【背景】畜禽育种工作的核心是基因组估计育种值的准确性。不同水平的遗传标记密度对估计育种值的影响较大,随着基因分型技术的发展和高通量测序价格的下降,基于重测序数据的基因组选择研究不断涌现。理论上,标记密度更高可获得更高准...【背景】畜禽育种工作的核心是基因组估计育种值的准确性。不同水平的遗传标记密度对估计育种值的影响较大,随着基因分型技术的发展和高通量测序价格的下降,基于重测序数据的基因组选择研究不断涌现。理论上,标记密度更高可获得更高准确性的估计育种值。因为影响目标性状的数量性状基因座(quantitative trait loci,QTL)至少与覆盖全基因组范围的高密度标记中的一个标记处于连锁不平衡状态。所以,较高密度的标记水平,理论上标记与QTL之间的紧密连锁更好,从而保证了较高的预测准确性。但也有研究表明,填充测序数据与芯片数据相比,基因组预测的准确性提升并不明显。【目的】利用GBLUP方法,通过比较填充测序数据和芯片数据在肉鸡屠宰性状的基因组选择准确性,为肉鸡基因组选择育种的基因分型策略提供理论依据。【方法】依据芯片数据和填充测序(whole-genome sequence,WGS)数据,利用GBLUP方法,针对白羽肉鸡胸肌重、屠体重和腿肌重性状进行基因组预测,对其在基因组预测的准确性进行比较。首先,使用“京芯一号”鸡55 K SNP芯片对3362只鸡进行基因分型,并从第7世代的第9批次中随机选取230只鸡进行全基因组重测序,然后利用Beagle 5.1软件将55 K SNP芯片数据填充至重测序数据水平。为避免染色体大小对填充准确性的影响,将选择鸡较大的3号染色体和较小的14号染色体来进行计算等位基因准确率(allele correct rate,CR)和基因型相关系数(correlation,Cor),并以此判断填充准确性。利用填充测序数据对3个屠宰性状的基因组育种值进行预测,并采用5-折交叉验证的方法评价预测结果的准确性、秩相关和无偏性。【结果】两条染色体的平均等位基因准确率为0.924,平均基因型相关系数为0.885,填充准确率较高,可以用于后期基因组预测研究。SNP芯片数据基因组育种值的预测准确性在0.2194—0.2629之间,填充测序数据基因组育种值的预测准确性在0.2110—0.2695之间。与55 K SNP芯片的结果相比,填充测序数据的基因组育种值预测的准确性差异不显著。【结论】与SNP芯片的结果相比,利用填充后的基因组数据对白羽肉鸡的3个屠宰性状(胸肌重、屠体重和腿肌)的基因组育种值预测准确性提升并不显著,该结论为畜禽遗传育种工作中的数据类型选择提供参考。展开更多
文摘【背景】畜禽育种工作的核心是基因组估计育种值的准确性。不同水平的遗传标记密度对估计育种值的影响较大,随着基因分型技术的发展和高通量测序价格的下降,基于重测序数据的基因组选择研究不断涌现。理论上,标记密度更高可获得更高准确性的估计育种值。因为影响目标性状的数量性状基因座(quantitative trait loci,QTL)至少与覆盖全基因组范围的高密度标记中的一个标记处于连锁不平衡状态。所以,较高密度的标记水平,理论上标记与QTL之间的紧密连锁更好,从而保证了较高的预测准确性。但也有研究表明,填充测序数据与芯片数据相比,基因组预测的准确性提升并不明显。【目的】利用GBLUP方法,通过比较填充测序数据和芯片数据在肉鸡屠宰性状的基因组选择准确性,为肉鸡基因组选择育种的基因分型策略提供理论依据。【方法】依据芯片数据和填充测序(whole-genome sequence,WGS)数据,利用GBLUP方法,针对白羽肉鸡胸肌重、屠体重和腿肌重性状进行基因组预测,对其在基因组预测的准确性进行比较。首先,使用“京芯一号”鸡55 K SNP芯片对3362只鸡进行基因分型,并从第7世代的第9批次中随机选取230只鸡进行全基因组重测序,然后利用Beagle 5.1软件将55 K SNP芯片数据填充至重测序数据水平。为避免染色体大小对填充准确性的影响,将选择鸡较大的3号染色体和较小的14号染色体来进行计算等位基因准确率(allele correct rate,CR)和基因型相关系数(correlation,Cor),并以此判断填充准确性。利用填充测序数据对3个屠宰性状的基因组育种值进行预测,并采用5-折交叉验证的方法评价预测结果的准确性、秩相关和无偏性。【结果】两条染色体的平均等位基因准确率为0.924,平均基因型相关系数为0.885,填充准确率较高,可以用于后期基因组预测研究。SNP芯片数据基因组育种值的预测准确性在0.2194—0.2629之间,填充测序数据基因组育种值的预测准确性在0.2110—0.2695之间。与55 K SNP芯片的结果相比,填充测序数据的基因组育种值预测的准确性差异不显著。【结论】与SNP芯片的结果相比,利用填充后的基因组数据对白羽肉鸡的3个屠宰性状(胸肌重、屠体重和腿肌)的基因组育种值预测准确性提升并不显著,该结论为畜禽遗传育种工作中的数据类型选择提供参考。
