基于DNA条形码对浙南岛屿日本花棘石鳖的遗传特征分析

采用COⅠ、16S rRNA两种分子标记对中国浙江南部沿海岛屿岩相潮间带日本花棘石鳖(Liolophura japonica)13个群体遗传特征和亲缘关系进行了探讨。结果显示:COⅠ基因片段长度为675 bp,16S rRNA基因长度为517 bp,A+T比例分别为62.5%和64.9%。COⅠ基因总多态位点数为41个,单倍型多样性指数0.847,核苷酸多态性指数为0.006 01,平均核苷酸差异数为4.057 8;16S rRNA基因的总多态位点数为9个,单倍型多样性指数0.665,核苷酸多态性指数为0.001 69,平均核苷酸差异数为0.871 2。以Acanthopleura brevispinosa和A.granulata为外群构建了ML和BI系统发育树,其拓扑结构显示,基于COⅠ基因的日本花棘石鳖形成2个分支;基于16S rRNA基因的日本花棘石鳖群体仅聚合为一支。不同地理群体单倍型散乱分布,没有出现明显的地理结构和遗传谱系结构,表明各岛屿的日本花棘石鳖为近期分化并存在基因交流。

红条毛肤石鳖和日本花棘石鳖的转录组比较分析

多板纲动物具有独特的形态结构,而且在软体动物的系统进化中占有重要地位,但目前有关多板纲的分子生物学研究十分欠缺。该研究通过RNA-seq技术对红条毛肤石鳖和日本花棘石鳖进行了转录组测序,组装后分别获得121892和83776个Unigene,虽然两个物种属于不同的科,但GO和KEGG功能富集分析结果显示二者表达基因较为一致,SSR在转录本中的数量与分布也无显著差异。此外,鉴于Pax基因与动物形态结构发育密切相关,且在多板纲中的研究几乎为空白,所以该研究着重关注了Pax基因。通过转录组数据分析,共筛选到8条Pax基因,在系统进化树中均与相对应的软体动物Pax基因亚族聚为一支,表明多板纲的Pax基因进化保守。该研究获得的转录组信息丰富了多板纲的分子数据,为进一步探究多板纲动物生物学性状提供了良好的遗传信息基础。