不同品种猪肠道拟杆菌属-普雷沃氏菌属群实时荧光定量分析

对猪肠道30种细菌的16SrDNA序列进行比对分析,设计拟杆菌属-普雷沃氏菌属荧光定量的特异引物。以多形拟杆菌菌株(CDC1404-A)基因组的DNA为模板,以常规PCR引物扩增16SrDNA靶片断,将PCR产物纯化后作为DNA标准品,将梯度稀释的标准品作模板,建立定量标准曲线。以TaqMan探针建立25μL反应体系,对不同浓度的多形拟杆菌DNA样品进行检测,并以乳酸杆菌、大肠杆菌和双歧杆菌的基因组DNA模板作阴性对照,验证此方法检测拟杆菌属-普雷沃氏菌属的特异性。结果表明:设计的荧光定量引物和探针,仅对拟杆菌和普雷沃氏菌有很强的特异性,该方法的灵敏度可3.73个/μL的基因组DNA。将PCR方法用于5月龄长白和太湖猪回肠内容物检测,其拟杆菌属-普雷沃氏菌属的检测结果呈阳性,每克回肠内容物拟杆菌属-普雷沃氏菌属数量的拷贝数对数值太湖猪比长白猪高38.5%(P<0.10),而且发现拟杆菌属-普雷沃氏菌属数量与背膘厚度、脂肪率之间有正相关关系。

口普雷沃菌引起的术后血流感染一例报道

目的报道一例由口普雷沃菌引起的女性患者生殖道脓肿术后血流感染病例。方法无菌方法采集血样本,使用Versa TREK240-10全自动微生物培养检测系统进行培养。血培养报阳后进行涂片镜检、转种培养,分离致病菌,采用法国生物梅里埃公司VITEK 2 Compact全自动细菌分析仪进行鉴定,同时用16S rRNA测序鉴定致病菌。结果培养至48和72 h,血培养仪分别报告左侧、右侧厌氧血培养阳性。VITEK 2 Compact全自动细菌分析仪和16S rRNA测序鉴定结果均为口普雷沃菌,鉴定率分别为96%和99%。结论从上海市东方医院收治的一例女性患者术后血样本中分离出一株口普雷沃菌。

双样本孟德尔随机化分析肠道菌群与肝硬化的因果关系

目的使用双样本孟德尔随机化(MR)分析肠道菌群与肝硬化的因果关系,阐明个体基因组特征对精准干预病人肠道菌群以改善肝硬化的可能性。方法该研究于2023年9―12月获取肠道微生物群等位基因单核苷酸多态性(SNP)(13266例样本)的工具变量及肝硬化相关等位基因SNP(1011例欧洲病例和356077例欧洲对照样本)的结局数据,使用MR分析肠道菌群对肝硬化的因果关系。结果随机效应下的逆方差加权(IVW)分析结果表明,放线菌属[P=0.001,OR=1.39,95%CI:(1.13,1.71)],普雷沃菌属[P=0.017,OR=1.27,95%CI:(1.04,1.54)]与肝硬化呈正相关。甲烷短杆菌属[P=0.024,OR=0.86,95%CI:(0.75,0.98)],乳酸菌属[P=0.042,OR=0.82,95%CI:(0.68,0.99)]与肝硬化呈负相关。结论放线菌属、普雷沃菌属与肝硬化存在因果关系,具有正面促进效应。

基于MiSeq分析川中黑山羊瘤胃细菌的多样性及群落结构

采用MiSeq高通量测序技术分析川中黑山羊瘤胃细菌的多样性及菌群结构。选用3只140日龄健康公羊,其平均体质量为(15.53±0.21)kg,饲喂10 d后,于150日龄时采集瘤胃液(样品A),40 d后再次采集瘤胃液(样品F),提取瘤胃液细菌基因组DNA,对细菌16S rDNA序列V4区进行MiSeq测序。结果显示:1)从样品A与样品F中共获得高质量序列338 830条,聚类后得3 400个运算分类单位(OTU);2)样品A的α多样性指数高于样品F的,但其差异无统计学意义;3)门水平上,样品A最高相对丰度为拟杆菌门的(占总序列数的40.87%),其次为厚壁菌门的(27.19%),样品F最高相对丰度为拟杆菌门的(47.12%),其次为变形菌门的(19.99%),再次为厚壁菌门的(18.05%),样品A厚壁菌门的相对丰度极显著高于样品F的(P<0.01);4)在属水平上,样品A与样品F的最高相对丰度均为普雷沃氏菌属的(样品A的为25.54%,样品F的为27.67%),样品A中月形单胞菌属、丁酸弧菌属、瘤胃球菌属、琥珀酸弧菌属、琥珀酸菌属等的相对丰度显著高于样品F的(P<0.05)。试验结果表明,川中黑山羊瘤胃中相对丰度最高的菌门为拟杆菌门,相对丰度最高的菌属为普雷沃氏菌属,且两瘤胃样品中部分细菌相对丰度间的差异显著。

