基于中医药整合药理学平台分析补肾活血颗粒治疗帕金森病的作用机制

目的借助于中医药整合药理学平台(TCMIP)研究补肾活血颗粒治疗帕金森病的作用机制。方法使用TCMIP的“中药(含方剂)靶标预测及功能分析”功能版块、“疾病相关分子集及其功能挖掘”和“中医药网络挖掘功能”,构建“BSHXG-PD”核心靶标网络图,并根据网络图拓扑值特征卡值筛选核心靶标;使用STRING构建核心靶标的PPI网络图,并使用Cytoscape进行计算分析;最终,绘制“方剂-中药材-疾病-靶标-通路”多维网络图;选择多维网络图相关化合物和前五位核心靶标进行分子对接验证,并使用PyMol将结果可视化,探究补肾活血颗粒治疗帕金森病的潜在作用机制。结果筛选得到补肾活血颗粒治疗PD的核心靶标90个;核心靶标基因功能和富集结果表明,补肾活血颗粒可能通过影响多巴胺受体、核转录因子、神经生长因子受体(p75NTR)水解、迷迭香酸生物合成途径、TRAF6介导NF-k B活化、小泛素相关修饰因子等机制起到治疗作用。结论补肾活血颗粒,适用于帕金森病各个病程的治疗,并根据预测筛选靶标与通路结果,可进一步通过实验研究分析其作用机制,为中医药防治老年性疾病提供研究思路。

基于数据挖掘和整合药理学平台牛膝芍药治疗骨关节炎成分-靶标-通路分析

目的以牛膝-白芍药对为研究对象,借助整合药理学平台(www.tcmip.cn)探究其对骨关节炎的作用机制。方法利用整合药理学平台将牛膝-白芍的化学成分进行靶标预测,与关节炎(osteoarthritis,OA)相关疾病靶标信息进行蛋白-蛋白相互作用(PPI)网络构建,富集分析该药对治疗OA的关键靶标,构建牛膝-白芍药对化学成分、关键作用靶标和疾病相关通路的相互作用网络,绘制"中药-化学成分-关键靶标-通路"的可视化多维网络,结合相关文献报道对牛膝-白芍药对治疗OA的作用机制进行预测。结果预测牛膝化学成分15种,包括多糖类、皂苷类、甾酮类、黄酮类等。预测白芍化学成分50种,包括苷类、萜类、黄酮类、鞣质类等。其中药物和疾病的共同作用靶标PRKAA1、PRKAA2、PRKAB1、NF-KB1、NF-KB2、NF-KB1A、CXCR1、BCL2、TP53。其中疾病通路包括内分泌系统、前列腺癌、乙型肝炎、甲状腺激素、癌症、循环系统、神经系统、神经营养因子、细胞生长和死亡、FoxO信号通路等。结论在整合药理学平台的基础上,该研究初步揭示了牛膝-白芍药对治疗OA的潜在活性成分和可能作用机制,为进一步探究牛膝-白芍治疗骨关节炎作用机制提供了理论支持和指导。

基于整合药理学平台V2.0的少腹逐瘀汤治疗原发性痛经分子机制研究

目的:基于整合药理学平台V2.0探讨少腹逐瘀汤治疗原发性痛经的分子机制。方法:通过整合药理学平台V2.0收集少腹逐瘀汤中药成分及其相关靶标、痛经疾病靶标。借助平台分析药物靶标和疾病靶标之间的相互作用关系,构建“中药-疾病核心靶标”网络,最后通过中医药关联网络挖掘模块构建“中药-成分-靶标-通路”多维网络。结果:共收集少腹逐瘀汤9味中药的352种化学成分和1903个药物靶标,筛选获得痛经15个疾病靶标。药物和疾病靶标分析结果显示,共有3个共有靶标(PPARG、PTGS2及CYP17A1);可视化网络分析结果表明,少腹逐瘀汤中的槲皮素、异鼠李素及丁香油酚等成分可能通过作用于ESR1、CNR1及CALM1等靶标参与多巴胺受体、eNOS活化和VEGFA-VEGFR2通路等通路发挥治疗原发性痛经作用。结论:基于整合药理学平台V2.0构建了少腹逐瘀汤与原发性痛经的核心靶标网络和多维可视化网络,为少腹逐瘀汤治疗原发性痛经的研究提供了重要参考,也为临床应用提供了理论依据。

