猕猴桃模板DNA的提取及RAPD-PCR最佳反应体系的建立

以改良CTAB法从猕猴桃叶片中制备模板DNA ,优化了PCR热循环参数 ,建立了RAPD PCR扩增的最佳反应体系。实验结果表明 ,CTAB提取液中EDTA组分的浓度对模板提取影响很大 ,其最适浓度为 80mmol/L ;用异丙醇沉淀后不经乙醇洗涤纯化的DNA不会影响扩增效果。PCR热循环参数为 :94℃预变性 5min ;94℃变性 1min ,37℃退火 1min ,72℃延伸 2min ,循环 4 0次 ;最后在 72℃延伸 6min。

玉米大斑病菌RAPD分析最佳反应体系的建立

通过对玉米大斑病菌RAPD反应程序中的一些重要参数进行摸索和优化试验,建立了一套适合玉米大斑病菌的扩增反应体系及反应程序:25μL体系中,加入Taq DNA聚合酶2 0 U、25 mmol L的MgCl2 2 0 mmol L、dNTP 200μmol L、随机引物30 ng、10×PCR buffer 1μL、DNA模板30 ng、用重蒸水补足25μL。反应程序为:94℃预变性3 min;94℃变性1 min, 37℃退火1 min,72℃延伸2 min,40循环; 72℃延伸6 min。

洋桔梗ISSR最佳反应体系的建立与品种遗传多样性检测

利用正交设计,对影响洋桔梗ISSR反应的主要因素进行了优化,建立了洋桔梗ISSR的最佳反应体系。在25μL的PCR反应体系中,含2.5μL 10×PCR buffer、1.5 mmol/L Mg2+、0.3 mmol/L dNTPs、0.2μmol/L引物、30 ng/μL洋桔梗基因组DNA模板及2.0 U的TaqDNA聚合酶。试验结果表明,该反应体系具有良好的稳定性和通用性。8个不同基因型洋桔梗材料遗传多样性检测结果表明,该ISSR分子标记可有效地检测出其中4个不同品种之间、同一品种F1代及F2代之间的遗传多样性,但未能检测出同1个品种F1代2个株系之间或2个转基因株系之间的遗传多样性。

大花萱草ISSR-PCR最佳反应体系的建立

ISSR标记能揭示出种间、种内遗传变异情况,更好地揭示亲缘关系和遗传多样性。以大花萱草的5个品种为试材,研究了影响大花萱草ISSR-PCR扩增效果的各项因素,建立了适合大花萱草ISSR-PCR的最佳反应体系:20μL反应体系中,10×buffer 2μL,dNTP 0.2 mmol/L,Mg2+浓度1.5 mmol/L,引物浓度0.5 mmol/L,Taq酶10.002 nkat,DNA模板20 ng。大花萱草的最佳ISSR扩增反应程序为:94℃预变性5 min;94℃变性40 s,50℃退火45 s,72℃延伸1.5 min,共40个循环;最后72℃延伸10 min。通过该反应程序进行的大花萱草ISSR扩增可获得清晰、稳定的条带。

南丰蜜桔基因组DNA RAPD-PCR最佳反应体系的建立

以南丰蜜桔树叶为基因组ＤＮＡ提取材料，建立了其ＲＡＰＤ－ＰＣＲ分析的最佳反应体系：模板ＤＮＡ１．５ｎｇ／ｕｌ，随机引物０．６Ｍ·Ｌ－１，ｄＮＴＰｓ各 ０．１ｍＭ·Ｌ－１，ＭｇＣｌ２．０ｍＭ·Ｌ－１，ＢＳＡ２５０ｎｇ／ｕｌ，Ｔｒｉｓ－ＨＣｌ１０ｍＭ·Ｌ－１，ｐＨ９．０，ＫＣｌ５０ｍＭ·Ｌ－１，ＮｏｎｉｄｅｔＰ４０ ０．１％，Ｔａｑ酶０．５ｕ，总反应体积２０ｕｌ。

