基于454 GSFLX高通量测序的芒果微卫星标记特征分析

【目的】研究芒果基因组SSR的总体特征，开发芒果SSR标记，为SSR标记在芒果种质资源鉴定、品种选育及遗传连锁图谱构建奠定基础。【方法】利用新一代454GSFLX高通量测序技术结合SSR文库构建法，得到19611条无冗余的序列，对其进行SSR搜索，共获得8831条SSR。利用Primer5．0软件设计SSR引物，并以筛选的引物对24份芒果种质进行多样性分析。【结果】在芒果SSR中，二核苷酸（5980个SSR）和三核苷酸（2451个SSR）占主导地位，所占比例分别为67，85％和27，81％；出现频率最高的二核苷酸重复基元是AC／GT，占总数的17．94％，出现最高的三核苷酸重复基元为TTC／GAA，占5．07％。随机选择50个SSR位点合成引物，经24份芒果种质筛选鉴定，21对引物可扩增获得产物，有效扩增率为42．00％；其中17对引物表现出良好多态性，占有效引物的80．95％，占总引物的34．00％。在17对多态性引物中，每对引物扩增等位基因数2—12个，产生的多态性片段为2-7个，多态性比例为50％-100％。【结论】454GSFLX高通量测序开发SSR引物有较好的实用性，开发获得的17个具有多态性的芒果SSR标记可用于研究芒果及其相关近缘物种的遗传变异。