HCV NS3/4A蛋白酶抑制剂药物及其耐药信息数据库的建立和应用

目的建立针对HCV NS3/4A蛋白酶的直接抗病毒药物(DAA)及相关耐药突变的数据库,并利用该数据库进行耐药性分析。方法收集、整理已经公开发表的蛋白酶抑制剂类DAA及耐药相关的数据和信息,将病毒突变体的体外耐药数据及临床治疗鉴定的耐药相关突变信息录入数据库,按照药物种类、病毒基因型别、耐药突变位置及突变氨基酸种类等的不同对这些信息进行统计分析,并将部分结果以网站的形式进行在线查询。以HCV难治性基因3型为例,利用该数据库对其进行多数据耐药分析。结果建立了HCV NS3/4A蛋白酶抑制剂类DAA及耐药信息数据库,部分数据已可在线查询,链接为http://www.biosino.org/hcv/。该数据库包括四个部分内容:DAA药物信息;含耐药突变的不同基因型病毒株的体外耐药信息;耐药相关突变的预存流行率以及在治疗失败患者中的检出率;DAA与NS3/4A蛋白酶复合物的三维结构图,共计上万条信息。利用该数据库分析了不同基因型HCV的耐药性,发现蛋白酶抑制剂药物对基因3型HCV治疗效果最差。尽管第三代抑制剂对基因3型野生型HCV具有较好的抗病毒效果,但是病毒极易出现耐药突变。结论该数据库是目前我国首个HCV蛋白酶抑制剂DAA及耐药信息数据库,为HCV耐药性研究及临床治疗用药提供了重要的信息来源和指导。

Ⅱ/Ⅲ期隐匿性乳腺癌治疗方式与预后评估-基于SEER数据库的研究

目的研究Ⅱ/Ⅲ期隐匿性乳腺癌(occult breast cancer,OBC)的临床病理特征、治疗方式及相关预后。方法通过美国肿瘤监测、流行病学和最终结果(Surveillance, Epidemiology, and End Results,SEER)数据库,收集2004~2015年1 006例隐匿性乳腺癌患者的临床资料及随访结果。通过单因素分析和Cox多因素分析临床病理特征、治疗方案与预后间的关系。结果Ⅱ/Ⅲ期OBC患者的中位发病年龄为60岁,左侧较右侧高发,5年生存率为79.8%。Cox多因素分析显示,年龄、化疗、腋窝淋巴结手术方式和阳性淋巴结数目为影响预后的独立相关因素(均P<0.05)。腋窝淋巴结清扫(axillary lymph node dissection, ALND)+化疗的患者平均生存时间(128.8个月)长于仅ALND患者(109.8个月)和仅化疗患者(119.7个月),差异均具有统计学意义(均P<0.05)。非化疗且非ALND患者中行乳房切除术者生存预后优于不行乳房切除术者(P<0.05)。仅化疗患者中接受放疗者生存预后优于不接受放疗者(P<0.05)。结论 ALND+化疗可能成为OBC有效的治疗方式。

原发骨肿瘤流行病学数据库的建立与使用

目的研究原发骨肿瘤流行病学在线数据库的建立和使用方法。方法原始资料来自于北京积水潭医院骨与软组织肿瘤数据库共14 617个骨与软组织肿瘤病例,选择其中9200例原发骨肿瘤,提取年龄、性别、部位和诊断作为参数,数据库系统采用Word Press开源系统,网页基于PHP语言,数据存储是基于My SQL数据库系统。结果建立了原发骨肿瘤流行病学在线数据库系统(http://www.sarcoma-jst.org),包含4个搜索模块,设计按诊断、按年龄、按部位3个单参数搜索模块,以及按年龄、部位、性别和诊断4个参数组合的综合搜索模块。结论本数据库可以为骨肿瘤相关工作者提供一个免费实用的流行病学研究工具。本研究描述的方法也可以给建立其它类似数据库提供借鉴。

