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题名基于动态贝叶斯网构建基因调控网络
被引量:5
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作者
强波
王正志
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机构
国防科技大学机电工程与自动化学院七队
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出处
《生物医学工程研究》
2008年第3期145-149,共5页
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基金
国家自然科学基金资助项目(60471003)
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文摘
动态贝叶斯网络(dynamic bayesian network,DBN)是一种基于时序表达数据构建基因调控网络的重要方法。然而目前的DBN方法因计算时间太长,结构不稳定,准确度低,对有效性有很大影响。根据动态贝叶斯网络的度量可分解性质,将动态贝叶斯网络分为初始网络与转移网络分别进行结构寻优,在寻优时将基于静态贝叶斯网络的最大权重生成树算法与贪婪搜索算法相结合,移植入动态贝叶斯网络中,建立基因调控网络模型。提出了一种从时序数据中构建基因调控网络的方法,克服了贝叶斯网络不能描述循环调控的缺陷,也从规模上简化了网络构建问题。通过与相关实验文献的对照,验证了提出方法的有效性,网络学习时间明显缩短,网络结构更加稳定。
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关键词
时序表达数据
动态贝叶斯网络
度量可分解
最大权重生成树算法
贪婪搜索算法
基因调控网络
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Keywords
Temporal expression data
Dynamic Bayesian network
Measurement dividable
Maximum weight spanning tree algorithm
Greedy search algorithm
Gene regulatory network
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分类号
Q811.4
[生物学—生物工程]
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