改进的语言模型和循环神经网络优化新药设计

近年来,以深度学习为代表的机器学习已成为新药设计的有力工具。计算策略用于从没有先验关系的原子构建块生成新的分子结构。循环神经网络能够捕获大量已知生物活性化合物的组成,使用简化的分子输入行输入系统的化学结构字符串表示来预测新化合物的期望性质。通过使用在NPL中广泛使用的Word2Vec方法设计语言模型,探索SMILES序列分子底层特征之间的联系,并将其整合到LSTM网络中,结果表明,该模型对药物的初始设计有更好的优化效果。

丹参三七配伍的效应特点与基于效应的新药设计思路

结合药效物质、体内体外药理实验研究的具体数据进行综合分析,总结出丹参、三七配伍组合后的效应特点和表现形式,进而提出基于组分效应关系、组分配伍优化设计、研制现代中药的新思路。

生物电子等排原理在新药设计中的应用

探索生物电子等排原理在新药研究中应用的规律,推动新药研究的进展;通过查阅文献资料,阐述生物电子等排的定义及各类生物电子等排的特点、使用范围、典型事例;表明生物电子等排既有外层电子总数相等的原子或基因的替换,也有在体积、形状、构象、电子分布、脂水分配系数、pKa、化学反应性(包括代谢相似性)和氢键成键能力等重要参数上存在相似性的原子或基团的替换,是对已知药物的结构改造或结构修饰;所产生新化合物优于、近于或拮抗原来药物的作用,具有成功率高、风险小、投资少的特点,在新药研究中占有重要的地位。应用生物电子等排体进行新药设计,尤其适合我国制药工业现有的实际情况。

发现·辨识·优化——中药新药设计的核心与关键

中药新药设计在中药新药研发中占有重要地位,对提升新药创制水平具有重大意义。本文围绕"组效关系",提出了中药新药设计的概念、研究框架及技术方法,将处方发现、成分辨识和组方优化作为中药新药设计的核心与关键,以期为中药新药创制提供理论和技术支撑。

前药原理与新药设计

探索前药原理在新药设计中的规律,推动新药研究工作的开展,通过文献检索,综合、归纳、分析、概括前药原理在新药设计方面的典型事例。前药原理在新药设计中广泛应用,不仅可对经典的含羧基、羟基、氨基药物进行结构修饰制成前药,还可制成偶氮型前药、曼尼希碱型前药、一氧化氮型前药及开环、闭环等新型结构的前药,既保持或增强了原药的药效,又克服了原药的某些缺点。利用前药原理设计新药投资少、风险小、成功率高,适合我国国情,是值得推广的新药研究途径。

软药原理与新药设计

探索软药原理在新药研究中的规律,推动新药研究工作的开展,通过文献检索分析比较、归纳综合,阐述软药的意义、分类及在新药设计中的典型事例和软药原理在新药设计中广泛应用。该原理依据有效药物的代谢机理进行的新药设计,其特点是在体内一步代谢失活,缩短药物的体内过程,将药物的药效与药物的毒副作用分开,提高了药物的治疗指数。它比全新药物的创制难度低、风险小、命中率高,是新药研究的一条重要途径。

《新药设计与合成设计》课程项目过程化教学模式探索

本文对新药设计与合成设计课程的教学模式进行探索,将实训项目引入教学体系,项目内容包括典型案例、实验以及科研项目等。项目过程化模式中,学生不再被动的接受知识灌输,而是积极的探寻药物合成的基本规律及其在新药设计中的应用方法。

细胞凋亡机制中的关键性蛋白活性调控与临床疾病新药设计

细胞凋亡的调控研究主要包括两部分,阻止凋亡发生的调控研究(负向调控)和促进凋亡发生的调控研究(正向调控).当前阻止凋亡发生的调控研究(负向调控),主要是针对 Caspase- 3激活之前的各种蛋白激酶等,因为已有实验证明激活 Caspase- 3是凋亡发生不可逆转的一点,而促进凋亡发生的调控研究(正向调控),则是设法对 Caspase家族的激活,目前选择性激活肿瘤细胞 Caspase- 3但不影响正常细胞中该酶的活性是当前凋亡调控研究中的一个重要努力方向.除此之外,与 Bcl- 2有关的激动剂及拮抗剂的研究工作也在进一步深入并期待着为凋亡相关疾病的治疗提供进一步的理论依据和可行性方案.

