新型冠状病毒B.1.1.7变异株特异性数字PCR定量方法研究

由于世界卫生组织(WHO)将B.1.1.7(Alpha)列为“关切的变异株”,因此对其建立特异性的高灵敏数字PCR方法尤为重要。该方法需首先根据该变异株刺突蛋白的H69/V70缺失、P681H和A570D 3个特异突变位点设计引物探针,确定3个方法的线性范围和定量限;随后再用其他4个“关切的变异株”验证该方法的特异性,并用不同数字PCR平台和不同方法进行定量准确性的比较;最终,结果表明建立的数字PCR方法准确可靠,可用于B.1.1.7变异株的定量检测。

385例新型冠状病毒奥密克戎变异株核酸检测阳性住院患者临床特征分析

目的分析新型冠状病毒奥密克戎变异株核酸检测阳性住院病例特征。方法收集385名在我院住院(非重症、危重)新型冠状病毒奥密克戎变异株核酸检测阳性患者的临床资料,分析其临床特征。结果385名患者中,年龄≥60岁患者占71.4%;行Pearson相关性研究,提示年龄、合并基础疾病个数与患者的疫苗接种次数呈负相关性(r=-0.70、-0.57;P<0.01、<0.01);通过二元Logistic回归分析,发现高龄、伴发心衰、肺部慢性疾病、血糖控制差、神经系统疾病导致行动不便、营养状态差、肾功能差、合并肿瘤,均是导致患者基础疾病危重的危险因素(χ^(2)=101.82,P<0.01)。结论本轮疫情,住院(非重症、危重)新型冠状病毒奥密克戎变异株核酸检测阳性患者,以老年人为主;患者年龄越大、合并基础疾病越多,接种新冠疫苗率越低;高龄、伴发心衰、肺部慢性疾病、血糖控制差、神经系统疾病导致行动不便、营养状态差、肾功能差、合并肿瘤均是导致患者被最终判定为基础疾病危重的危险因素,对于这类患者一旦感染新冠,建议早干预治疗。

上海市112例新型冠状病毒奥密克戎变异株感染的老年患者中医证候特征

目的分析上海市第四人民医院新型冠状病毒奥密克戎变异株感染的老年患者的临床资料,探讨中医临床特征及证型特点。方法纳入上海市第四人民医院山西医疗队2022年4月28日至5月27日收治的新型冠状病毒奥密克戎变异株感染的老年患者112例,采集其临床表现及中医证候等信息,分析中医临床特点及证型规律。结果奥密克戎变异株感染的老年患者平均年龄为(75.50±10.91)岁,男女比例为1∶1.15,有确诊患者接触史79.46%。胸部CT影像学表现以磨玻璃影为主(41.07%),白细胞降低者45.54%,淋巴细胞降低者46.43%,C反应蛋白升高者75.00%,D-二聚体升高者67.86%。临床以咳嗽、咯痰、咽痛、便秘、食欲不振、乏力等为主要证候表现。舌质以红舌与淡红舌多见;舌苔以黄腻苔为主;脉象以滑脉、数脉为主。辨证分型以湿热郁肺、肺脾两虚、气阴两虚及湿毒郁肺证为主。结论新型冠状病毒奥密克戎变异株感染的老年患者发病与基础疾病和年龄密切相关,肺脾气阴不足是发病的内在条件,疫毒夹湿是本病的主要病理因素,可兼见“热、毒、虚、瘀”等特点。

新冠病毒奥密克戎变异株流行下的方舱医院后勤管理探索

为满足新冠感染者病例骤增和隔离收治要求,方舱医院在新冠病毒感染者的救治中起到了重要作用。本轮上海疫情主要由于新冠病毒奥密克戎变异株的流行,因此在疫情传播控制方面的要求更高,对方舱医院后勤管理更应当格外重视。作者团队先后参与了上海漕宝路方舱医院及西岸A馆方舱医院的筹建及运行管理,提出了“一体、二分、三定、四急、五备”的管理原则,在实际运行中着重贯彻全员一体化与岗位个体化管理,并在2022年8月的海南三亚抗疫实践中取得成功,为今后疫情防控中的方舱医院后勤管理提供重要参考。