基于中药整合药理学平台分析黄连汤治疗胃炎的作用机制研究

目的基于中药整合药理学平台(TCMIP)探究黄连汤治疗胃炎的作用机制。方法借助TCMIP,提前预测采用黄连汤治疗胃炎的药物有效成分及相应的作用靶点,同时对黄连汤多成分—多靶点—多通路治疗胃炎的作用机制进行分析。结果黄连汤治疗胃炎共筛选出175个核心成分,538条关键靶标,通过T细胞受体、雌激素及趋化因子等信号通路在胃炎发生发展的病理环节中发挥重要调控作用。结论本研究初步探究了黄连汤治疗胃炎的可能作用机制与活性成分,进而为该药方的临床合理应用奠定良好基础。

基于整合药理学平台探讨三七治疗冠心病心绞痛的分子机制

目的基于整合药理学平台探讨三七治疗冠心病心绞痛的分子机制。方法通过中医药整合药理学研究平台V2.0(TCMIP)检索三七化学成分、靶标及冠心病靶标信息,并进行靶标GO功能分析和KEGG通路富集分析,预测三七治疗冠心病心绞痛的分子机制。结果通过TCMIP平台可知三七93个活性成分,875个预测靶标,进一步构建蛋白互作网络图及进行相应的GO、KEGG富集分析,得到三七治疗冠心病心绞痛的多维网络图。结论三七治疗冠心病心绞痛可能通过过氧化物增殖剂激活受体(PPAR)α激活基因表达、ABC家族蛋白介导转运及核受体转录等途径。

基于中药整合药理学平台的参桃软肝方抗癌分子机制研究

目的:基于中药整合药理学平台筛选参桃软肝方抗癌治疗的主要成分及作用靶点,构建相关网络对参桃软肝方的抗癌机制进行预测分析。方法:借助中药整合药理学平台及DAVID数据库对参桃软肝方行整合药理学分析,从多角度探索其抗癌机制。结果:研究结果表明,参桃软肝方中具有抗癌作用的药物成分种类丰富,抗癌治疗的关键靶点主要包括ADORA3、RHOA、AKT1、KRAS。涉及的关键通路包括T细胞受体信号通路、癌症通路及趋化因子信号通路,涉及的参桃软肝方潜在治疗癌种包括结直肠癌、胰腺癌、慢性髓性白血病等。结论:参桃软肝方具有多成分、多靶点干预肿瘤疾病的特点。本研究结果初步阐明参桃软肝方抗癌治疗的药效成分、作用靶点、分子通路及潜在的治疗癌种,为进一步深入揭示其作用机制奠定了基础。

基于中药整合药理学平台的泽泻汤治疗高血压作用机制研究

目的:利用中药整合药理学探讨经典名方泽泻汤治疗高血压的分子机制。方法:借助整合药理学平台V1.0版软件的分析功能,构建经典名方泽泻汤治疗高血压的多维网络,探索泽泻汤治疗高血压潜在的分子机制。结果:泽泻汤对高血压的干预作用可能与神经系统、循环系统、神经退行性疾病、内分泌系统、神经营养因子信号通路等有关。结论:该研究为经典名方泽泻汤治疗高血压的作用机制提供了理论依据。