QSAR在新药设计中的成功应用

本文归纳了应用QSAR开发新药的三个途径,即取代基理化参数的外推、取代基理化参数的最佳选择和QSAR信息对先导展开的转变。综合了近年来应用QSAR设计新药获得成功的例子,大部分已在临床使用,表明QSAR已成为经典方法和常规工具,定量药物设计日趋成熟。

Microsoft Excel在“新药设计”课程中的应用

我校为药学专业本科及研究生开设'新药设计'课,在讲授定量构效关系(Quantitative Structure Structure ActivityRelationship)一章时,要求学生建立Hansch方程.用具有回归功能的计算器,只能建立一元一次方程,若采用笔算则要花费大量时间.通过普通微机所带的电子表格Excel软件进行回归分析,可以输入多达16个变量,且操作简单,运算快速,现以Excel 97举例介绍如下:

制药工程专业新药设计与开发课程的教学改革初探

新药设计与开发是一门本科制药工程专业的选修课程。本文围绕新药设计与开发课程的特点,结合制药工程专业人才的培养目标,在教学内容与科研相结合、教学内容与国家政策相匹配以及教学内容与地区优势相符合等三个方面进行了积极的教学探索与实践。

《新药设计与开发》课程的网络平台教学

随着网络技术的迅速发展,网络平台教学已逐渐成为一种新型的教学资源。从《新药设计与开发》课程的教学特点出发,详细地介绍了本门课程进行网络平台建设的背景、目的及网络平台建设的情况、应用的效果。

高校《新药设计》课程教学改革探讨

以上市新药开发过程为任务驱动的课程教学模式,相较于传统的授课方式更适合与《新药设计》课程教学。为收到较好的课程教学效果,本文介绍了为配合教学模式改革而设计的教学内容、教学过程和评价体系。该改革措施综合考虑了新药研发的最新研究方法,培养学生的自学能力,以及学生就业指导的需求。

计算机辅助新药设计相关筛选数据库的研究进展

作者对计算机辅助新药设计与虚拟筛选相关的常用蛋白质、核酸、药效团数据库进行了总结,详细介绍了其构建内容(包括信息来源、数据内容、检索字段等)和使用方法等,并分析了数据库开发的问题和挑战,进而对其发展方向与对策提出见解。

适应性最小二乘法在新药设计中的应用研究

本文首先对森口郁生方法中关于第ｇ类化合物（即谓样品）的初始记录ａｇ 计算公式的错误予以修正，然后扼要地介绍适应性最小二乘方法及其计算步 骤，并对原方法中最佳判别准则进行了讨论，给出了当秩相关系数Ｒｓ相同，误 差函数εｓ亦相同时确定最佳判别函数的方法，最后给出了本方法的应用实例且 取得满意的结果．

Inte：Ligand为新药设计出台软件包

奥地利的Inte：Ligand公司已经为现代药物设计上市了新的软件包——ilib diverse，据说它能向药物公司提供更快设计更好药物的可能。

新药设计方法在苯甲酰脲类杀虫剂开发中的应用概况

苯甲酰脲类几丁质合成抑制剂自从发现至今一直是人们研究开发的热点领域之一。在其发展开发过程中各种新药设计开发方法发挥了至关重要的作用。结合各种新药设计开发方法即拼合原理、生物电子等排原理、前药设计及孪药设计等对苯甲酰脲类几丁质合成抑制剂的发现、发展及最新研究进展做了总结。

新药设计的国际趋势

近年来国际上在新药设计上的一些趋势分别是：（1）酶抑制剂的研究。许多药物能与酶结合，改变了酶的特性，使之不能再起类似的催化，从而干扰了有关的生化反直，产生了药物的效应。例如毒扁豆碱或新斯的明用以治疗重症肌无力，青霉素或头孢苗素类抗生素干扰了细菌的羧肽酶和转肽酶，

R基团搜索技术用于HIV-1逆转录酶抑制剂的分子设计

本文采用基于R基团搜索技术的Topomer CoMFA方法对41个人类免疫缺陷病毒(HIV-1)逆转录酶抑制剂进行了三维定量构效关系(3D-QSAR)分析。所得优化模型的拟合、交互验证及外部验证的复相关系数分别为0.995、0.859和0.945。采用Topomer Search技术对ZINC数据库进行R基团的虚拟筛选,得到R贡献高的基团,以活性最高的13号分子为模板进行过滤得到1个Ra基团和20个Rb基团。并以此设计得到20个新化合物分子,其中有19个化合物的预测活性值高于13号分子。研究结果表明,所建立的Topomer CoMFA模型具有良好的稳定性和预测能力,基于R基团的Topomer Search技术可以有效筛选并设计出新的HIV-1逆转录酶抑制剂,为抗艾滋病新药设计提供了理论依据。

基于Topomer CoMFA的苯磺酰基亚胺噻唑衍生物的三维定量构效关系研究和分子设计

采用Topomer CoMFA方法对21个苯磺酰基亚胺噻唑衍生物进行三维定量构效关系研究,得到了HIV-1非核苷类逆转录酶抑制剂的3D-QSAR模型,其拟合复相关系数r2=0.964,交互验证复相关系数q2=0.801,外部验证复相关系数Qext2=0.959;采用基于片段的药物设计方法 Topomer Search从ZINC数据库中虚拟筛选出3个Ra基团和7个Rb基团,且设计得到21个新化合物.结果表明:该模型不仅稳定性良好,而且具有较强的预测能力;采用Topomer Search技术能够有效的筛选进而设计出新的化合物,为抗艾滋病新药的设计提供理论依据.