基于纳米孔靶向全基因测序技术的新冠肺炎病例快速鉴定研究

目的探索快速识别新型冠状病毒的方法,为新冠肺炎防控提供技术支撑。方法分别运用基于三代纳米孔测序技术平台MinION Mk1C和基于二代测序技术平台Ion Torrent S5的新型冠状病毒(SARS-CoV-2)靶向全基因组测序技术对1例境外输入新冠肺炎确诊病例进行基因组测序。使用artic-ncov2019软件、CLC Genomics Workbench(Version 21.0)软件和DNAstar软件等进行数据处理和分析。结果基于三代纳米孔测序技术平台MinION Mk1C和基于二代测序技术平台Ion Torrent S5分别在7 h和30 h左右获得SARS-CoV-2全基因组数据,分别为29848bp和29801bp,两者共同29801bp数据部分同源性100%,经分析为新冠病毒B.1.1.7变异株。结论在对该病例样本的全基因测序中,基于三代纳米孔测序技术平台MinION Mk1C的SARS-CoV-2靶向全基因组测序技术将检测周期缩短至7 h左右,能够实现快速、准确地对SARS-CoV-2进行实时测序。

新冠灭活疫苗预防肾移植受者奥密克戎变异株感染的临床分析

目的分析肾移植受者感染奥密克戎变异株后的临床特点,初步探讨新冠灭活疫苗在预防该毒株感染中的临床价值。方法回顾性分析2022年12月1日至2023年1月31日广西壮族自治区人民医院移植随访中心290例肾移植奥密克戎变异株感染者的临床资料。依据新冠灭活疫苗接种史分为疫苗组(86例)和非疫苗组(204例),以世界卫生组织(WHO)临床进展量表分值评估患者病情等级,比较两组患者11种常见临床症状发生率、肺炎发生率、病情等级以及重症率。结果两组患者感染奥密克戎变异株后无症状和临床症状发生率差异无统计学意义(P>0.05),最常见症状为发热、咳嗽和肌痛。疫苗组患者肺炎发生率、病情等级以及重症率显著低于非疫苗组(P<0.05)。结论新冠灭活疫苗接种超6个月后对肾移植受者免疫保护效果有限,但仍能降低肾移植受者感染奥密克戎变异株后病情进展恶化风险。

新冠病毒奥密克戎变异株的特点与防控措施

自2021年11月新型冠状病毒奥密克戎变异株出现以来,几个月内迅速席卷全球。世界各国都出现了以奥密克戎为主要流行毒株的新一轮疫情,我国香港、深圳、上海等城市也未能幸免。奥密克戎刺突蛋白含有大量突变,具有强大的免疫逃逸能力,对现有的疫苗和抗体相关治疗造成了巨大的威胁。虽然奥密克戎变异株引起的疾病症状较轻,但由于其超高的传播率,全球卫生系统均承受了巨大的压力。本文就奥密克戎变异株的病原学特征、变异来源、传播特征、流行现状及防治措施等方面进行综述,以期为科学防控提供参考。

张家界市76例新型冠状病毒Delta变异株感染病例的临床特征

目的分析新型冠状病毒(SARS-CoV-2)Delta变异株感染病例的临床特征,为Delta感染病例的防治提供参考依据。方法回顾性分析2021年7-8月湖南师范大学附属张家界医院收治的76例SARS-CoV-2变异株Delta感染病例的临床特征。结果本次疫情涉及17个家庭,8个工作环境和场地中的76例感染者,平均年龄为(34.7±18.1)岁,高发于15~49岁人群。无症状感染者4例(5.26%),轻型17例(22.37%),普通型50例(65.79%),重型4例(5.26%),危重型1例(1.32%);76例Delta感染者中SARS-CoV-2核酸最低Ct值N值17.5,Lab值16.25,平均SARS-CoV-2核酸持续阳性时间为34.5 d,其中23例出院7 d后再次出现SARS-CoV-2核酸Ct值阳性。主要临床表现为发热和咳嗽。感染早期98.68%的患者血常规中白细胞计数正常或降低,11.84%患者天门冬氨酸氨基转移酶(AST)/丙氨酸氨基转移酶(ALT)出现轻度升高,少数患者肌酐和心肌酶出现异常;血沉(ESR)、降钙素原(PCT)和C反应蛋白(CRP)升高的比率分别为58.21%、5.26%和31.58%。其中55例(73.37%)出现肺部病变,以沿胸膜下分布的磨玻璃样影改变为主要影像学特点,部分病例合并胸腔积液和实变。结论Delta感染者体内病毒载量高,核酸转阴时间长,主要临床表现为发热、咳嗽,早期可伴AST/ALT升高。