基于中药整合药理学平台探讨酸枣仁-龙眼肉治疗失眠的分子机制

目的基于中药整合药理学平台探讨酸枣仁-龙眼肉治疗失眠的分子机制。方法基于中药整合药理学平台,进行酸枣仁-龙眼肉活性成分分析、药物及疾病靶标预测、蛋白质相互作用(PPI)网络构建、KEGG通路富集及GO功能分析,并建立“中药-活性成分-核心靶标-关键通路”多维网络,对酸枣仁-龙眼肉治疗失眠的分子机制进行探讨。基于网络分析结果,将60只KM雄性健康小鼠随机分为空白组、模型组、地西泮组及酸枣仁-龙眼肉低、中、高剂量组,采用对氯苯丙氨酸(PCPA)腹腔注射方法建立失眠动物模型,各组在相应药物灌胃28 d后进行自主活动实验,观察小鼠活动次数、活动时间和活动路程。采用酶联免疫吸附实验(ELISA)检测小鼠下丘脑组织中的白细胞介素-6(IL-6)、白细胞介素-1β(IL-1β)、5-羟色胺(5-HT)水平。结果酸枣仁-龙眼肉治疗失眠主要与29个活性成分相关,其活性成分可针对多个靶标、多条通路,作用涉及IL-6、IL-1β等炎性因子靶标和多巴胺D2受体(DRD2)、糖皮质激素受体基因(NR3C1)等神经递质靶标,主要通过cAMP信号通路等调节睡眠。动物实验表明,与模型组比较,酸枣仁-龙眼肉中、高剂量组活动次数减少,活动时间、活动路程缩短,下丘脑组织中的IL-1β、IL-6水平降低,5-HT水平升高(P<0.01)。结论酸枣仁-龙眼肉可能通过调控cAMP信号通路影响5-羟色胺能反应,对失眠起到治疗作用,该研究为进一步探讨酸枣仁-龙眼肉治疗失眠的机制提供了科学依据。

基于整合药理学平台预测前列腺1号方治疗慢性前列腺炎作用机制

目的:应用中医药整合药理学方法预测前列腺1号治疗慢性前列腺炎(chronic prostatitis,CP)的潜在作用机制。方法:借助TCMIP平台中药材数据库,筛选出前列腺1号方有效化学成分;应用中药(含方剂)靶标预测功能,建立前列腺1号方的潜在靶标数据库。基于Human Phenotype Ontology数据库和蛋白质相互作用网络(PPI)数据库,明确CP疾病靶标并构建靶标相互作用网络;通过对前列腺1号治疗CP的候选靶标进行GO功能分析、KEGG通路富集分析,结合中外文献研究预测其治疗CP可能的生物途径和作用通路。结果:前列腺1号方通过8味中药、79个有效化学成分、33个核心靶标、11条通路发挥治疗慢性前列腺炎的药理作用。结论:前列腺1号对CP的干预治疗可能体现在抗炎抗肿瘤、细胞代谢、免疫调节、神经调节等方面。

基于整合药理学平台的斑蝥治疗结直肠癌的分子机制研究

目前,中医药研究普遍存在整体与局部、宏观与微观、体内过程与活性评价脱节,建立能反映中医药整体特色的研究新策略和新方法,成为中医药现代化的当务之急。整合药理学的提出,为解决中医药研究＂碎片化＂问题提供了一条切实可行的途径。该研究基于整合药理学平台探讨斑蝥治疗结直肠癌的分子机制,借助整合药理学平台V1.0版本软件的分析功能,构建斑蝥治疗结直肠癌疾病＂核心成分-关键靶标-主要通路＂多维网络,从多个角度探索斑蝥治疗结直肠癌潜在的分子机制。通过整合药理学平台分析斑蝥治疗结直肠癌的分子机制研究中发现,斑蝥对结直肠癌的干预作用可能与氨基酸代谢、NF-κB信号通路、免疫系统、内分泌系统、神经系统以及趋化因子信号转导通路、幽门螺杆菌感染中的上皮细胞信号转导、T细胞受体信号通路、B细胞受体信号通路等有关。

基于整合药理学平台探究参苓白术散治疗2型糖尿病的物质基础和作用机制

目的：探究参苓白术散治疗2型糖尿病的＂成分-靶点-疾病＂相关关系。方法：利用中药整合药理学计算平台搜索参苓白术散中所有药物相关的活性成分及潜在靶点,并搜索2型糖尿病疾病靶标,二者进行富集分析。结果：参苓白术散有499个药物化学成分,药物之间可能有较强的协同作用,经过基因本体数据库和京都基因与基因组百科全书数据库富集结果显示,其化学成分对应的关键靶点定位于细胞质、线粒体、髓鞘等,参与调控腺嘌呤核苷三磷酸结合、蛋白激酶活性等1 481个生物过程、基因功能,并参与嘌呤代谢、核苷酸代谢、神经系统等179个相关通路来治疗2型糖尿病。结论：本研究通过中药整合药理学平台筛选出了参苓白术散的化学成分,并预测出其治疗2型糖尿病的作用靶点和相关通路,可能与糖脂代谢、能量代谢等密切相关,为阐明其抗2型糖尿病的分子机制奠定基础,对深入挖掘和开发经典名方参苓白术散具有重要意义。