BiNGO及DAVID在miR-155靶基因富集分析中的应用

目的通过对预测得到的miR-155靶基因进行生物信息学分析,探索和比较DAVID(Database forAnnotation,Visualization and Integrated Discovery)及BiNGO(Biological Networks Gene Ontology tool)软件在基因本体(GO)及生物学通路富集分析中的应用,以期为miR-155靶基因的实验验证及生物学功能的研究提供理论指导。方法利用TargetScan 6.0预测得到的miR-155靶基因作为分析的基因集合,通过BiNGO及DAVID对这个靶基因集合进行GO富集分析和生物通路富集分析,并对两个软件的富集分析结果进行比较和分析。结果 miR-155的预测靶基因集合分别富集在转录调控活性、蛋白激酶活性等分子功能上和代谢调控、转录调控、高分子生物合成、基因表达调控及信号转导等生物学过程中(P<0.01);进一步分析显示该基因集合在KEGG代谢通路数据库中,显著富集于T细胞受体信号通路、B细胞受体信号通路、MAPK信号通路、ErbB信号通路等7个信号通路和结直肠癌、急慢性髓性白血病等7个疾病通路中(P<0.05)。结论 BiNGO和DAVID软件在miRNAs靶基因富集分析中各有优势,可以结合两个软件的分析结果对miRNAs靶基因集合进行生物学描述,为进一步的功能研究提供生物信息学指导。

非小细胞肺癌生存预测列线图的构建与验证

目的构建1个有效的预后列线图模型用于预测非小细胞肺癌(non-small-cell lung cancer,NSCLC)患者生存率。方法所有数据均来源于美国癌症中心"监测、流行病学和结果"(Surveillance,Epidemiology,and End Results,SEER)数据库,建模组49 081例,验证组37 614例。通过共线性分析、单因素回归分析及多因素分析确立独立预后因素。建模组建立Cox比例风险回归模型,并进行内部验证以及外部验证,分别采取区分度(discrimination)以及校准度(calibration)进行评价。结果多因素分析确定13个独立预后因素:年龄、性别、婚姻状态、人种、分化程度、病理类型、TNM分期、肿瘤大小、淋巴结转移、肿瘤转移、手术、化疗以及放疗(均P<0.05)。分层分析将建模组分为非Ⅳ(nⅣ)期及Ⅳ期进行模型构建并建立列线图,C统计量(C-index)分别为0.772(95%CI:0.768~0.776)和0.687(95%CI:0.681~0.693)。内部验证及外部验证的区分度及校准度均表明2个模型有一定的预测能力。结论本研究建立1个预测模型可以有效预测非小细胞肺癌患者的1、3和5年生存率,通过验证证实该模型具备一定的预测能力,可以帮助临床医师有效地评估病情以及治疗决策。

基于Aprior关联规则的尿崩症患儿临床特征分析

目的用Apfior关联规则方法分析尿崩症患儿临床特征，为儿童尿崩症临床诊治提供参考。方法以广州市妇女儿童医院163例尿崩症患儿临床数据作为基础，利用Clementine 11．1软件，运用Aprior关联规则方法分析尿崩症患儿临床特征关联关系。结果154例进行禁水试验和加压素试验，中枢性尿崩症（central diabetesins ipidus，CDI）患儿占72．7％（112／154），肾性尿崩症占7．8％（12／154）；尿崩症患儿男女比例为2．7：1；与0～〈1岁、1～〈3岁年龄组尿崩症患儿关联度高的分类不太明显，3～〈6岁年龄组和6～14岁年龄组尿崩症患儿与CDI具有最高的关联性；2004年后诊断的CDI患儿数逐渐较前增多；诊断并进行垂体MRI检查的CDI患儿中27．3％（24／88）MRI发现鞍区占位性病变。结论儿童尿崩症最主要病因是CDI，尤其是≥3岁发病的尿崩症患儿病因要首先考虑CDI。CDI男性患儿多于女性患儿，CDI患儿应进行禁水试验和加压素试验检查，并行MRI动态检查可早期发现鞍区肿瘤性病变，及时治疗可改善预后。