基于数据非依赖型采集蛋白质组学分析劳力性热射病大鼠血浆蛋白的变化

目的采用数据非依赖型采集(DIA)蛋白质组学技术分析劳力性热射病(EHS)大鼠血浆蛋白表达的变化。方法取SPF级雄性SD大鼠10只,随机分为正常对照组(CON组,n=5)和EHS组(n=5),EHS组造模前1周完成温度遥测胶囊植入术,术毕恢复7 d后大鼠在人工气候舱内(温度40℃,相对湿度70%)跑步,监测核心温度达到42.5℃时视为发生EHS。停止跑步后采血进行DIA定量蛋白质组学分析。结果以表达倍数>1.5倍且P<0.05为筛选标准,共筛选出625个上调差异表达蛋白(DEPs)和8个下调DEPs。亚细胞定位注释表明,DEPs主要位于细胞外和细胞质;基因本体论(GO)注释显示,DEPs分子主要功能为蛋白质结合;京都基因与基因组百科全书(KEGG)注释显示,DEPs主要参与免疫反应、能量代谢等信号通路;同源蛋白簇(COG)注释显示,DEPs主要发挥翻译后修饰、蛋白质周转和伴侣功能。蛋白结构域富集分析显示,DEPs结构域主要集中在免疫球蛋白结构域、血小板反应蛋白1型结构域和补体Clr样EGF样结构域;GO富集分析显示,DEPs主要参与血液凝固和纤维蛋白凝块形成、纤溶酶原激活、急性炎症反应的调节等过程;KEGG富集分析显示,DEPs主要参与补体和凝血级联、免疫和细胞黏附分子等信号通路;Reactome通路富集分析显示,DEPs主要参与先天免疫系统、中性粒细胞脱颗粒和血小板活化等信号通路;蛋白互作网络分析发现,参与补体和凝血级联通路的蛋白网络互作较多,且以上调蛋白Fgg、Plg和Serpinc1为主。结论EHS明显改变大鼠血浆中蛋白表达谱,主要涉及免疫系统异常激活、炎症反应失控和凝血功能紊乱的信号通路。

非标记蛋白组学法鉴别牛肉丸中肉类掺假的方法研究

以猪、牛、鸡、鸭等4种肉类的肌肉组织为研究对象,采用纳升级液相色谱-四极杆静电场轨道阱高分辨质谱鉴别肉蛋白,基于数据依赖型采集模式和多元统计分析对不同的肉蛋白进行相对定量,探讨非标记蛋白组学法在肉丸掺假鉴定中的应用。结果显示:液相色谱的洗脱条件影响肽段分离效果和蛋白鉴定数,从猪、牛、鸡、鸭4种原料肉中共分别鉴定出归属于2 715,889,659,1 143种蛋白质的80 554,33 350,40 969,32 923条特异性肽段。通过序列搜索(BLAST)和UniProt数据库比对分析,分别鉴别出猪、牛、鸡、鸭肉源特征肽段12,15,19,16条,主要来源于肌红蛋白、肌球蛋白、清蛋白、载脂蛋白和血红蛋白等。在数据依赖型采集模式下,4种肉类来源的32条特征肽信号强度高,重现性好,可用于肉类种属鉴别和肉蛋白的相对定量。不同蛋白提取剂显著影响牛肉丸中蛋白质的含量以及特征肽段的信号强度(P<0.05),而色谱分离梯度对特征肽的鉴别及信号强度影响不大。非标记定量蛋白组学测定结果表明:从不同价位的牛肉丸中鉴别到的主要蛋白含量差异显著(P<0.05)。采用二维正交偏最小二乘判别分析,可很好地区分纯牛肉和掺假的牛肉丸,有69.2%的牛肉丸样品中含有猪肉或鸡肉,而鸭肉未检出。

基于非数据依赖的鞘脂菌蛋白质组学分析方法的建立

【背景】鞘脂菌是一类可高效降解以菲为代表的多环芳烃有机污染物的菌株,其在环境污染治理及生物技术领域具有广阔的应用前景。【目的】为了优化测试方法,获得更完整的鞘脂菌Sphingobium yanoikuyae SJTF-8在菲胁迫下表达差异的蛋白。【方法】利用数据依赖型及数据非依赖型两种蛋白质组学数据采集方法,比较了鞘脂菌SJTF-8在菲胁迫下蛋白质水平的表达变化。【结果】两种技术方法下共得到580个表达差异蛋白,这些蛋白在细胞代谢、转运和调控等方面发挥一定功能。【结论】数据非依赖性采集(data-independent acquisition,DIA)技术在重复性以及低丰度蛋白的检测上明显好于数据依赖型采集(datadependentacquisition,DDA)技术,因此,DIA在实际可用的表达差异蛋白检出方面具备明显优势,为发现菲胁迫下细胞诱导表达的低丰度调控蛋白提供帮助。