基于16SrRNA基因序列分析梅花鹿瘤胃细菌多样性

本试验旨在对以柞树叶为主要粗饲料来源的梅花鹿瘤胃细菌多样性进行分析。提取瘤胃微生物基因组DNA,扩增细菌16S rRNA基因,构建16S rRNA基因克隆文库,分析梅花鹿瘤胃细菌区系组成。结果表明：1）试验共得到107个非嵌合体16S rRNA基因序列。按照97%序列相似性,划分为22个分类操作单元（OTUs）。其中91个序列（10个OTUs,85%总克隆序列）与已培养菌序列相似性≥97%,13个序列（10个OTUs,12.2%总克隆序列）与已培养菌序列相似性为90%~97%,其余序列相似性〈90%。87.9%序列与普雷沃氏菌属（Prevotella spp.）相似。2）系统发育分析表明,梅花鹿瘤胃细菌由厚壁菌门和拟杆菌门组成。由结果可知,以富含单宁的柞树叶为主要粗饲料来源的梅花鹿的瘤胃中,普雷沃氏菌属是优势细菌,而牛、羊瘤胃中常见的纤维素降解菌未检测到,这可能与饲料中单宁含量高有关。

热应激条件下荷斯坦奶牛后段肠道差异微生物分析

本试验旨在分析热应激条件下,热应激耐受奶牛和热应激易感奶牛后段肠道菌群组成的差异,寻找与热应激相关的后段肠道微生物,为利用饲养管理和遗传选择等手段提高奶牛耐热能力提供理论依据。选择体况相近且健康的1胎中国荷斯坦泌奶牛19头,利用奶牛夏季上午直肠温度(MRT)和下午直肠温度(ART)差值(RTD)将其分为热应激易感组(H组,10头)和热应激耐受组(L组,9头)。采用Illumina PE250测序平台测定两组个体粪便中细菌16S rDNA V3~V4区序列,利用生物信息学方法筛选两组个体的差异微生物。结果表明:①L组的Shannon指数和Chao1指数高于H组,但组间差异不显著(P>0.05)。②在门水平,两组个体的厚壁菌门(Firmicutes)、拟杆菌门(Bacteroidetes)和变形菌门(Proteobacteria)的相对丰度之和均占总菌的95%以上;在属水平,L组中YRC 22和普雷沃氏菌属(Prevotella)的相对丰度显著高于H组(P<0.05),且YRC 22、Prevotella的相对丰度与ART、RTD、呼吸评分(RS)、直肠温度极值(RTR)及流涎评分(DS)等5项热应激相关指标均呈负相关关系。③与热应激相关的6项指标(MRT、ART、RTD、RS、DS、RTR)中,RS、DS和MRT在冗余分析(RDA)结果中R2较大,表明这3项指标与奶牛后段肠道微生物菌群相关程度较大。综上所述,热应激影响奶牛后段肠道菌群结构,Prevotella是热应激相关的后段肠道微生物。

糖尿病微血管并发症患者肠道菌群的特征分析

目的探讨糖尿病微血管并发症(DMC)患者的肠道菌群特征。方法选取2019年9月至2020年11月于承德医学院附属医院内分泌科住院治疗的2型糖尿病(T2DM)患者。收集患者年龄、性别、吸烟史、收缩压、舒张压、体重指数(BMI)、糖化血红蛋白(HbA1c)、总胆固醇(TC)、甘油三酯(TG)、高密度脂蛋白胆固醇(HDL-C)、低密度脂蛋白胆固醇(LDL-C)、丙氨酸氨基转移酶(ALT)、天冬氨酸氨基转移酶(AST)、γ-谷氨酰转移酶(GGT)、肌酐(CRE)、胰岛素的使用情况等指标,以及拟杆菌属、普雷沃菌属、双歧杆菌属等肠道菌群含量。依据是否合并微血管并发症将患者分为糖尿病微血管并发症(DMC)组和单纯糖尿病(DM)组。采用t检验、Mann-Whitney U检验或χ^(2)检验对两组间各指标及肠道菌群含量进行比较。采用Spearman相关分析法分析肠道菌群与各指标的相关性。采用多因素logistic回归分析法分析DMC患病的危险因素。结果共纳入患者79例。其中,DMC组47例,DM组32例。与DM组相比,DMC组的拟杆菌属含量增加,普雷沃菌属、双歧杆菌属含量下降,差异均有统计学意义(P<0.05)。多因素logistic回归分析模型结果显示,随着拟杆菌属含量的增加,DMC患病率增加(OR=1.053,95%CI 1.016~1.091,P=0.005),在校正年龄、性别、吸烟史、收缩压、舒张压、BMI、HbA1c、血脂、肝酶、CRE、胰岛素的使用情况等混杂因素后,拟杆菌属仍为DMC的危险因素(OR=1.085,95%CI 1.023~1.151,P=0.007);随着普雷沃菌属含量的增加,DMC患病率下降(OR=0.843,95%CI 0.737~0.965,P=0.013),在校正以上混杂因素后,普雷沃菌属仍为DMC的保护因素(OR=0.822,95%CI 0.681~0.993,P=0.042)。结论DMC患者肠道中存在菌群紊乱,随着拟杆菌属和普雷沃菌属含量的增加,DMC患病率分别出现增加和下降的不同结果,拟杆菌属为DMC的危险因素,普雷沃菌属为DMC的保护因素。

