一种基于HMM的蛋白质侧链旋转异构体构造方法

蛋白质侧链预测是蛋白质结构预测以及蛋白质设计中非常重要的子问题,而旋转异构体库的构造是进行侧链预测的基础,为预测提供搜索空间.现有的旋转异构体库考虑的是单个氨基酸的统计信息,没有考虑与之相邻的氨基酸对其构象产生的影响.本文提出一种基于隐马尔科夫模型的旋转异构体库构造方法,将相邻氨基酸的构象信息也考虑进来,产生与序列相关的旋转异构体库.并采用蛋白质预测程序Rosetta对CASP8中的12个自由建模蛋白质在本文提出的旋转异构体库基础上进行侧链预测,与基于经典的旋转异构体库的侧链预测结果相比,在预测精度上有了一定的提高.

间甲基苯甲醚分子旋转异构体的质量分辨阈值电离光谱

间甲基苯甲醚分子有顺式和反式两个转动异构体.利用单光共振双光子电离技术和质量分辨阈值电离技术,研究了间甲基苯甲醚分子顺反异构体的基态到第一电子激发态(S1←S0)的跃迁和阈值电离.得到顺式、反式间甲基苯甲醚分子S1态的激发能(E1)分别为(36049±2)和(36117±2)cm-1,绝热电离能(Ip)分别为(64859±5)和(65110±5)cm-1.结合从头算法和密度泛函理论的量子化学计算,解释了顺式、反式间甲基苯甲醚分子E1和Ip存在差异的原因,并且对S1态和离子基态D0态出现的谱峰进行了标识.间甲基苯甲醚分子顺反异构体在S1态和D0态的活性振动主要是甲基转动、面内环的运动和与取代基相关的弯曲振动.间甲基苯甲醚分子的S1态振动光谱、D0态离子光谱以及理论计算均表明这两个转动异构体在D0态的几何构型与S1态的中性几何构型相比有较大改变,取代基与取代基、取代基与苯环间的相互作用强度高低次序为:S0<S1<D0.

N-磷酰化丙氨酸分子内混酐假旋转异构体的MNDO研究

用ＭＮＤＯ半经验分子轨道计算方法对Ｎ－磷酰丙氨酸生成的五配位磷中间体的假旋 转异构体的结构和性质进行了研究。结果表明这些异构体是高活性的，并且具有不同的反应 性质，因此他们可能成为具有多重反应性的合成子．

2-三氰基乙烯基蒽及其旋转异构体的量子化学研究

用量子化学从头算方法 ,在RHF/STO - 3G水平上 ,对 2_三氰基乙烯基蒽 (2_TCVA)分子进行了理论计算 ,优化得到了它的平衡几何构型 ,并计算了它的谐振动频率 .结果表明 :2_TCVA存在两种旋转异构体 :2_TCVA(1)和 2_TCVA(2 ) ,2_TCVA(2 )的总能量比 2_TCVA(1)的略高 .在PM3/CIS水平上计算了它们的电子光谱 ,得到了由基态到各激发态的垂直跃迁能和相应的振子强度 .研究表明 :2_TCVA(1)和 2_TCVA(2 )的强度最大的吸收波长分别为 2 4 9.72nm和 2 89.4 1nm ,2_TCVA(2 )的强度最大的吸收波长比 2_TCVA(1)的要长 .

采用烧孔光谱和MATI光谱确认间异丙基苯酚的四个旋转异构体

间异丙基苯酚是一种重要苯酚衍生物,常用作增塑剂或药剂中间体。许多酚类有机分子的激发态和离子态的信息已经被广泛和深入研究,间异丙基苯酚的相关信息还未见文献报道。间异丙基苯酚包含异丙基和羟基两个基团,每个基团可以有两个相对不同取向导致可能具有四个不同的旋转异构体。密度泛函理论计算表明基态的四个构型都是稳定的。为了确认和分辨四个异构体,实验测量了间异丙基苯酚的共振双光子电离光谱和烧孔光谱,确定了每个异构物的带源(band origin),分辨了共振多光子电离谱中各个异构物的振动谱,结合理论计算确定了各异构物的分子构型。进行了质量分辨阈值电离光谱测量,精确确定了各个异构物的电离能,支持了烧孔光谱四个异构物的确定。

受约高分子链构型的统计性质

本文采用旋转异构体模型（ｒｏｔａｔｉｏｎａｌ－ｉｓｏｍｅｒｉｃｓｔａｔｅｍｏｄｅｌ），将多链聚二甲基硅氧烷体系链等效地约束在圆柱体内，计算了聚二甲基硅氧烷链的构象，得出受约有限长度高分子链的配分函数表达式和构象能量Ｅ及熵Ｓ的表达式．

蛋白质侧链预测研究进展

蛋白质侧链构象的准确预测很大程度上决定了建模的质量以及利用计算机手段进行未知蛋白质准确预测的可行性。综述蛋白质侧链构象预测的研究进展,介绍蛋白质侧链构象的基本概念、侧链预测的基本过程、旋转异构体库的发展以及侧链预测软件的应用。

二芳基乙烯衍生物与DNA结合的分子动力学研究

基于分子动力学方法,对2种旋转异构的二芳基乙烯(DTE, dithienylethene)衍生物(DTE1和DTE2)与不同分子结构DNA结合过程的热力学与动力学特征进行模拟,结果发现, DTE1, DTE2与DNA分子采用小凹槽结合(MiGB)的模式结合时所需能量最低,存在的分子间库仑能与范德华相互作用能最小,说明该结合模式最稳定;由于空间位阻作用,互为旋转异构体的2个DTE衍生物与DNA作用表现出截然不同的结合行为, DNA对DTE衍生物具有明显的对映异构体选择性;DTE衍生物与DNA分子作用位点的选择性直接与构成位点的碱基对相关.

1,3-二乙氧基苯的烧孔光谱和质量分辨阈值电离光谱

1,3-二乙氧基苯是最重要的酚类衍生物之一,其激发态和离子态的信息还未见文献报道。1,3-二乙氧基苯分子包含两个乙氧基,每个基团可以有两个相对不同取向(up或down)导致可能具有三个不同的旋转异构体。密度泛函理论计算表明基态的三个构型都是稳定的。为了确认和分辨超声分子束中存在的异构体,我们实验测量了间异丙基苯酚的共振双光子电离光谱和烧孔光谱,确定了分子束中只存在Ⅰ(up(down)和Ⅲ(down-down)两种异构物,它们的第一激发能分别为(36091±2)和(36165±2)cm-1,结合理论计算确定了各异构物的分子结构,分辨了共振多光子电离谱中各个异构物的振动谱。进行了质量分辨阈值电离光谱实验,精确确定了两个异构物的电离能分别为(62419±5)和(63378±5)cm-1。

对同分异构的讨论

根据同分异构体结构或性质上的特点,可将同分异构分为五类.

王不留行中王不留行黄酮苷的分离与鉴定

目的分离鉴定王不留行药材中的特征成分。方法利用硅胶柱色谱、葡聚糖凝胶柱色谱进行分离,通过理化常数、核磁共振、变温核磁共振和质谱等多种技术鉴定化合物。结果分离得到一个化合物,鉴定为王不留行黄酮苷。结论王不留行黄酮苷在王不留行中的量较高,可以作为王不留行及其炮制品质量控制的指标性成分;首次报道了王不留行黄酮苷的13C-NMR数据及其旋转异构现象。