油茶DNA提取及RAPD分析最佳反应体系的建立

[目的]为建立油茶RAPD分析的最佳反应体系。[方法]分别用改良SDS法和CTAB法从12个油茶品种的新鲜幼叶中提取基因组DNA。通过测定OD260和OD280来比较两种方法提取DNA的纯度。建立油茶的RAPD反应程序,通过优化反应条件获得油茶RAPD分析的最佳反应体系。[结果]CTAB法提取的油茶基因组DNA纯度高于SDS法。油茶RAPD分析的最佳反应体系为:1.0 UTaq DNA聚合酶、1.5 mmol/L MgCl22、00μmol/L dNTP1、0 pmol/L随机引物2、0 ng DNA模板2、μl 10×PCR buffer,加重蒸水至20μl。油茶的RAPD反应程序为:95℃预变性3 min;94℃变性1 min,40℃退火1 min,72℃延伸2 min,40循环;72℃延伸7 min。[结论]该研究所用DNA纯度较高,反应条件控制严格,试验中扩增稳定性较好,是适合油茶RAPD分析的最佳反应体系。

萱草ISSR-PCR最佳反应体系的建立

[目的]为利用ISSR标记研究萱草的遗传多样性和和辅助育种奠定基础。[方法]从萱草中提取基因组DNA,建立萱草的ISSR-PCR反应体系,并通过正交试验对其进行优化。[结果]萱草的最佳ISSR-PCR反应体系为:ddH2O16.8μl、2.5 mmol/LdNTP2.0μl、10×buffer 2.5μl、10μmol/LPrimer0.3μl、50 ng/LDNA3μl、Taq酶1 U,总体积25μl。萱草的最佳ISSR扩增反应程序为:94℃变性5 min,94℃变性45 s、48.3℃退火1 min、72℃延伸2 min,共38个循环,最后72℃延伸7 min。该反应程序下进行的ISSR扩增,扩增产物最多,银染的效果最好。[结论]该研究建立了萱草ISSR-PCR的最佳反应体系和反应程序,通过ISSR扩增可获得清晰、稳定的条带。

腐食酪螨ISSR最佳反应体系的设计

本文以腐食酪螨基因组DNA为模板,采用逐个参数优化法,探讨腐食酪螨ISSR实验的最佳反应体系。实验结果表明,腐食酪螨ISSR-PCR最佳反应体系:总体积25μL,其中Mg2+1.5 mM;10×Buffer 2.5 mM;dNTPs 0.2 mM;ISSR引物0.2μM;模板DNA 50 ng;Taq DNA聚合酶0.75 U。扩增程序为:94℃预变性5min,94℃变性1 min,(48℃、50℃、52℃)复性1 min,72℃延伸1.5 min,循环35次,结束后72℃延伸5 min,4℃保存。同时通过梯度退火实验,确定不同引物的最佳退火温度。

利用正交设计优化水曲柳ISSR-PCR反应体系

利用正交设计L16(45)对水曲柳ISSR-PCR反应体系的5因素(Taq酶,Mg2+,模板DNA,dNTP,引物)在4个水平上进行优化试验,PCR结果用统计软件MINITAB分析:①各因素的不同水平对PCR反应结果都有显著的影响,其中Taq酶量影响最大;②筛选出各反应因素的最佳水平,建立水曲柳ISSR-PCR反应的最佳体系(20滋l)为:Taq酶1.0U,Mg2+2.0mmol/L,模板DNA50￣200ng,dNTP0.15mmol/L,引物0.3滋mol/L。最后,对水曲柳ISSR-PCR最佳反应体系进行梯度退火,得到最佳退火温度为58.3℃。这一优化系统的建立为今后利用ISSR标记技术,研究水曲柳的地理变异提供一个标准化程序。

白梭梭ISSR-PCR实验反应体系的建立和优化

探讨了白梭梭ISSR实验中的各种影响因素,采用正交设计L16(45)对PCR反应中5个因素(Taq酶,Mg2+,模板DNA,dNTP和引物)在4个水平上进行优化试验。在初步实验的基础上通过因素内比较进一步优化各因素在ISSR-PCR反应中的浓度;设置了不同的退火温度和循环次数,建立了白梭梭ISSR的最佳反应体系,为进一步进行白梭梭种群间遗传多样性的研究奠定基础。

