利用SNP芯片信息评估新疆近交牛基因组纯合度

新疆近交牛是经45年近亲繁育形成的近交群体,但由于繁育记录缺失,其原始亲本品种未知。为了明确新疆近交牛的遗传背景,并探索利用基因组信息评价牛群近交水平的可行性,本研究利用该群体及荷斯坦牛、新疆褐牛和哈萨克牛等16个国内外牛品种的SNP芯片数据,应用主成分分析和Admixture方法对塔城地区新疆近交牛的群体结构进行分析;通过进一步计算新疆近交牛、荷斯坦牛、新疆褐牛和哈萨克牛的群体遗传学参数以及基因组近交指标评估各群体近交程度;结合新疆近交牛的体型分类和基因组近交指标信息,探讨了个体近交程度与体型表现的关系;最后,基于对新疆近交牛和哈萨克牛高频长纯合片段区域的筛选,鉴定了新疆近交牛基因组特征区域。研究结果显示,新疆近交牛的遗传背景与哈萨克牛基本一致,近交牛基因组纯合程度明显高于其他群体,且基因纯合率越高的近交牛其体型越小,在一定程度上呈现了近交衰退对体型的影响。本研究还鉴定到与新疆近交牛基因组特征区域相关的6个基本生物学通路以及与重要经济性状相关的32个数量基因座(quantitative trait loci,QTL)。本研究结果为新疆近交牛这一特殊遗传资源的育种规划及未来该群体的开发利用提供了科学依据。

新疆近交牛群体资源调查

新疆近交牛群体是利用1头本地母牛及其子代1头公牛为系祖,经过长期闭锁近交培育形成的近交系数很高的一个近交牛群体,是新疆维吾尔自治区的一个独特牛种质资源。为保护和合理利用这一宝贵遗传资源,在新疆塔城地区塔城市恰夏镇养殖户卢国昌牛场,新疆畜牧总站联合中国农业大学、新疆农业大学、石河子大学、塔城地区畜牧科技研究推广中心等单位开展了新疆近交牛群体实地调查和研讨。结果表明:该近交群体已克服近交衰退引起的生存力弱的问题,对当地恶劣的生存环境和粗放养殖条件能很好适应。并提出保护利用塔城近交牛群体的建议。