基于中药整合药理学平台探究开心散治疗AD的物质基础与作用机制

目的:探究开心散治疗阿尔茨海默病的"成分-靶点-疾病"相互关系。方法:利用中药整合药理学平台V1.0收集开心散所含4味中药的相关活性成分及潜在靶点,并搜索阿尔茨海默病疾病靶标,对其节点(hubs)进行基因本体数据库和京都基因与基因组百科全书数据库富集分析。结果:开心散的250个化合物中有2 877个靶点与阿尔茨海默病相互关联。其中线粒体三功能酶α亚基(HADHA),羟基酰基辅酶A脱氢酶(HADH),甾醇-4-α-羧酸盐3-脱氢酶(NSDHL)等关键靶标主要通过调控嘌呤代谢、核苷酸代谢、亨廷顿氏病、阿尔茨海默病、神经退行性疾病,氧化磷酸化以及内分泌与代谢性疾病等生物过程,在细胞质、线粒体、三磷酸腺苷结合、线粒体基质等分子反应中发挥其药理作用。结论:通过该平台能够预测出开心散治疗阿尔茨海默病的关键靶标及其参与的相关通路,可为深入揭示该复方的物质基础和作用机制提供参考,同时为深入挖掘和开发经典名方开心散提供依据。

基于中医药整合药理学平台、GEO数据库芯片及分子对接探讨大黄抗肝癌的作用机制

目的采用GEO数据库、整合药理学平台v2.0和分子对接技术探讨大黄抗肝癌的活性成分及其分子机制。方法利用中医药整合药理学平台(TCMIP)筛选中药大黄的活性成分,借助TCMIP及Swisstarget在线数据库预测作用靶点;从GEO数据库下载肝癌基因芯片数据库,利用GEO2R分析肝癌组织与正常肝组织之间的差异表达基因。基于大黄潜在靶点与肝癌靶点的匹配结果筛选大黄抗肝癌的关键靶点,并对关键靶点进行基因本体论(GO)功能、基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。通过构建蛋白互作网络(PPI)、成分-靶点网络及中药-成分-靶点-通路网络,分析并筛选大黄抗肝癌的主要成分和核心靶点。进一步采用Schrodinger-Maestro软件对核心靶点与主要活性成分进行分子对接,以虚拟验证其结合能力并分析其结合模式。结果筛选得到大黄抗肝癌活性成分20个,作用靶点86个,涉及CDK1、AKR1C3、PTGS2、AR、CCNB1等。GO功能富集主要集中在细胞周期、有丝分裂、氧化还原过程、药物反应、类固醇代谢过程等。KEGG通路富集主要涉及细胞周期、细胞衰老、补体系统、花生四烯酸代谢、胆汁代谢等,且这些代谢通路与细胞凋亡、转移、炎症和免疫相关。分子对接结果显示92.2%的活性成分与10个核心靶蛋白均具有较好的结合力,且结合形式多以氢键、疏水键、π-π键和阳离子-π键为主。结论大黄中的大黄酸、大黄素、大黄酚-8-O-β-D-吡喃葡萄糖苷、大黄酚-1-O-β-D-葡萄糖苷、丹叶大黄素等活性成分能够作用于CDK1、CCNB1、CYP2C9、MMP9、PTGS2等多个靶点,通过调节与细胞凋亡、转移、炎症、免疫相关的信号通路进而发挥抗肝癌作用。

