不同品种猪肠道拟杆菌属-普雷沃氏菌属群实时荧光定量分析

对猪肠道30种细菌的16SrDNA序列进行比对分析,设计拟杆菌属-普雷沃氏菌属荧光定量的特异引物。以多形拟杆菌菌株(CDC1404-A)基因组的DNA为模板,以常规PCR引物扩增16SrDNA靶片断,将PCR产物纯化后作为DNA标准品,将梯度稀释的标准品作模板,建立定量标准曲线。以TaqMan探针建立25μL反应体系,对不同浓度的多形拟杆菌DNA样品进行检测,并以乳酸杆菌、大肠杆菌和双歧杆菌的基因组DNA模板作阴性对照,验证此方法检测拟杆菌属-普雷沃氏菌属的特异性。结果表明:设计的荧光定量引物和探针,仅对拟杆菌和普雷沃氏菌有很强的特异性,该方法的灵敏度可3.73个/μL的基因组DNA。将PCR方法用于5月龄长白和太湖猪回肠内容物检测,其拟杆菌属-普雷沃氏菌属的检测结果呈阳性,每克回肠内容物拟杆菌属-普雷沃氏菌属数量的拷贝数对数值太湖猪比长白猪高38.5%(P<0.10),而且发现拟杆菌属-普雷沃氏菌属数量与背膘厚度、脂肪率之间有正相关关系。

基于MiSeq分析川中黑山羊瘤胃细菌的多样性及群落结构

采用MiSeq高通量测序技术分析川中黑山羊瘤胃细菌的多样性及菌群结构。选用3只140日龄健康公羊,其平均体质量为(15.53±0.21)kg,饲喂10 d后,于150日龄时采集瘤胃液(样品A),40 d后再次采集瘤胃液(样品F),提取瘤胃液细菌基因组DNA,对细菌16S rDNA序列V4区进行MiSeq测序。结果显示:1)从样品A与样品F中共获得高质量序列338 830条,聚类后得3 400个运算分类单位(OTU);2)样品A的α多样性指数高于样品F的,但其差异无统计学意义;3)门水平上,样品A最高相对丰度为拟杆菌门的(占总序列数的40.87%),其次为厚壁菌门的(27.19%),样品F最高相对丰度为拟杆菌门的(47.12%),其次为变形菌门的(19.99%),再次为厚壁菌门的(18.05%),样品A厚壁菌门的相对丰度极显著高于样品F的(P<0.01);4)在属水平上,样品A与样品F的最高相对丰度均为普雷沃氏菌属的(样品A的为25.54%,样品F的为27.67%),样品A中月形单胞菌属、丁酸弧菌属、瘤胃球菌属、琥珀酸弧菌属、琥珀酸菌属等的相对丰度显著高于样品F的(P<0.05)。试验结果表明,川中黑山羊瘤胃中相对丰度最高的菌门为拟杆菌门,相对丰度最高的菌属为普雷沃氏菌属,且两瘤胃样品中部分细菌相对丰度间的差异显著。

基于16SrRNA基因序列分析梅花鹿瘤胃细菌多样性

本试验旨在对以柞树叶为主要粗饲料来源的梅花鹿瘤胃细菌多样性进行分析。提取瘤胃微生物基因组DNA,扩增细菌16S rRNA基因,构建16S rRNA基因克隆文库,分析梅花鹿瘤胃细菌区系组成。结果表明：1）试验共得到107个非嵌合体16S rRNA基因序列。按照97%序列相似性,划分为22个分类操作单元（OTUs）。其中91个序列（10个OTUs,85%总克隆序列）与已培养菌序列相似性≥97%,13个序列（10个OTUs,12.2%总克隆序列）与已培养菌序列相似性为90%~97%,其余序列相似性〈90%。87.9%序列与普雷沃氏菌属（Prevotella spp.）相似。2）系统发育分析表明,梅花鹿瘤胃细菌由厚壁菌门和拟杆菌门组成。由结果可知,以富含单宁的柞树叶为主要粗饲料来源的梅花鹿的瘤胃中,普雷沃氏菌属是优势细菌,而牛、羊瘤胃中常见的纤维素降解菌未检测到,这可能与饲料中单宁含量高有关。

热应激条件下荷斯坦奶牛后段肠道差异微生物分析

本试验旨在分析热应激条件下,热应激耐受奶牛和热应激易感奶牛后段肠道菌群组成的差异,寻找与热应激相关的后段肠道微生物,为利用饲养管理和遗传选择等手段提高奶牛耐热能力提供理论依据。选择体况相近且健康的1胎中国荷斯坦泌奶牛19头,利用奶牛夏季上午直肠温度(MRT)和下午直肠温度(ART)差值(RTD)将其分为热应激易感组(H组,10头)和热应激耐受组(L组,9头)。采用Illumina PE250测序平台测定两组个体粪便中细菌16S rDNA V3~V4区序列,利用生物信息学方法筛选两组个体的差异微生物。结果表明:①L组的Shannon指数和Chao1指数高于H组,但组间差异不显著(P>0.05)。②在门水平,两组个体的厚壁菌门(Firmicutes)、拟杆菌门(Bacteroidetes)和变形菌门(Proteobacteria)的相对丰度之和均占总菌的95%以上;在属水平,L组中YRC 22和普雷沃氏菌属(Prevotella)的相对丰度显著高于H组(P<0.05),且YRC 22、Prevotella的相对丰度与ART、RTD、呼吸评分(RS)、直肠温度极值(RTR)及流涎评分(DS)等5项热应激相关指标均呈负相关关系。③与热应激相关的6项指标(MRT、ART、RTD、RS、DS、RTR)中,RS、DS和MRT在冗余分析(RDA)结果中R2较大,表明这3项指标与奶牛后段肠道微生物菌群相关程度较大。综上所述,热应激影响奶牛后段肠道菌群结构,Prevotella是热应激相关的后段肠道微生物。