新冠病毒感染,乃疫毒之邪所伤;针对病因病机,当分期辨证选方

新型冠状病毒感染为疫毒所伤。因病毒株不同,流行季节与气候以及地域与生活习惯,尤其是患者体质不同,会呈现出不同临床特点,或为寒湿,或为湿热,常见湿邪致病。应当基于中医外感病理论,重视审证求因,根据临床表现推求病机,辨证治疗不能拘于伤寒六经或温病体系。新冠疫情传变具有鲜明的阶段性的特征,可分为早期、进展期、极期(高峰期)、恢复期,应重视早发现、早治疗、中西医辨病辨证分期论治,以求在阻断病程、降低重症发生率、降低病死率等方面发挥积极作用。临床首当明辨顺逆,强调辨识体质与内伤基础病人群的特殊性,重视辨证处理发热等关键症状,同时重视喘促等反映缺氧和呼吸衰竭病理变化的症状。

Delta新冠病毒变异株COVID-19患者医院感染现患率调查分析

目的 了解Delta新冠病毒变异株引发的新型冠状病毒肺炎(COVID-2019)患者医院感染发生情况,为COVID-19收治医院医院感染防控提供参考依据。方法 通过病历调阅及床旁查看相结合的方式,采用时点现患率调查方法,对某COVID-19定点收治医院2022年1月13日所有在院患者医院感染相关情况进行调查分析。结果 共调查403例COVID-19患者,年龄10个月~94岁,中位年龄36岁,医院感染例次现患率为1.99%。其中COVID-19患者不同年龄、疾病分型和诊疗场所患者医院感染现患率比较,差异均具有统计学意义(均P<0.05)。呼吸机使用率1.24%,呼吸机相关肺炎2例;留置导尿管使用率1.99%,导尿管相关泌尿系统感染1例;中心静脉置管使用率为0.99%,无1例患者发生中心静脉导管相关血流感染。感染部位以下呼吸道为主,检出病原菌以金黄色葡萄球菌为主。抗菌药物使用率为1.74%,均为治疗用药和单一用药。结论伴随新型冠状病毒不断进化和变异,导致多个国家和地区疫情反弹,Delta新冠病毒变异株引发的COVID-19患者医院感染现患率低于原始毒株引发的,且在抗菌药物使用、侵入性操作等方面存在一些差异;老年、重型和重症监护病房患者是COVID-19定点收治医院防控医院感染应重点关注的人群。

超敏C反应蛋白联合SAA辅助鉴别新冠病毒不同变异株的价值及效能研究

目的探讨超敏C反应蛋白(hs-CRP)联合血清淀粉样蛋白A(SAA)对新冠病毒不同变异株辅助鉴别的诊断价值及效能,为临床诊疗提供参考。方法选择2022年2月—2023年4月323例新冠肺炎患者为观察组,采用荧光定量RT-PCR法、第三代Nanopore高通量全基因组序列测定技术完成新冠病毒变异株鉴别;选择同期体检者91人为对照组,用免疫比浊法测定两组hs-CRP水平,用胶乳比浊法测定SAA水平;绘制ROC曲线,分析hs-CRP及SAA辅助诊断新冠病毒不同变异株的效能。结果观察组hs-CRP为(14.51±3.21)mg/L,SAA(19.98±3.25)mg/L,高于对照组(P<0.05);不同性别新冠肺炎患者的hs-CRP及SAA水平差异无统计学意义(P>0.05);年龄≥60岁患者的hs-CRP及SAA水平高于<60岁者(P<0.05)。变异株类型排在前两位的是BA.1和BF.7.14型,分别为63例和56例;新冠肺炎患者均完成变异株鉴定,不同变异株患者的hs-CRP及SAA水平差异有统计学意义(P<0.05),BF.7.14.4型感染者的hs-CRP及SAA水平最高,其次为奥密克戎BA.5.1.3型感染者,而BF.7.14型变异株感染者的hs-CRP[(4.52±0.61)mg/L]及SAA水平[(8.54±0.81)mg/L]最低。ROC曲线表明,hs-CRP联合SAA检测的AUC值为0.875,鉴别新冠病毒不同变异株的灵敏度和特异度高于单一hs-CRP(AUC值为0.735)及SAA水平(AUC值为0.792)(P<0.05)。结论新冠肺炎患者的hs-CRP及SAA水平高于正常值,且不同变异株感染者的水平不同。二者联合测定能提高新冠肺炎的早期诊断和不同病毒变异株的鉴别效能。

新冠病毒“奥密克戎亚变体BA.5”的最新研究进展

自2019年新型冠状病毒肺炎爆发以来,新型冠状病毒基因组仍在不断地变异,形成多种传播力强的变异株,致使全球范围内疫情蔓延,给人们的身心健康带来严重威胁,也对全球公共卫生构成重大挑战。而奥密克戎(Omicron)仍是全球多起疫情的主要变异株,约占全球基因序列的99%。近日,世界卫生组织公布已在全球100多个国家和地区发现Omicron亚变体BA.5,变异株致使全球疫情反弹。但目前关于亚变体BA.5的报道较少。本文就Omicron亚变体BA.5的流行病学、传染性、致病性、疫苗及单克隆抗体对其保护效力等方面的最新研究进展进行综述,以期为Omicron亚变体BA.5的科学防控提供参考。

