在大肠杆菌和沙门氏菌中整合位点为tmRNA的串联基因岛的模式和整合的时序性

tmRNA是部分tRNA和一小段mRNA的结合体,已被证明是作为基因水平转移产物之一的基因岛的整合位点.我们通过序列比对和比较基因组学的方法确定了散布在肠杆菌科的13个属中整合位点为tmRNA的68个基因岛,其中53个基因岛属于大肠杆菌(Escherichia coli)和沙门氏菌(Salmonella enterica).在这53个基因岛中,S.enterica subsp.enterica serovar Agonastr.SL483等8个基因组,E.coliS88和E.coliO55:H7str.CB9615中发现了2个及以上连续的基因岛,即形成了串联基因岛.其中,S.enterica subsp.enterica serovar Typhimurium SL1344中发现在该位点有3个连续的基因岛组成的串联基因岛.通过在大肠杆菌和沙门氏菌已测序的基因组中分析整合位点为tmRNA的可变区,发现大多数的基因组除了在可变区中包括了基因岛区之外,还有一段残余的可变区.确定了串联基因岛进入基因组的时间顺序,即远离tmRNA的基因岛先于靠近tmRNA的基因岛整合进入该基因组中.上述的基因岛中整合酶主要有3种类型,分别是HP1整合酶,PhiCTX整合酶和P4整合酶,以P4整合酶所占的比例最多.在串联基因岛中,远离tmRNA的基因岛中的整合酶是P4整合酶,其次是PhiCTX整合酶,最靠近tmRNA的基因岛所用的整合酶是HP1整合酶,由此可以得出tmRNA是研究串联基因岛的遗传与进化的重要位点的结论.