流感病毒微滴式逆转录数字PCR方法,为H7亚型禽流感病毒核酸的定量检测和临床低浓度样品的诊断提供一种检测技术.根据H7亚型禽流感病毒的HA基因,设计了1对特异性的引物和探针,建立了H7亚型禽流感病毒的微滴式逆转录数字PCR方法,对该方法的特异性、敏感性和重复性进行了评价,并初步应用于临床样品的检测.结果为,该方法的最低检出限为3 copies/μL;与H1亚型、H3亚型、H6亚型禽流感病毒、新城疫病毒、鸡马立克氏病病毒、鸡传染性贫血病毒和鸡传染性法氏囊病病毒无交叉反应;检测12次200倍稀释的H7N9亚型禽流感病毒(Re-2株)的核酸,变异系数为3.38%;检测了30份临床样品,结果均为阴性.结果表明,该方法的敏感性高,特异性和重复性好,适用于H7亚型禽流感病毒的临床检测和标准物质的标定.

基于RT-dd PCR技术的食品中诺如病毒定量检测

目的:构建基于逆转录微滴式聚合酶链式反应(reverse transcriptase droplet digital polymerase chain reaction,RT-ddPCR)技术的食品中诺如病毒(norovirus,NoV)定量检测方法。方法:筛选引物探针,建立并优化GI、GII型NoV和MS2噬菌体一步法RT-ddPCR检测体系,确定特异性。利用NoV RNA标准物质和MS2噬菌体RNA确认RT-ddPCR检测体系的定量限、准确度和重复性。制备人工阳性样品,分析MS2噬菌体对定量结果的影响。结果:3个RT-ddPCR检测体系具有良好的特异性、准确度和重复性,NoV RT-ddPCR检测体系的定量限包含10~4~10~0拷贝/μL 5个数量级,MS2噬菌体RT-ddPCR检测体系定量限与NoV相当,添加与不添加MS2噬菌体的人工阳性样品的定量结果无显著差异(P≥0.05)。结论:NoV RT-ddPCR检测体系可准确定量NoV RNA,MS2噬菌体不影响定量结果,可作为过程控制的模式病毒被添加到食品中,指示回收率,计算食品中NoV实际载量。

基于查找表的单基FFT原址倒序算法

单基快速Fourier变换(FFT)进行原址运算前需要对输入数据进行倒序,为了提高传统倒序算法的速度,在4个有关单基倒序定理的基础上,提出了基于查找表的单基快速Fourier变换原址倒序算法。该算法通过访问查找表,减少循环次数,简化倒序值的计算过程,从而提高速度。该算法所需查找表的规模不随点数增加而变大。仿真结果表明:该算法在计算基2倒序时,性能超过了现有算法,在计算非基2倒序时,比传统算法至少快80%,比现有的查找表算法最多慢15%。

八种灭活型病毒保存液对病毒核酸稳定性的影响

目的评价八种不同的灭活型病毒保存液对病毒核酸的保护效果。方法收集八种商业化的灭活型病毒保存液,分别将新冠病毒假病毒标准物质和禽流感病毒样本加入保存液中,同时设置2个对照组(生理盐水和磷酸盐缓冲液),在保存温度为24℃和37℃条件下,保存时间为0 h、6 h、12 h、24 h、48 h、72 h,分别提取各保存液中的病毒核酸,采用逆转录荧光定量PCR(RT-qPCR)和逆转录数字PCR方法(RT-dPCR)检测病毒核酸的含量变化。结果四种商业化病毒保存液A、E、G、H在不同温度和时间条件下对病毒核酸的保存效果明显。另外四种保存液保护效果较差:保存液B和C在37℃条件下12 h后保存效果变差,保存液D的保存效果在24℃和37℃下6 h后均明显减弱;保存液F对病毒核酸没有任何保护作用。结论病毒保存液的保护效果差会导致核酸检测的假阴性,建议开展核酸检测时对使用的病毒保护液进行质量控制。