基因芯片技术筛选家蝇抗菌肽相关基因

用生物学软件对GenBank中部分昆虫抗菌肽基因编码区保守域设计探针,用直接点样法将探针点印在特制玻片上构建寡核苷酸(Oligonucleotide,oligo)探针微阵列;提取诱导后24h的家蝇三龄幼虫脂肪体总RNA,逆转录成cDNA并标记上荧光标记物Cy3,与构建的oligo探针微阵列杂交,经洗片、扫描处理后进行数据分析。结果在两次重复实验中均检测到有效杂交信号的基因点有15个(不包括阳性对照基因),为进一步发现其新基因提供了依据。

筛选家蝇抗菌肽相关基因的oligo探针设计

目的设计筛选家蝇抗菌肽相关基因的寡核苷酸(oligonucleotide)探针。方法用生物学软件ArrayDesig-ner2.0,结合NCBI开发的免费生物信息学软件,对GenBank数据库中部分昆虫抗菌肽基因编码区保守序列设计特异性高、Tm值接近、长度均一的oligo探针。结果共设计出372条oligo探针,长度为50bp,GC含量为40%～60%,Tm为70～75℃。结论用GenBank数据库资源,结合生物学软件Array Designer2.0及NCBI中相关生物信息学软件能快速而有效地设计出筛选家蝇抗菌肽基因的探针。