琼南地区新冠病毒奥密克戎变异株BA.5.1.3感染定点医院儿科病区管理策略

目的阐述在三亚新冠肺炎“0801”疫情流行期间,定点医院对儿童新冠肺炎病例在“混搭”式下的综合管理经验。方法在定点医院专门开辟了儿童与家长“混搭”式的儿科综合病区,对儿科患儿进行全面收治管理。结果自2022年8月1日-10月1日,三亚中心医院(海南省第三人民医院)作为本轮新冠肺炎病例琼南地区的定点收治医院,儿科综合病区共收治了0~14岁儿童新冠肺炎病例251例、14岁以上195例。14岁以下患儿中,0~28天新生儿10例(4.0%),29天~1岁32例(12.7%),1~3岁87例(34.7%),3~14岁122例(48.6%);普通型16例(6.4%),轻型223例(88.8%),无症状12例(4.8%),复阳7例(2.8%);有陪护儿童病例246例(98.0%),无陪护病例5例(2.0%),合并基础疾病的病例23例(9.2%)。最小年龄11天,最大年龄77岁,年龄跨度大,治疗依从性差,给定点医院儿童患者的诊治带来了前所未有的挑战,通过“混搭”式综合管理及多学科的诊治,达到了患者“零死亡”,医护人员“零感染”的终极目标。结论通过优化流程、强调院感防控、多学科合作、信息平台支撑等综合管理手段,对定点医院儿科综合病区的“混搭”式的管理提供了有力的保障,为儿童呼吸道传染性疾病的集中诊疗提供了科学的、可供借鉴的学习经验。

三亚市首例新冠病毒进化分支XBB.1.16的基因特征及风险因素分析

目的分析三亚市首例新冠病毒(SARS-CoV-2)XBB.1.16的基因特征并评估风险因素,为预防和控制疫情提供科学依据。方法收集三亚市2022年8月—2023年4月的260例新冠病毒感染者咽拭子样本,用RT-PCR方法检测SARS-CoV-2核酸,对ORF1ab和N基因检测Ct值小于32的样本使用Nanopore三代测序进行全基因组测序。根据测序结果将感染者分为XBB.1.16和其他进化分支,以感染者年龄、性别、社会和经济风险指数(SERI)等,人口统计和健康行为,作为风险因素,使用单变量和多变量逻辑回归推断SARS-CoV-2阳性与自变量之间的关联,并使用向前和向后逐步赤池信息准则(AIC)进行变量选择。结果基因测序显示三亚首例XBB.1.16感染者NextStrain分型为23B,覆盖率为100%。同武汉参考株(NC_045512.2)相比,核苷酸变异位点101个,氨基酸变异63个,XBB.1、XBB.1.5和XBB.1.16的突变频率>0.9,突变区为NSP6、NSP14、Spike和ORF8等。与病例密切接触、未接种疫苗和高风险社会和经济风险指数普查区是感染的危险因素。结论减少与患者密接并接种疫苗可以减少XBB.1.16等SARS-CoV-2感染。

四重荧光RT-PCR快速鉴别新冠病毒Omicron BA.1、BA.2、BA.4和BA.5变异株

目的建立一种四重荧光RT-PCR方法,快速、低成本区分新冠病毒Omicron BA.1、BA.2、BA.4和BA.5变异株。方法比对100个新冠病毒Omicron变异株的基因序列,建立检测N、S、ORF1a和M基因的多重荧光RT-PCR体系,具体包括:针对N基因31/32/33位氨基酸缺损的检测、针对S基因69/70位氨基酸缺损的检测、针对ORF1a基因141/142/143位氨基酸缺损的检测,以及针对M基因D3N氨基酸点突变的检测。用该体系检测80份新冠病毒核酸样本,初判病毒变异株种类。全部样本采用二代测序获得全序列并分型,将初判结果与二代测序的分型结果进行比较,评价该方法的准确性。结果多重荧光RT-PCR检测体系可特异检测新冠病毒,不受其他呼吸道病毒影响。80份新冠病毒核酸样本,用建立的荧光RT-PCR体系进行分型,Omicron变异株49份,其中9份为Omicron BA.1,15份为Omicron BA.2,3份为Omicron BA.4,22份为Omicron BA.5,与二代测序的分型结果完全一致。结论建立的荧光RT-PCR检测体系可准确鉴别Omicron BA.1、BA.2、BA.4和BA.5变异株,为普通实验室提供了快速、简便、准确的新冠病毒变异监测策略。