基于网络药理学的柴芩感冒退热颗粒治疗病毒性感冒的分子关联研究

目的探讨柴芩感冒退热颗粒治疗病毒性感冒的分子关联机制。方法2021年12月至2022年1月借助整合药理学平台V 2.0版本软件的分析功能,建立柴芩感冒退热颗粒治疗病毒性感冒的多维网络,并将核心成分与关键靶标进行分子对接可视化处理。结果分析发现柴芩感冒退热颗粒治疗病毒性感冒的干预作用可能与Raf激酶抑制蛋白(RKIP)/丝裂原活化蛋白激酶(MAPK)信号级联、蛋白磷酸酶2A(PP2A)和即刻早期反应基因(IER3)调节胞内磷脂酰肌醇激酶(PI3K)/蛋白激酶B(AKT)信号通路、核受体转录通路、中性粒细胞脱颗粒、FCER受体Ⅰ(FCERⅠ)介导核因子kB(NF-kB)活化、内源性甾醇、磷脂酰肌醇-3,4,5-三磷酸(PI-3,4,5-P3,PIP3)激活AKT信号的调节等有关,并通过分子对接发现化合物香蜂草苷、甘草酸等与靶蛋白作用力较强的化合物分子。结论柴芩感冒退热颗粒通过多种活性成分、多靶点、多通路相互作用发挥治疗病毒性感冒作用。

益肾达络饮治疗多发性硬化的网络药理学机制研究

目的通过网络药理学广泛地挖掘益肾达络饮治疗多发性硬化的潜在机制。方法本研究通过检索中医药整合药理学研究平台TCMIP v2.0获取部分中药活性成分与靶点,未收录的中药利用基于结构相似度的方案预测获取活性成分以及靶点;通过TCMIP v2.0和GeneCards数据库获得疾病基因靶点;得到共有基因集后进行富集,分析潜在的治疗机制。结果本研究共得到益肾达络饮的活性成分488种,潜在治疗多发性硬化靶点795个,MCODE算法筛选得到核心靶点72个。DO富集结果显示共有基因集主要富集于神经系统疾病,如富集最高的脑病,以及富集显著的阿尔茨海默病、癫痫、偏头痛和痴呆。GO富集结果显示共有基因集主要富集在神经递质代谢相关和氨基酸合成相关生物过程。KEGG富集结果多与神经系统疾病密切相关,如阿尔茨海默病,神经活性受体与配体相互作用通路,以及朊病毒。核心靶点富集分析结果显示多富集在氨基酸代谢、氧化磷酸化等,与共有基因集富集结果在一定程度上具有一致性。结论益肾达络饮可能通过调节氨基酸代谢、氧化磷酸化等来达到保持中枢神经系统的稳定,从而治疗多发性硬化。

基于中药整合药理学计算平台的小柴胡汤抗脓毒症的分子机制研究

目的:探讨小柴胡汤抗脓毒症的物质基础和作用机制,为该方的临床应用和研发提供参考。方法:借助中药整合药理学计算平台(TCMIP)进行小柴胡汤化学成分分析、疾病靶标预测、基因功能和通路富集分析,并建立“中药-化学成分-核心靶标-关键通路”的多维网络关系,对小柴胡汤抗脓毒症的作用机制进行探讨。结果:预测小柴胡汤的224个化学成分(包括柴胡皂苷、人参皂苷、甘草苷等)与脓毒症相关的118个核心靶标之间有相互作用,包括直接靶标血小板因子(PF)4、髓样分化因子(MYD)88、Toll样家族受体(TLR)4、CD14、一氧化氮合酶(NOS)3等,其抗脓毒症作用机制涉及神经系统、内分泌、免疫应答、能量代谢等。结论:小柴胡汤基于“神经-内分泌-免疫-代谢”等从多层面、多途径、多通路实现其抗脓毒症的作用。本研究初步揭示了小柴胡汤抗脓毒症潜在作用机制,为该方进一步的药效物质基础和作用机制研究以及临床应用提供了理论依据。

基于整合药理学结合GEO数据集分析开心散防治阿尔茨海默病分子机制

目的基于整合药理学平台联合GEO芯片差异基因分析的方法,分析开心散治疗AD的作用机制。方法通过检索中医药整合药理学研究平台(TCMIP)和Drugbank数据库,获得开心散组方药物活性成分和相关分子靶点。通过GEO数据库获取GSE4757芯片数据,使用R语言获取其差异基因,绘制热图和火山图。通过Cytoscape 3.7.2构建开心散与AD的差异基因分子靶点图,使用Bisogenet和CytoNCA绘制靶点拓扑网络,并进行开心散与AD基因的GO功能富集和KEGG通路富集分析。结果获得开心散治疗AD的活性成分86个,与GEO共有的差异基因29个,构建PPI拓扑网络,筛选出核心的候选基因6个,与KEGG通路富集基因合并,获得治疗疾病的重要基因为CHRM1、CHRM2、ACHE、CHRM3、CASP8、PTGS2、DRD1、CACN1S、ADRB1。GO功能条目获得375条,主要涉及血管收缩、突触后膜可塑性,神经递质传递等。KEGG富集分析主要涉及胆碱能突触信号通路、cAMP信号通路、钙信号通路、神经-配体-受体相互作用信号通路等。结论开心散治疗AD具有多成分、多靶点、多通路的特点,可通过抑制炎症反应、降低乙酰胆碱酯酶活性、调节钙离子浓度等通路发挥治疗AD的作用。