天然山地樟子松遗传多样性研究的ISSR-PCR反应体系的优化

以樟子松基因组DNA为模板,研究了ISSR的影响因素,建立了一套适宜于樟子松的ISSR优化反应体系及程序,以期为进行樟子松种群间遗传分化的研究奠定基础。研究结果表明,20μL反应体系中,模板DNA、引物、Mg2+、dNTP和TaqDNA聚合酶5种主要成分的最适浓度分别为35ng、150nmol/L、1.5mmol/L、200μmol/L、1.5U。反应程序为:94℃预变性5min,之后进行34个循环,每个循环包括94℃变性30s、56℃退火45s、72℃延伸2min,最后于72℃延伸7min。在扩增过程中,引物的适宜退火温度比其Tm值平均高4℃,扩增出足量产物至少需要35个热循环。

山东地方绵羊MHC-DRB3基因PCR-RFLPs反应体系的优化

本文探讨了影响山东地方绵羊MHC-DRB3基因PCR-RFLPs扩增的因素,实验结果表明:抗凝剂、模板的浓度、纯度、Mg2+的浓度、引物的浓度、变性温度、Taq聚合酶、退火温度等因素对扩增结果的影响,为此我们对影响扩增结果的各个因素和反应程序进行了研究和浓度梯度的对比试验,建立了绵羊MHC-DRB3基因PCR-RFLPs的最佳反应体系和反应程序。

苹果SSR-PCR反应体系的建立与优化

为建立苹果属植物SSR-PCR反应优化体系,采用L16(45)正交实验和退火温度梯度实验,分析反应体系中使用的模板、引物、Mg2+、dNTPs以及Top Taq酶浓度对扩增产物的影响,并对这5个因素进行4个水平不同浓度梯度的筛选和优化。结果表明,引物浓度对SSR-PCR反应体系的影响最大,通过综合分析最终确定SSR-PCR的25μL最佳反应体系为:30~60 ng DNA模板,1.2μL正反向引物(5μmol/L),0.5μL dNTPs(2.5 mmol/L),0.5μL Top Taq酶(2.5 U/μL)以及2.5μL 10×Top Taq buffer(含Mg^(2+))。利用优化后的反应体系对蔷薇科苹果属的21种植物材料进行检测,实验结果表明扩增产物均在100~200 bp左右,可扩增出2~3个有效等位基因。通过优化反应体系中的各影响因素,建立了最佳的SSR-PCR反应体系,可为苹果属植物不同种群的遗传变异研究及亲缘关系的分子鉴定提供前期研究基础。

丝瓜SRAP反应体系的优化

以丝瓜基因组DNA为模板，对SRAP反应中主要五个影响因素dNTP浓度、TaqDNA聚合酶浓度、引物浓度、DNA模板浓度、Mg2＋浓度进行优化，建立丝瓜SRAP—PCR反应的体系。根据实验确定的最佳反应体系为25“LSRAP体系。25uLSRAP体系为：75rigDNA，0．2mmol／LdNTP，1．25UTaq酶，

RAPD法研究穗花杉遗传多样性的反应条件优化

以改进CTAB法抽提的中国特有濒危植物穗花杉嫩叶总DNA为模板,进行随机扩增多态性DNA(RAPD)最佳条件优化,结果表明:RAPD分析最佳反应体系为10×Buffer缓冲液2μL,模板70ng,Mg2+2.0mmol/L,dNTPs0.2mmol/L,引物0.60μmol/L,Taq酶1.5U,PCR反应体积为20μL.最佳扩增程序为94℃5min,1个循环;94℃1min、37℃1min、72℃2min,40个循环;72℃10min,1个循环.