从“岁木发生”论治新型冠状病毒肺炎

2022年全国大规模复发的疫情主要由新冠病毒奥密克戎变异毒株而致,其具有更强的传染性、扩散性及隐匿性。基于五运六气学说认为此次疫情为中医“木疫”之范畴。文章主要论述“木疫”之由来、病因病机、并从佐金平木、培土生金,抑木扶土,金水相生之法的角度进行治疗。致力于拓展新型冠状病毒肺炎的中医治疗思维、诊治方法,提高临床的治疗效果,改善患者的病情。

通过废水监测新冠疫情——基于废水的流行病学方法介绍

自2019年新冠肺炎在全球暴发以来,通过收集废水观察人群新冠肺炎病毒感染状况和发展趋势,被称为基于废水的流行病学方法,受到多个国家和地区的广泛关注。该方法包括5个步骤:废水标本收集、病毒浓缩、病毒核酸提取、定量RT-PCR检测、监测结果分享。该方法可用于人群新冠暴发疫情的早期预警、观察疫情的分布和发展趋势、估计人群新冠肺炎感染率、了解新冠肺炎病毒在人群中的变异规律及同时监测多种疾病的人群感染状况。废水监测可以和新冠临床监测方法同时使用,是临床新冠监测的很好补充。

新冠病毒演变中的卫气营血辨证施治

在新冠肺炎发展演变过程中,初期阶段是SARS-CoV-2病毒,其毒性强,犯及卫气营血,甚至逆传心包,治疗重在用安宫牛黄丸等开窍醒神,用麻杏石甘汤、达原饮等宣肺化湿解毒;德尔塔(Delta)变异株病毒毒性虽然更强,但主要引起上中焦卫气营分症状,病机特点为肺脾亏虚,气阴两伤,治疗选用清肺解毒汤;奥密克戎(Omicron)变异株病毒传染性虽强,但致病力弱,主要出现卫表症状,或者无症状,治疗需坚持“未病先防,既病防变”的治未病思路。

厦门市境外输入新冠病毒奥密克戎变异株基因组特征分析

目的 分析厦门市输入性新冠病毒奥密克戎(Omicron)变异株的基因组序列特征,为防控境外输入性Omicron变异株引起的本土疫情提供理论依据。方法 采集厦门市2021年12月—2022年2月输入的144例新冠肺炎病例鼻拭子样本,用二代测序技术进行新冠病毒基因组测序,对获取的全基因组序列进行变异位点检测,并基于邻接法用Mega软件构建进化树。结果 去除低质量序列后,共获得119例病例的组装完整的病毒基因组序列,1×覆盖度99.3%~99.6%。Pangolin分型显示,共鉴定出17个Omicron变异型,包括11个BA.1及其分支,6个BA.2及其分支。共发现149个核苷酸突变位点,71个新发氨基酸突变位点:其中ORF1ab区50个、S蛋白区4个、ORF3a区6个、ORF7a区2个、ORF8区2个、N蛋白区7个。在S蛋白的受体结合域关键位点上未发现变异。结论 在Omicron变异株流行初期,揭示了厦门市输入性Omicron变异株病毒序列的基因组变异特征,为持续监测新冠病毒基因组变异奠定了基础。

张家界市普通型/重型德尔塔新型冠状病毒肺炎与血清白蛋白相关性分析

目的分析张家界市德尔塔(delta)新型冠状病毒肺炎(COVID-19)(简称德尔塔新冠肺炎)分型与确诊病例一般情况、临床特征差异的相关性。方法纳入2021年7月20日至2021年9月30日73例张家界市人民医院确诊的德尔塔COVID-19患者,根据《新型冠状病毒感染的肺炎诊疗方案(试行第八版)》诊断及分型标准,分为轻型组和普通型/重型组,比较两组患者的一般情况、临床表现、化验指标差异的相关性。结果在73例病例中,轻型组22例(30.1%),普通型/重型组51例(69.9%),两组间的年龄、性别、球蛋白、白蛋白、纤维蛋白原、淀粉样蛋白A、C反应蛋白、血沉、D-二聚体的比较均有差异(P<0.05)。二元Logistic回归分析结果显示血清白蛋白是普通型/重型德尔塔新冠肺炎患者的独立影响因素(OR=0.762,95%CI:0.585~0.993,P<0.05)。结论血清白蛋白是普通型/重型德尔塔新冠肺炎的保护性因素;补充白蛋白可能对预防普通型/重型德尔塔新冠肺炎具有重要作用。