基于16S rRNA技术分析金乌健骨胶囊对胶原诱导关节炎模型大鼠肠道菌群的影响

目的基于16S rRNA技术研究金乌健骨胶囊对胶原诱导关节炎模型大鼠肠道菌群的影响,并探讨其作用机制。方法将24只Wistar大鼠随机分为6组,分别为对照组,模型组,金乌健骨胶囊0.225、0.450、1.350 g/kg组及甲氨蝶呤(0.001 g/kg)组,每组4只。除对照组外,其余各组大鼠制备胶原诱导关节炎模型后ig相应药物,给药期间观察大鼠一般状态并收集大鼠粪便,连续ig 4周后处死大鼠。苏木精–伊红(HE)染色观察各组大鼠关节滑膜及结肠组织病理变化情况,提取粪便基因组DNA,利用Illumina Miseq测序平台对样本16S rRNA进行测序,对测序结果进行生物信息学分析。结果与模型组大鼠相比,金乌健骨胶囊1.350 g/kg组和甲氨蝶呤组关节炎指数评分显著降低(P<0.05、0.01)。6组样本间Chao、observed species、Shannon、Simpson指数没有统计学差异。肠道菌群组成及结构差异分析显示,与对照组相比,模型组普雷沃菌属Prevotella Shan and Collins和螺旋杆菌属Helicobacter Gest and Favinger的相对丰度均增高(P<0.05),毛螺菌属_NK4A136_group(Lachnospira Bryant and Small_NK4A136_group)的相对丰度降低(P<0.05)。与模型组相比,金乌健骨胶囊0.225 g/kg组Lachnospira Bryant and Small_NK4A136_group的相对丰度显著增高(P<0.01);金乌健骨胶囊0.450 g/kg组Lachnospira Bryant and Small_NK4A136_group的相对丰度增高(P<0.05),Prevotella Shan and Collins和Helicobacter Gest and Favinger的相对丰度降低(P<0.05)。结论金乌健骨胶囊可能是通过调节肠道菌群的结构组成而发挥治疗类风湿关节炎的作用。

肺炎型肺癌患者支气管肺泡灌洗液微生物菌群特征及其临床意义

目的:探讨肺炎型肺癌患者支气管肺泡灌洗液(BALF)中微生物菌群的多样性和群落差异等特征及其临床意义。方法:以回顾性研究方法采集9例肺炎型肺癌、11例结节型(最大径≤3 cm)早期肺癌患者与7例健康人的BALF,提取BALF菌群的总DNA,经通用引物扩增16s rRNA基因,利用高通量测序平台进行细菌16S rRNA基因(V3-V4)区高通量二代测序(NGS)分析后,分析微生物菌群分数量及分布特征,并比较肺炎型、结节型肺癌患者及对照组3组间BALF中微生物菌群差异。采用受试者工作特征曲线(ROC)检测肺炎型肺癌诊断预测价值。结果:肺炎型组患者BALF中中位细菌序列数量为9235(3498,30743),高于对照组[382(98,2508)]及结节型组[486(96,780)](P值均=0.001);中位细菌菌种种类肺炎型组[9(6.5,10.5)]高于对照组[2(2,6)]及结节型组[4(2,7)],肺炎型组较对照组和结节型组细菌菌种增多(P=0.015及P=0.021);肺炎型组中肺炎链球菌属、普雷沃菌属的检出阳性率(9/9,100.0%)、(8/9,88.9%),均高于对照组(3/7,42.9%)、(2/7,28.6%)及结节型组(4/11,36.4%)、(4/11,36.4%)(P值均<0.05);肺炎型组检出占优势菌黑普雷沃菌8例(8/9,88.9%),较结节型组3例(3/11,27.3%)及对照组1例(1/7,14.3%)优势患者占比增高,差异有统计学意义(P值均<0.01);产黑普雷沃菌序列数为2392(521.3,11715)高于对照组(219)及结节型组[48(9,498)](P值均<0.05)。以普雷沃菌属序列数占比为37.3%或产黑普雷沃菌序列数263为临界值,预测肺炎型肺癌诊断的ROC曲线下面积(AUC)分别为0.84(0.663,1.000,P=0.0047)和0.92(0.785,1.000,P=0.0005)。结论:肺炎型肺癌患者下呼吸道微生物菌属菌种、数量较健康人复杂,微生物菌群种群分布与局部早期肺癌患者及健康对照组存在差异,其中以普雷沃菌属及产黑普雷沃细菌分布较为普遍,占明显优势,普雷沃菌属占比及产黑普雷沃细菌序列数对肺炎型肺癌可能具有一定的诊断预测价值。