冬瓜SSR-PCR体系优化及引物筛选

该研究利用L16（54）正交试验设计研究了影响冬瓜SSR-PCR的五个因子（10×Buffer（含Mg2＋），dNTP，DNA，引物，rTaq），研究结果表明Buffer（含Mg2＋）和rTaq对PCR影响最明显，最终筛选出最佳反应体系：10×Buffer 2．0μL（1×Buffer），dNTP 2．0μL（200μmol／μL），DNA0．6μL（6ng／μL），引物0．4μL（0．2μmoll／L）。

珊瑚菜叶绿体基因TrnV-M序列的PCR扩增与分析

[目的]对珊瑚菜TrnV-M基因片段PCR扩增条件进行优化和测序分析,为濒危物种珊瑚菜的种质资源保护和遗传多样性研究提供理论依据。[方法]探索并优化珊瑚菜叶绿体基因片段TrnV-M的PCR扩增条件,并对扩增产物进行测序分析。[结果]珊瑚菜TrnV-M基因片段的PCR最佳反应体系:d NTPs 0.50μL,Buffer 2.50μL,Trn M 1.25μL,TrnV 1.25μL,DNA 1.00μL,r Taq E 0.15μL,dd H2O 18.35μL,总体积25.00μL。最佳扩增程序:94℃预变性3.0 min;94℃变性50 s,58℃退火45 s,72℃延伸1 min 25 s,38个循环;72℃延伸8 min。[结论]在最优体系下获得了清晰、稳定的目的条带,校正后条带长度约为757 bp,通过Gen Bank的BLAST比对,确定为TrnV-M基因片段。

口蹄疫病毒一步法TaqMan-MGB荧光定量RT-PCR检测方法的建立

目的建立一种能快速、高效、敏感、特异地检测口蹄疫病毒（FMDV）的一步法荧光定量RT—PCR检测方法。方法根据FMDV聚合酶3D基因序列比对结果，设计特异性引物和MGB探针；通过优化，得到最佳反应体系和反应条件；分别以质粒和病毒RNA为模板，构建标准曲线；并进行特异性、敏感性、重复性试验。

洋桔梗品种遗传多样性的AFLP分析

该研究以洋桔梗（Eustoma grandi florum）2个品种‘玛丽艾基粉色’和‘圣剑白底紫边’为试材,提取叶片DNA,经过EcoRI /Mse Ⅰ双酶切、连接、预扩增、选择性扩增,建立了洋桔梗的AFLP最佳反应体系;并以64个常用引物组合进行扩增,得到154个多态性条带,从中筛选出扩增条带较多且多态性较好的4个引物组合（E-ACA/M-CTC,E-ACC/M-CAC,E-AGC/M-CTT,E-ACT/M-CAG）,其多态位点百分率均值为24.36％.利用上述4个引物组合,以最佳反应体系为基础,构建了7个常见洋桔梗品种的AFLP指纹图谱,统计7个品种各4个引物组合在1 000～300 bp区间7个区段的扩增条带,并将各个品种的AFLP指纹图谱转换成各品种4组7位数构成的28位特异数字指纹,极大地方便了种质比较及鉴定;7个品种间的遗传相似系数介于0.683 5～0.860 8之间,平均值为0.774 6.研究结果为进一步进行洋桔梗的种质研究及利用奠定了基础.

珊瑚菜ITS序列的PCR扩增与测序分析

为加强珍稀濒危物种珊瑚菜遗传多样性的研究和种质资源的保护工作,本实验对珊瑚菜ITS基因片段的PCR扩增条件进行了优化和产物的测序分析.结果显示:珊瑚菜ITS基因片段的PCR扩增最佳反应体系为Buffer 2. 50μL,d NTP 0. 50μL,引物ITS1和ITS4各1. 00μL,Taq DNA polymerase 0. 15μL,模板DNA 2. 00μL,dd H2O 17. 85μL,总体积25. 00μL.最佳扩增程序为94℃预变性5. 0 min,94℃变性50 s,50℃退火50 s,72℃延伸1 min 45 s,37个循环,后72℃延伸10 min.在最佳扩增条件下获得了清晰、稳定的目的条带,测序后获得长度为628 bp的核苷酸序列,通过GenBank的BLAST比对验证,确定为ITS序列,其中包括完整的ITS1序列和5. 8S r DNA序列以及ITS2的部分序列.