中医治疗乳腺癌用药规律的挖掘及核心药物作用机制的整合药理学分析

目的:基于数据挖掘和整合药理学平台,挖掘近十年中药内服方剂治疗乳腺癌的用药规律并探讨相关分子机制。方法:通过检索中国知网、万方、维普、PubMed数据库中中药治疗乳腺癌的相关文献。基于中医传承辅助平台进行数据挖掘并获得核心药物,并利用中医药整合药理学办法探讨药物相关机制。结果:近十年涉及治疗乳腺癌中药内服方剂258首,中药295味。根据数据挖掘分析结果,选择白术、黄芪、茯苓、柴胡、夏枯草、半夏组成新的方剂。该新方剂与疾病交集靶点有20个,筛选后得到潜在关键靶标共有27个,包括AKT1、JUN、TNF等。且分子对接提示有效化学成分与交集靶标具有较好的结合活性。结论:中药治疗乳腺癌以甘温补脾为主,重在调节肝脾,并配合解毒抗癌之法。新方剂治疗乳腺癌的基本治法为补益中气,疏肝解郁,清热化痰散结。其作用机制可能是通过调节炎症反应、PI3K/Akt信号通路等实现抗肿瘤作用。

整合药理学方法的心可舒片干预动脉粥样硬化作用网络机制探讨

目的探究心可舒片干预动脉粥样硬化(AS)作用的分子机制,对于心可舒片二次开发和临床应用提供参考。方法用整合药理学平台对心可舒片干预AS的关键靶点和通路进行预测,探究其干预AS的分子机制。结果通过建立心可舒片"中药-成分-靶点-通路"网络进行预测和分析,得到相关有效成分80个,确定了B4GALT4、B4GALT2、PRKCD、GCK、GNB1等关键靶点,明确了内分泌系统、甲状腺激素、神经系统、雌性激素和趋化因子等富集通路与其抗AS作用相关。结论心可舒片通过对PI3K/Akt/eNOS和Raf/MEK/ERK途径的共同调节,保护血管内皮细胞,从而达到干预AS的效果。

基于整合药理学分析通脉养心丸治疗冠心病心绞痛及心律不齐的分子机制

目的:预测通脉养心丸治疗冠心病心绞痛及心律不齐的分子机制,为通脉养心丸有效成分辨识、分子机制与临床应用提供科学依据。方法:通过整合药理学平台,进行通脉养心丸化学成分分析、疾病靶标预测、基因功能和通路富集分析,并建立"中药方剂-化学成分-作用靶标-疾病靶标"多维度关联的网络关系,对通脉养心丸治疗冠心病心绞痛及心律不齐的作用机制进行探讨。结果:通脉养心丸药物靶标与冠心病心绞痛及心律不齐疾病靶标基因功能分析结果显示有细胞质、胞外谷氨酸门控离子通道活性、离子型谷氨酸受体信号通路、线粒体、ATP结合、用于蛋白质翻译的tRNA氨酰化等条目。通路富集分析结果显示主要集中在谷氨酸能突触、神经系统、氨基酸代谢、丙氨酸,天冬氨酸和谷氨酸代谢、精氨酸和脯氨酸代谢等信号通路。通脉养心丸作用于冠心病心绞痛心律不齐的中药中,生地黄、党参、阿胶、大枣的化学成分及预测靶标数居多。结论:通脉养心丸通过离子通道、线粒体途径、ATP能量代谢、神经系统等相关通路来达到对冠心病心绞痛及心律不齐的治疗作用。本研究还得到通脉养心丸发挥这一作用的主要药物可能是生地黄、党参、阿胶和大枣。